<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en">
<head>
<meta content="text/html; charset=US-ASCII" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: 0.875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur">Debian Med / augur</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur/-/commit/31efaafd8ab628d266ecf22fa9cee09eed3723cf">31efaafd</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-02-01T14:59:23+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>routine-update: New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur/-/commit/03ec96f645bf6f4ff0ac5f9798753d38de30b55a">03ec96f6</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-02-01T14:59:24+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>New upstream version 20.0.0</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur/-/commit/7113d056cd811ffe732a40dd45e34ab2a0d2f00b">7113d056</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-02-01T15:00:33+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Update upstream source from tag 'upstream/20.0.0'

Update to upstream version '20.0.0'
with Debian dir 9487c9c9ac4d723dc378422b98881b6e2e2fb333</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur/-/commit/2c2a831f03c880332cc11100266e87899f74aaa6">2c2a831f</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-02-01T15:09:48+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.8125rem; color: #303030; position: relative; font-family: "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fafafa; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dbdbdb;'>Upload to unstable
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
26 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#a91b1970808e533a5de67f93824231e12770a765">
.github/workflows/ci.yaml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7facec255884dc55d3818e4dfbea89b1bdd7f49e">
CHANGES.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a1a05fb3eb681edc11e8c987f65967f416af0ee1">
augur/__version__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#04217eb27db560e4b24906f711e0f5057658c818">
augur/dates.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#556a16db4c4f8132d22cb1ead75a60fd116b7f5f">
<span class="new-file">
+
augur/filter/__init__.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5c2dcec326ca242aabcf55f6878d55b20c35368">
<span class="new-file">
+
augur/filter/_run.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#457d59fed48d10a87e557ecaa12091afa6423c8c">
augur/filter.py

augur/filter/include_exclude_rules.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#64f652ea167fdf9718238aaa1361f3b89217863d">
<span class="new-file">
+
augur/filter/io.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2f398d4f40bea172fd4bcfdf5f27f9f63c9d3bf4">
<span class="new-file">
+
augur/filter/subsample.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2e8bb91a6cb762c8b8f19b539ce43cad0d664ce6">
<span class="new-file">
+
augur/filter/validate_arguments.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a2755cb286db6c4fda7886a509ef645586f42c72">
augur/frequency_estimators.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8fe68be9db3907a4225b9cec4479db0ce65665e8">
augur/titer_model.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5aa84eddf9e5286c15160859a367e2b67129d7d8">
augur/tree.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0d0305472fcbc5cf656b5d71a25dfd30c8c8d131">
augur/utils.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d5a575614a6fd572537feb99de7cdd1d23de367d">
<span class="new-file">
+
docs/api/developer/augur.filter._run.rst
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c1e5b71d843cd06b399c5d796ea64cf27f58c507">
<span class="new-file">
+
docs/api/developer/augur.filter.include_exclude_rules.rst
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0f6940ac65170cec679b9d22e055efedd95ae285">
<span class="new-file">
+
docs/api/developer/augur.filter.io.rst
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cec402bbe6312343fa2ba413b08a473ec8e247a1">
docs/api/developer/augur.filter.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#072332dba96d3638b30b32a9e363becb0e0c992d">
<span class="new-file">
+
docs/api/developer/augur.filter.subsample.rst
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2619293a7c4df2020bd5c18200fe5c3f072a12db">
<span class="new-file">
+
docs/api/developer/augur.filter.validate_arguments.rst
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#73cc809ba2916206462a7eb6005867f214a34fcc">
docs/contribute/DEV_DOCS.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8e2edce0d507e1297474f25c00cae94258db38d8">
setup.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6788c84297b185802f92db51db36c33eb731ecfe">
tests/builds/zika.t
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f54cd84f2653f24d60ff73af72ac24da1c75c845">
tests/builds/zika/auspice/zika_tip-frequencies.json
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#557ca4c734403cad3d276c66fbcf94e16f52dcd8">
tests/data/titer_model/h3n2_titers_subset.tsv
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: 0.875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #666;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/augur/-/compare/f9bc691b7e890e27c92fc2730dbd1141fcbce0d0...2c2a831f03c880332cc11100266e87899f74aaa6">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>



</p>
</div>
</body>
</html>