<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "Menlo"), DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=US-ASCII" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: 0.875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: var(--default-regular-font, -apple-system),BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px; font-family: var(--default-regular-font, -apple-system),BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Étienne Mollier pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython">Debian Med / python-biopython</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/commit/c18efe28a3a241087c38f3a9ffe0148a1b336023">c18efe28</a></strong>
<div>
<span> by Étienne Mollier </span> <i> at 2023-07-09T18:28:38+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.875rem; color: #333238; position: relative; font-family: var(--default-mono-font, "Menlo"),"DejaVu Sans Mono","Liberation Mono","Consolas","Ubuntu Mono","Courier New","andale mono","lucida console",monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>routine-update: New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/commit/72c970f0286a631ed42abb0e4f41baa0e29fc793">72c970f0</a></strong>
<div>
<span> by Étienne Mollier </span> <i> at 2023-07-09T18:28:39+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.875rem; color: #333238; position: relative; font-family: var(--default-mono-font, "Menlo"),"DejaVu Sans Mono","Liberation Mono","Consolas","Ubuntu Mono","Courier New","andale mono","lucida console",monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 1.81+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/commit/5f104be7933d4e3a831e9dbdd7eba9e65194bb00">5f104be7</a></strong>
<div>
<span> by Étienne Mollier </span> <i> at 2023-07-09T18:28:50+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.875rem; color: #333238; position: relative; font-family: var(--default-mono-font, "Menlo"),"DejaVu Sans Mono","Liberation Mono","Consolas","Ubuntu Mono","Courier New","andale mono","lucida console",monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/1.81+dfsg'

Update to upstream version '1.81+dfsg'
with Debian dir 7a48e221fad6109faec3c6243f19e4276e572dbf</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/commit/d70655f7b08852076f4308f5ed1f0d2191cf706a">d70655f7</a></strong>
<div>
<span> by Étienne Mollier </span> <i> at 2023-07-09T18:29:54+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.875rem; color: #333238; position: relative; font-family: var(--default-mono-font, "Menlo"),"DejaVu Sans Mono","Liberation Mono","Consolas","Ubuntu Mono","Courier New","andale mono","lucida console",monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>d/control: remove obsolete version constraint on dssp.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/commit/b64642258b6c1c4b650d8aac9570b4f9def8e435">b6464225</a></strong>
<div>
<span> by Étienne Mollier </span> <i> at 2023-07-09T18:30:30+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.875rem; color: #333238; position: relative; font-family: var(--default-mono-font, "Menlo"),"DejaVu Sans Mono","Liberation Mono","Consolas","Ubuntu Mono","Courier New","andale mono","lucida console",monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>numpy-1.24.patch: remove: applied upstream.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/commit/5f317f3a6e751f2dbbac5572d83efaa747ea0340">5f317f3a</a></strong>
<div>
<span> by Étienne Mollier </span> <i> at 2023-07-09T19:02:48+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.875rem; color: #333238; position: relative; font-family: var(--default-mono-font, "Menlo"),"DejaVu Sans Mono","Liberation Mono","Consolas","Ubuntu Mono","Courier New","andale mono","lucida console",monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>muscle3.patch: fix typo in patch description.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/commit/63cbd906f8cc7b9b4866bab800aa087af0d5d054">63cbd906</a></strong>
<div>
<span> by Étienne Mollier </span> <i> at 2023-07-09T20:17:45+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.875rem; color: #333238; position: relative; font-family: var(--default-mono-font, "Menlo"),"DejaVu Sans Mono","Liberation Mono","Consolas","Ubuntu Mono","Courier New","andale mono","lucida console",monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>remove-distutils-import.patch: add.

The occurrence to distutils.util doesn't look to be in use.  Lintian
flags its presence, so it might be better to just remove it.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/commit/b99f8b6cc460cd767124103aa9f46883c699d920">b99f8b6c</a></strong>
<div>
<span> by Étienne Mollier </span> <i> at 2023-07-09T20:22:08+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 0.875rem; color: #333238; position: relative; font-family: var(--default-mono-font, "Menlo"),"DejaVu Sans Mono","Liberation Mono","Consolas","Ubuntu Mono","Courier New","andale mono","lucida console",monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>ready to upload to experimental.
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
30 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#3ac517dad11a750eb4733a0cf5eb375d247f3116">
.flake8
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e7d14d429f898757a423156de0e8c49d75240694">
.pre-commit-config.yaml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b828f25c57e9442dfc9c7738d1dcb83de7e17c19">
Bio/Align/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d35d74bcb1ddcae7733e401b6740af8d05d4a482">
Bio/Align/_aligners.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f07b760cf65c66a17cccf1e629dc0d9612be67da">
Bio/Align/a2m.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7700d9bdb0dbe182bcec42478276eb561f19af1a">
Bio/Align/bed.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ca273793e6eea84b7f337443c74c9af38f9bb07f">
Bio/Align/bigbed.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#645fd02933f835bbf860a2c20e5f99b8d1c32b75">
Bio/Align/bigmaf.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a4a8251561ce7cfa6441158ec2fd3e56ca579934">
Bio/Align/bigpsl.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#80f4a8298bebb30899be197739f30b55c219806f">
Bio/Align/clustal.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#00cac24beb3fe8c9c0281aa7d3287f36c9756f7a">
Bio/Align/emboss.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b44bb7ef5c58ed224e9b4d4a9289fac5b6373d7e">
Bio/Align/exonerate.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#584ed8da823071b4c721163ad1ed33d811feea86">
Bio/Align/fasta.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a17703e71519f5f30586757161ada915803e852d">
Bio/Align/hhr.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1286ef1dde5185d548b8fe97aca7a01d2218c3ef">
Bio/Align/interfaces.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4797c427a5dd0813092d9c0ba86ebbcf3b318c9f">
Bio/Align/maf.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8218b01a48c79e7aa52f10ef24769afa478f5553">
Bio/Align/mauve.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#789c13e769c8e74c172b127e32c51bee9cdd5afb">
Bio/Align/msf.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d131f57e8754eb13119efdd035b90c8042abe1c0">
Bio/Align/nexus.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c987f6de53e5ef812ab75a794ddb0cd83537331d">
Bio/Align/phylip.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#830c23e958940e509296e0e076da971c487c3840">
Bio/Align/psl.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#02c2ffbb4b0a2ee936c7dff7118587e48d4e8474">
Bio/Align/sam.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e6b29e12716f90fb81ea7c661d87cdb419e18df2">
Bio/Align/stockholm.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c22da5d28f51ce9d051272fc5f89934950186b68">
Bio/Align/tabular.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dda0df19c3b99c3583b07105d98185d9131f6e26">
Bio/CAPS/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bc5b9fb83cae1429e32671b87a8dd23231e00954">
Bio/Data/PDBData.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#79972aa531b2b1cda2680cf9944c78a081be089b">
Bio/Data/SCOPData.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ccea494b7101405caefc5b120b268ec30c415c98">
<span class="new-file">
+
Bio/Entrez/DTDs/elink.dtd
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4cc4859cf39a31fcadd69b953c845db28f69222e">
<span class="new-file">
+
Bio/Entrez/DTDs/epost.dtd
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f36364a883a378a1ccfba383956cfcd872612e05">
<span class="new-file">
+
Bio/Entrez/DTDs/esummary_gene.dtd
</span>
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: 0.875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #737278;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/compare/95b72c445ba0b285d92afb89066c4f96cfec36e5...b99f8b6cc460cd767124103aa9f46883c699d920">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>



</p>
</div>
</body>
</html>