<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Aaron M. Ucko pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-entrez-direct">Debian Med / ncbi-entrez-direct</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-entrez-direct/-/commit/18ae420437d125cd4c4f4fabbb8d4625dfa780fc">18ae4204</a></strong>
<div>
<span> by Aaron M. Ucko </span> <i> at 2025-05-01T23:00:11-04:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 23.8.20250429+dfsg
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-entrez-direct/-/commit/48271b21191ea0b246c3ef17cac5feafce6b32db">48271b21</a></strong>
<div>
<span> by Aaron M. Ucko </span> <i> at 2025-05-18T22:19:05-04:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 23.9.20250512+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-entrez-direct/-/commit/708ecd27c6ed2cc1c7f783b61bc912cfdcc177e6">708ecd27</a></strong>
<div>
<span> by Aaron M. Ucko </span> <i> at 2025-05-18T22:22:04-04:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Merge tag 'upstream/23.9.20250512+dfsg'

Upstream version 23.9.20250512(+dfsg).
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-entrez-direct/-/commit/a2bef7972e4d04bf0e33d17d81040eb00aebfc39">a2bef797</a></strong>
<div>
<span> by Aaron M. Ucko </span> <i> at 2025-05-18T22:25:18-04:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 23.9.20250518+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-entrez-direct/-/commit/ef3a430c132400ea0a822450a316480255be1486">ef3a430c</a></strong>
<div>
<span> by Aaron M. Ucko </span> <i> at 2025-05-18T22:25:48-04:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Merge tag 'upstream/23.9.20250518+dfsg'

Upstream version 23.9.20250518(+dfsg).
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-entrez-direct/-/commit/8533ada9ce7d239408f8037ada1008c0bee4a2f6">8533ada9</a></strong>
<div>
<span> by Aaron M. Ucko </span> <i> at 2025-05-23T15:04:55-04:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 23.9.20250520+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-entrez-direct/-/commit/c94e203ea30cd0f76699a17bf79db5ba0f30cb02">c94e203e</a></strong>
<div>
<span> by Aaron M. Ucko </span> <i> at 2025-05-23T15:05:52-04:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Merge tag 'upstream/23.9.20250520+dfsg'

Upstream version 23.9.20250520(+dfsg).
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-entrez-direct/-/commit/7c5fb8e0b0a90b3ba0ca0406ab6d1177ee2696a2">7c5fb8e0</a></strong>
<div>
<span> by Aaron M. Ucko </span> <i> at 2025-05-23T15:06:37-04:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 24.0.20250522+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-entrez-direct/-/commit/7e9ef64302710f1a8c36b76f76e9b5eeec255f99">7e9ef643</a></strong>
<div>
<span> by Aaron M. Ucko </span> <i> at 2025-05-23T15:07:11-04:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Merge tag 'upstream/24.0.20250522+dfsg'

Upstream version 24.0.20250522(+dfsg).
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-entrez-direct/-/commit/a382716c0a4a0ba75bea3fe9973df25222bedbe8">a382716c</a></strong>
<div>
<span> by Aaron M. Ucko </span> <i> at 2025-05-23T15:34:36-04:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Make *.ini available in /etc/ncbi and (indirectly) /u/s/n-e-d.

* debian/install: Install *.ini to /etc/ncbi.
* debian/links: Symlink them into /usr/lib/ncbi-entrez-direct.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-entrez-direct/-/commit/fc5c88a3f23ccba9940b26de65cf84229d864487">fc5c88a3</a></strong>
<div>
<span> by Aaron M. Ucko </span> <i> at 2025-05-23T15:43:03-04:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>debian/rules: Pull out previously missed [EX]COMMON_SCRIPTS.

Move ecollect to ECOMMON_SCRIPTS and cit2pmid, pm-clean, pm-prepare,
and pm-setup to XCOMMON_SCRIPTS, in all cases from AS_IS_SCRIPTS, so
they know to look in /usr/lib/ncbi-entrez-direct as needed, at minimum
for [ex]common.sh.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-entrez-direct/-/commit/08f679c67d79eb9568a05db088fcb7c5d262ed3b">08f679c6</a></strong>
<div>
<span> by Aaron M. Ucko </span> <i> at 2025-05-25T21:55:17-04:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 24.0.20250523+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-entrez-direct/-/commit/5b160b691cfac3d898e70e4de7d62c6f806dd8c7">5b160b69</a></strong>
<div>
<span> by Aaron M. Ucko </span> <i> at 2025-05-25T21:55:47-04:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Merge tag 'upstream/24.0.20250523+dfsg'

Upstream version 24.0.20250523(+dfsg).
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-entrez-direct/-/commit/ef863917d0d2c37a785f49fc0d30fb90bb515fcd">ef863917</a></strong>
<div>
<span> by Aaron M. Ucko </span> <i> at 2025-05-26T11:55:02-04:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Bring manpages back up to date and install them again.

* Substitute EDIRECT_LOCAL_ARCHIVE for EDIRECT_LOCAL_MASTER.
* Update and symmetrize SEE ALSO, bypassing csv2xml's aliases.
* Various minor copy-editing; in particular, always escape - as needed.
* archive-{nihocc,nlmnlp,nmcds,pids}.1: New since last overall update
  (for 20.4.20230911[+dfsg]).
* archive-pmc.1: Add (-)download, (-)verify, (-)missing, (-)stem(med),
  (-)scrap, (-)erase, (-)zap, and -info; drop -path and -temp/-work(ing)
  (already absent from SYNOPSIS); update (-)scour's scope.
* archive-pubmed.1: Add (-)download, (-)verify, (-)missing, (-)scrap,
  (-)erase), (-)zap, and -info; drop (-)pma2pme/(-)asn([.]1),
  (-)stem(med), (-)biocoll/(-)extras/(-)bioconcepts/(-)generifs, and
  (-)nihocc; update (-)scour's scope.
* archive-taxonomy.1: Add (-)scour, (-)erase, (-)zap, and -info; drop
  -setup.
* {args2slice,bsmp2info}.1: New since last overall update.
* cit2pmid.1: Refer to new xsearch -exact rather than old phrase-search.
* csv2xml.1: Add fsa2xml (transmute -f2x) and toml2xml (transmute -m2x);
  move yaml2xml down for correct alphabetical ordering.
* {download-flatfile,ecollect}.1: New since last overall update.
* efetch.1 (-mode): Add binary; substitute asn for asn.1.
* elink.1: Add -command uid.
* esample.1: Add -gff.
* fetch-*.1: Delete (command gone upstream since last overall update).
* {filter-{genbank,record},fsa2xml,gbf2{facds,fsa,info,tbl},gff-sort,
  gff2xml}.1: New since last overall update.
* gm2segs.1: Note that -1-based is default.
* index-extras.1: Delete (command gone upstream since last overall update).
* join-into-groups-of.1: There's now a default group size, namely 10,000.
* {jsonl2xml,just-top-hits}.1: New since last overall update.
* nquire.1: Add -datasets (https://api.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/v2alpha).
* pair-at-a-time.1: New since last overall update.
* phrase-search.1: Delete (command gone upstream since last overall update).
* pm-clean.1: New since last overall update.
* pm-prepare.1: Take -db rather than explicit directory names; note
  broadened scope.
* pm-setup.1: New since last overall update.
* {print-missing-subranges,quote-grouped-elements,refseq-nm-cds,
  sort-by-length}.1: New since last overall update.
* stream-pubmed.1: Delete (command gone upstream since last overall update).
* systematic-mutations.1: New since last overall update.
* theme-aliases.1: Delete (command gone upstream since last overall update).
* transmute.1:
  - Add -f2p, -m2x (toml2xml), -txf (filter-record), -f2x (fsa2xml), and
    -gbf (filter-genbank), all under Data Conversion except -f2p
    (under Pretty-Printing).
  - Under -align (Pretty-Printing), add -a w.
  - Under -extract (Sequence Editing), note that -1-based and -0-based
    are mutually exclusive and consistently list all subarguments or
    none as appropriate.
  - Under -cds2prot (Sequence Processing), add -all (as an alternative
    to -frame), -between, -circular, -orf, and -max, and rename -code
    to -gcode.
  - Under -molwt (Sequence Processing), add -fmet as an alternative to
    -met.
* {xfetch,xfilter,xinfo,xlink,xsearch}.1: New since last overall update.
* xtract.1:
  - Add -mimics, -excludes, and -consists-of (String Constraints);
    FASTA Parsable Fields (-bkt); -even and -odd (Element Selection);
    -geo, -hrm, -rms, -sqt, -lge, -lg2, and -log (Numeric [Integer]
    Processing, with a newly clarified title); -split and -pentamers
    (Text Processing); -accession and -numeric (Citation Functions);
    -cds2prot (Nucleotide Processing, split from Sequence Processing);
    -molwt-m/-f and -pept (Protein Processing, likewise split); and
    -insdx (Command Generator).
  - Drop -e2index (Entrez Indexing).
  - Include -revcomp, -nucleic, and -ncbi{2,4}na in split-out
    Nucleotide Processing and -molwt in split-out Protein Processing.
* debian/manpages: Rename back from manpages.disabled.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-entrez-direct/-/commit/c627bfbbb1ce6d7958f078d2820c1b30d92f12c3">c627bfbb</a></strong>
<div>
<span> by Aaron M. Ucko </span> <i> at 2025-05-26T11:58:00-04:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Finalize ncbi-entrez-direct 24.0.20250523+dfsg-1 for unstable.

Note that as with 19.0.20230216(+dfsg), the nominal major version bump
isn't as meaningful as it might appear.
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
131 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#69e27356ef629022720d868ab0c0e3394775b6c1">
README
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#570e862c711674715d5f63bc785ce0d3e6d0d4e5">
archive-pids
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#25b9ca839579ae2dd69b563a08b19e998b4edc9e">
archive-pmc
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5f1b2719eaeaeb49bcc6004c5e3f62c796fca4df">
archive-pubmed
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#99946bbc7908d12e6215a1145e3f0ec90b2b267e">
cmd/go.mod
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9236ba242b0eb4f8057764f774b6cfcbf688687c">
cmd/go.sum
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2f772a85195fb503f6e6031c9af85d7e1775f1b3">
cmd/rchive.go
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#40f17983c8905f804cf419e1fb8ec3b0835a571d">
cmd/transmute.go
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#424a258c065032b0b3a309590826b83757413ced">
cmd/xtract.go
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#68d8c5c6babbf5cf109b2584c454449dbff75772">
debian/install
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8349ebd0c596ef9478eb284b6a482b10861b7531">
<span class="new-file">
+
debian/links
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#435c6c90f7a57930a46cb7262342e96184a23f0f">
debian/man/accn-at-a-time.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#adb7fa18d2acdece175d2ed7b6fdb101b86e6763">
debian/man/align-columns.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4411a9efd2d3d118c7dec693dd8770beee1ecc1e">
<span class="new-file">
+
debian/man/archive-nihocc.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d8afd71a481bee247af6c693874e499b73e3f5a4">
<span class="new-file">
+
debian/man/archive-nlmnlp.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4a4458ba692da422d0242ca552a9195d05e0a050">
<span class="new-file">
+
debian/man/archive-nmcds.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#73f00bb4ac31e39d9c12bd3bceb4a4f9feff2961">
<span class="new-file">
+
debian/man/archive-pids.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9162e110592c48cfdcf96d9b5de0a5cd56aec67e">
debian/man/archive-pmc.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1069409e4adcef3aa1e78aab2e9645ad5ace4c54">
debian/man/archive-pubmed.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3b3fe70591000ec0520fdbf82fd5fa99df5e5fe0">
debian/man/archive-taxonomy.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#645b6b3d39e9ca344944ffd7e93628f7dcf3d790">
<span class="new-file">
+
debian/man/args2slice.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a66c2a75cbcf002465d5d54f2f1e035628a188b6">
debian/man/asn2ref.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4fa24470f33e02415bdf0c586b5b19790418460f">
debian/man/between-two-genes.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#89090796a940dbed0a100a8c808330945a5af2f7">
<span class="new-file">
+
debian/man/bsmp2info.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3a8b29982bf34bf3a278ef21f670df89b82b6b27">
debian/man/cit2pmid.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4c7b31eef877fbb93ce2e1dbb4d848841bcd892b">
debian/man/combine-uid-lists.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#221ed5a2afae706d0ae700b9c680764afdfac1dd">
debian/man/csv2xml.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dd1853f71e9075fbade5884c924361e858a39680">
debian/man/custom-index.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7394143027974c7907b5cbb52468be7025b3f86e">
debian/man/difference-uid-lists.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5be935bfc3083de04ff5896eabc8775f305a6869">
debian/man/disambiguate-nucleotides.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6e5c266540b0522c9aed1afa932d9fdd5a661ea2">
<span class="new-file">
+
debian/man/download-flatfile.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0d0a41c55a60d15f26c5a3fca73b899f3eec7a5b">
debian/man/download-ncbi-data.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ec9a4eaac6bb2cc13aaa082bb5b45bf9a0999036">
debian/man/download-pmc.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ef94bb83661203a1ef8f3cc89904bd2cc9b21cd5">
debian/man/download-pubmed.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b94865cf91974de90d1a2c2bb9ecb0454525d378">
debian/man/download-sequence.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9f9b920f911f4ee0fa484795ff0a381502816028">
debian/man/ds2pme.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#67867294bf0418d3db733462e7a5dfbef5979a3e">
<span class="new-file">
+
debian/man/ecollect.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#328c7f34f37d4a6dd629b74c2e1b46dd85e7ac34">
debian/man/edict.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#70c9431e40b6a76de4408359471875da0caa1e6f">
debian/man/efetch.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f4056df951db8b22219b9f3e03f38d218bc6f407">
debian/man/efetch.ncbi.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fbb2dec58c54b6eaa486cdb89fc56bbe5f220e30">
debian/man/efilter.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#52a0fdbe8d603aa709a003a4c4dd131c84556fce">
debian/man/einfo.ncbi.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5d7cbf1438498bd5cbb95095d12c0d883b6b02b2">
debian/man/elink.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c570c7ea4cdc5daf3aecbab418b8e6f73534b1a9">
debian/man/epost.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#afa6e53aacd6ef993cbc1a86b41cfb0eecfca064">
debian/man/esample.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#40aa9666c26a1c35f0b79326e8b20308563c0dba">
debian/man/esearch.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b92c1fde7c5a80813ae950c45212ce9bfabf9e13">
debian/man/esummary.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9779eb9cb15fb2aeed99788a1ef5789f3fa10ae5">
debian/man/exclude-uid-lists.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3c7188080486ccd9349b952224eada832195e90c">
debian/man/expand-current.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#05400e74e2b12512e23bc656e9365f45c836fda7">
<span class="deleted-file">

debian/man/fetch-local.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4d92921ec737b2a001a66812f8e106c735c7d1e3">
<span class="deleted-file">

debian/man/fetch-pmc.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8b1a795f7bf1b2bdd24f88c4a298b69b57904a20">
<span class="deleted-file">

debian/man/fetch-pubmed.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5f5831c903c72825a57d5cc3242694528109f5f2">
<span class="deleted-file">

debian/man/fetch-taxonomy.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6ad07895d8fbd3afcd36d1a1d19648ff85ddb768">
debian/man/filter-columns.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9add3658298b21e803786630c934b4ccb5959097">
<span class="new-file">
+
debian/man/filter-genbank.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8af46281e436259c4d5bdad554e1bfe946aec955">
<span class="new-file">
+
debian/man/filter-record.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b41e69d6645d1b5a9f4ed6ff8fe482199a350b3f">
debian/man/filter-stop-words.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a6f1353752cdcaec55b30c8a77fa29ee8f8fad07">
<span class="new-file">
+
debian/man/fsa2xml.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#30b9810d30bb87b12fc3f737dcad73b050391027">
<span class="new-file">
+
debian/man/gbf2facds.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#19d6338d1627f74e7b462d7eb21c3a3a928dbc5d">
<span class="new-file">
+
debian/man/gbf2fsa.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a1118da48f88e3cfddabc8ba7f82123388ca89ac">
<span class="new-file">
+
debian/man/gbf2info.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c8db88a7847d48b1ee2046a576f7fdf1730a597f">
<span class="new-file">
+
debian/man/gbf2tbl.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1f96a9ab1ec765cec84085569cfb608102a49031">
debian/man/gene2range.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#32eac6c2a3b6dba0fca1c7165c56d2e1b4b4f24d">
<span class="new-file">
+
debian/man/gff-sort.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c6cdedfc441eefaacac1768d8b79dd9c90c16516">
<span class="new-file">
+
debian/man/gff2xml.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f679b376668e77887bf463e03738bdbd818e9f5f">
debian/man/gm2segs.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#37b2af46d51c635607072b2837e4b39711207fb8">
<span class="deleted-file">

debian/man/index-extras.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#43492b0b60cf153e15a4bb2f7450cf4115c15a04">
debian/man/intersect-uid-lists.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#24cedd5abb1a23b3b1be4d453a792dc2d86a3841">
debian/man/join-into-groups-of.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#263b97e137817910a6bd2569af4dfc576abf54fa">
<span class="new-file">
+
debian/man/jsonl2xml.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#339a95610b018b99ce9fb8144951995ab3baa2a7">
<span class="new-file">
+
debian/man/just-top-hits.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f66b2f258243857b3a8567d328ade1df1cc5db3a">
debian/man/nquire.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4793d30a7a7ec12673567259c0deaaebadb9be93">
<span class="new-file">
+
debian/man/pair-at-a-time.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7fc851650ee93f8911de7506693097948008302e">
<span class="deleted-file">

debian/man/phrase-search.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#46be7bb181ef39414d43f19b7d8df58d44389e76">
<span class="new-file">
+
debian/man/pm-clean.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1c0906822bc2a9bef177f7b7b6370931ec36c0f0">
debian/man/pm-prepare.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#686191c46cc92eb0a2100415471d2d93aa2f634b">
debian/man/pm-refresh.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c65ba8467a2e68dea84901bb291d0cb419c3d9eb">
<span class="new-file">
+
debian/man/pm-setup.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2dc2976d1dee1348432876448960365b54a6d822">
debian/man/pma2apa.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4011d1a6fef0abe4dcf8309835ef8241604316a2">
debian/man/pma2pme.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f9ee8d3a8376fed0c6abef544daedc5a4dbbb63b">
debian/man/pmc2bioc.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#26c7f8be7cafa98b6c9507129e70a399650ef181">
debian/man/pmc2info.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#496027fb98250399486b2e36ab74169fce1f6683">
debian/man/print-columns.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#49ff0a8cbca468a7499024fe71626dbb76c37108">
<span class="new-file">
+
debian/man/print-missing-subranges.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#71fc55e33661f9cdfee8248a80f48a7fd910ddf8">
<span class="new-file">
+
debian/man/quote-grouped-elements.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#698bd412ea54dca22fa95b0ae932f4767c725b3c">
debian/man/rchive.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#664da465672ee4c8c6aeb794841d060aa2c08f2a">
debian/man/ref2pmid.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#aee434f21ddc93dde40afe7d8e8f65d397d4ad56">
<span class="new-file">
+
debian/man/refseq-nm-cds.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9bb6cbb9bf301d3b8ab9d7b6d4460d7a3904734d">
debian/man/reorder-columns.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#26f7bb93300de9e042d69e0a9ed4adb8ef28f85f">
debian/man/snp2tbl.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5fdc05a01f87691094e9946d5673b8e45f7680fd">
<span class="new-file">
+
debian/man/sort-by-length.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#abd6a89fe059274c4f01b8e348a435b3a895643a">
debian/man/sort-table.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d82c882e086289a8c5d763dc983f9ca4abcc950b">
debian/man/sort-uniq-count-rank.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3c7bbbf6b010ffcb570f7e9d7b983ca0b77bb29d">
debian/man/sort-uniq-count.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bb2539675d8f4ebcb65966587d7d34271965e322">
debian/man/spdi2tbl.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6b6f484be1a1f2d765f17470e64e37b285d1c961">
<span class="deleted-file">

debian/man/stream-pubmed.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a47d9ea5abb1c4ad8f5e5c808fb500df5f07f616">
<span class="new-file">
+
debian/man/systematic-mutations.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8537f663d1d319372ecda0b8bed814f6821a84c2">
<span class="deleted-file">

debian/man/theme-aliases.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e49162a15ac33ba88a04e53b8fdc162601186481">
debian/man/transmute.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#61aeb85ef3edebbe8cec31b3a3047ead36dfe30e">
debian/man/uniq-table.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#901074985b5da08faf926f9ed91a406c2d4f2b57">
debian/man/word-at-a-time.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cbe546495327c000532b55cb2d2bbd590e92d313">
<span class="new-file">
+
debian/man/xfetch.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#06a1d2cb6fc47825d9f0b70d07815a1419ca7601">
<span class="new-file">
+
debian/man/xfilter.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3c299360dca3b99fcd825dc8e46e95c698d8586e">
<span class="new-file">
+
debian/man/xinfo.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8ae037470903fa68e123ca4a0f5b6c3d8249de73">
<span class="new-file">
+
debian/man/xlink.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b55d664e19e39c74bccb0af211eac46e53370b98">
debian/man/xml2fsa.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2d9a82d9e3c42b70d6c3fb9d1284dc73a511dcd3">
debian/man/xml2tbl.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fe474e8cc2ee0395c58c79366b280fb0b0f42be0">
<span class="new-file">
+
debian/man/xsearch.1
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c60765c1b932f4071ad43fe9aed248d0db4baa61">
debian/man/xtract.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6b61c4aa6d6ad236cf13c61e4f7fc41c6628ab8d">
debian/man/xy-plot.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#68e0b13744e158347bfd74ebaaca667435f07d14">
debian/manpages.disabled

debian/manpages
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8756c63497c8dc39f7773438edf53b220c773f67">
debian/rules
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#546ec4d28ff21f5987364bea47f5f9aa843b6d85">
ecommon.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7089ac196cd936d06fa2abbca64b9ed09d4a5b42">
efetch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6905e20db6a4588d2be3a1099fcb8fbc775ea36a">
einfo
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#35e7f94a5e5ef3e9e6c51c09d02bc3209e30143e">
eutils/eutils_test.go
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bced2df02bbcd2d05f865df82015fefc3b4045b5">
eutils/format.go
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d96de2c5b7dd2d1a782bd2e09edf57703eb0a2ee">
eutils/go.mod
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#601af42c89d6b07534cd94bed14f1adc33a539a0">
eutils/go.sum
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#15ccc212a3dd5297f26054e40cef217858eac85f">
eutils/misc.go
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#630b2c1adcb52d6afba112304fc169b2ff891533">
eutils/utils.go
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9e89ec2022dd87da17f2ed93251fca9c7b98e16c">
eutils/xplore.go
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e97928bb993989c68ebbf57a055fa9321e640e17">
gbf2info
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#99dfca1b6631949546ace0f724408963952e8f74">
help/tst-elink.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b8cf6ba428f3fc4fbba29deb816f6e4d44e62316">
help/xtract-help.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0aae011363caa6b0a509245f540cbd08b70f0d78">
nquire
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#36a0465d23fd5de2f635a11ca7fca8e8205be879">
xcommon.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7dbf586b18db3d14617da7222bc4a4d5b10ff084">
xfetch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5c3cd6fb22a722e0a5294d2868d3adb76321a1dc">
xlink
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9505c01314e9bc930abef8e4aec0898e26bca345">
<span class="new-file">
+
xlink.ini
</span>
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-entrez-direct/-/compare/83771ff4ebea759e23b002809ce9bacd89760c51...c627bfbbb1ce6d7958f078d2820c1b30d92f12c3">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>



</p>
</div>
</body>
</html>