<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=US-ASCII" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: 0.875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: var(--default-regular-font, "GitLab Sans"),-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,0.01) 0 0 1px; font-family: var(--default-regular-font, "GitLab Sans"),-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Étienne Mollier pushed to branch upstream at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/samtools">Debian Med / samtools</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: bold;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/samtools/-/commit/73082b5feb563379442ff710c06cb5c8dc26c678">73082b5f</a></strong>
<div>
<span> by Étienne Mollier </span> <i> at 2023-12-15T16:06:55+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #333238; position: relative; font-family: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"),"JetBrains Mono","Menlo","DejaVu Sans Mono","Liberation Mono","Consolas","Ubuntu Mono","Courier New","andale mono","lucida console",monospace; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 1.19</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
30 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#8e91c39ea457744ee86e8378b154b7f3bb28e325">
NEWS

NEWS.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#69e27356ef629022720d868ab0c0e3394775b6c1">
README
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b87c2f698442cf217a3e1f210a9a32243d57e645">
bam_cat.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#89a03e702f4bc3e36cdfde2781a3be558535682e">
bam_markdup.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a933ca350aef7d0983a7c7029f2ef5b529f89ea5">
bam_plcmd.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4554809383bbbc3e2470c76b4bfd91881ede7125">
bam_sort.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b80f6d653474c3fd4413bdefffae9a6c73c046af">
bam_split.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bfc81e0a1121ab31c44ab8a041c8b63aa4167e0f">
bamtk.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ae4043bcca5a1bddf81eaec9e023257d15a2015d">
coverage.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#131ea2eda9731473dd1cf610feea1c836c24ccb2">
doc/samtools-addreplacerg.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#890899d7ef7d59def631cb6b62d724f647d1ea35">
doc/samtools-ampliconclip.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e841393fcf15d28d19530298ba64d7d1868506d2">
doc/samtools-ampliconstats.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4b8c2f7ba6fa197665c9cf755ac0e7c47ef7db6b">
doc/samtools-bedcov.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4c3d326fc8bbbf65887e3e6426ea12174df3531c">
doc/samtools-calmd.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#33e2c5090c4952098ad28f0641247e1e9769750d">
doc/samtools-cat.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d9f205daf2940bd82b3b37a703ddf89bbb14dd51">
doc/samtools-collate.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3ab3be1ab74b4148fadb62c3fd12d639ee398b07">
doc/samtools-consensus.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#264b9241d88d427e876a36aa185da92c181115c3">
doc/samtools-coverage.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#23d0ec5afec54990b27e54d05770d702a238ac9a">
doc/samtools-cram-size.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#31bffc3927893d7eac31c1fa42c32a311ecba796">
doc/samtools-depad.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8eed3f89ac995d831744524ed3ea1b302880d5df">
doc/samtools-depth.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2d60f719774cde5b2475cbc986ef29ffa735ad59">
doc/samtools-dict.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6e46a7f11a5c3bc2f9aded91069080e9b7d2e266">
doc/samtools-faidx.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#90358bf19647b6a4a25d1eb84ca4b61fb12b73af">
doc/samtools-fasta.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fb7b74c5dc5969b44ed34f9a2b0db12cff5dc0ed">
doc/samtools-fixmate.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f5946e2da02319fe6c36a84c1cba2fb24298f8b3">
doc/samtools-flags.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8267cea237de564159a8c5ae76d4beaaa2aead01">
doc/samtools-flagstat.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ab37b8a9bc2e4da475220219c6344aecab5de90c">
doc/samtools-fqidx.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#33a708f60b865fe3548f4dc34eed1778b0b5edfc">
doc/samtools-head.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d7d31f3783207250e006e00e43e4b47d7c56f14c">
doc/samtools-idxstats.1
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: 0.875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #737278;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/samtools/-/commit/73082b5feb563379442ff710c06cb5c8dc26c678">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<script type="application/ld+json">{"@context":"http://schema.org","@type":"EmailMessage","action":{"@type":"ViewAction","name":"View Commit","url":"https://salsa.debian.org/med-team/samtools/-/commit/73082b5feb563379442ff710c06cb5c8dc26c678"}}</script>


</p>
</div>
</body>
</html>