<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en">
<head>
<meta content="text/html; charset=US-ASCII" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: 0.875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Nilesh Patra pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/pychopper" style="color: #1068bf;">Debian Med / pychopper</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/pychopper/-/commit/4f6485e9be34596093f579f8c672872c91580fc2" style="color: #1068bf;">4f6485e9</a></strong>
<div>
<span> by Nilesh Patra </span> <i> at 2022-11-19T17:09:57+05:30 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>New upstream version 2.7.2</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/pychopper/-/commit/bae66802d4c82b11db475eed51dac0d8a6e7543a" style="color: #1068bf;">bae66802</a></strong>
<div>
<span> by Nilesh Patra </span> <i> at 2022-11-19T17:11:54+05:30 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Update upstream source from tag 'upstream/2.7.2'

Update to upstream version '2.7.2'
with Debian dir 034f69365fe7db306a9adb2d29ec47bf602e9b7c</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/pychopper/-/commit/0e618dff28dfcc02c60fa94be036f3e2497668fa" style="color: #1068bf;">0e618dff</a></strong>
<div>
<span> by Nilesh Patra </span> <i> at 2022-11-19T17:12:04+05:30 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Bump Standards-Version to 4.6.1 (no changes needed)
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/pychopper/-/commit/a3f2e4836b593416c3ebd69f0c5928f6c5b10fb3" style="color: #1068bf;">a3f2e483</a></strong>
<div>
<span> by Nilesh Patra </span> <i> at 2022-11-19T17:13:11+05:30 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Update fixTests.patch again
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/pychopper/-/commit/da49ef78e6973166e8c19261c61f44e2b86716ce" style="color: #1068bf;">da49ef78</a></strong>
<div>
<span> by Nilesh Patra </span> <i> at 2022-11-19T11:54:29+00:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>d/rules: Rename pychopper.py script post build
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/pychopper/-/commit/3c33ed3b1502f42bf892cace690fb9ec6ae23320" style="color: #1068bf;">3c33ed3b</a></strong>
<div>
<span> by Nilesh Patra </span> <i> at 2022-11-19T17:33:39+05:30 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Add custom d/clean and get rid of some custom removals in d/rules
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/pychopper/-/commit/102d30ced4cba6fb1c7ba77b9cca59453ca97651" style="color: #1068bf;">102d30ce</a></strong>
<div>
<span> by Nilesh Patra </span> <i> at 2022-11-19T12:25:47+00:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>d/rules: Run tests inside the custom for loop
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/pychopper/-/commit/6e679b189db8c916193f95be7e92ea749fa76551" style="color: #1068bf;">6e679b18</a></strong>
<div>
<span> by Nilesh Patra </span> <i> at 2022-11-19T15:05:43+00:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>d/rules: Get tests running
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/pychopper/-/commit/a9a617341a8832a7e6065baa515e38fd0fdf3df0" style="color: #1068bf;">a9a61734</a></strong>
<div>
<span> by Nilesh Patra </span> <i> at 2022-11-19T20:45:36+05:30 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Remove exec perm over PCS111_primers.fas
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/pychopper/-/commit/0f0f0b38fb158897b9b42b3826c09b691239fc78" style="color: #1068bf;">0f0f0b38</a></strong>
<div>
<span> by Nilesh Patra </span> <i> at 2022-11-19T20:51:00+05:30 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Prune .gitignore(s) post install
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/pychopper/-/commit/7e4c18525756fcabfa173019bd9ff4d653e35047" style="color: #1068bf;">7e4c1852</a></strong>
<div>
<span> by Nilesh Patra </span> <i> at 2022-11-19T20:51:33+05:30 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Check for supported versions in autopkgtests
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/pychopper/-/commit/2e7b4874947361883d5f5c6732c450c19678239a" style="color: #1068bf;">2e7b4874</a></strong>
<div>
<span> by Nilesh Patra </span> <i> at 2022-11-19T20:59:15+05:30 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Add python3-edlib to test-deps
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/pychopper/-/commit/5dfca39215069474f8cd0136a501875bd31c915b" style="color: #1068bf;">5dfca392</a></strong>
<div>
<span> by Nilesh Patra </span> <i> at 2022-11-19T21:07:48+05:30 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Upload to unstable
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
30 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#fd5da61396a8376845bee5cdf71aaf3c98a888ae" style="color: #1068bf;">
<span class="deleted-file">

.circleci/config.yml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5cc2925ca8258af241be7e5b0381edf30266302" style="color: #1068bf;">
.gitignore
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#587d266bb27a4dc3022bbed44dfa19849df3044c" style="color: #1068bf;">
.gitlab-ci.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ab09011fa121d0a2bb9fa4ca76094f2482b902b7" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
CHANGELOG.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#836efb6e25a091dcb4ff8e1dbb2f0be6a5cbf14c" style="color: #1068bf;">
Makefile
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3b769c746a66a971ea4f14d931fe922b22d65033" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
MakefileOld
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8ec9a00bfd09b3190ac6b22251dbb1aa95a0579d" style="color: #1068bf;">
README.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9d5bd85fc872fafbacbca672b339ed190d9de3cc" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
conda/meta.yaml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1" style="color: #1068bf;">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f5f51601866c86e59a004bd93fa415f5675be8c5" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
debian/clean
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2" style="color: #1068bf;">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5ed2b78a31077735f59465c1b69dcbf181908700" style="color: #1068bf;">
debian/patches/fixTests.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8756c63497c8dc39f7773438edf53b220c773f67" style="color: #1068bf;">
debian/rules
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#83223a554d33ba7e1888274ff8ac43adb8147ba0" style="color: #1068bf;">
debian/tests/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8c77cc51b09ef1f7b294222180bcdb53ebb70e2f" style="color: #1068bf;">
debian/tests/run-unit-test
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#406907622991cbd5242bc5a96b02364fc4a94a6e" style="color: #1068bf;">
evaluation/Makefile
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2cec3491099c881cd893f26ebf6a0fb08044c049" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
evaluation/data/SIRV_E0_pcs109_25k.fq.gz
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b526549e90061ff159b4e175e694e8f8503d1d14" style="color: #1068bf;">
pychopper/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d40ed666ffe3c0abd08a5e694461d02dd4e8836f" style="color: #1068bf;">
pychopper/chopper.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8804b6f3df47d9d04aa94109d5185217328dd6c8" style="color: #1068bf;">
pychopper/common_structures.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#93eed301f4e9adb1446ad583ca4fa6522b384ad9" style="color: #1068bf;">
pychopper/edlib_backend.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5c5a7cd65ec45e9b9b8bc1b064fd61fc5d1bd377" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
pychopper/primer_data/PCS111_primers.fas
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0413bd29f499fe64ec6c39792aa8c228bcf368d6" style="color: #1068bf;">
scripts/__init__.py

pychopper/scripts/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#182564489079f3ed9c960d6465baa2a9789b04bb" style="color: #1068bf;">
scripts/cdna_classifier.py

pychopper/scripts/pychopper.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#27fe32aea9a3401b9b37adf0cd850247d86d56cd" style="color: #1068bf;">
pychopper/seq_utils.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cfb8e464870b327f0e66fd4ac33f76ea3445c87d" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
pychopper/tests/data/PCS111_umi_test_reads.fastq.gz
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3eeca4aa6e3ca138b1ef1e79c854ae37913beabb" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
pychopper/tests/data/PCS111_umi_test_reads_expected.fastq
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d9beb2318e5256f64d93c9d1c828b1ef05ca4abf" style="color: #1068bf;">
<span class="deleted-file">

pychopper/tests/data/ref.fas
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e0918deb43e0876100e98abe169b1dc7ac4f3fe0" style="color: #1068bf;">
<span class="new-file">
+
pychopper/tests/data/ref.fas.gz
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1d9f019003023d90ee433b92322a918484a27148" style="color: #1068bf;">
<span class="deleted-file">

pychopper/tests/data/ref.fq
</span>
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: 0.875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #666;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/pychopper/-/compare/8c63460a93dc39f7251a9d73df7c7fff28017b13...5dfca39215069474f8cd0136a501875bd31c915b" style="color: #1068bf;">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org" style="color: #1068bf;">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link" style="color: #1068bf;">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link" style="color: #1068bf;">Help</a>



</p>
</div>
</body>
</html>