<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style="--code-editor-font: GitLab Mono, JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;">
<head>
<meta content="text/html; charset=US-ASCII" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: 0.875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans", -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans", -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs">Debian Med / macs</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/c2d808514fc5b230339bf523940dd48ca44abd28">c2d80851</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-11-10T15:11:49+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #333238; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>routine-update: New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/4001dbde0a0da012e7545343a66edad4ded874ca">4001dbde</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-11-10T15:11:55+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #333238; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 3.0.0~b3</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/657f5ed1f5583d7c90e2df603d4793f174f15fc6">657f5ed1</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-11-10T15:20:13+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #333238; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/3.0.0_b3'

Update to upstream version '3.0.0~b3'
with Debian dir fe490cf6a2cbae4152921ef80767ff1a97ec2532</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/1cb6de0b8378b6d0b17a185b7233262d0492e950">1cb6de0b</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-11-10T15:30:07+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #333238; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Refresh patches
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/133fc00ce3d3ad66c60f645d0572eee57e8060e6">133fc00c</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-11-10T15:35:42+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #333238; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>TODO: Needs new dependency: cykhash
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
30 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#05a721ebe3ba0754116825ed1359ff1785f4bbac">
<span class="new-file">
+
.dockerignore
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c3abc7b7fc93dc7d76eee7b78d9001deda58ff9f">
.github/workflows/build-and-test-MACS2-macos12.yml

.github/workflows/build-and-test-MACS3-macos12.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5fca4a277c7fe3039bd98932d6f4047be18d5b4b">
.github/workflows/build-and-test-MACS2-non-x64.yml

.github/workflows/build-and-test-MACS3-non-x64.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#117c01e3f0933c3b1e39f3ed43e4b2a5922e4e7c">
.github/workflows/build-and-test-MACS2-x64.yml

.github/workflows/build-and-test-MACS3-x64.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#06b0adb5510f0ca7d67f9e78c7c0a734ab166d4f">
<span class="new-file">
+
.github/workflows/publish-to-anaconda.yml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#915e264dc568ca58137c18d53ef0c3ef8c0e53e5">
.github/workflows/publish-to-pypi.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5cc2925ca8258af241be7e5b0381edf30266302">
.gitignore
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7445606fbf8f3683cd42bdc54b05d7a0bc2dfc44">
<span class="new-file">
+
.gitmodules
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3f454a98e586d1aa0d322e19afd5e67e08f2d3c8">
<span class="new-file">
+
CONTRIBUTING.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#00fe7828d56d7a3ee4030d6cea057cf13f50e70c">
ChangeLog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5bb877817bdccc739ba7e07cfa1a283b86d9518">
<span class="deleted-file">

DOCKER/Dockerfile
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d0b7b97bcebf6ec5d975c8ac5036bf7146eb0e75">
<span class="deleted-file">

DOCKER/Dockerfile-slim
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b1159b651816d4e1735843be522fdc9726cd0a5e">
<span class="deleted-file">

DOCKER/README.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0398ccd0f49298b10a3d76a47800d2ebecd49859">
LICENSE
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#48431da50d9dc27b278c0a288c2c5eb6e1bc5db1">
<span class="deleted-file">

MACS2/Constants.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8b11e95be19b68730276ffc1c46a2d45b623201c">
<span class="deleted-file">

MACS2/IO/CallPeakUnitPrecompiled.c
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f2659d574a283e473873f3a55468481faad98575">
<span class="deleted-file">

MACS2/Statistics.pyx
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fed0d840721af0c8a68624c04487de11af0c1213">
<span class="deleted-file">

MACS2/__init__.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#da69fc4fcf3d9694bba7ebaa40ad93888aa8d3a5">
<span class="deleted-file">

MACS2/diffpeak_cmd.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#32e77a7b1d7f4fab93dc681fe1ef4bc2f6b93b2d">
<span class="deleted-file">

MACS2/khash.pxd
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#95b32f18c092de2f1bad8deda675e7a8e41f6640">
MACS2/IO/__init__.py

MACS3/Commands/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c0710f2195de11308694e5056f0d9502733a44d0">
MACS2/bdgbroadcall_cmd.py

MACS3/Commands/bdgbroadcall_cmd.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d657735a7830ad75c81c998ae130a1c32abd3dee">
MACS2/bdgcmp_cmd.py

MACS3/Commands/bdgcmp_cmd.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0e39786dfdd90f5ed25d6da46ff63752ab07f85f">
MACS2/bdgdiff_cmd.py

MACS3/Commands/bdgdiff_cmd.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ef2e132ad0b99c2f7f2981614e5f46a8e00de35a">
MACS2/bdgopt_cmd.py

MACS3/Commands/bdgopt_cmd.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e68de698546fc7a1e1db62076e33c2aee34f9930">
MACS2/bdgpeakcall_cmd.py

MACS3/Commands/bdgpeakcall_cmd.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cdf4d6d6759ed2d1146516c6bde89d03b211bcd3">
MACS2/callpeak_cmd.py

MACS3/Commands/callpeak_cmd.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5773e4d824150ee61dd9895913733cbe375e6406">
<span class="new-file">
+
MACS3/Commands/callvar_cmd.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0f498649258646d2ac486db6156e263cf7104d37">
MACS2/cmbreps_cmd.py

MACS3/Commands/cmbreps_cmd.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c9744840fde6ae4512ff17e13d88159679c5b523">
<span class="new-file">
+
MACS3/Commands/diffpeak_cmd.py
</span>
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: 0.875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #737278;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/compare/c2322394cfdde39f892b51305027630148c136e4...133fc00ce3d3ad66c60f645d0572eee57e8060e6">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>



</p>
</div>
</body>
</html>