<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en">
<head>
<meta content="text/html; charset=US-ASCII" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: 0.875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master
at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-cogent" style="color: #1068bf;">Debian Med / python-cogent</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-cogent/-/commit/e26980f806a0ff3542de458ee623345a5cc27ec7" style="color: #1068bf;">e26980f8</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-09-29T09:27:12+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>routine-update: New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-cogent/-/commit/c16e41e75ac14ebf5c8846a6bfb0037e9c870638" style="color: #1068bf;">c16e41e7</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-09-29T09:27:13+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>New upstream version 2022.8.24a1+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-cogent/-/commit/55d3f2d01b5568707e61ba86ae57254c3e971475" style="color: #1068bf;">55d3f2d0</a></strong>
<div>
<span>by Andreas Tille</span>
<i>at 2022-09-29T09:27:17+02:00</i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Update upstream source from tag 'upstream/2022.8.24a1+dfsg'

Update to upstream version '2022.8.24a1+dfsg'
with Debian dir 347923e923d81f25418ca08bc7975536091abd62</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">30 changed files:</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#a03585ab89eed5e0782a1875b2d8153b97865d30" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
.github/ISSUE_TEMPLATE/bug_report.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d9ac363cf1b3390aa2c26f2d7c6dd9f4124489a7" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
.github/ISSUE_TEMPLATE/custom.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#67c0231b0ea83057a5f5c051eb28641a29af34a6" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
.github/ISSUE_TEMPLATE/feature_request.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fc1a47a75cc8dc593b20b5e840173df634b008a1" style="color: #1068bf;">
.hgtags
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f1424184a4551c33e485b3da4d54727a409deaf2" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
.sourcery.yaml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0834ae016f8fea5cff771880c0be1d55299732ff" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
CODE_OF_CONDUCT.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3f454a98e586d1aa0d322e19afd5e67e08f2d3c8" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
CONTRIBUTING.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8ec9a00bfd09b3190ac6b22251dbb1aa95a0579d" style="color: #1068bf;">
README.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4c23f3e77a0ef00cf8da63e8e50eef5197724f75" style="color: #1068bf;">
changelog.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1" style="color: #1068bf;">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#df0576cbb783bc50b36e1efa3cbe0564a26c8295" style="color: #1068bf;">
doc/conf.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5d07e7d72637aa0d59c89d381fe6dc4cf46e2491" style="color: #1068bf;">
pyproject.toml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#19359a61ae2446b51b549167b014da2fcf265768" style="color: #1068bf;">
requirements.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#080302dec7e3147b79d987dfec5d19c02228a1b7" style="color: #1068bf;">
src/cogent3/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8d931bbb6bbf295fb5d9274a290516ff599b1c99" style="color: #1068bf;">
src/cogent3/align/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d04312f49b684dc5774aa8fbbaab1afc119583b0" style="color: #1068bf;">
src/cogent3/align/align.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#959bab7469aa4524730c5a1d561de8bb52e8eaf5" style="color: #1068bf;">
src/cogent3/align/compare_numba.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#573642c86d515c6d01065bdefb98bc700a576900" style="color: #1068bf;">
src/cogent3/align/dp_calculation.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#66c0cddca2670b31fa0c9e66ee3997fd781e7e94" style="color: #1068bf;">
src/cogent3/align/indel_model.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#487d94ac831b125befda7468430757b217a3e23f" style="color: #1068bf;">
src/cogent3/align/indel_positions.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#df8101e7e91e9c2cb04f52a836717f1662134cdd" style="color: #1068bf;">
src/cogent3/align/pairwise.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#655beda0be4ef4308e277932a279af57c3e8b798" style="color: #1068bf;">
src/cogent3/align/pairwise_pogs_numba.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e780510cc7e53fc09fcf39506977d4959f1a468d" style="color: #1068bf;">
src/cogent3/align/pairwise_seqs_numba.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#688ae986f425ccd2199f057daf42c33ad399b528" style="color: #1068bf;">
src/cogent3/align/progressive.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3d1fde0d0a02d840212ddf747e88901c5c9838fb" style="color: #1068bf;">
src/cogent3/align/pycompare.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6cc8076bbdd675088cc4c48f2611fcf52907a790" style="color: #1068bf;">
src/cogent3/align/traceback.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ca5f6204ca1aa142626554096629313be023f0af" style="color: #1068bf;">
src/cogent3/app/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#35a7d87cc975b047f9d5e2214246d15eecc060a6" style="color: #1068bf;">
src/cogent3/app/align.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5d03b39ecf57db2ae9e8ec6c68aef3909d8d6a00" style="color: #1068bf;">
src/cogent3/app/composable.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#37c3d2190ff27796345dcbefe49942405e2bd62d" style="color: #1068bf;">
src/cogent3/app/data_store.py
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: 0.875rem;">The diff was not included because it is too large.</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #666;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-cogent/-/compare/9d9609904f8dc14e04a9c7286410f1bb307f79a1...55d3f2d01b5568707e61ba86ae57254c3e971475" style="color: #1068bf;">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org" style="color: #1068bf;">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link" style="color: #1068bf;">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link" style="color: #1068bf;">Help</a>



</p>
</div>
</body>
</html>