<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">

<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>

<head>

<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">

<title>

GitLab

</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">

a { color: #1068bf; }

</style>

<style>img {

max-width: 100%; height: auto;

}

body {

font-size: .875rem;

}

body {

-webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,.01) 0 0 1px;

}

body {

font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;

}

</style>

</head>

<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>

<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">

Lance Lin pushed to branch upstream at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/swarm-cluster">Debian Med / swarm-cluster</a>

</h3>

<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">

Commits:

</h4>

<ul>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/swarm-cluster/-/commit/0ae3c29eefb4fc2b703f4403d889ebe045ae672d">0ae3c29e</a></strong>

<div>

<span> by Lance Lin </span> <i> at 2025-11-21T19:23:34+07:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 3.1.6+dfsg</pre>

</li>

</ul>

<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">

87 changed files:

</h4>

<ul>

<li class="file-stats">

<a href="#2f473ef69010f24d2546e13263bcc2c49befd2f3">

CITATION.cff

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#836efb6e25a091dcb4ff8e1dbb2f0be6a5cbf14c">

Makefile

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#8ec9a00bfd09b3190ac6b22251dbb1aa95a0579d">

README.md

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#16ac287f9e96b16f74264a2e7cc3eb687731542d">

man/Makefile

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#89d4b916fdc5107dfccb6b1d5b034e582fc9a474">

man/swarm.1

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#09a8e11089bd7b184c2ba7778565c1350e1c7e3a">

src/Makefile

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#41a767356221a0778c7dafce31ae3c4ea9d34b1d">

src/algo.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#528c7b7d3c6ac91e4c2a2beb524ada7ae068c71a">

src/algo.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#3324a9427d0c6d5a43d6e908b7abfd41328d830b">

src/algod1.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#18da7f619a743f4f9614b08d9502b22613368ddf">

src/algod1.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#d4763af62018d43279bc38904de619c409fe874a">

src/arch.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#3affba6b51b91b63ee29437d30548e53f3b667ec">

src/arch.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#3895e44cb6eb634b8609031d2783dcc500ab404e">

src/bloomflex.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#ae7148f450e3ac2bed2819ebb3ddf7a3b80c10c4">

src/bloomflex.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#6cd35aa4f1681495b36a1e6136f69a8568e40274">

src/bloompat.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#956296b723c2c9d3874abc547419177c52e7e0d8">

src/bloompat.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#8fdd0379cd5d3df57faeb8ed82a6423784cead0f">

src/db.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#c703e0b897960376dcc4f4e79f2a9b098966c877">

src/db.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#e0f36bd5084cd7076742276f78c5e2d9d62127df">

src/derep.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#8f8dff040d7feb7206c5df2f516c3df968e7268b">

src/derep.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#bbfee872b235243217a4c2b98796718bc70dc2f1">

src/hashtable.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#30c07b024c4fcae2a43837631bde802ba5d8e371">

src/hashtable.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#a4787e7d97543c7f1ba395212f54634d79276a3d">

src/nw.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#aee80bf76fa670dd02ca9a631cfbeb21ba462510">

src/nw.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#766703c657288e2580c98d1774cc2bc61def1e96">

src/popcnt.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#771e54c12c16db7d57d7d9a6dbb80b8a3401a100">

src/popcnt.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#df584925999cdd37ad3a05fefa2b31b0b0621c2d">

src/qgram.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#4369592a6d3a64b19098f54d19dd1e776c30a047">

src/qgram.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#6a036d61bfa326a2837176ac788a8d0e17d8ca49">

src/scan.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#5165b8164503f1ee0f58727e13103d7a1f7b025b">

src/scan.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#3af1ef86bc71f33ce802598a7a39ccd2477033d3">

src/search16.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#8c072ff01c07a61eb52501c0dbe2a506f8605ea9">

src/search16.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#f22c0ce8a91b062b333dbae99ee7cbc851b6331a">

src/search8.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#09666a491e00d1e82ca370750badcc7585802f37">

src/search8.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#993b4a6ccc0d5aa265ecf9b79d4106088164930b">

src/sse41.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#52eb334fa8a2dfc56dbe66625bb05477ee9452c1">

src/sse41.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#75ec26f3f10f1d1455e8526a2a22864e79907002">

src/ssse3.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#1b981c0da68a7cd2b45d46bab64ccfc40ebbb327">

src/ssse3.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#19476ec5a28d822a75e965ad617b6e6e74743dee">

src/swarm.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#408e494a941e4f4a25e81223d2c2578a2578f170">

src/swarm.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#fd94926041af2ce9c277ace5943e60e100bea483">

src/util.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#5f65ec0c183df81ed169516d4ec6c5508122dccd">

src/util.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#7200336344683840f32d3ded71ed530e033a6ed3">

src/utils/alignment_parameters.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#e8586d070d0e2498753f17c2b15789f6daf083eb">

src/utils/backtrack.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#ada53d153e900101bdcb264cfda53a0862638514">

src/utils/cigar.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#d654e99d1e1fbabbe7dff4bf916ec3c4951ddb25">

src/utils/cigar.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#28666e731570fe5e7d433797e6a16c47f80c48a3">

src/utils/fatal.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#4fbb5ee59f03dd1e88cb92a74f4b029958e6a5dd">

src/utils/fatal.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#05243a3b7944d976de14da7bb84d7fb51a963438">

src/utils/gcd.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#075832ad1397fe6516da92e9f37788565824ec1e">

src/utils/hashtable_size.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#29401dd555ec3a8fa39fc8b85c0e7d3a5f2f025e">

src/utils/hashtable_size.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#21e61057dbad286ee269b865837be4dce0bb5c52">

src/utils/input_output.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#3d822e0f4f88057a3f3b2af5d54696874eecdb39">

src/utils/input_output.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#d59abbc88f7415b780555a05e61254ed42f5a9a3">

src/utils/intrinsics_to_functions_aarch64.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#b625980baf89fab86e1215f2e981ab9f50452c20">

src/utils/intrinsics_to_functions_aarch64.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#f45e5a89a4e6cf56628d5c82844d8ff86d7a9de2">

src/utils/intrinsics_to_functions_ppc.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#392b5606f18d5bb972cbeaf6f77e4ab80bafe7b3">

src/utils/intrinsics_to_functions_ppc.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#581f840b42fe02af7207c710cf415d66e46ed4f2">

src/utils/intrinsics_to_functions_x86_64.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#6267fa0328c3d48ed91477217920e62b48c00f92">

src/utils/intrinsics_to_functions_x86_64.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#6272ffa7df6f77eaf6d83b2949efb0cda773e967">

src/utils/nt_codec.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#557d5f56540676ba8f0313e048b31594c368f9d9">

src/utils/nt_codec.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#1085d68685168558bfeed5fcfb1bbc3e87427b8e">

src/utils/open_and_close_files.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#e588f01e2d1d4722e8d10235991c79be3a386b2d">

src/utils/open_and_close_files.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#0a1943dca4be825858dbc3f4c745859add07ce7a">

src/utils/opt_boundary.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#e9d3a0bb9b9f7917576ebec76c068db171e94902">

src/utils/opt_log.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#b920fbe4285cb392669dca0f172873c943da10e2">

src/utils/opt_logfile.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#d7260b9280a9d48606cf106cbce352aa6849801d">

src/utils/opt_no_cluster_breaking.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#cf251fd974e28254d5fac81076751b5a2ea35a60">

src/utils/opt_threads.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#e058165552c2adda35a6c9cd87eea2d9720a9b61">

src/utils/progress.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#9a976accf4a48c0c36150ceb932789d60ffbc365">

src/utils/progress.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#d4aa35b0e894a7de52b421e989b93e74bb60134a">

src/utils/pseudo_rng.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#34cd7166135113ceb821c7c96d9f2cf5fa9e01e7">

src/utils/qgram_array.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#b15942f14e8001856683f59da28a239929e14232">

src/utils/qgram_threadinfo.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#69448fcee65f1268f2738963c4fdd8f2a06f45c7">

src/utils/queryinfo.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#3892e56f42660d0964b528c2d094b8a3287daf80">

src/utils/score_matrix.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#1fdec22a5d36033c8d4ec7381119607c903b1004">

src/utils/search_data.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#f0392abb25fb8f23ac53857d5e1ed75c7327a7ee">

src/utils/seqinfo.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#511b5feb586638b8a4aba96ba9a1fe77d2145256">

src/utils/threads.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#7af1b1da83290995113893ea5c6875a366dbd5b1">

src/utils/x86_cpu_feature_popcnt.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#3ae539f9f87465bb4bb590e9f0b9f48a07b94968">

src/utils/x86_cpu_feature_sse41.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#e3d6f7c1f040d30d3fc3fc01ed019e24e007fec6">

src/utils/x86_cpu_feature_ssse3.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#5e26e0b3ff5dd025be571648c478e0b5488c8f5d">

src/utils/x86_cpu_features.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#cdecc76347f6ff7023de0a79f40484b92f655aec">

src/utils/x86_cpu_features.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#426a3acd1853ffbb08568473f14e11bf8e9d717a">

src/variants.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#48e7274fd809cd8a10fa154f605a97ffb6c272ca">

src/variants.h

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#c2795181a78be437ac6ae4de2abb9508b152c876">

src/zobrist.cc

</a>

</li>

<li class="file-stats">

<a href="#e06b74145fe098fc7ef1474e3f856d2d117a2a52">

src/zobrist.h

</a>

</li>

</ul>

<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">

The diff was not included because it is too large.

</h5>

</div>

<div class="footer" style="margin-top: 10px;">

<p style="font-size: small; color: #626168;">

—

<br>

<a href="https://salsa.debian.org/med-team/swarm-cluster/-/commit/0ae3c29eefb4fc2b703f4403d889ebe045ae672d">View it on GitLab</a>.

<br>

You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>

<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">

Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/swarm-cluster/-/commit/0ae3c29eefb4fc2b703f4403d889ebe045ae672d at 1763729539

</span>

<script type="application/ld+json">{"@context":"http://schema.org","@type":"EmailMessage","action":{"@type":"ViewAction","name":"View Commit","url":"https://salsa.debian.org/med-team/swarm-cluster/-/commit/0ae3c29eefb4fc2b703f4403d889ebe045ae672d"}}</script>

</p>

</div>

</body>

</html>