<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en">
<head>
<meta content="text/html; charset=US-ASCII" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>



<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: 0.875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master
at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">Debian Med / sra-sdk</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/commit/a0bf8fb4dc37dff559b4170dae949e50f3e53420" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">a0bf8fb4</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-07-27T13:36:32+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>routine-update: New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/commit/034fc25843a2b63e7cd02ec8d40b6c057046c86b" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">034fc258</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-07-27T13:36:33+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>New upstream version 3.0.0+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/commit/5527ab09328d3d2fd6f2ae08036ed0e10a140176" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">5527ab09</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-07-27T13:36:50+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Update upstream source from tag 'upstream/3.0.0+dfsg'

Update to upstream version '3.0.0+dfsg'
with Debian dir 4e169879f29354d02e293024661348986ea5be30</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/commit/17f6a6b83a6dae637e6312edb5046e5255a40344" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">17f6a6b8</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-07-27T13:36:50+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>routine-update: Standards-Version: 4.6.1
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/commit/64bc87361798908aef9d2fcb6d0b909aeba1ffa8" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">64bc8736</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-07-27T14:12:21+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Delete patches connected to old build system, update others
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/commit/ae2dabc8ade386c935750ba1103359e5643160d4" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">ae2dabc8</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-07-27T14:20:14+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Remove visual studio files that are somehow changed in the clean process and this create simply trouble without any use for Debian build
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/commit/c0c2b825b6ca6d3ccaed57c8dc2da5cd7c2d942a" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">c0c2b825</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-07-27T14:21:06+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>New upstream version 3.0.0+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/commit/c7a5f9a69014da7273d7ad81523397b59e9633cf" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">c7a5f9a6</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-07-27T14:21:23+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Update upstream source from tag 'upstream/3.0.0+dfsg'

Update to upstream version '3.0.0+dfsg'
with Debian dir 68053458f80ca1f4b113c4f9ac1358b926318254</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/commit/66190299beecd76f26e0c45900de8067d4522aab" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">66190299</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-07-27T14:40:04+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>New upstream version 3.0.0+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/commit/b55bb1bce11975194e89e473f1c127f397c6e020" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">b55bb1bc</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-07-27T14:40:22+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Update upstream source from tag 'upstream/3.0.0+dfsg'

Update to upstream version '3.0.0+dfsg'
with Debian dir 68053458f80ca1f4b113c4f9ac1358b926318254</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/commit/f3e6678fe35b76490b96484b6e2bf5a0a6c307eb" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">f3e6678f</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-07-27T14:53:35+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>New upstream version 3.0.0+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/commit/1aea8caa6cc97e5eaee238822e0a7aab021b56ed" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">1aea8caa</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-07-27T14:56:24+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>New upstream version 3.0.0+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/commit/b104f636099831fe8160170673709c917640baca" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">b104f636</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-07-27T15:02:25+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Do not keep broken .gitattributes in source tarball
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/commit/ec0c9e50ad433e17cefbeb179e0a1656ce22cb17" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">ec0c9e50</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-07-27T15:03:10+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>There is no libs/ext to exclude any more
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/commit/728c74654b532dcad244c504be12c5445a0d2b8b" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">728c7465</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-07-27T15:04:06+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>New upstream version 3.0.0+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/commit/50a30eb921e0f9818930df9a82ee0e77cde0dadc" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">50a30eb9</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-07-27T15:04:22+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Update upstream source from tag 'upstream/3.0.0+dfsg'

Update to upstream version '3.0.0+dfsg'
with Debian dir ccbda43af70f38c8f9f1cff26c8024df930e842e</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/commit/d3ac62a65d1d9b329da6e2b1ca46e4980b3481d3" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">d3ac62a6</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-07-27T15:18:17+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Build-Depends: default-jdk-headless, flex, bison
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">30 changed files:</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#a5cc2925ca8258af241be7e5b0381edf30266302" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
<span class="deleted-file">

.gitignore
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7facec255884dc55d3818e4dfbea89b1bdd7f49e" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
CHANGES.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9a2aa4db38d3115ed60da621e012c0efc0172aae" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
<span class="new-file">
+
CMakeLists.txt
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#836efb6e25a091dcb4ff8e1dbb2f0be6a5cbf14c" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
Makefile
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#91cc2532f591671fe7cb5aec7b8e6c99fe96d6ec" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
<span class="new-file">
+
Makefile.old
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fb50fb6265a3bf492fa781892599d26c906524e3" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
README-blastn
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8ec9a00bfd09b3190ac6b22251dbb1aa95a0579d" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
README.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#433c43f8a5548599a67eefeaa7e118942b9a48f4" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
build/Makefile.clang
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8aff1fb8da0999d8ee716133633d0de7f173339b" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
build/Makefile.env
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#892b0bb818c169847e43a4732b73c0013f1b5b42" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
<span class="new-file">
+
build/Makefile.env.old
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#82fa00fcda9fea29131d920b4f1027f9125c6916" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
build/Makefile.gcc
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c9512c0b1798e84b5d6a945ad880784dab140a53" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
build/Makefile.vers
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f2eba9c79ef445c608c5970aef78ace393fe70b1" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
build/docker/Dockerfile.build-alpine
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f5aa8741e30275380fa236444586ca03b6a58fb4" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
<span class="new-file">
+
build/env.cmake
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b05df9accc61b1ae4c0206e18db90cebde6d1f07" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
<span class="new-file">
+
build/install.sh
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#371d80513d5cfc58bb82bfb5b758cfdf12d76f5a" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
build/ld.linux.cmn.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7d3ae2a9b3e8a20f41b2dacca7b9fa372132e7b0" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
build/ld.sun.cc.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b21e74836d5ba8f039b003314a31dc93c2807c36" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
build/ld.sun.ln.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1e094e781ef4b123b4de91183938a7307597ce51" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
build/ld.unix.cmn.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c899d12ed6680811d43e59fda9f04850b4064cc3" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
build/ld.unix.slib.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d38824dd9e152863a5866b96f916ab27a35485b5" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
build/libexists.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c6465a5884ce2314e3baf27ac82ff53b38fbd04e" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
<span class="new-file">
+
build/lift.sh
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#adb7f75f79e3bb85eb62912a2904c5d24af878fb" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
debian/copyright
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#412101f1ce71373f5e97979365d396e91ba31ecc" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
<span class="deleted-file">

debian/patches/10_portability.patch
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b034f4fa21f92d4fd522a8f86aad0ca437c61bdb" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
debian/patches/absolute_vschema_path_in_test.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cc7d69b14aa7506a34d70089b9ec236e78283993" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
<span class="deleted-file">

debian/patches/do_not_link_statically.patch
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#48238f7c0da2cf68593ae31e58e75b763319473f" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
<span class="deleted-file">

debian/patches/dont_use_static_lib.patch
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ffa8dce2c1d0809c7fb4e14662ea71169c5d1f37" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">
<span class="deleted-file">

debian/patches/drop_tests.patch
</span>
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: 0.875rem;">The diff was not included because it is too large.</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #666;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/sra-sdk/-/compare/29f0375c46231f15a6e24789232f4ddb548f83e2...d3ac62a65d1d9b329da6e2b1ca46e4980b3481d3" style="color: #1068bf; text-decoration: none;">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on salsa.debian.org.
If you'd like to receive fewer emails, you can
adjust your notification settings.



</p>
</div>
</body>
</html>