<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">

<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>

<head>

<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">

<title>

GitLab

</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">

a { color: #1068bf; }

</style>

<style>img {

max-width: 100%; height: auto;

}

body {

font-size: .875rem;

}

body {

-webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,.01) 0 0 1px;

}

body {

font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;

}

</style>

</head>

<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>

<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">

Michael R. Crusoe pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/ugene">Debian Med / ugene</a>

</h3>

<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">

Commits:

</h4>

<ul>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ugene/-/commit/81b534dabc97c2732e589be009926da6eb6500c8">81b534da</a></strong>

<div>

<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2025-08-23T14:12:56+01:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Install plugins_checker

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ugene/-/commit/6cf0e76f36e97d0ca47ae2b6935e8d226d2aa7a8">6cf0e76f</a></strong>

<div>

<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2025-08-23T14:12:59+01:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Revert "Skip dh_dwz"

This reverts commit 09eda3078d548fa757152e5fdac3725105f3c4e6.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ugene/-/commit/7f6b4fab2208120f683f64dfdf1bf091242d1ade">7f6b4fab</a></strong>

<div>

<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2025-08-23T14:14:23+01:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>d/rules: link the data folder into /usr/share/lib/ugene

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/ugene/-/commit/60b164eb265ed5548dcd0eb0ba432b4933c90c7c">60b164eb</a></strong>

<div>

<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2025-08-23T16:19:21+01:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added patch to fix detection of many external programs.

</pre>

</li>

</ul>

<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">

6 changed files:

</h4>

<ul>

<li class="file-stats">

<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">

debian/changelog

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">

debian/control

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#3dc9f231abac6cde7b2c7c4d6ddcf77b298fadd2">

<span class="new-file">

+

debian/patches/plugin-paths

</span>

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#bc34014ab4b9a49dd7a27bdd8d352912607c3a96">

debian/patches/series

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#8756c63497c8dc39f7773438edf53b220c773f67">

debian/rules

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#781e029ffb9eeebcc9f5b6be5943136152599f9c">

debian/ugene.install

</a>

</li>

</ul>

<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">

Changes:

</h4>

<li id="9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">

<a href="https://salsa.debian.org/med-team/ugene/-/compare/d4d681c3a5f1468d8343bb05e75b043f8492e4b4...60b164eb265ed5548dcd0eb0ba432b4933c90c7c#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1"><strong style="font-weight: 600;">debian/changelog</strong></a>

<hr style="overflow: hidden; border: 1px solid #dcdcde;">

<table class="code white" style="border-spacing: 0; border-collapse: collapse; width: auto; font-family: monospace; font-size: 90%;" bgcolor="#ffffff" width="100%" cellpadding="0" cellspacing="0">

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

1

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC1" class="line" lang="plaintext">ugene (52.1+dfsg-2) unstable; urgency=medium</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

2

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC2" class="line" lang="plaintext"></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

3

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC3" class="line" lang="plaintext">  * Team upload.</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

4

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC4" class="line" lang="plaintext">  * Install plugins_checker</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

5

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC5" class="line" lang="plaintext">  * d/rules: link the data folder into /usr/share/lib/ugene</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="6" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

6

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC6" class="line" lang="plaintext">  * Added patch to fix detection of bcftools and tabix.</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

7

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC7" class="line" lang="plaintext"></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

8

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC8" class="line" lang="plaintext"> -- Michael R. Crusoe <crusoe@debian.org>  Sat, 23 Aug 2025 14:12:29 +0100</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

9

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC9" class="line" lang="plaintext"></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

1

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="10" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

10

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC10" class="line" lang="plaintext">ugene (52.1+dfsg-1) unstable; urgency=medium</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

2

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

11

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC11" class="line" lang="plaintext"></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

3

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="12" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

12

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC12" class="line" lang="plaintext">  * New upstream version 52.1+dfsg</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder match" style="line-height: 1.6;">

<td class="diff-line-num unfold js-unfold old_line" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>

<td class="diff-line-num unfold js-unfold new_line" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>

<td class="line_content match" style="color: rgba(5,5,6,.24); padding: inherit;" bgcolor="#fbfafd">@@ -7,6 +16,7 @@ ugene (52.1+dfsg-1) unstable; urgency=medium</td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

7

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

16

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC16" class="line" lang="plaintext"></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

8

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="17" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

17

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC17" class="line" lang="plaintext">  [ Michael R. Crusoe ]</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

9

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="18" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

18

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC18" class="line" lang="plaintext">  * d/control: restrict building to 64-bit architectures.</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="10" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="19" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

19

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC19" class="line" lang="plaintext">  * New upstream version</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="10" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

10

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="20" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

20

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC20" class="line" lang="plaintext"></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

11

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="21" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

21

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC21" class="line" lang="plaintext"> -- Pierre Gruet <pgt@debian.org>  Sat, 23 Aug 2025 07:52:18 +0200</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="12" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

12

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="22" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

22

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC22" class="line" lang="plaintext"></span>

</pre></td>

</tr>

</table>

<br>

</li>

<li id="58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">

<a href="https://salsa.debian.org/med-team/ugene/-/compare/d4d681c3a5f1468d8343bb05e75b043f8492e4b4...60b164eb265ed5548dcd0eb0ba432b4933c90c7c#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2"><strong style="font-weight: 600;">debian/control</strong></a>

<hr style="overflow: hidden; border: 1px solid #dcdcde;">

<table class="code white" style="border-spacing: 0; border-collapse: collapse; width: auto; font-family: monospace; font-size: 90%;" bgcolor="#ffffff" width="100%" cellpadding="0" cellspacing="0">

<tr class="line_holder match" style="line-height: 1.6;">

<td class="diff-line-num unfold js-unfold old_line" data-linenumber="44" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>

<td class="diff-line-num unfold js-unfold new_line" data-linenumber="44" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>

<td class="line_content match" style="color: rgba(5,5,6,.24); padding: inherit;" bgcolor="#fbfafd">@@ -44,22 +44,27 @@ Recommends: bedtools,</td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="44" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

44

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="44" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

44

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC44" class="line" lang="plaintext">            clustalw,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="45" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

45

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="45" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

45

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC45" class="line" lang="plaintext">            cutadapt,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="46" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

46

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="46" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

46

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC46" class="line" lang="plaintext">            default-jre-headless,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="47" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="47" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

47

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC47" class="line" lang="plaintext">            fasttree,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="47" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

47

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="48" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

48

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC48" class="line" lang="plaintext">            fastqc,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="48" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

48

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="49" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

49

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC49" class="line" lang="plaintext">            hisat2,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="49" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

49

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="50" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

50

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC50" class="line" lang="plaintext">            hmmer,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="50" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

50

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="51" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

51

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC51" class="line" lang="plaintext">            hmmer2,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="51" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="52" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

52

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC52" class="line" lang="plaintext">            iqtree,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="51" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

51

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="53" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

53

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC53" class="line" lang="plaintext">            kalign,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="52" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

52

</td>

<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="54" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

</td>

<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span id="LC52" class="line" lang="plaintext">            kraken,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="53" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="54" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

54

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC54" class="line" lang="plaintext">            kraken<span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;">2</span>,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="53" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

53

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="55" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

55

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC55" class="line" lang="plaintext">            macs,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="54" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

54

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="56" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

56

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC56" class="line" lang="plaintext">            mafft,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="55" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

55

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="57" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

57

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC57" class="line" lang="plaintext">            metaphlan2,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="56" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

56

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="58" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

58

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC58" class="line" lang="plaintext">            mrbayes,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="57" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

57

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="59" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

59

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC59" class="line" lang="plaintext">            muscle,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="58" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

58

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="60" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

60

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC60" class="line" lang="plaintext">            ncbi-blast+,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="59" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="61" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

61

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC61" class="line" lang="plaintext">            ncbi-tools-bin,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="59" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

59

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="62" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

62

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC62" class="line" lang="plaintext">            phyml,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="60" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

60

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="63" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

63

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC63" class="line" lang="plaintext">            primer3,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="61" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

61

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="64" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

64

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC64" class="line" lang="plaintext">            r-base,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="62" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

62

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="65" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

65

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC65" class="line" lang="plaintext">            samtools,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="63" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="66" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

66

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC66" class="line" lang="plaintext">            snpeff,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="63" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="67" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

67

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC67" class="line" lang="plaintext">            stringtie,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="63" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

63

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="68" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

68

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC68" class="line" lang="plaintext">            spades,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="64" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

64

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="69" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

69

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC69" class="line" lang="plaintext">            t-coffee,</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="65" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

65

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="70" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

70

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC70" class="line" lang="plaintext">            trimmomatic,</span>

</pre></td>

</tr>

</table>

<br>

</li>

<li id="3dc9f231abac6cde7b2c7c4d6ddcf77b298fadd2">

<a href="https://salsa.debian.org/med-team/ugene/-/compare/d4d681c3a5f1468d8343bb05e75b043f8492e4b4...60b164eb265ed5548dcd0eb0ba432b4933c90c7c#3dc9f231abac6cde7b2c7c4d6ddcf77b298fadd2"><strong style="font-weight: 600;">debian/patches/plugin-paths</strong></a>

<hr style="overflow: hidden; border: 1px solid #dcdcde;">

<table class="code white" style="border-spacing: 0; border-collapse: collapse; width: auto; font-family: monospace; font-size: 90%;" bgcolor="#ffffff" width="100%" cellpadding="0" cellspacing="0">

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

1

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC1" class="line" lang="diff"><span class="p">From: Michael R. Crusoe <crusoe@debian.org></span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

2

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC2" class="line" lang="diff"><span class="p">Subject: Update plugin detection for modern versions</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

3

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC3" class="line" lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- ugene.orig/src/plugins/external_tool_support/src/samtools/BcfToolsSupport.cpp</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

4

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC4" class="line" lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ ugene/src/plugins/external_tool_support/src/samtools/BcfToolsSupport.cpp</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

5

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC5" class="line" lang="diff"><span class="p">@@ -42,7 +42,7 @@</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="6" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

6

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC6" class="line" lang="diff">     executableFileName = "bcftools";</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

7

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC7" class="line" lang="diff"> #endif</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

8

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC8" class="line" lang="diff"> </span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

9

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC9" class="line" lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-    validationMessageRegExp = "bcftools \\(Tools for data in the VCF/BCF formats\\)";</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="10" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

10

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC10" class="line" lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+    validationMessageRegExp = "bcftools \\(Tools for variant calling and manipulating VCFs and BCFs\\)";</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

11

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC11" class="line" lang="diff">     description = "<i>BCFtools</i> is a set of utilities for data in the VCF/BCF formats";</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="12" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

12

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC12" class="line" lang="diff">     versionRegExp = QRegExp("Version: (\\d+.\\d+.\\d+)");</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="13" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

13

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC13" class="line" lang="diff"> </span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="14" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

14

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC14" class="line" lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- ugene.orig/src/plugins/external_tool_support/src/samtools/TabixSupport.cpp</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="15" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

15

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC15" class="line" lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ ugene/src/plugins/external_tool_support/src/samtools/TabixSupport.cpp</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

16

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC16" class="line" lang="diff"><span class="p">@@ -47,7 +47,7 @@</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="17" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

17

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC17" class="line" lang="diff"> #endif</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="18" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

18

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC18" class="line" lang="diff"> </span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="19" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

19

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC19" class="line" lang="diff">     muted = true;</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="20" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

20

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC20" class="line" lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-    validationArguments << "-help";</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="21" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

21

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC21" class="line" lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+    validationArguments << "--help";</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="22" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

22

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC22" class="line" lang="diff">     validationMessageRegExp = "tabix";</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="23" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

23

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC23" class="line" lang="diff">     description = tr("<i>Tabix</i> is a generic indexer for TAB-delimited genome position files");</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="24" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

24

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC24" class="line" lang="diff">     versionRegExp = QRegExp("Version: (\\d+.\\d+.\\d+)");</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="25" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

25

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC25" class="line" lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- ugene.orig/src/plugins/external_tool_support/src/cufflinks/CufflinksSupport.cpp</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="26" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

26

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC26" class="line" lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ ugene/src/plugins/external_tool_support/src/cufflinks/CufflinksSupport.cpp</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="27" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

27

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC27" class="line" lang="diff"><span class="p">@@ -120,7 +120,7 @@</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="28" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

28

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC28" class="line" lang="diff"> #elif defined(Q_OS_UNIX)</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="29" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

29

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC29" class="line" lang="diff">         executableFileName = "gffread";</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="30" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

30

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC30" class="line" lang="diff"> #endif</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="31" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

31

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC31" class="line" lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-        validationMessageRegExp = "gffread <input_gff>";</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="32" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

32

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC32" class="line" lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+        validationMessageRegExp = "gffread [-g <genomic_seqs_fasta>";</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="33" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

33

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC33" class="line" lang="diff">         validationArguments << "--help";</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="34" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

34

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC34" class="line" lang="diff">         description = CufflinksSupport::tr("<i>Gffread</i> is used to verify or perform various operations on GFF files.");</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="35" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

35

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC35" class="line" lang="diff">     }</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="36" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

36

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC36" class="line" lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- ugene.orig/src/plugins/external_tool_support/src/mafft/MAFFTSupport.cpp</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="37" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

37

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC37" class="line" lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ ugene/src/plugins/external_tool_support/src/mafft/MAFFTSupport.cpp</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="38" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

38

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC38" class="line" lang="diff"><span class="p">@@ -56,8 +56,8 @@</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="39" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

39

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC39" class="line" lang="diff">         warnIcon = QIcon(":external_tool_support/images/cmdline_warn.png");</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="40" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

40

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC40" class="line" lang="diff">     }</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="41" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

41

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC41" class="line" lang="diff"> </span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="42" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

42

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC42" class="line" lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-    executableFileName = "mafft.bat";</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="43" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

43

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC43" class="line" lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-    validationArguments << "-help";</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="44" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

44

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC44" class="line" lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+    executableFileName = "mafft";</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="45" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

45

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC45" class="line" lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+    validationArguments << "--help";</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="46" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

46

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC46" class="line" lang="diff">     validationMessageRegExp = "MAFFT";</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="47" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

47

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC47" class="line" lang="diff">     description = tr("<i>MAFFT</i> is a multiple sequence alignment program for unix-like operating systems. ");</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="48" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

48

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC48" class="line" lang="diff">     versionRegExp = QRegExp("MAFFT v(\\d+\\.\\d+\\w)");</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="49" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

49

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC49" class="line" lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- ugene.orig/src/plugins/external_tool_support/src/blast/BlastSupport.cpp</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="50" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

50

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC50" class="line" lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ ugene/src/plugins/external_tool_support/src/blast/BlastSupport.cpp</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="51" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

51

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC51" class="line" lang="diff"><span class="p">@@ -106,7 +106,7 @@</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="52" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

52

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC52" class="line" lang="diff">         description = tr("The <i>tblastx</i> translates the query nucleotide sequence in all six possible frames and compares it against the six-frame translations of a nucleotide sequence database.");</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="53" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

53

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC53" class="line" lang="diff">         versionRegExp = QRegExp("Translated Query-Translated Subject BLAST (\\d+\\.\\d+\\.\\d+)");</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="54" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

54

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC54" class="line" lang="diff">     } else if (id == ET_RPSBLAST_ID) {</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="55" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

55

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC55" class="line" lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-        executableFileName = isOsWindows() ? "rpsblast.exe" : "rpsblast";</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="56" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

56

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC56" class="line" lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+        executableFileName = isOsWindows() ? "rpsblast.exe" : "rpsblast+";</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="57" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

57

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC57" class="line" lang="diff">         validationMessageRegExp = "Reverse Position Specific BLAST";</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="58" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

58

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC58" class="line" lang="diff">         description = "";</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="59" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

59

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC59" class="line" lang="diff">         versionRegExp = QRegExp("Reverse Position Specific BLAST (\\d+\\.\\d+\\.\\d+)");</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="60" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

60

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC60" class="line" lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- ugene.orig/src/plugins/external_tool_support/src/snpeff/SnpEffSupport.cpp</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="61" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

61

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC61" class="line" lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ ugene/src/plugins/external_tool_support/src/snpeff/SnpEffSupport.cpp</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="62" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

62

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC62" class="line" lang="diff"><span class="p">@@ -49,7 +49,7 @@</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="63" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

63

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC63" class="line" lang="diff">         warnIcon = QIcon(":external_tool_support/images/cmdline_warn.png");</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="64" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

64

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC64" class="line" lang="diff">     }</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="65" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

65

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC65" class="line" lang="diff"> </span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="66" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

66

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC66" class="line" lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-    executableFileName = "snpEff.jar";</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="67" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

67

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC67" class="line" lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+    executableFileName = "snpEff";</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="68" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

68

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC68" class="line" lang="diff"> </span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="69" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

69

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC69" class="line" lang="diff">     validationMessageRegExp = "Usage: snpEff \\[command\\] \\[options\\] \\[files\\]";</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="70" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

70

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC70" class="line" lang="diff">     description = tr("<i>SnpEff</i>: Genetic variant annotation and effect prediction toolbox.");</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="71" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

71

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC71" class="line" lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- ugene.orig/src/plugins/external_tool_support/src/trimmomatic/TrimmomaticSupport.cpp</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="72" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

72

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC72" class="line" lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ ugene/src/plugins/external_tool_support/src/trimmomatic/TrimmomaticSupport.cpp</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="73" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

73

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC73" class="line" lang="diff"><span class="p">@@ -52,7 +52,7 @@</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="74" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

74

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC74" class="line" lang="diff">     toolKitName = "Trimmomatic";</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="75" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

75

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC75" class="line" lang="diff">     description = tr("<i>Trimmomatic</i> is a flexible read trimming tool for Illumina NGS data.");</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="76" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

76

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC76" class="line" lang="diff"> </span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="77" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

77

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC77" class="line" lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-    executableFileName = "trimmomatic.jar";</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="78" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

78

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC78" class="line" lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+    executableFileName = "/usr/share/java/trimmomatic.jar";</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="79" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

79

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC79" class="line" lang="diff">     validationArguments << "-h";</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="80" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

80

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC80" class="line" lang="diff">     validationMessageRegExp = "PE \\[-version\\] \\[-threads <threads>\\] \\[-phred33|-phred64\\] \\[-trimlog <trimLogFile>\\]";</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="81" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

81

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC81" class="line" lang="diff"> </span></pre></td>

</tr>

</table>

<br>

</li>

<li id="bc34014ab4b9a49dd7a27bdd8d352912607c3a96">

<a href="https://salsa.debian.org/med-team/ugene/-/compare/d4d681c3a5f1468d8343bb05e75b043f8492e4b4...60b164eb265ed5548dcd0eb0ba432b4933c90c7c#bc34014ab4b9a49dd7a27bdd8d352912607c3a96"><strong style="font-weight: 600;">debian/patches/series</strong></a>

<hr style="overflow: hidden; border: 1px solid #dcdcde;">

<table class="code white" style="border-spacing: 0; border-collapse: collapse; width: auto; font-family: monospace; font-size: 90%;" bgcolor="#ffffff" width="100%" cellpadding="0" cellspacing="0">

<tr class="line_holder match" style="line-height: 1.6;">

<td class="diff-line-num unfold js-unfold old_line" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>

<td class="diff-line-num unfold js-unfold new_line" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>

<td class="line_content match" style="color: rgba(5,5,6,.24); padding: inherit;" bgcolor="#fbfafd">@@ -8,3 +8,4 @@ plugins_directory.patch</td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

8

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

8

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC8" class="line" lang="plaintext">undefined_references.patch</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

9

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

9

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC9" class="line" lang="plaintext">signed_char_neighbour_table.patch</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="10" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

10

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="10" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

10

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC10" class="line" lang="plaintext">gcc-15.patch</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

11

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC11" class="line" lang="plaintext">plugin-paths</span></pre></td>

</tr>

</table>

<br>

</li>

<li id="8756c63497c8dc39f7773438edf53b220c773f67">

<a href="https://salsa.debian.org/med-team/ugene/-/compare/d4d681c3a5f1468d8343bb05e75b043f8492e4b4...60b164eb265ed5548dcd0eb0ba432b4933c90c7c#8756c63497c8dc39f7773438edf53b220c773f67"><strong style="font-weight: 600;">debian/rules</strong></a>

<hr style="overflow: hidden; border: 1px solid #dcdcde;">

<table class="code white" style="border-spacing: 0; border-collapse: collapse; width: auto; font-family: monospace; font-size: 90%;" bgcolor="#ffffff" width="100%" cellpadding="0" cellspacing="0">

<tr class="line_holder match" style="line-height: 1.6;">

<td class="diff-line-num unfold js-unfold old_line" data-linenumber="28" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>

<td class="diff-line-num unfold js-unfold new_line" data-linenumber="28" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>

<td class="line_content match" style="color: rgba(5,5,6,.24); padding: inherit;" bgcolor="#fbfafd">@@ -28,30 +28,24 @@ override_dh_auto_configure:</td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="28" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

28

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="28" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

28

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC28" class="line" lang="plaintext">#override_dh_auto_build:</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="29" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

29

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="29" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

29

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC29" class="line" lang="plaintext">#      $(MAKE)</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="30" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

30

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="30" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

30

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC30" class="line" lang="plaintext"></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="31" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

31

</td>

<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="31" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

</td>

<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span id="LC31" class="line" lang="plaintext">override_dh_auto_clean:</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="32" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

32

</td>

<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="31" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

</td>

<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span id="LC32" class="line" lang="plaintext">       dh_auto_clean</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="33" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="31" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

31

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC31" class="line" lang="plaintext">execute_after_dh_auto_clean:</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="33" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

33

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="32" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

32

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC32" class="line" lang="plaintext">       rm -rf src/_debug src/_release ugene</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="34" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

34

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="33" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

33

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC33" class="line" lang="plaintext">       rm -f .qmake.stash</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="35" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

35

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="34" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

34

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC34" class="line" lang="plaintext">       rm -f src/libs_3rdparty/sqlite3/Makefile src/libs_3rdparty/sqlite3/Makefile.Debug src/libs_3rdparty/sqlite3/Makefile.Release</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="36" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

36

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="35" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

35

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC35" class="line" lang="plaintext"></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="37" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

37

</td>

<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="36" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

</td>

<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span id="LC37" class="line" lang="plaintext">override_dh_auto_install:</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="38" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

38

</td>

<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="36" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

</td>

<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span id="LC38" class="line" lang="plaintext">       dh_auto_install</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="39" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="36" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

36

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC36" class="line" lang="plaintext">execute_after_dh_auto_install:</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="39" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

39

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="37" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

37

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC37" class="line" lang="plaintext">       # This should be default:</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="40" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

40

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="38" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

38

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC38" class="line" lang="plaintext">       # $(MAKE) INSTALL_ROOT=$$(pwd)/debian/$(DEB_SOURCE) install</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="41" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

41

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="39" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

39

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC39" class="line" lang="plaintext">       # Remove data dir which goes to ugene-data package</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="42" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

42

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="40" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

40

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC40" class="line" lang="plaintext">       rm -rf debian/$(DEB_SOURCE)/usr/share/$(DEB_SOURCE)</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="43" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

43

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="41" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

41

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC41" class="line" lang="plaintext"></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="44" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

44

</td>

<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="42" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

</td>

<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span id="LC44" class="line" lang="plaintext">override_dh_fixperms-indep:</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="45" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

45

</td>

<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="42" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

</td>

<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span id="LC45" class="line" lang="plaintext">       dh_fixperms</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="46" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="42" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

42

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC42" class="line" lang="plaintext">execute_after_dh_install:</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="46" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="43" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

43

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC43" class="line" lang="plaintext">       cd debian/ugene/usr/lib/ugene && ln -s ../../share/data ./</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="46" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="44" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

44

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC44" class="line" lang="plaintext"></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="46" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="45" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

45

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC45" class="line" lang="plaintext">execute_after_dh_fixperms-indep:</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="46" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

46

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="46" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

46

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC46" class="line" lang="plaintext">       rmdir debian/ugene-data/usr/share/ugene/data/manuals/ || true # remove dir if empty</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="47" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

47

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="47" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

47

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC47" class="line" lang="plaintext">       chmod -x debian/ugene-data/usr/share/ugene/data/genome_lengths/*.genome</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="48" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

48

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="48" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

48

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC48" class="line" lang="plaintext">       rm -f debian/ugene-data/usr/share/ugene/data/license</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="49" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

49

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="49" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

49

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC49" class="line" lang="plaintext"></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="50" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

50

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="50" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

50

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC50" class="line" lang="plaintext">override_dh_shlibdeps:</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="51" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

51

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="51" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

51

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC51" class="line" lang="plaintext">       dh_shlibdeps -l$(CURDIR)/debian/tmp/usr/lib/ugene/plugins/:$(CURDIR)/debian/tmp/usr/lib/ugene:$(CURDIR)/debian/$(DEB_SOURCE)/usr/lib/$(DEB_SOURCE)/</span></pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="52" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

52

</td>

<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="52" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

</td>

<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span id="LC52" class="line" lang="plaintext"></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="53" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

53

</td>

<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="52" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

</td>

<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span id="LC53" class="line" lang="plaintext">override_dh_dwz:</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="54" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

54

</td>

<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="52" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

</td>

<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span id="LC54" class="line" lang="plaintext">       echo "Do not run dh_dwz since it just results in:"</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="55" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

55

</td>

<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="52" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

</td>

<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span id="LC55" class="line" lang="plaintext">       echo "    dwz: debian/ugene/usr/lib/ugene/libU2View.so.1.0.0: Couldn't find DIE referenced by DW_OP_GNU_parameter_ref"</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="56" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

56

</td>

<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="52" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

</td>

<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span id="LC56" class="line" lang="plaintext">       echo "    dwz: debian/ugene/usr/lib/ugene/plugins/libexternal_tool_support.so.1.0.0: Couldn't find DIE referenced by DW_OP_GNU_parameter_ref"</span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="57" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

57

</td>

<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="52" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">

</td>

<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span id="LC57" class="line" lang="plaintext">       echo "    dh_dwz: dwz -q -mdebian/ugene/usr/lib/debug/.dwz/x86_64-linux-gnu/ugene.debug -M/usr/lib/debug/.dwz/x86_64-linux-gnu/ugene.debug ..."</span></pre></td>

</tr>

</table>

<br>

</li>

<li id="781e029ffb9eeebcc9f5b6be5943136152599f9c">

<a href="https://salsa.debian.org/med-team/ugene/-/compare/d4d681c3a5f1468d8343bb05e75b043f8492e4b4...60b164eb265ed5548dcd0eb0ba432b4933c90c7c#781e029ffb9eeebcc9f5b6be5943136152599f9c"><strong style="font-weight: 600;">debian/ugene.install</strong></a>

<hr style="overflow: hidden; border: 1px solid #dcdcde;">

<table class="code white" style="border-spacing: 0; border-collapse: collapse; width: auto; font-family: monospace; font-size: 90%;" bgcolor="#ffffff" width="100%" cellpadding="0" cellspacing="0">

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

1

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

1

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC1" class="line" lang="php"><span class="n" style="color: #333333;">src</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">_release</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">ugene</span><span class="o" style="font-weight: 600;">*</span> <span class="n" style="color: #333333;">usr</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">bin</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

</td>

<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">

2

</td>

<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span id="LC2" class="line" lang="php"><span class="n" style="color: #333333;">src</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">_release</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">plugins_checker</span> <span class="n" style="color: #333333;">usr</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">bin</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

2

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

3

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC3" class="line" lang="php"><span class="n" style="color: #333333;">src</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">_release</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/*.</span><span class="n" style="color: #333333;">so</span> <span class="n" style="color: #333333;">usr</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">lib</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">ugene</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

3

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

4

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC4" class="line" lang="php"><span class="n" style="color: #333333;">debian</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">tmp</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">usr</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">plugins</span> <span class="n" style="color: #333333;">usr</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">lib</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">ugene</span></span>

</pre></td>

</tr>

<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">

<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

4

</td>

<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">

5

</td>

<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span id="LC5" class="line" lang="php"><span class="n" style="color: #333333;">debian</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">tmp</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">usr</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">ugene</span><span class="mf" style="color: #009999;">.</span><span class="n" style="color: #333333;">png</span> <span class="n" style="color: #333333;">usr</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">share</span><span class="o" style="font-weight: 600;">/</span><span class="n" style="color: #333333;">pixmaps</span></span>

</pre></td>

</tr>

</table>

<br>

</li>

</div>

<div class="footer" style="margin-top: 10px;">

<p style="font-size: small; color: #626168;">

—

<br>

<a href="https://salsa.debian.org/med-team/ugene/-/compare/d4d681c3a5f1468d8343bb05e75b043f8492e4b4...60b164eb265ed5548dcd0eb0ba432b4933c90c7c">View it on GitLab</a>.

<br>

You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>

</p>

</div>

</body>

</html>