<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en">
<head>
<meta content="text/html; charset=US-ASCII" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: 0.875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/hyphy">Debian Med / hyphy</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/hyphy/-/commit/7631d8cdddee8bae17c8ca775d052f5445bc1621">7631d8cd</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-01-24T15:45:15+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>New upstream version 2.5.46+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/hyphy/-/commit/5aa99705387c0b6878c4473f84c0baea040d75f0">5aa99705</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-01-24T15:45:15+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>routine-update: New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/hyphy/-/commit/83fa63000e7da31af9758cb271a21f1ace4c4ba3">83fa6300</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-01-24T15:45:24+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Update upstream source from tag 'upstream/2.5.46+dfsg'

Update to upstream version '2.5.46+dfsg'
with Debian dir 2b542fdef41105e6fff1e8dfbe2f9000af6f99ea</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/hyphy/-/commit/7ed903cfaf104518ee880a943d74e71661dfedb8">7ed903cf</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-01-24T15:45:24+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>routine-update: Standards-Version: 4.6.2
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/hyphy/-/commit/9257dd8b1783f7830721038f54e99df7a6fc82ea">9257dd8b</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-01-24T15:49:49+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Refresh patches
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/hyphy/-/commit/c82e311f9dd23f1c2973e3844b59093a7815879c">c82e311f</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-01-24T15:56:06+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Upload to unstable
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
29 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#37c182e857c9d9bb0eb6218a00392ab9f8e4d264">
<span class="new-file">
+
.github/workflows/codeql.yml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9a2aa4db38d3115ed60da621e012c0efc0172aae">
CMakeLists.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#63c3307a25f0c1334b59e145f9fc809c05bbfa70">
debian/patches/rm_arch_specific_flags.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fae4045e7c53be7e233f4d504a872eab7bffa150">
debian/patches/set-zlib-after-setting-default-libs.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d185b62d54557160e7ddc743405a9cec66dcaa96">
debian/patches/use_debian_sqlite.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a7e30ec1caead140eb4cc7e2d47b97764ae3475e">
res/TemplateBatchFiles/CodonToProtein.bf
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1fdf1a1dd435e31170c3db4d153f0c2f92c88581">
res/TemplateBatchFiles/MSS-selector-2.bf
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0471440a9c90a004e27c37511b1f80d0cba41012">
res/TemplateBatchFiles/MSS-selector.bf
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4ed0809c2483f5150cdfd2c3bf07d212387406d0">
res/TemplateBatchFiles/SelectionAnalyses/BUSTED.bf
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#80cb7c212661a2afbd05c16dce9f84f45709578e">
res/TemplateBatchFiles/SelectionAnalyses/PRIME.bf
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#94156df91590185798157c724050369c6294262f">
res/TemplateBatchFiles/libv3/models/codon/BS_REL.bf
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#95a7c74b0e59bc9dc8d85b6ac4b02d308b4e09fb">
res/TemplateBatchFiles/libv3/models/codon/MG_REV.bf
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e8578acaed39aa42e302cfc6b43e09678d292e72">
res/TemplateBatchFiles/libv3/models/codon/MSS.bf
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0ad5f4d1790906a0091532d9ca355a6162bf3c31">
res/TemplateBatchFiles/libv3/models/model_functions.bf
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#801d4bca405dfccac3b1e451b211ca98bd00d599">
res/TemplateBatchFiles/libv3/models/parameters.bf
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5c5226a707906d461dd112286b111fe4809fac66">
res/TemplateBatchFiles/libv3/tasks/ancestral.bf
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3945e6db8feb0e4ed58719b69ff3d8485bc45e87">
res/TemplateBatchFiles/libv3/tasks/trees.bf
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#02cbcb76e8ce1aa3e72d55e6696cda20813d57b6">
src/core/batchlan.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cbedcf5fec686e5f563504b995c5d7d07fd8c6b2">
src/core/batchlanruntime.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#510613b42c8a7654f32b2e5cf38d6a8a88fad772">
src/core/calcnode.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7474aa77ff4fbb7ca8b12091ad6d5e459fdc18c6">
src/core/dataset.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a0fe81e4f5076dffb1bf945d1fc8f2b1bef8e630">
src/core/dataset_filter.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#07aceb8d215a75908cea626d9c80bc2a7c06639c">
src/core/global_things.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7277ab70f1a79733638d6141d1cb1d3f8b9c26c2">
src/core/include/likefunc.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0aac57334e127d66d9818be138193215c7262bbe">
src/core/include/matrix.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2a8dd324ded753b0b3c559ac3950a2881ccd7a93">
src/core/likefunc.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f56f32153875ab0b47e6f25f776693958c4d187b">
src/core/likefunc2.cpp
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: 0.875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #666;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/hyphy/-/compare/7d9b31bc836c2d89ba4457f14f95cd461e6d740c...c82e311f9dd23f1c2973e3844b59093a7815879c">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>



</p>
</div>
</body>
</html>