<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch upstream at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/seq-gen">Debian Med / seq-gen</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/seq-gen/-/commit/91846ffb32d5a45e3f577c1a18866c904e52568f">91846ffb</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2025-12-03T16:16:40+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 1.3.5</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
31 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#a5cc2925ca8258af241be7e5b0381edf30266302">
.gitignore
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#69e27356ef629022720d868ab0c0e3394775b6c1">
<span class="deleted-file">
โˆ’
README
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8ec9a00bfd09b3190ac6b22251dbb1aa95a0579d">
<span class="new-file">
+
README.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5a1b36cd0ef8412d6f35adb6c37e0d98c8224e2d">
documentation/Seq-Gen.Manual.html
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#eb2d4757944d6a798cf44e2bd0cbf7e5d771db20">
<span class="deleted-file">
โˆ’
examples/seqs+trees.phy
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#32e7ac2f0317788bdc67607aaefe70e1de11038e">
<span class="new-file">
+
manual.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6ae9e88712056a2abd55911f4d3a7d8b8145819c">
source/Makefile
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#21a506cc870c2507d298be41d85a1585a9af114c">
source/aamodels.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4e868b7618072b1492aa2ea9f6f086fe1ada9c70">
source/aamodels.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7a051319a469ddf342979977dfe65ff319679e85">
source/eigen.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4e1eda16d370fdfd57749818b348c6c164302fc3">
source/eigen.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#25d179191983d0aa165476b55d2ceae107badafd">
source/evolve.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#69b61f26d02f2d8fe5d681f8344d546c4ef9097b">
source/evolve.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1d830d525c0e72aee3db99cb30c533606d99ecc9">
source/gamma.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5510cede2709cbf84bcf3d712d7075cc5763f182">
source/gamma.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#049fa08915165593de53a27ccc2d045f39c83020">
source/global.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4bcbbffd24cb1caca26305eeb68471d0b5b87573">
source/global.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#40209626d09170b5bb7ab12827e02ac445417cb0">
source/model.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9ad6249cfca28d49d49b8ab8a199c2e29a4abf01">
source/model.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8950515effe26aefe6496b918f016d2ebf5b4cc3">
source/nucmodels.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#775f5e3c8e22a533ed0821466a5bb6caf9b21c56">
source/nucmodels.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5e0c6a48996de195678a63b837d32ee317ca9989">
source/progress.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9511d55bb1c81a2ad2f3f7bdb1d634877f231c9a">
source/progress.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b4f37c056c919347d547b6b34417ed3e89b3f40a">
<span class="new-file">
+
source/seq-gen
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5b6bfa2efc3336f402a82d5d461f6cb243c8af82">
source/seq-gen.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ffbe6bb2715e608c641df1b3e733eb4265a22919">
source/tree.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4ac153dcf92b9af8c13d2a53a8deaae5b053499d">
source/treefile.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#905e4a74d3438da93f9934b4bed4dd82259b89bd">
source/treefile.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3d48c23960f4c1abbc90c115301f547369ba7946">
source/twister.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dfc11325e43cb81db927a3aa638d0119d854fa40">
source/twister.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#15890480ed635813cb3127a87499cc82cdc0e5a8">
<span class="new-file">
+
test/ZIKV_100.newick.trees
</span>
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">
โ€”
<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/seq-gen/-/commit/91846ffb32d5a45e3f577c1a18866c904e52568f">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> ยท <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/seq-gen/-/commit/91846ffb32d5a45e3f577c1a18866c904e52568f at 1764775773
</span>
<script type="application/ld+json">{"@context":"http://schema.org","@type":"EmailMessage","action":{"@type":"ViewAction","name":"View Commit","url":"https://salsa.debian.org/med-team/seq-gen/-/commit/91846ffb32d5a45e3f577c1a18866c904e52568f"}}</script>


</p>
</div>
</body>
</html>