<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style="--code-editor-font: GitLab Mono, JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;">
<head>
<meta content="text/html; charset=US-ASCII" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: 0.875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans", -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans", -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto, "Noto Sans", Ubuntu, Cantarell, "Helvetica Neue", sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-skbio">Debian Med / python-skbio</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-skbio/-/commit/464f3960254e0bf080df1bbc8fa5e360474c81ea">464f3960</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-12-09T10:31:25+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #333238; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>routine-update: New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-skbio/-/commit/4bfe35e1e0f0dfacf6f8b3093a84f21e696c23f5">4bfe35e1</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-12-09T10:31:26+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #333238; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 0.5.9</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-skbio/-/commit/e4efa0dd978b5aedfc04bbd7dd436dcb21888ce9">e4efa0dd</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-12-09T10:31:34+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #333238; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/0.5.9'

Update to upstream version '0.5.9'
with Debian dir 93fd9afe4b48137c8b21ac421afee315ca761810</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-skbio/-/commit/74e1da4bdbb441c5914db7672604e18971cc917f">74e1da4b</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-12-09T10:31:44+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #333238; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>routine-update: Build-Depends: s/dh-python/dh-sequence-python3/
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-skbio/-/commit/af0b0190f368a14c0cf6736ddd7f83bb6bf18108">af0b0190</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-12-09T10:31:47+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #333238; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Remove patch numpy-1.24_32bit.patch that is missing from debian/patches/series.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: patch-file-present-but-not-mentioned-in-series
See-also: https://lintian.debian.org/tags/patch-file-present-but-not-mentioned-in-series.html
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-skbio/-/commit/9fe4df4d8d7c4da48f630264c7618aa42a3774d6">9fe4df4d</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-12-09T10:31:51+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #333238; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Set upstream metadata fields: Bug-Database, Bug-Submit, Repository, Repository-Browse.

Changes-By: lintian-brush
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-skbio/-/commit/ca4018bb253d8c67f0bd259218734d3991fc6045">ca4018bb</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-12-09T11:06:12+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #333238; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Refresh patches
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-skbio/-/commit/e29fd2001e35bccacaf63ddf56ae452f7becca3b">e29fd200</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-12-09T11:06:43+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #333238; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix broken formatting from lintian-brush
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-skbio/-/commit/e0d98b5376728c4f57b1aca5747192b4f9a01a1f">e0d98b53</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2023-12-09T11:34:42+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #333238; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Revert brocken lintian-brush change
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
29 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#ae5630a05ddad4894e9282007ac11985393a696f">
<span class="new-file">
+
.github/CONTRIBUTING.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b8baf23d7ed7f2b79b86aeb041867428fb196428">
<span class="new-file">
+
.github/PULL_REQUEST_TEMPLATE.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#899ce9c202bf7bb5480e72836c3edc773c9c4244">
<span class="new-file">
+
.github/workflows/ci.yml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#16911b9809e0d05b7b124ba8453fa5303d74924c">
<span class="new-file">
+
.github/workflows/release.yml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ab09011fa121d0a2bb9fa4ca76094f2482b902b7">
CHANGELOG.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#561b88e19de321ca62c7590bbb350765fb110905">
README.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e3d47b767a2a33578c7c57c1cdcc5579c0e84346">
ci/aarch64.conda_requirements.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bf054b5dcafe76150d61bd77b80dd5f78820f29b">
ci/conda_requirements.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bed33211feee1f443bc744266386c2389e9a8cb5">
debian/patches/local_inventory
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#81e898ee86f2a32cb88eaf7abc3fd38c2c73d5c8">
debian/patches/numpy-1.24.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3967d5cdc25cda15f6594ac30709627c2256b5bc">
<span class="deleted-file">

debian/patches/numpy-1.24_32bit.patch
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8756c63497c8dc39f7773438edf53b220c773f67">
debian/rules
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f5606a935d95a2f20059a7ac1136f47b2edadbf6">
debian/upstream/metadata
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9d4e8ab62832d7b298261aae1fe1123d28783525">
doc/source/conf.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5d07e7d72637aa0d59c89d381fe6dc4cf46e2491">
pyproject.toml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8e2edce0d507e1297474f25c00cae94258db38d8">
setup.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c001296a0138b056369709479a946e85e518a97e">
simde-sse2.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4f527af5768c903b0fd5e66c83e25933c74fb224">
skbio/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bdce27dc2d154b467d6ae16abba8cff115fbd0e0">
<span class="new-file">
+
skbio/alignment/_ssw_wrapper.c
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4b8f25d7e90c18b3849cf51ecec75b5240a06659">
skbio/alignment/_ssw_wrapper.pyx
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#10d37eaa44d3a7e234622ccb3a5fe32ed591ab8b">
skbio/alignment/_tabular_msa.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d11922c1fb8e5feb744d571ca8b90606d6c55a98">
skbio/alignment/tests/test_tabular_msa.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#19db93cfeb843ccbe6cb41dbc2cc17abe12c3819">
skbio/diversity/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8d7691a7f5ff44b4e67700913419d15c99acc811">
<span class="new-file">
+
skbio/diversity/_phylogenetic.c
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3e5f63b7918f3bb4de8adb32c060247360398ba2">
skbio/diversity/alpha/_gini.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#54cb2d0ca1c49db457807173f80dba3a08ccb6eb">
skbio/diversity/alpha/tests/test_gini.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f55ab9df9e60e76cb53fc273f962906fdda4d4d5">
skbio/io/_iosources.py
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: 0.875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #737278;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-skbio/-/compare/88adc7cb5a9f1c6561b2c40f8a3ce36ebd705b90...e0d98b5376728c4f57b1aca5747192b4f9a01a1f">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>



</p>
</div>
</body>
</html>