<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en">
<head>
<meta content="text/html; charset=US-ASCII" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: 0.875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master
at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur" style="color: #1068bf;">Debian Med / augur</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur/-/commit/e1d9596457d3ce607d4b39dea4d40f70780df5c1" style="color: #1068bf;">e1d95964</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-08-12T14:39:30+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>routine-update: New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur/-/commit/7d94878a1919186dd4b66a2f0d315e5d7e784cb5" style="color: #1068bf;">7d94878a</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-08-12T14:39:31+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>New upstream version 17.0.0</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur/-/commit/f8006a7e5de8a9f64c3d1781176a1c651060f17d" style="color: #1068bf;">f8006a7e</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-08-12T14:40:23+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Update upstream source from tag 'upstream/17.0.0'

Update to upstream version '17.0.0'
with Debian dir f5f28d05850e05018983c5fe49ebbfc3311b8510</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur/-/commit/e3b1abbf21aa345647da47c97999a8ca3f176fc4" style="color: #1068bf;">e3b1abbf</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-08-12T14:42:25+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>routine-update: Ready to upload to unstable
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">30 changed files:</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#99d2d4406193bf0dc3e7b84a6c9b9109997a4864" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
.github/pull_request_template.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a91b1970808e533a5de67f93824231e12770a765" style="color: #1068bf;">
.github/workflows/ci.yaml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7facec255884dc55d3818e4dfbea89b1bdd7f49e" style="color: #1068bf;">
CHANGES.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8ec9a00bfd09b3190ac6b22251dbb1aa95a0579d" style="color: #1068bf;">
README.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#69f17ab31be5979667265a94a4d0ec2749588bd4" style="color: #1068bf;">
augur/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a1a05fb3eb681edc11e8c987f65967f416af0ee1" style="color: #1068bf;">
augur/__version__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#14308b7fa230cf03ef0c857a80b8aa21ffa2550b" style="color: #1068bf;">
augur/align.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#73daf62265fd7608625d8a35b16297aed2a2399e" style="color: #1068bf;">
augur/ancestral.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bb76796c5cc72d0d793ca79a16fcc39c7558002d" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
augur/argparse_.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#80a26c77db5bdf0a39adc10699aa961aab9f6d2a" style="color: #1068bf;">
augur/clades.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a34bf74715b32df68fd126394c3bf543847de1da" style="color: #1068bf;">
augur/distance.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1e3bc9e1264fa8376457ccde76a5b5c2f7d7d253" style="color: #1068bf;">
augur/export.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#30a665ea1e4ac79f38beb7b999ab740582bdd252" style="color: #1068bf;">
augur/export_v1.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7051dc1354d6bc0d4b68367cda18a5846f82adb6" style="color: #1068bf;">
augur/export_v2.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1058ed03848375e3c1a8b82623654cb578984455" style="color: #1068bf;">
augur/filter.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6f472ebe2f0cdadd2929544cafb4b0e1fb8a0290" style="color: #1068bf;">
augur/frequencies.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9183ff8bdc8811d0d13d4e46de0ac2e97f014a48" style="color: #1068bf;">
augur/import.py

augur/import_/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c7af6f5ad897a8c764bf9a9d145774b1f2ed1038" style="color: #1068bf;">
augur/import_beast.py

augur/import_/beast.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#18618a0ff10132006e3f9aff6201bffa82f3d6a4" style="color: #1068bf;">
augur/index.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#42ee508e2fe6ee88db8b6029f958cd09a6d9b7a3" style="color: #1068bf;">
augur/lbi.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e692435be09f36b7d90dec26a0ba8545acc51e5c" style="color: #1068bf;">
augur/mask.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b0bbb0cf0ba1ca147ad855dad24ad16df98fd039" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
augur/measurements/__init__.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a4a6f401b3df19a991d19246ae65aa14d79dd744" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
augur/measurements/concat.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4cdafa71affc07e81022bfaeffee73561e5746a3" style="color: #1068bf;">
augur/measurements.py

augur/measurements/export.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#51a81f540a747f2ec07de2c70e6445ae9b8e206c" style="color: #1068bf;">
augur/parse.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0a84c8a26047aa607ba180f251044ec69f8228ce" style="color: #1068bf;">
augur/reconstruct_sequences.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#104ddc27c2db78b040d33b5412a2de3d66f15177" style="color: #1068bf;">
augur/refine.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3c675cc28035c732c5b78691bc1f46880143127f" style="color: #1068bf;">
augur/sequence_traits.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5d19d461d231a37a2d86e5a46a59608e1b69a0a1" style="color: #1068bf;">
augur/titers.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#44b2d941b13286b286211f8840bf47c29fde3e65" style="color: #1068bf;">
augur/traits.py
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: 0.875rem;">The diff was not included because it is too large.</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #666;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur/-/compare/5e2b861b3fac227abe1f5a1a473f382a08a3bf6b...e3b1abbf21aa345647da47c97999a8ca3f176fc4" style="color: #1068bf;">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on salsa.debian.org.
If you'd like to receive fewer emails, you can
adjust your notification settings.



</p>
</div>
</body>
</html>