<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en">
<head>
<meta content="text/html; charset=US-ASCII" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: 0.875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur">Debian Med / augur</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur/-/commit/a2c4e2faf2f354426527a5740e6821badae1c168">a2c4e2fa</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2022-12-20T17:39:29+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>routine-update: New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur/-/commit/787886cf5d5c1e02901ba07de0ae39ac909e51e3">787886cf</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2022-12-20T17:39:30+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>New upstream version 19.2.0</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur/-/commit/6c429f79c54b4bf94fad7c0b6a9a6ae35679dad5">6c429f79</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2022-12-20T17:40:17+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Update upstream source from tag 'upstream/19.2.0'

Update to upstream version '19.2.0'
with Debian dir 2d439e4971fff5eaa8cb572ca2882de74e0d7a28</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur/-/commit/a8b0e41ae7374d6578e47f35085a71a75d38f21c">a8b0e41a</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2022-12-20T17:40:17+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>routine-update: Standards-Version: 4.6.2
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur/-/commit/3baf064c96c1053e504570696b7f68fb58d24397">3baf064c</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2022-12-20T17:44:46+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Build-Depends: python3-pyfastx
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur/-/commit/d5a54708fbdc1e825d920f9aa3fa75f4783eb2c6">d5a54708</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2022-12-20T17:50:56+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>(Build-)Depends: python3-zstandard
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
30 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#56d8f25ba935afb0dcf8e3343d57ad79897efb33">
<span class="new-file">
+
.github/workflows/sync-redirects.yaml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7facec255884dc55d3818e4dfbea89b1bdd7f49e">
CHANGES.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#69f17ab31be5979667265a94a4d0ec2749588bd4">
augur/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a1a05fb3eb681edc11e8c987f65967f416af0ee1">
augur/__version__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#14308b7fa230cf03ef0c857a80b8aa21ffa2550b">
augur/align.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#30a665ea1e4ac79f38beb7b999ab740582bdd252">
augur/export_v1.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7051dc1354d6bc0d4b68367cda18a5846f82adb6">
augur/export_v2.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1058ed03848375e3c1a8b82623654cb578984455">
augur/filter.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6f472ebe2f0cdadd2929544cafb4b0e1fb8a0290">
augur/frequencies.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#18618a0ff10132006e3f9aff6201bffa82f3d6a4">
augur/index.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2c0e8e80cc69382c40326b05bc7e76ca7fd787bb">
augur/io/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c1e4d09f11261aac0c34eaba71163e546ad1741a">
augur/io/metadata.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e692435be09f36b7d90dec26a0ba8545acc51e5c">
augur/mask.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#51a81f540a747f2ec07de2c70e6445ae9b8e206c">
augur/parse.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#104ddc27c2db78b040d33b5412a2de3d66f15177">
augur/refine.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8fe68be9db3907a4225b9cec4479db0ce65665e8">
augur/titer_model.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5d19d461d231a37a2d86e5a46a59608e1b69a0a1">
augur/titers.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#44b2d941b13286b286211f8840bf47c29fde3e65">
augur/traits.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d97e7eeaa6ddd2915e017aa51106e760b0ff3ebf">
augur/translate.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5aa84eddf9e5286c15160859a367e2b67129d7d8">
augur/tree.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0d0305472fcbc5cf656b5d71a25dfd30c8c8d131">
augur/utils.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3f4c1daa84110ac0a1cf43167520d6d8737bc806">
docs/Makefile
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2462d7b621036ebd636053035678f14d2cf45371">
<span class="deleted-file">

docs/api/api.rst
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1cd560246ede7472436f6613d48b750e8a2d8d07">
docs/api/augur.align.rst

docs/api/developer/augur.align.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6436ec54618de9554c7408e2f9165c06a1954767">
docs/api/augur.ancestral.rst

docs/api/developer/augur.ancestral.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ad9a8ed21f646148652626a3f76e2060f6d0fd73">
docs/api/augur.clades.rst

docs/api/developer/augur.clades.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9d08d3253c468dd1658ac67f20a61e188b8c8610">
docs/api/augur.io.rst

docs/api/developer/augur.dates.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#74c76a5c78a9af12e252b4b2f05bb82410b63d89">
docs/api/augur.distance.rst

docs/api/developer/augur.distance.rst
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: 0.875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #666;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur/-/compare/158948989f8079bc65d414d2cad8b06938593a5c...d5a54708fbdc1e825d920f9aa3fa75f4783eb2c6">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>



</p>
</div>
</body>
</html>