<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">

<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>

<head>

<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">

<title>

GitLab

</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">

a { color: #1068bf; }

</style>

<style>img {

max-width: 100%; height: auto;

}

body {

font-size: .875rem;

}

body {

-webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,.01) 0 0 1px;

}

body {

font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;

}

</style>

</head>

<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: rgba(255,255,255,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>

<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">

Andreas Tille pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench">Debian Med / connectome-workbench</a>

</h3>

<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">

Commits:

</h4>

<ul>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5d8ed26b2b6e6e11afdb26b5fff733831051bb03">5d8ed26b</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-02-24T16:05:11-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>improve tfce help info

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6066fa9c1ee2efd3065944f0bb6d3204c79d654d">6066fa9c</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-02-24T16:07:10-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>improve comment

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ef7c87b33540bd248909d5cab30a66673076ede4">ef7c87b3</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-02-24T16:07:57-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>improve single-map case of getting cifti column, converting to memory

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e4322b977311358d2df02e72d87cc9022cb9d657">e4322b97</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-02-24T16:08:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>reduce fallthrough warnings

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c968928234ae0e17cac7a6854ef70338786cf158">c9689282</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-02-24T16:09:12-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>explain percentile option

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1ff15cc1abbb2a9996b006354d4a7af51328c077">1ff15cc1</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-02-24T16:10:35-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>rework OperationParameters to lazy load, change cifti average to operation to improve performance

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f31a4edc490c3b8afa2ecca1e97390a53719fb33">f31a4edc</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-02-24T16:42:19-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix errors

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/72308b67fbe8e1913177deb7db459ca52e386839">72308b67</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-02-25T16:26:58-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>parallelize cifti merge xml parsing like cifti average

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/94b6180fc00a9c01cce4a553b1c003d53e47374f">94b6180f</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-03-01T19:14:02-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>extrapolate option for volume dilation

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7cd52c20054fe479ac540ec6e4e2bec1be2efaa3">7cd52c20</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-03-03T21:28:58-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>let omp env variables override parallel XML parsing loops

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2a66b8471e009417f7ef612a06be1f523a07f998">2a66b847</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-04T13:56:04-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-907 Free Hand Lines: Many updates including: separate annotation types for polygon and polyline; changed drawing to allow clicks, dragging, or both; insertion and removal of points in polygons and polylines; fixed pasting of lines and added pasting of polygons and polylines.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/542844feca4cb247d30ea721d0d1afd63ecdc7a9">542844fe</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-04T14:23:19-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-907 Free Hand Lines: Fix / improve tooltips on button for inserting annotation polygons and polylines.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/986460d625de795f09b1d251115b732eeba4b173">986460d6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-05T10:07:17-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Updated annotation help files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/dc203bd8b473c7cfe6f605916d8cbddbdd17820c">dc203bd8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-05T10:39:32-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation warnings from last update.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/854272f109b443f5d84724cc43affa9ac95d6663">854272f1</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-03-15T02:06:36-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix singularity tests in volume gradient

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d8f385d7c2db4ef585626abefbbc70f2a9bac353">d8f385d7</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-15T16:43:04-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Enable alpha (transparency) when viewing images.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5517e8497b452bb9adc2a61934e76c2ad4b29046">5517e849</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-16T11:40:06-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed a crash pasting annotation into window space not in a browser tab.  Fixed pasting of annotation into spacer tab.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f6e0ed6a7fefc720b32ad3c0f6390c1166b5b884">f6e0ed6a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-16T11:55:42-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Correct text in toolbar annotation coordinate widget to show "sp" when the selected annotation is in "spacer" space.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/78e98e4ca6f61d564ca2e698e48f28f1c170ebd8">78e98e4c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Qt6 Compatibility: Update cmake_minimum to 3.0.  Add Project(Workbench) to top-level CMakeLists.txt file.  These changes eliminate warnings when using cmake 3.19.x.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9712c4d6071824032452830eb9700e816018826f">9712c4d6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Replace deprecated code in Qwt Module.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2bbe83906509032032b705f415218a7c385ae2ea">2bbe8390</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Replace deprecated Qt code in GuiQt Module.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/214710c1af7e02f67ee72599d20b0d008e8c95ac">214710c1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Replace deprecated Qt code in Cifti Module.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0d7c157d2f4252365ea7d76b66652caae6499b0e">0d7c157d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Replace deprecated Qt code in Common Module.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6c2c55b9c9e055e01363c97c465e00d2c0392d2e">6c2c55b9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Replace deprecated Qt code in Files Module.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/41a5a1492ae113eb0e47a7e8352bc86b2baaa048">41a5a149</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Replace deprecated Qt code in Quazip Module.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b6db2bccb3e457f6efddc8a90c254df8d87ba6db">b6db2bcc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Replace deprecated Qt code in Operations Module.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6d07757032b33a6d198cd12714779b2b46aed64c">6d077570</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Replace deprecated Qt code in Brain Module.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a78c19a6838e917ac483565b8363404135d8ff5b">a78c19a6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Replace deprecated Qt code in FilesBase Module.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2d2733903a6e951fb0308fa45b99a55f8c57d098">2d273390</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed usage of WORKBENCH_REPLACE_QT_DEPRECATED in Qwt Module.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ea2bfeca9e9977c6fd5bc02b276370d19aa29647">ea2bfeca</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed usage of WORKBENCH_REPLACE_QT_DEPRECATED in Quazip Module.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a5322d9eb22d3fefcb7d29b985b786d1f63d5e84">a5322d9e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed usage of WORKBENCH_REPLACE_QT_DEPRECATED from src/CMakeLists.txt

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8e7e6ef3d5c8709eedc1cec9084e9e4ef95cae0e">8e7e6ef3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed usage of QT_VERSION when testing against 5.0 from CaretHttpManager.  Verified downloading from ConnectomeDB and uploading to BALSA still function.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0ce4d6b63b1a6ede4ce7d2e22b300fc82baea4dc">0ce4d6b6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed usage of QT_VERSION when testing against Qt 5.0.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8ccf57e6e2b2cd0a3f37fb3bf2030f16f5491dee">8ccf57e6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed QT4_FOUND code from all CMakeLists.txt files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e3487e50267b2aabdf8c513f202f2cedcd5b4db7">e3487e50</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Qt6: Source code updated so that it compiles on my Mac with Qt 6.0.2, on my Mac with Qt 5.15.2, and on linux build with Qt 5.7.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/09baa9ebeef3e6a8c56f0319dff4511556f18f8c">09baa9eb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Qt6 changed the names of signals so that the names are no longer overloaded.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/551c95183253f3f897c773cf4a2b8875d2057591">551c9518</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed usage of QtConcurrent::run() in Qt6 (changed order of parameters); Updated desktop.cxx to use QScreen as replacement for QDesktopWidget.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/55e982f6c4b1381be3050b75130223e99c0adef4">55e982f6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:15-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed unused Scene File SAX reader and related class used for testing.  A stream reader was added for the scene file long ago.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/44e47ca79d0b0f500379d896ece36d1aead5aea7">44e47ca7</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:15-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed unused Scene SAX reader that was used by recently deleted Scene File SAX reader.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/66518efb0097718f19366e5274d05f8f2af6fb62">66518efb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:15-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Conditionally compile unexpectedHandler() when a C++17 compiler is used as std::set_unexpected() is removed in C++17.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/adc967042505c8dc56a35bc285a8d33a2a63ff3b">adc96704</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T11:48:15-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed usage of deprecated QRegExp and replaced with QRegularExpression

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/175512261866795d37290dd0778619ca4139bfe7">17551226</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-17T16:07:17-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed crash.  Had attempted to replace QApplication::desktopWidget() with QApplication::activeWindow() but it resulted in a crash.  So, replaced with QApplication::topLevelWidgets().at(0) that returns a paint device.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b583e5d0a2c134a7a7b3a2fc045db8a4f668984f">b583e5d0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-18T09:18:40-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation error with Qt5 by adding a header file include.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/94f40013e1b505ff4f96c50cf0fae0996d5abc8f">94f40013</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-18T11:38:36-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Header file added in last commit for Qt5 not available in Qt6.  So, add conditional compilation for the header file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/371862e5a8332d216201ab5a461e3a417dfc96d4">371862e5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-18T14:52:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed uploading to BALSA with Qt6.  In Qt 6, redirection is automatically handled but is now disabled.  CaretHttpManager manually handles redirect requests as early versions of Qt did not.  Allowing automatic redirects breaks the login to BALSA.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b26c21a077df675cf604994812576cf610dbbdbb">b26c21a0</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-03-22T13:43:52-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix chunking math to not divide by 0

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/29960d88bc7b2966422d39534c647dd7b6bec383">29960d88</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-03-22T16:38:01-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>avoid edge case of -cifti-convert on a billion rows resulting in too-large files

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1dd62a5f86470358746132b1023581dbe745295c">1dd62a5f</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-03-22T16:42:04-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>some optimization of cifti XML parsing for qt5, attempted optimization for qt6

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/69b9c4cc740f80f602b66f2b729d6d0d4e026e11">69b9c4cc</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-03-22T16:49:00-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix build for older QT5

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/be4d5b2707a839d97cd4f8eb0067108f3b276096">be4d5b27</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-24T17:00:58-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Updated mac_plist/MacOSXBundleInfo.plist.in to include wb_spec and wb_scene so that if files with those extensions are double-clicked in Finder, wb_view will open the file.  Also, added extensions for a few data files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f318c4459c5fe19dbd35ee60b9da4de1d614c17e">f318c445</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-25T11:24:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add  some code to detect image formats that support "clipRect" that Qt defines as the ability to read part of an image defined by a rectangle.  Since this requires creating actual image files (in the temp directory), this code is disabled at this time.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4ac13a849d8834d79c76edcc9138df31c1629e34">4ac13a84</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-25T11:24:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added function 'nearestPointOnLine3D'.  Given a point, find the nearest point on a line defined by two points.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/51073d32722587756658148057e1cd4f732a7593">51073d32</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-25T11:24:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-907 Draw free hand lines: Redesign for inserting a coordinate into an existing polygon/polyline.  Right-Click the mouse over a line segment in the object, and select Insert Coordinate from the pop-up menu.  Symbols highlighting the selected polyline/polygon are now all the same size.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c1c8f18e65598121652f7feb1adfaab1f5a339da">c1c8f18e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-25T11:24:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-907 Free hand lines: Updated help information for new functionality for inserting coordinates into polylines/polygons.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ff508699e19fa781187a4cc0e97fc9e2788a656f">ff508699</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-25T11:24:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-907 Free hand lines: Updated insertion of coordinate into polyline/polygon so that it works for annotations in surface space.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b85496547af7a672f362fd8dcf677d16cabc180a">b8549654</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-25T11:24:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-937 If editing tile tabs configuration, warn if aspect locked and show tab outlines: If window and/or tab aspects are locked, display a short message informing the user with a link to a more detailed explanation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4f39eac9e373b12656ae63aff2e202a70bf2c34f">4f39eac9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-25T11:24:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation warning caused by an unused line of code.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ee72e8fb910d6fc76c8dc7774488d142bb5a4882">ee72e8fb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-25T11:24:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-907 Free hand lines: When (1) There is only one annotation selected; (2) It is a polyline/polygon; (3) And the mouse is over one of its line segments: Change the cursor to a "plus" symbol and if the user clicks the mouse, insert a new coordinate into the polyline/polygon.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/83461d4767b4b948d93b172f9f583ca244abf2ce">83461d47</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-25T11:24:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-907 Free Hand Lines: Improved selection or polyline/polygon annotations.  Corrected polyline/polygon coordinate symbols so that they are about the same diameter as the line segments.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8ba7b2c05e45a41f709980582a733f44196c5063">8ba7b2c0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-25T11:24:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-907 Free Hand Lines: Update help documentation for inserting coordinates into an annotation polyline/polygon.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/feb30fc15024c4a9727223573eabd99021c753e9">feb30fc1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-25T12:22:02-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>On About Workbench "More" dialog, list Qt image formats that support the "clipRect" (region of interest) reading.  From the QImageIOHandler documentation: The clip rect, or ROI (Region Of Interest). A handler that supports this option is expected to only read the provided QRect area from the original image in read(), before any other transformation is applied.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b66ecb551f4b3a98cfb34e5be657f4cc1351594e">b66ecb55</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-25T16:43:29-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed polyline/polygon annotation coordinate dragging.  Was incorrectly inserting a new coordinate when user clicked the mouse to drag the coordinate to a new location.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f16bfe265f47e461a4fbe0e23e0a16f0b0bdb287">f16bfe26</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-30T11:23:15-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>On About Workbench "More" dialog, list image file formats that support QImage's key/value metadata for reading and writing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3a68e82078a8e0e846451dddbcd279677c1de3ec">3a68e820</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-30T16:46:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Image File Metadata: For those image files that support metadata: (1) Show metadata in file information output; (2) Fixed editing of file metadata through Spec File Management Dialog (click "sprocket" and choose Edit File Metadata); (3) Add a "supportsFileMetaData()" method to CaretDataFile and override it in ImageFile (only some image file formats support metadata, on my Mac they are JPG and PNG).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d8a5f74a64cb4ce6c3a6a432be33a5ac3d65c2d5">d8a5f74a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-03-31T09:47:31-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Washington-University / workbench: ffmpeg has "/" hard coded in path #48:  Replaced several instances of a forward slash with QDir::separator().  I thought Qt would handle forward/backward slashes in paths but it does not do so for QProcess.  This bug fix still needs to be tested on Windows.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7cc544598a5218698f1a57aa666cfcc8a006dff1">7cc54459</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-01T15:48:12-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-938 If editing tile tabs configuration, warnings if aspect locked and show tab outlines: Added selection of the Tile Tabs Mode (Automatic, Grid, Manual) to Tile Layout Toolbar.  It also includes setting Custom Grid rows/columns and a button to set the Manual Layout.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0e44d7b9fc0355f6449b79c2894fd2cdaca3d473">0e44d7b9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-02T12:17:28-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-938 If editing tile tabs configuration, warnings if aspect locked and show tab outlines: When in tile tab editing mode, draw outlines around tabs for Automatic and Custom Grid modes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/61fcd8df1339191b7beb944247194b4cfb5c7d1e">61fcd8df</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-02T12:24:12-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-938 If editing tile tabs configuration, warnings if aspect locked and show tab outlines: When Tile Layout mode is selected in the toolbar, do not set the Tile Tabs Configuration to Manual since Tile Layout mode now supports editing of all tile tab configuration types (Automatic Grid, Custom Grid, and Manual).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e7be4d057ecf925ae9189f8d6e6298f346445624">e7be4d05</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-02T12:33:13-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-938 If editing tile tabs configuration, warnings if aspect locked and show tab outlines: When in Tile Layout mode, only show context (right-click menu) when the Tile Tabs Configuration is Manual.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e9cc83d03654cb0a32c019978cf407daf1ef7274">e9cc83d0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-02T13:50:30-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-938 If editing tile tabs configuration, warnings if aspect locked and show tab outlines: Renamed some classes that now apply to all tile tabs modes and not just manual mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/650ed8d6609cfdf2dbfcdf46b9030eacee047a4e">650ed8d6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-02T16:57:56-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-938 If editing tile tabs configuration, warnings if aspect locked and show tab outlines:: TileTabsLayoutConfigurationTypeWidget is now used the Tile Tabs Configurations Dialog in addition to the Tile Layout Toolbar.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b720ffa321b296a3148efebf932180a82cf89e61">b720ffa3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-05T12:40:45-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-938 If editing tile tabs configuration, warnings if aspect locked and show tab outlines: In Tile Layout Toolbar's Layout Type section, change "Set..." button to "Adv..." and to its menu, add item to display the Tile Tabs Configuration dialog for more advanced editing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/15c7006dcbdc1151a17a5d01240b86cb11c3fcd9">15c7006d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-05T16:25:08-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In tab layout toolbar, names of some sections were at the top and others at the bottom of the toolbar.  For consistency names of sections are now at the bottom of the toolbar.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0ceaf1c339e8299414db8b6179c0839975d91fa7">0ceaf1c3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-06T11:50:17-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-938 If editing tile tabs configuration, warnings if aspect locked and show tab outlines: Update help documentation with tile layout toolbar changes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f8ba3b5c6a44c192fb33a14ea7a458c14d7ceb5b">f8ba3b5c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-07T12:21:08-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation warning.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f8a40932611836b750449296e8b59438ec13ac53">f8a40932</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-09T16:54:11-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-932 "SEVERE" message produced by wb_command -show-scene: Starting on OperationShowSceneTwo that improves and fixes bugs in OperationShowScene.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8164aefaacb0e4d5d34aabd00b1e09a7dc6a1672">8164aefa</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-23T17:01:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'> WB-932 "SEVERE" message produced by wb_command -show-scene: For "-show-scene-two": added option to print settings from the scene that define the image captured; moved mesa rendering to its own subclass of a new base class for offscreen renderers; tried creating an offscreen rendering  instance using newer Qt classes such as QOffscreenSurface but could not get it to work.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f3ea273400362d28adbb35b38ad2f8547edc2a96">f3ea2734</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-26T20:57:58-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-932: Continuing development of new show scene command.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c96d7d72b75dbf8c3de8d3f4334c2c2a336bcb9e">c96d7d72</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-26T21:10:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-932: Add include file 'memory' to fix compilation error on operating systems other than macOS.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/79872344e1f5aae28ff3e59c99152df4ce57b9b7">79872344</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-26T21:14:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-932: Fix compilation on Windows due to Mesa3D not available.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/00ed66a08646f1348e03b95f0274ee595877cf46">00ed66a0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-28T09:39:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-932 Show scene: continuing development of new show scene command

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e22ea8db7267b10568b0066f99dfde82dc9771f1">e22ea8db</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-28T16:35:44-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed bug with image size when adding a new scene on scene dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3c50663fdfff5ee5c82b77f88d0be5c8f4a8bd93">3c50663f</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-04-29T15:19:33-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>put filename in cifti XML errors

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9694771a8b1b32987c260d8f45249b766d89c844">9694771a</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-04-29T22:00:02-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>initial version of -surface-sphere-triangular-patches

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e93a89cbd92f4841816dc726660390197be9f078">e93a89cb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-30T14:20:13-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-932 Show scene: Continuing development of new show scene command that seems to be functioning correctly.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/34c46c36d37c685e0af5edde9f0b7d9a6e68262c">34c46c36</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-30T15:45:40-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-932 Show scene: Correct conversion to different systems of 'pixel per unit' in image capture settings and dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2443ea4c6cd9c1449c947c142ea6d395c715d44d">2443ea4c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-30T16:04:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-932 Show scene: Include spatial information for file information with image file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0cc0d988192f577b66acd8275f92c45b13410196">0cc0d988</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-04-30T16:43:28-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-932 Show scene: Created new class (without any implementation yet) for command line show scene that will use an OpenGL Window to generate the image.  While it will require a display to work, it will allow MS Window users to generate images.  Also could be used if there is a problem with the Mesa offscreen show scene.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1a7408c317f8f21a92d7f8bac24538412cf841e3">1a7408c3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-04T10:06:20-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Temporary fix for images with width and/or height greater than the maximum allowable texture dimension.  When this occurs, resample the image to fit single texture.  Longer term solution may be to use multiple textures for an image file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/afc461f98d891ef7fa5511c89d08e169a0f74eff">afc461f9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-04T12:53:40-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When "wb_command -fileinformation" is run with no parameters, include all supported file types and extensions in help text.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3c2899a0385338873a392d51d2cc020e0c3dace7">3c2899a0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-04T13:17:02-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In "wb_command -file-information: Include all library paths reported by Qt.  Need to know where plugins are being loaded from on a non-build system linux.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ef0b3f980e231c9f4e6c3ae53e9b9451dd89f7a0">ef0b3f98</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-07T09:42:04-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-932 Show scene: Fixed problems with margin color being incorrect.  Improved help including adding examples.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/50a16c5334cd23ae15d97a3a86282dafb81879bf">50a16c53</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-07T10:13:46-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-941 Qt Plugins for Image Reading/Writing of TIFF and other formats: Add library paths and supported file extensions to the "More" option of the About Wb_view dialog.  Removed printout of library paths and supported file extensions from the file information command when run with no parameters.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c6d59babb721dce818a5bad8175c54f99243d488">c6d59bab</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-07T11:47:44-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-941 Qt Plugins for Image Reading/Writing of TIFF and other formats: Added code to test setting plugins path on MacOS.  Must be tested by running the distribution's wb_view on my Mac.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c72ae40cf0334ce6c9329e34f450a93b83c8f40c">c72ae40c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-07T14:06:36-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-941 Qt Plugins for Image Reading/Writing of TIFF and other formats: (1) Recently found that there is a qt.conf in the Mac app's resource directory that is supposed to set the plugins path so will try it.  (2) The data file types were getting the supported file extensions as a result of SessionManager creation.  But, SessionManager is created prior to QApplication and QApplication probably initializes the plugs path.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6cdce7f1e3c642d1a7910458941537102bd54711">6cdce7f1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-07T15:35:22-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-941 Qt Plugins for Image Reading/Writing of TIFF and other formats: Trying a new strategy by setting QT_PLUGIN_PATH environment variable at startup of wb_view.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3a73f518e8d78724c4dd4a0414dafe2fad915c8b">3a73f518</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-07T16:08:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-941 Qt Plugins for Image Reading/Writing of TIFF and other formats: Setting QT_PLUGIN_PATH environment variable at beginning of "main()" for wb_view fixes image plugin loading on MacOS when wb_view is launched from the Finder.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3803565522a082b58c151565209740a9fa4e8092">38035655</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-11T09:22:27-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-942 Image panning/zooming improvements: Starting development; zoom about mouse starting to work.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/37d5d4322bd4097ff26cc15113536f858b154e0d">37d5d432</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-12T14:54:13-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-942 Image panning/zooming improvements: Zooming about mouse for media (images) is working.  Needs updates for when tile tabs is enabled and for zooming when the mouse is not over an image (needs an image XY to know what to zoom about).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/65cd9129a02ad456546512cc583c8d79501ee573">65cd9129</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-12T15:14:39-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-942 Image panning/zooming improvements: Added zooming for images when mouse is not over the image.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8451175957c353edc65fa5eddde172ed5d996632">84511759</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-12T15:39:32-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-941 Qt Plugins for Image Reading/Writing of TIFF and other formats: Fixed image zooming about mouse when tile tabs is enabled.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/934ea0ddbc14ebedce3551229ef1e1d908f10cb3">934ea0dd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-12T16:37:22-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Move function for scaling about mouse out of ViewingTransformations and into ViewingTransformationsMedia since it is specialized for image scaling.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bcf46b380d36517dadbed924469d9eefe2fa2b01">bcf46b38</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-12T17:14:20-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-942 Image panning/zooming improvements: Adding GraphicsRegionSelectionBox that will be used for selecting a region in the graphics area for image bounds selection.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3459e2d8ef6428252170bdc00326e11a4b9c3499">3459e2d8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-14T09:16:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-942 Image panning/zooming improvements: Adding coordinate system to image file.  It will be used for resizing image view by selection of part of image with a box.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a32d455b32c5d46b9f8728f4803f33251d3a0037">a32d455b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-16T19:31:44-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-942 Image panning/zooming improvements: Use VolumeSpace for pixel/spatial coordinate system in image.  Adding selection of region with mouse in GUI.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/55499d67663b7902c823ea40a9b157691cbe9bbf">55499d67</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-17T09:23:40-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-942 Image panning/zooming improvements: Finished implementation of setting the view of an image to a region selected from the image.  To select the region, the user drags the mouse, creating a box with one corner at where the mouse was pressed and a second corner where the mouse is released.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/90c03e28cc26ea82bcd2cac3318474d08a59a62b">90c03e28</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-17T14:01:54-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-943 Developer Options: Remove developer options from Develop Menu and add to new "Develop" tab in Preferences.  Add tooltips to the developer flags in Preferences dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/cd71b5d46633bf299d4a36263eebff8af7d76919">cd71b5d4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-17T15:57:33-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-942 Image panning/zooming improvements: Improve zooming of images so that it is more "reflective?".  For example, moving the mouse 100 pixels up doubles the image size and 100 pixels down halves the image size.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e54274ee1748b455caaa00221d2668e79b6ee9e5">e54274ee</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-18T11:18:08-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-942 Image panning/zooming improvements: Improve mouse wheel scrolling with images; disable trackpad gestures for images and fix it at a later time.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e115abcb15a76eba88cf230a6affd00264307e6f">e115abcb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-18T16:36:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-943 Developer Options: Moved items off of Develop menu and into new Develop tab in the Preferences dialog.  Add tooltips to all items in Develop tab.  Add texture mapping options (minify and magnify) for images displayed in media views.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7a15494c3032cd1ece9ad81215a1e2a672f6b2c8">7a15494c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-19T15:17:03-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-943 Developer Options:  Added "Show Frames Per Second" to OpenGL tab of the Preferences dialog.  When "Show Frames Per Second" is enabled, the frame rate is displayed in the bottom right corner of the window.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/40c66ea87feaeb005290452289b974be011b3688">40c66ea8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-19T15:31:29-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-941 Qt Plugins for Image Reading/Writing of TIFF and other formats: Plugin path will fail for a development version of wb_view that has not been run with 'macdeployqt'.  So in the error message, indicate that a development build will cause the error.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8fa8065e67ea56086ce9d43af2a412883834bdfd">8fa8065e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-19T15:44:08-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-943 Developer Options:  Add a note to the Develop tab in Preferences.  This note indicates that these developer options are not saved in the user's preferences and any non-default values will need to be set each time wb_view is started.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/955bcd2ec5560edb19a67aa184f554b8069e3ed2">955bcd2e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-24T15:36:44-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>The frame-rate timer has been revised.  Previously, it was only measuring the time during OpenGL drawing (time spent in 'BrainOpenGLWidget::paintEvent') by starting and stopping the timer at the beginning and end of the function.  This timing excluded that spent swapping the frame buffer, performing user-interaction, user-interface updates, etc.  As a result, the frame rates were inaccurately too fast.

Now, the timing for the frame rate is updated once at the end of the graphics loop in 'BrainOpenGLWidget:paintGL'.  The 'frame-rate' is calculated from the entire time between each pair of successive calls that update the timer.  As a result, this interval of time includes buffer swapping, user-interface updates, user-interaction, etc and reflects the all of the time required to make one frame update.  One defect is that if the user does nothing for a while, the time between frames will include "that nothing".  To prevent this from distorting the frames-per-second, frames exceeding five seconds are excluded from any timing.  

The frames-per-second displayed in the window is an average of the time required to produce the last 10 frames.

Note that unlike a video game that may update its graphics at a regular interval, wb_view updates its graphics 'as needed'.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f37a4a5c545aee7dbeb3d9a4f80a7ce93d20c3bb">f37a4a5c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-24T16:04:03-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compiler warning that identified a problem.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5ff1bae9dd751cdf5cdb251f26df37dbe50775f3">5ff1bae9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-25T14:28:04-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-943 Developer Options: There are now two numbers displayed in the window.  The top number with suffix “pnt” measures the average time required to perform painting (the OpenGL function calls).  The bottom number with suffix “fps” remains unchanged and is the average of the total time between graphics drawings including all user interactions, computations, graphics drawing, etc.  When these numbers are roughly the same, it indicates that all of the time is spent performing graphics operations (eg: oblique volume drawing) and when different indicates activity by non-graphics operations.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c1e8ce0eb478ba1312b6ef996cd1d887db00864d">c1e8ce0e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-25T14:53:28-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-942 Image panning/zooming improvements: Correct jumping of image when user followed panning by zooming about a point with the trackpad or mouse wheel (zooms about a point on screen properly).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4659bf42b3f6baf5413e525b1fd2d8d24b34ed4c">4659bf42</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-26T08:38:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-943 Developer Options: Changed a lambda function used by graphics timing display so that it should compile on Windows.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/40b15fb5d02c4d23c4d8b9f5c182456669f8b8aa">40b15fb5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-27T11:31:52-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-943 Developer Options: For graphics timing, only show the "frames-per-second" for the most recent graphics drawing (NOT an average).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7299218f8eec2bc7657ed9eacbd9a011f16cc79b">7299218f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-05-27T11:45:54-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-942 Image panning/zooming improvements: Reduce width of lines for box that selects a pan/zoom region.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/30ad217fe8f27915dd8f2eb02819b192bc161528">30ad217f</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-05-27T16:53:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>add sinc function to -*-math

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2ec9f3865596f41dab45fafef0917f1719777ffa">2ec9f386</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-01T09:24:33-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-942 Image panning/zooming improvements: Add a default scaling for images so that an image fills the screen in its default (reset) view.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2d425e0e7d518aad95fe84ca8b17c8212016eaab">2d425e0e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-01T14:19:28-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-942 Image panning/zooming improvements: Updates to default scaling so that old scenes load correctly.  When an old scene is loaded, the default scaling is disabled for a displayed image.  If, after loading the scene, the user clicks the "Reset" button in Toolbar:Orientation, default scaling is enabled for the image and the default scaling is set so that the image best-fits the window.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/45d80eb2ad912425e5aa9e7d44bca3e418fec0ad">45d80eb2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-03T16:01:41-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Adding CZI library modified to compile on all operating systems.  There are many compilation warnings.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7c6b9366791b86df6095b7b8540d180c4db4cc8b">7c6b9366</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-04T09:53:21-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats:  Updated 'wb_command -file-information' so that it will print information for a CZI file.  It does this my calling 'czi_main' (a program in the CZI library converted to a function).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/71c7e9f3e9e66a96f9b136e48bc5f85499600a3b">71c7e9f3</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-06-04T16:50:13-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>update -*-stats help for multimap ROIs, missing include

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8f7a8db79725bbc02e80ac39d0027832140d944e">8f7a8db7</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-08T09:13:12-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Now have a preliminary ability read a CZI file and display it in wb_view.  The file is read using the 'single channel scaling tile accessor' that reads the CZI file and scales the image to fit into a maximum dimension of 4096.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bb4245681e5bf60aa68f7268b618d82bd67a34c6">bb424568</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-08T12:14:04-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Moved definition from CZIlib/CMakeLists.txt to src/CMakeLists.txt to fix linking problem on windows OS.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5b179fcf680391e2d0b2c86ababbe14661ce0af8">5b179fcf</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-09T13:55:42-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'> WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: CZI image files contain coordinates associated with the image.  Support for using these coordinates has been added but is off by default.  It is enabled on Preferences -> Develop -> Use Coordinates from CZI Image File.  When enabled, it only affects newly read image files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8d8730cf89647ee3f997968913f7542b8bfba61f">8d8730cf</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-09T14:25:11-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: The scaling tile accessor for reading CZI files accepts a background color.  This background color is used to fill pixels for which there is no image data.  The media background color from the user's preferences is now used to fill these pixels.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c80baabc9573c21adae97b4aa3ca02ab705bb927">c80baabc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-11T14:43:19-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add a progress dialog for the simple display of a message while some processing is performed.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/880982ebfbd8f20a4a027de476e410144bf9264f">880982eb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-11T14:48:40-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats:  Added a section to the toolbar titled "Resolution" that is displayed when an image is viewed.  It contains a toggle button with the text "High Res".  If the user toggles this button to its on status and then performs a rectangular selection of a CZI image using the mouse, the enclosed region is loaded as a new higher resolution image and is displayed (the original image remains available for selection in the overlay controls).  After loading the new high-res image, the "High Res" button toggles to off.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0fedfc0c8205631a5ee03b3758d06e73c83a1113">0fedfc0c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-11T15:37:21-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix compilation error on Linux operating systems.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d4aa49231e2c543abe47767ec86335794546786a">d4aa4923</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-14T15:53:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'> WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Fixes for very large image files; increase maximum dimensions of an ROI image read from a CZI file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c51522e50ef0b52e66b5f08f3ab2674f3a4cefd5">c51522e5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-15T10:25:10-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Do not allow saving of an image file if the filename's extension does not match a supported image file type that allows writing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7f1f89641937d7e981dee2f6da4ff766967404e8">7f1f8964</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-15T15:04:46-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Added 'Redo' and 'Undo' functionality for selection of image region (drag with mouse to create box).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b5b62046f704b85b1bca1540cad7aae7d90367d9">b5b62046</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-06-15T18:30:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix -border option of -border-to-vertices

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5ee60c550245f33ea67a60db46c9b905fd0665b7">5ee60c55</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-06-23T17:15:31-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>make -volume-capture-plane output opaque

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/be84ce09110226514201eb9a0015ead80bc16f05">be84ce09</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-25T17:01:20-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Adding a new file, CziImageFile, for CZI files.  ImageFile was previously used but CZI has requirements that are not compatible with standard image files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/30ed7b1caf057e1f0257b1969c79fd7d826336b5">30ed7b1c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-25T17:01:20-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added metadata content to file information output.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c3750081b5587784e4c12fb1c70af2ef973e5285">c3750081</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-25T17:01:20-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added classes for transforming between rectangular spaces for use with images (image pixels; coordinates; ROIs, origin at top/bottom).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c8abcd2fc42ab14ecd9c7ff6c7b30859d3ec17a1">c8abcd2f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-25T17:01:20-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Adding new CziImageFile for reading and display of CZI images.  CZI image support will be removed from ImageFile later.  CZI has too many unique behaviors that make it a bad fit for ImageFile.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0d551465c9c31a6b6342a271427a22df2bc5f7cc">0d551465</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-25T17:01:20-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed CZI support from ImageFile now that CziImageFile has been created.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/059e1be15989acac87e482798bb264e9c18ca8cc">059e1be1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-28T08:21:46-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixing compilation error on some operating systems by adding an include directive.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/160f6af02d21727ec76a87efd8d8c0b35b3c9f13">160f6af0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-28T08:43:57-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed "using namespace libCZI" from CziImageFile.h to fix compilation errors on Windows.  Symbols, such as IStream, are in both libCZI and in C:\Program Files (x86)\Windows Kits\8.1\include\\um\objidlbase.h on Windows.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ead5cbe3a00a1157dfc21a4c78cd38bf92ca9c66">ead5cbe3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-28T08:55:30-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation error on Windows.  Using ERROR in an enumerated type does not compile.  Changed it too ERRORED.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/35a619f1734bbfdfe8b5f858ce333a6d2ae0b714">35a619f1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-06-28T16:15:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Continuing development of new file format and supporting classes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f77b4e95d27879578fedcbd1dd92984c6b23cfc5">f77b4e95</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-06-29T20:59:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>detailed matching errors for -cifti-merge

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bbef770e2d342c0d96370d80fc7cc092b91940fc">bbef770e</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-06-30T21:23:16-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix empty provenance

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d6b12ce7a7bb6662a586612c39064ee2d4e912e9">d6b12ce7</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-01T16:33:31-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Continuing revisions for new CZI Image File.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5a833ff21e63ed3fce3f2256db7a0bed19bb643d">5a833ff2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-01T16:33:31-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added scene support for 64-bit integer data.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/21f29a992551333b8d8d5035aa51d0c5efa7ed50">21f29a99</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-01T16:33:31-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added scene support for 64-bit integer data part 2.  Forgot to add these files that should have been in the previous commit.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1ce0f9225b944c1f06fc1776f0572c2b302270aa">1ce0f922</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-01T16:33:31-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Cleanup of ImageFile and CziFile.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e6fe86cfaf33a00a49bca30b7c6cf75e50e96422">e6fe86cf</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-01T16:33:31-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Cleanup of ImageFile.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/28cd25c6063d1c42db4bc6c05fa3c78d6d5da447">28cd25c6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-01T16:33:31-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Finished cleanup of ImageFile and CziFile.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c8e20a18e1a7c4584b8dd2aa0709dda874c31bad">c8e20a18</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-01T16:33:31-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: CziFiles were not included in "all data files" that caused scene error and clear the modified status after reading from CZI file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/438e797869f042cb5c8cdbf15ab4919f5a42ab45">438e7978</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-01T16:33:31-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Added yoking for media (images and CZI images).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8ed326eeb6b2ddce93644303f0ec423fa48a5608">8ed326ee</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-02T12:39:45-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed memory leak caused by failure to destroy graphics box used for image region selection.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c089a160f87e09cdaad0d7542b7c1a6179f2e647">c089a160</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-02T12:42:42-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Hide "High Res" tool button as it will be replaced soon with better functionality.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/70157802c8d2672491841c4336ce2e127d6dbe99">70157802</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-02T13:40:30-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added missing include file for compiling on Linux.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4a406797c58d09360c294787da522b52ca629628">4a406797</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-07-12T22:53:55-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>typo

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bdf41cdedbcf3452cff88b023a2463e211d1f5fb">bdf41cde</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-13T19:32:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added option to Develop section of Preferences that can disable cropping of "scene preview images".  Disabling the cropping may be useful if debugging a panning zooming issue with a scene.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b747cfee27b5cee47ca5e2ee6fe328d026fdee66">b747cfee</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-13T19:32:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Fixed zooming of media files (images, CZI) through the Custom View dialog (zooms about the center of the image).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/960e21206c5df1bb4e1fc776d7d7c2863c04b890">960e2120</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-13T19:32:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Improve loading of scenes with images that were created prior to default scaling.  Some scenes load correctly and others are pretty close for pan/scale of image.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b31201a8f35cf38651ab0f911800b3221f0881a6">b31201a8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-13T19:32:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added a "Reset View" button to the Custom Orientation dialog.  Without this button, the user must click Reset button in the Window's Toolbar.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3303b00f53ef1d65621407b28e8e7a06a207aab0">3303b00f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-13T19:32:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Added data tooltips for CZI images and normal images.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fe9d9213b7134a5345c95e18c279fdaafc1f3369">fe9d9213</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-13T19:32:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Added data tooltips for CZI images and normal images.  Add enable/disable for media tooltips.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/224baf8f622352b0ec0ff82e59f0184644a0c7fc">224baf8f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-13T19:32:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Starting to add manual loading of higher resolution images.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/197ca2805411979e4c669f1d9e7c54af64e3e373">197ca280</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-13T19:32:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Added controls for manually changing the resolution of CZI images.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ea7e728556d43215999274a809e713226d3dc484">ea7e7285</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-13T19:32:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Attempting to load the high-resolution pyramid image results in an infinite loop in the CZI library.  For now, reduce the number of available pyramid resolutions by one to prevent selection of the highest resolution image and the accompanying infinite loop.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1de6921e6fafa5cb98bd33e6478829c6fdcda6d6">1de6921e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-13T19:32:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Found a way to load the highest resolution pyramid layer without getting into an infinite loop.  The highest resolution pyramid layer has its minification factor set to zero unlike all other pyramid layers that have a minification factor of two.  So, using two for the highest resolution pyramid layer's minification factor prevents the infinite loop.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/51c9452dd07b70661a1416a3f1183136768bb88d">51c9452d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-13T19:32:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Starting to add support for automatic resolution selection for CZI Images.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/953f76e3b83a17754d8f4575581bb42532dce59e">953f76e3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-13T19:32:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: First version of automatic image resolution selection for CZI Images has been added and is functioning.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/dd6a601edca58d53ed9dab4e65b271656df1d848">dd6a601e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-14T12:08:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Fixed pyramid layer for a cloned tab.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9087c34626b5a161640b38f82b08e8ffdc394438">9087c346</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-14T14:03:12-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Some code cleanup.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ece7bcb67c8b5ddbcbaaffd8213d9e801bb036c2">ece7bcb6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-14T16:29:03-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Fixing zoom on Custom View dialog when used with CZI images.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/af4cb57f67787652d0e005c9abc79c06866d2af5">af4cb57f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-20T16:46:13-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Some redesign of CZI image drawing to simplify it a bit and to fix several bugs with zooming from Custom View dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/018ca99dbba9a9b5345e6de1c3835a898333a8b0">018ca99d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-21T11:52:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Improvements for panning of CZI images using mouse or custom view dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/455ed02aed22eb0094dc61093b59be1aabb3fcc8">455ed02a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-21T12:08:05-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Remove loading of a user selectable ROI from CZI files.  It is no longer used as it was used for testing prior to addition of the Auto Resolution mode that loads CZI image data as the user zooms in/out.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7c16677cae9733abb9767fcc9eeed5fc16e0f893">7c16677c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-21T14:28:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Default view logic is no longer used and has been removed from Images and CZI Images.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/61da5d2a72aeb9d33f31ffa685d50b7cfe1b83c7">61da5d2a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-21T15:25:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Fixed "Reset" View in Toolbar and on Custom View Dialog for CZI Images so that it works correctly when the pyramid layer is not the lowest resolution.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c845bf1a3a4d9d6887a72b5b3dc7606c5c6c0513">c845bf1a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-22T09:24:42-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Fixed problems with scenes and CZI Images.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7f7cc57ba09d4786d97b90d9d28fd4b5afd0893f">7f7cc57b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-23T16:42:42-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'> WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Add new "Media Space" for annotations on Media (Images, CZI Images).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f406835afa51f3c6dc2f35fa65941eeb1b8c0c7f">f406835a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-26T10:37:12-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix compilation error with newer version of clang.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c18b19fd88f364d78a265f1cfab78acf0df84bfe">c18b19fd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-26T10:43:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>CiftiBrainModelsMap did not compile with Qt 6.1.2 due to an error with QString::tokenize (line 900).  Logic has been added so that if Qt 6.1.2 or later is detected, QStringView::split is used to split up the string.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ed8e654ed4e797d1ece0445b0a892814acd7f708">ed8e654e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-26T15:48:53-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed crash found when testing scenes after last updates.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c6bd63a4f40f8e76f1d3914bd6697b15bc465433">c6bd63a4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-27T11:43:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Correct media (image) yoking when the images are different sizes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8a0b8f86a3eaae16bae5f3b7f26317cc50d6ff15">8a0b8f86</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-27T13:08:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix a couple of compilation warnings and logged warnings.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4bd4392a2937b7e330108528261299ffc2c24401">4bd4392a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-28T16:05:29-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Added a new Auto Mode for CZI image viewing the loads image data as the user pans and zooms.  The previous Auto Mode that only loaded image data when the user zoomed is still available as "Auto Old".  CZI image viewing also now defaults to the new Auto Mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2a7ab41c693bf9fde26c9bbcb89a3dd1340b060d">2a7ab41c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-29T09:26:04-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: When loading higher-resolution CZI images, load a rectangular image (instead of a square image) when the viewport shape is more rectangular than square.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e575c809502bee541c02f61a60ae0a3727e35fbf">e575c809</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-29T10:34:41-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: In Auto mode when testing if new image data needs to be loaded, expand the region of the viewport by a small amount.  As the user pans the current image, this results in new image data being loaded just before the edge of the image moves into the viewport.  If we do not do this, as the user pans, the edge of the image moves into the viewport and a small amount of the background becomes visible (until new image data is loaded).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2e7bdc26bceaa6fb1b835fb75694de26c608453a">2e7bdc26</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-29T12:10:08-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: When loading CZI image data, avoid loading new data if the logical region has not changed.  This is a rare situation and will only occur if the maximum image is size is smaller than the viewport (current image maximum is 2048 when viewport is similar to a square and 4096 when the viewport is similar to a rectangle).  It was tested by making the maximum size 512.  A future change will add a preference for the maximum image size in the event a user has a gigantic monitor (8K ?).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/554d1b6979a14f99b09381e7d1b638d536683c0b">554d1b69</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-29T15:49:15-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Add a preference for adjusting the dimension (width/height) used when loading CZI higher-resolution images.  Limit the width/height to the maximum supported by OpenGL for textures.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d7ed40613c502ced61801d33cce0b38241d58534">d7ed4061</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-07-30T15:17:45-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI I(Zeiss Microscope) image file formats: Finally found source of an uncaught exception (std::out_of_range) in the CZI library.  Now catch it and log a message.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c6c66e203ec0eebf325163f15895fd98c0b258fe">c6c66e20</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-08-02T11:23:39-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Resolve WB-946 Failure to read file with relative path if after spec file: If wb_view was started with a command similar to this "wb_test -spec-load-all relative_directory/test_relative.spec p54_M150_LHRH_215_KA215_PV.czi", wb_view failed to read the data file listed after the spec file.  The reason was that after reading the spec file, an internal "current directory" was set to the directory containing the spec file.  If a file with a relative path was encountered, wb_view then prefixed the relative path of the file with the "current directory" which in this instance is different than the path of the data file.  This has been corrected so that if a file with a relative path is encountered and exists, its absolute path is used and it fixes the problem with the above command.  As a last resort, if a file with a relative path is encountered and it cannot be located and if the "current directory" is valid, wb_view will try to find the file using the "current directory".

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/60f7d323d0a0ffd149bd0bad06118037409a1d89">60f7d323</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-08-02T12:40:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: If there is more than one image displayed in a tab, align the images at the top left since that is the location of the origin in image files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6f263dc31deeabfbc8280b49f6378704eb7fc305">6f263dc3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-08-02T16:09:00-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Log at the FINE level when and how a filename is converted to absolute path in Brain::convertFilePathNameToAbsolutePathName().

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4dc6dee31daa3bdc9f1a709695e0b57633a1dd3e">4dc6dee3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-08-02T16:27:42-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add some logging at the fine level in the show scene command to view the scene file name after conversion to an absolute path.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bfc44118932e6b2725280116f3f827b834c535e2">bfc44118</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-08-02T16:52:54-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Log a little more in show scene command to see Qt's reported current directory.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/15ae93f4d448354758b9496a8aa35091dcf77d68">15ae93f4</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-08-05T16:10:01-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>try to fix cifti overwriting issue on smb/cifs

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a4220c1a711222237e1fd350806d8fd5f79f5b42">a4220c1a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-08-09T11:33:08-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-947 Edit Scene Name/Description Without Needing to "Replace" Scene: Added "Edit..." button to Scene Dialog.  When clicked, it allows the user to edit the name and/or description of the selected scene without having to recreate the scene.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2514739939e7d6611b65ae758cbdf96a37cbf6db">25147399</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-08-09T12:43:54-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-947 Edit Scene Name/Description Without Needing to "Replace" Scene: Add BALSA Scene ID to editable scene items.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ea2e453761de5de8bdcf676cef1ca58f690ee09c">ea2e4537</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-08-12T14:56:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Remove some logging statements from show scene command that were used to debug the symbolic links in file path problem.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ca64ff3b50fd4bfd8636baf0985fa2379d31c4c2">ca64ff3b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-08-12T14:56:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added constructor to Matrix4x4 that accepts vector<vector<float>>.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e085485720099a6b88c55566cb15c5e4cea919de">e0854857</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-08-12T14:56:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Initial implementation of using hist2mri.nii.gz to convert a CZI Pixel Index into a Stereotaxic Coordinate.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/511af5256300ce873279f4e6b2a28a69b97d6b3c">511af525</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-08-12T14:56:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added image pixel mode to Brainordinate Identification Dialog.  Changed layout of dialog so that controls are only displayed for the selected identification type (dialog was getting too tall will all controls for all ID types).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e3638cf5e7450f7ede8693c90d84df9947806160">e3638cf5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-08-12T14:56:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added methods to get/set the column of a matrix.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/03d1f7cd5b14de66afc619723233cdb4ce07d9bf">03d1f7cd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-08-12T14:56:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Revised brainordinate identification dialog to support pixel identification.  Incorporate NIFTI files for conversion between pixel and stereotaxic coordinates.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/45b6db6247d2e846bfb5aaadabcd0510b5ecebf0">45b6db62</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-08-13T10:02:25-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>std::round() failed to compile on mac build system so trying std::roundf().

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5ebc6536bb20fb40df9feab76023d66b155fd5f2">5ebc6536</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-08-13T10:05:52-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>std::roundf() did not work on mac build system so trying ::round().

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4b708e8ef58f6ed05b8a4a3d30cbb6a09303f783">4b708e8e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-08-13T10:10:24-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>::round() failed so remembered MathFunctions::round() so trying it.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5b0701832285936643bbe7bb05314ec489a24aa6">5b070183</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-08-13T10:11:52-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>::round() failed so remembered MathFunctions::round() so trying it.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c0e8a9f8f8d806e4a93a13f962dcc271efd48c26">c0e8a9f8</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-08-13T15:33:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix typo in duplicate argument checking

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2605e8a98d23d229d54a9e6847ad64f678217ea7">2605e8a9</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-08-17T16:11:36-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>add missing <limits>, cleanup

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8ec990363537b1f8ede7493b9e191f26e7310617">8ec99036</a></strong>

<div>

<span> by Yaroslav Halchenko </span> <i> at 2021-08-17T18:55:31-04:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Include upstream patch https://github.com/Washington-University/workbench/commit/2605e8a98d23d229d54a9e6847ad64f678217ea7.patch to resolve FTBFS with gcc-11 (Closes: #984024)

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/cef5928b02b2fdca8d6900b6fec25256c0d8f419">cef5928b</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-08-17T17:59:11-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>restore deleted libCZI license, update copyright info

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4d5ccc6b0a3cd48e64f6c84174362a4883d8043d">4d5ccc6b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-02T11:45:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Resolve WB-932 SEVERE message produced by wb_command -show-scene: A kludge has been added that disables the message when the show scene command is run.  The show scene command will be replaced with an improved version sometime in the future.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/dae94fdce75b2c0a9d405ff9b30c3e951f159d0f">dae94fdc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-13T12:45:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Renamed IdentifiedItem to IdentifiedItemBase as first step of identification revision.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fdc81b658159856469297116af32418c08ff305d">fdc81b65</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-13T12:45:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Clean up scene saving for identified items.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/58ac3d84e1c31efa24c2876b5bb3ce4560dee240">58ac3d84</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-13T12:45:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Bug fix from last commit that failed to restore some scene identification items.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/da4efb478b8b5cd3ae08c04c7360154561144ae1">da4efb47</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-13T12:45:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Continuing revision of identification system to support images and showing an identification symbol on another model type (ie: surface symbol on volume slice).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5539df36c7e8b5d6ab27920e479c73cdd6fc2770">5539df36</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-13T12:45:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'> WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Continuing revision of identification system.  Replaced media/surface/voxel ID symbol with a universal symbol.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c0c8d7a7bee3b22000e7597d99fc2fb39d9610e6">c0c8d7a7</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-13T12:45:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Continuing revision of identification system.  Replaced media/surface/voxel ID symbol with a universal symbol.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/82744465622fa983838f8be83e4fbeaf9e2a4b49">82744465</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-13T12:45:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Continuing revision of identification system.  Added logic to display an identification symbol from surface or volume with XYZ coordinate on a CZI image.  This is not testable until a surface/volume is available that matches available CZI images.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c8ada29ef59500ade508db23225216686755bec0">c8ada29e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-13T12:45:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Continuing revision of identification system. Fixed display of surface identification symbols on volume slices and added tooltip to identification symbols.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/93fc8412a48784598103500b9e5567446addfb59">93fc8412</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-13T12:45:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>CZI Library: Fix compilation warnings for unused local variables and function parameters.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a88c41cbe31926cb8725490b13ff8dd3b9fd8e48">a88c41cb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-13T12:45:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed pixel index when getting RGBA value from CZI file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4b933c41d33954586c4927344522b0497c7cc592">4b933c41</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-13T12:45:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed size of symbols caused by error in GUI (size spin box was not blocked when updating and caused emission of values changed signal); Fixed identification symbol tooltip to omit the XYZ coordinate when unavailable (image with not spatial data).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4d399d2cd23cae460c7d982117bc06f117b3c349">4d399d2c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-13T12:45:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add "doneCurrent()" to end of BrainOpenGLWidget's destructor to reset the current OpenGL context (makeCurrent is called at beginning).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a663c2f0d92bb3343313185e5dbbd224a413fd6b">a663c2f0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-13T12:45:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Continuing revision of identification system. Displaying ID symbols from surface on media and vice versa is working but probably needs more testing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4599bee8e8df2c9fef8a4368231923a605faad01">4599bee8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-13T12:45:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Fixed display of image or volume identification symbols on surfaces by examining X-coordinate to determine if it should be displayed on left or right hemisphere.  Improved tooltip for "show on other models" in Identification widget.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/231e9992d6176eee82f7f7041e03924d4b740ae9">231e9992</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-13T12:45:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>in the CZI CMakeLists.txt file, disable some compilation warnings to reduce the excessive warning messages.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8f3d2ada23ff3bff57760b2f7ac9fb0a787f7f3f">8f3d2ada</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-14T09:59:25-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Fixed problem with ambiguous constructors for PixelIndex.  Added item to developer menu that performs Pixel to XYZ and back to Pixel for testing CZI transforms.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7d7c7d8634b1ff25725202fa4a4002945ae1ec42">7d7c7d86</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-14T09:59:53-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added method to get rows/columns in StringTableModel.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/717e0f5ab736afcbb7b8a94374145176083fd4c7">717e0f5a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-14T10:00:20-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add option for file selection combo box in WuQDataEntryDialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0d15b7c87137af4a0bcab36939e77357c36290c0">0d15b7c8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-14T15:15:50-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add image support to data entry dialog and add method to get a fixed Qt Font from Qt Utilities.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8f8d5fe307e1e4d902d796c3e36fdc502a16d41d">8f8d5fe3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-14T15:19:07-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Item for testing CZI transforms in the Develop Menu has been updated to show the output in a dialog.  In the dialog is text output containing the results of the pixels used in the test.  There is also an image that shows the error measurements where white is more error and black is less error.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7ab5e5a0110822f4a4792200f2bd591bd1f4366f">7ab5e5a0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-15T09:22:19-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add a parallel Qt loop just for testing but now disabled.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/700d1b6d1cfca4a57df2cf5ba90b9abcc347cc06">700d1b6d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-15T10:09:53-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix compilation errors on some build systems.  In CZI module, placed disabling of some compilation warnings (to suppress the many warnings) in an 'if compiler version'.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3f135f58d485ac98dafdcce06bc1975ee2876181">3f135f58</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-15T12:58:36-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In show scene command, log, at the FINE level, information about OpenGL.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/307b745fb0d70d9c14e28c3fde88823c15dfe7f7">307b745f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-15T12:58:36-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-932 SEVERE message produced by wb_command -show-scene: Suppress the message about inability to delete texture.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/89490cdfb290e6870c4c01a278f514e400a3f35d">89490cdf</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-15T15:03:07-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'> WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: When drawing non-surface ID symbols on a surface, attach them to the nearest vertex in the surface.  If symbol is "too far" from surface, it is not drawn on surface.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/87d856a728003b0fb586f0ec1886f2860da91226">87d856a7</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-09-21T22:13:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>add warning for affines that have a malformed fourth row

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fc15596d9063092549cd69789bee04c8f448165d">fc15596d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-22T11:58:46-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Remove two unused variables reported by compiler warnings.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7f0aeb602aac37cecf37c01d1feae0dcf1202348">7f0aeb60</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-22T11:58:46-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-950 Allow copying and pasting of multiple annotations:  Annotations that are in the same space (must be tab or window) now support cut/copy/paste.  If all of the copied annotations are in the same user group, the pasted annotations will be placed into a new user group.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/974534509a8fde61351a881f14375498cbe9ecf7">97453450</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-22T16:00:36-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For chart axes, do not use any padding when axis is off.  Also no numerics padding when labels are off.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5f56c10840a7872f7b4afa78cc317dc18eea5445">5f56c108</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-23T14:22:52-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Line Chart Mean/Dev Request: Line charts (ability to do actual mean + factor and actual std * factor) so that data can be rescaled in a way that preserves relative scaling of different lines, rather than completely replacing the mean and standard deviation.  While a factor can be added to mean, it may have no effect because we subtract the mean and later add it back in.  We only compute deviation when "New Deviation" is enabled so it must be enabled for "Multiply Deviation" to have an effect.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ca6bc22cf5cc80ce439d861e2dbb3ae46ea6ba63">ca6bc22c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-23T16:17:11-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For chart line normalization, replace "Add to Data Mean" with a "Data Offset".  Data Offset is applied after all other computations and is used to simply offset the data in a vertical direction.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/35ec917834bf6b23fe08b2f65e846d52f9a74047">35ec9178</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-24T10:40:33-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed chart axes so that ticks can be displayed even if the numeric values are off.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0343ff2a464d308e6332d85a4105751cad3e2d4a">0343ff2a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-24T10:46:24-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Remove some commented out code.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/96bb59668f2ee6ea1f74eebbb8046213c629b05c">96bb5966</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-24T11:23:03-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Chart line layer normalization: Changed the way "Multiply Deviation" is applied.  It will now multiply the deviation (previously New Deviation also had to be on).  "Multiply Deviation" takes precedence over "New Deviation".   These two parameters are actually doing the same thing.  A "Multiply Deviation" of 2 is the equivalent of setting "New Deviation" to double the actual data deviation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2c1890737d47361dcd585ebe8ac7328c6f457b74">2c189073</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-24T17:45:12-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed using arrow keys to move multiple selected annotations.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4a96ba7fa6b180b8a755c932a4c34cbd143ffcea">4a96ba7f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-27T11:28:30-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed failure of moving multiple selected annotation using arrow keys.  Fixed moving of media space annotations with arrow keys and with mouse.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c71636a089c6b927e457f530a0eb51cc9fd00c59">c71636a0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-27T16:16:54-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-949 Graphics occupy only bottom corner of window on Mac with newer versions of Qt: On High DPI Displays, the OpenGL viewport is actually double the actual size of the widget.  When resizeGL(width, height) is called the width and height must be multiplied by devicePixelRatio to get the true OpenGL drawing size.   High DPI must be enabled by setting a preference on the OpenGL tab of the Preferences dialog.   High-DPI is needed only on Macs when the version of Qt is something after 5.7.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/13bd3588225f4c566868b15ffac2ba13e9d1a5ca">13bd3588</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-28T16:28:28-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-949 Graphics occupy only bottom corner of window on Mac with newer versions of Qt: Instead of a boolean for enabling and disabling high DPI display logic, replace it with an enum with Off, On, and Auto.  When Auto is used, wb_view determines the high DPI status using the operating system and Qt version.  Add a new tab to the Preferences dialog for "Displays".  This contains the Off, On, Auto High DPI selection.  It also contains text explaining High DPI, how the Auto selection works, and information about all displays.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3aa650ec208e9ac2ba39f4ff5ea02540d0caddf0">3aa650ec</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-09-30T09:04:36-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Correct compilation warnings.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3c8735fafe30162e82ddccf54875f3bc5e37b865">3c8735fa</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-01T16:15:19-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix warning for a multiline comment in CZI.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/84766a1fbaea1566ddbaf79aff90f2357dc7bb5c">84766a1f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-01T16:16:04-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed crash after reading a CZI file that was created from a JPEG.  The file contained less metadata than other CZI files we have.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/313654b07284a21e38d30b877f183292267346c2">313654b0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-06T11:35:29-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Disable all warnings in the CZI module using '-w'.  There are many warnings in it and after upgrading Xcode on my Mac there are now hundreds more.  Note: This only suppresses warnings in CZI and does not affect other modules.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c74fa5895d26c263b294a54b913183e147718f7c">c74fa589</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-06T13:12:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Replaced #ifdef statement that tested for Qt 6 with tests for the specific version when the new function was added.  This reduces compilation warnings.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bb8ca19d4ddbaf7fcc8092b6579006e13ea4d4b3">bb8ca19d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-06T13:46:11-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Use CHECK_CXX_COMPILER_FLAG to test support for compiler option Wno-deprecated-copy.  This prevents many warnings in Qt that occur on MacOS with the latest Xcode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a964fb41143725de62c5758755e827d47690391f">a964fb41</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-06T13:58:40-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed the Q_OBJECT macro from ChartTwoAxisPropertiesEditorDialog.h.  There are no signal/slots in this class and the presence of the Q_OBJECT macro caused a linking error with Qt 6.2.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/76e6d5236c7a7dda01fca180795e5c72c303db16">76e6d523</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-06T15:26:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Correct compilation warnings.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5abaeb30567d2ceb8450b6d567c9c9edf30a8ea6">5abaeb30</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-07T14:42:16-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For oblique volume slice drawing, add two options to the Develop tab on the Preferences Dialog.  (1)  Oblique Interpolation Type allows the user to change the voxel interpolation type in order to prioritize faster drawing time or better quality volume slice drawing.  (2) Oblique Voxel Scaling allows the user to change the size of "pseudo voxels" used when drawing voxel slices.  Larger voxels reduce quality of the slice images but reduce the drawing time.  If zoomed in enough that the voxels in the slice drawing look "blocky", lowering the Oblique Voxel scaling improves the quality of the slice images.  Changing the voxel interpolation type from Cubic to Trilinear does not seem to alter the image quality much but the reduction in drawing time is not much either.  Increasing the voxel size provides noticeable reductions in drawing time but also reduces the quality of the image slice drawing.  A useful strategy may be to use a larger voxel size when panning/zooming/rotating oblique slices and then a normal voxel size (1) for analyzing or capturing images.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e08c7dd2ec9e01d64aee84e5b71c94181f3ece08">e08c7dd2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-07T14:48:47-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compiler warning by removing the file ChartTwoAxisPropertiesEditorDialog from the "moc" portion of the GuiQt/CMakeLists.txt file.  This file contains no Q_OBJECT macro and thus should not be processed by the "moc" processing tool.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0b7e399c2509b17f64ae72c0b90e8681850f5c0c">0b7e399c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-08T12:37:07-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For identification object displayed from other sources (eg: surface symbol on media), add a preference on ID page of preferences dialog that allows the user to adjust the stereotaxic distance that permits display of the id symbol.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/191555734e41dab53f20210f3f467d95383dc783">19155573</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-08T12:45:15-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed data tooltip display for High DPI displays.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d004cdbaa8de09978eef663a8ab66766e5fc0674">d004cdba</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-15T12:38:30-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-952 Scene dialog and scene file path: Added a "Move" button that is used to move the scene file to a new location.  The old scene file is renamed with a ".bak" extension in case something goes wrong.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1301546e383ad7b92da69e75b57ce9053f532bc7">1301546e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-18T13:34:10-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed bug in FileInformation::assembleFileComponents.  If the input path was "/", the output filename began with "//".  This has been corrected so that the output filename begins with a single "/".

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/436a61a2aae0da0fe7e12f4ac4bf4f9fa1995648">436a61a2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-18T13:42:35-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-952 Scene Dialog and Path: When the “New” button is clicked on the Scene Dialog to create a new scene file, pop-up a dialog that contains the new file path and name.  If the “base path” is valid, it is the path of the new file.  In the event the base path is invalid or is the root directory (data files may be on separate disks), the path will be one of: (1) path name of a selected scene file (if valid); (2) path name of current spec file (if valid); (3) the current directory.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8150036bcd017eaabfb14fbc07677011b04aa7b2">8150036b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-20T09:34:47-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-952 Scene dialog and scene path: Add tooltips to the Scene Dialog's Save, Save As, Move, and New buttons.  The tooltips suggest placing the scene file in the "base path" or a subdirectory of the base path.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e139000393c84e12d787ebf63d25ca48fdbbc1b0">e1390003</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-25T10:04:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Cleanup of graphics: GraphicsPrimitiveV3fT3f was incorrectly named as it accepted only 2, not 3, texture coordinates.  It has been renamed to GraphicsPrimitiveV3fT2f.  A new GraphicsPrimitiveV3fT3f was then created that can be used with 3D texture coordinates for volume files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e767b779f316e5b6c2fd0bffde33af69a104ce8d">e767b779</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-25T10:04:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed/Improved graphics primitives for textures to support both 2D and 3D textures.  Revised experimental textured volume drawing so that it is no longer a kludge.  Now, it supports volume drawing including updates to the map coloring.  Added a "volume texture manager" that manages the textures for VolumeFile and will be used for drawing CIFTI volumes in the future.  Textured volume drawing must be enabled on the Preferences dialog.  Textured volume drawing does not offer cubic interpolation so that may be a drawback but a cubic algorithm could be written using an OpenGL shader.  Lastly, the advantage of textured volume drawing is that it offers very high frame rates for both orthogonal and oblique drawing (80+ fps).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fb188688975aff14ca6ceb6a818225ebc0527845">fb188688</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-25T10:04:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Textured volume drawing: Add support for CIFTI volume data.  Added separate smoothing controls for anatomy and functional data drawn using textures.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d358fe613f0c8df7ece963c02a0da46d25ef8088">d358fe61</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-25T10:04:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improve graphics performance: Added drawing of surfaces using vertex buffers instead of vertex arrays.  Must be enabled in Develop tab of Preferences Dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/038575f02f00db9e590634b051361be340df051e">038575f0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-25T10:04:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Changed text of a couple developer flags to indicate that they affect oblique volume views.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/254b23d7a629ce44dd79e6f5c1d60a0d88204ee7">254b23d7</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-25T10:04:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed print statement from scene restoration of dialog settings.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bf85917830abead922e0d4dbe79cd20d94afcee1">bf859178</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-25T10:04:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added option "-enable-perf" to wb_view.  This option enables the developer flags for drawing surfaces as buffers and volume slices using textures.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c9932b5be304642c49585304264b389ea0eacac4">c9932b5b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-25T10:04:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For wb_command -show-scene: the call to OSMesaMakeCurrent may fail if the output image size is too large so inform user of this.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/286e9398489962bca60ad7ee955c69bf212edcd9">286e9398</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-10-25T11:15:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix compilation errors on Linux and Windows systems.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/dd2e988619426390e4538d23eb9b05e01a6359e5">dd2e9886</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-10-28T23:05:13-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix for bug in PR #57

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3cd2e21ed77df54dcd6178ae917959f50ca5bb65">3cd2e21e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-11-23T10:47:01-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-952 Scene dialog and scene path: Discovered bug.  If data files were loaded but no scene file was loaded, launching the scene dialog displayed the scene dialog and then popped up a file selection dialog.  This file selection dialog popped up because there was no scene file and the scene dialog was trying to create a default scene file.  This scene file dialog popped up due to recent changes made for this issue to induce the user to create a new scene file in the base directory.  Call to create a default scene file (SceneDialog::createDefaultSceneFile()) had been removed.  The user will need to press the New button to create a scene file prior to creating scenes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/253c562f246960e60cf8f88d6244fb573c43ebaf">253c562f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-11-24T12:17:53-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-952 Scene dialog and scene path: Fix another bug.  If a new scene file was created, the scene file does not exist (has not been written yet), and a scene is added, the "Save" button was not getting enabled.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/512c76f8510cdb9ff9cbfb20aa0c10d211a371b0">512c76f8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2021-12-13T10:45:57-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Encountered a stack overflow runtime error in FTGL font drawing on a computer (nvidia graphics system) that has a maximum stack depth of 4 for the OpenGL projection matrix.  On my Mac the maximum projection stack depth is 10.  The OpenGL 4.x spec states that 2 is the minimum stack depth.  Added push/pop for the projection matrix to Graphics Utilities (uses its own stack) and it is used in FTGL font drawing and in Annotation drawing.  This seems to keep the projection matrix stack depth at 2.  Note that I was not able to duplicate the error on a computer so this fix may not fix the problem.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2aebabd6cc82218eea25342d8d42d5d023019bb0">2aebabd6</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-12-13T21:16:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>qt 5.9 doesn't have QVector(begin, end), attempt other solutions

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/05922fff86b11d54b6259473c1ae8e09c5da6aff">05922fff</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-12-13T23:05:20-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix memory leak in point locator

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2915890b2f8fb3fc6967e0b870898a10e97f6e89">2915890b</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-12-14T17:38:58-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>use deprecated rects instead of fromStdVector for qt 5.9, etc

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6e5a91e5b1caed818b7ac9922a59d45b19c751a3">6e5a91e5</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2021-12-30T17:01:43-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>add compatibility flag system, deprecate old -show-scene

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2302e3e5bd77bd626d56600a90990a51ff67fd01">2302e3e5</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-01-13T16:37:26-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>add option for non-spherical resampling surfaces to basic surface based resampling commands

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8502476d2a68670a8f18a329cc5eb38bdc0a6628">8502476d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-25T12:05:45-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR: Started on a volume MPR (Multi-Planar Reconstruction) viewer.  It is available in the combo box in Slice Indices/Coords in the toolbar.

Fixed conflict in GraphicsUtilitiesOpenGL.h and cxx

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9cb675da738451e70d9fd70caaf21b29f22d3239">9cb675da</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-25T12:07:20-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Revised drawing to drawing in "logical coordinates" instead of pixel coordinates.  CZI logical coordinates contain x, y, width, height.  The x, y are at the top left corner of the image and are typically non-zero.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1f072385cbacf43b6d7104188fd4a0e20f936812">1f072385</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-25T12:07:20-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Revised to draw images in "logical coordinates".  Updated to support reading and display of individual "czi scenes" which are actually separate, discontiguous images in a CZI file.  Replaced most "Pixel" functions with "Logical Pixel" functions.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/690d28bd201ce5582b2141519749c3413f567163">690d28bd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-25T12:07:20-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Starting on implementation of a new multi-resolution image loader that supports different images in each tab/layer.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/be9f91b42b9e716d222b87a0efd1e0600cc2405e">be9f91b4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-25T12:07:20-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Implemented new loader for CZI image data.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/cb0098a19ec92febc4849ac16df30d35da7732ef">cb0098a1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-25T12:07:20-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Continuing implementation of new Image Loader.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bc8a9aaca2604dd8f88ef3bcf52d9ebb90f1151e">bc8a9aac</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-25T12:07:20-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Fixed bug with image being improperly destroyed.  Clean out "default image" that is no longer needed.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b9185e4c504548ddaff3b232e44be4786eb6603c">b9185e4c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-25T12:07:20-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Add menu item for exporting CZI to image file on Save/Manage Files more (sprocket icon) column.  Was able to write a 53481 x 37932 image to several different files formats.  When testing, was able to write to JP2, JPG, PNG, PPM, and TIFF.  JPG and TIFF displayed in MacOS Preview App; the others did not.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/efb5447de2b01d1d2074c6434266e16799f43b03">efb5447d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-25T12:07:20-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats:  Improve loading of older czi/image scenes.  Use the scaling and approximately center the image.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e4b45e9f84247acba6879b1ef53fd68d8dfefa79">e4b45e9f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-25T12:07:20-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Revise CZI selection to make RGB value optional.  Get RGB value by reading from file rather than the QImage in CziImage.  QImage will be removed in a later update.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d01e0a7cd8371e64774c8b084261298972aac58e">d01e0a7c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-25T12:07:20-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: No longer copy CZI bitmap data into a QImage (code remains if needed in the future).  Instead, use the CZI bitmap data directly when creating the graphics primitive for drawing a CZI image.  Update the graphics primitives that use textures to support a 'row stride' (sometimes image rows are padded to preserve a byte alignment) and to support images with the origin in the top left corner.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/878330d6e0815b71d9c13731ad7efbbd7279068f">878330d6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-25T12:07:20-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed problems with sizes of identification symbols on surfaces and images.  For surfaces, no symbol was displayed if size was changed to percentage.  On images, if zoomed in symbol became way too large.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2fcf768489881a9c3eb287965fb111f2e35c227a">2fcf7684</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-25T14:51:56-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation warnings.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d6514cb936e75fd1bf4b098d1373ed9da0d7fd1c">d6514cb9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-26T09:43:33-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation warnings from other compilers.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8c240bc4d99e59c57c3481b2af33600f2cf08c73">8c240bc4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-26T11:28:02-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation error on Mac ARM build.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2545fb86d842819c767e3667034516d5124be8b4">2545fb86</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-27T08:25:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Add option "-czi-develop" to "wb_command -file-information".  It is used to print information about the segments (content) of the CZI file and is for use by developers.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a47dde70070eb2e21a229ba41d491e5493cdfb6d">a47dde70</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-27T08:26:35-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Removed "CZI" section of toolbar as it it currently empty.  Fixed layout issues for vertical media overlay toolbox (Add "All" label to all checkbox; add a label for "Yoke").

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/83163728c3b320243b75b870d338f5ea966099ef">83163728</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-27T08:37:54-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Trying to fix compilation errors with Qt5 (I'm on Qt6).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/92105a12f841b729f7470b63488c635dd3825160">92105a12</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-01-27T09:08:14-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Adding a QtGlobal include to try and fix compilation errors with usage of QDataStream.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9919f002ce352379b2063002d3b35ad2dcc51b52">9919f002</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-01T13:38:09-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add the README.md from CZI library into our source's copy of the CZI library

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/809e3fffded3e3b3ed314abcc326479d7175fb85">809e3fff</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-01T13:44:10-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Renamed CziFileReader to CziFileTestReader.  This class is only used in the file information command and may be removed.  A CZI File Spec was found (http://www.physics.hmc.edu/~gerbode/wppriv/wp-content/uploads/2012/06/DS_ZISRAW-FileFormat_Rel_ZEN2011.pdf) and this code was written to read directly from the CZI file, without CZIlib to better understand the organization and content of the CZI file.  While we might be able to use this document to write a CZI file, indications online are that ZEISS prohibits writing of CZI files (The file format design specification [1] is confidential and the licence agreement does not permit to write data into CZI files.  https://github.com/AllenCellModeling/czifile).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/13468aa224fccc4f027de4dbfdc3e38a43e3782f">13468aa2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-01T13:48:20-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-944 CZI (Zeiss Microscope) image file formats: Improved export of an image file from a loaded CZI image file.  Export is on the 'sprocket' icon in Save/Manage Files Dialog.  A dialog now pops up allowing selection of the export image file name, an option to include an alpha channel, and an option to limit the width/height of the output image file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8b1137e9793531e287cf1b5318538e2b04cefb32">8b1137e9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-02T14:09:04-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Qt 6.x has a memory limit of 128 megabytes when reading an image file.  Histology images may be much larger than this.  If one tries to read a large image, this message is logged: "QImageIOHandler: Rejecting image as it exceeds the current allocation limit of 128 megabytes".  Qt 6.0 adds the static method QImageReader::setAllocationLimit(0) and calling it with zero removes the memory limit.  The downside is that if one tries to read a corrupt image, it may cause allocation of a large amount of memory causing the application to hang or crash.  Qt 5 appears to have the same limit with no way to override it.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5adc9a6fb0e8fdf83948aad7c91ac0d4f2ea79fd">5adc9a6f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-04T15:26:28-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improvements and bug fixes for prototype Multi-Planar Reconstruction Volume Viewer.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/546a5a68c9c1072dfebd0eb267781f733368b4fb">546a5a68</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-07T13:42:47-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For OpenGL error reporting, include the current and maximum depths of the Attribute Stack.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/efa9632b8dddc883944f2dfa59c65e23b36f135d">efa9632b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-07T13:44:19-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improvements for prototype Mult-Planar Reconstruction Volume Viewer: Added volume surface outline, annotations, and identification symbols.  Fixed OpenGL attribute stack overflow error.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e3193df632f8b55f709ae859da56e87ab5d0b657">e3193df6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-07T13:57:57-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed test code for reading a CZI file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4f0657fce707173fbc7861ff3fb53a2aac0723a9">4f0657fc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-08T09:19:53-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation errors with Qt versions less than 6.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/830bbb5b4d994218734fdd12c9eeed6fceca6490">830bbb5b</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-02-14T16:06:55-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix uninitialized value in cifti average in exclude mode with all inputs non-numeric

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4744081113131aab0a5442f4b2bf1b9712884998">47440811</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-02-14T20:23:40-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>improve error messages for improperly written ASCII gifti file, simplify SurfaceFile error logic to immediate throw

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f53ea70a0b70af0ec369cc37e8e02c3882f7d1bd">f53ea70a</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-02-17T17:55:32-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>allow -file-information to return more informative errors

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b985f5dc8dc38abf9f8ea522ec4dc06884f3696e">b985f5dc</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-02-22T17:48:23-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>help text improvements

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b2aa276a67b138c8fe7f626d4bbce407f468948f">b2aa276a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-24T08:51:23-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume drawing: Change cursor to "4-arrows" when mouse dragging will change slices of other planes; change cursor to rotation symbol when mouse dragging will perform rotation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/05d72d2073b5398b2a5d5d237b193fe3b4f8bacd">05d72d20</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-24T08:51:23-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume drawing: Changed slice scrolling to move along the vector that is orthogonal to the current plane of the slice being viewed.  Previously, it moved along the vector of coronal, parasagittal, or axial slice.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/937cfca615f08791b46cb6ef0fead9e4a2341457">937cfca6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-24T08:51:23-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume Drawing: Changed slice scrolling so that move the mouse from the bottom of the screen towards the top increases the slice coordinate in all axes (moving down decreases).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/82e9164861b2e070d6f5f07a086e8bf53759f6c2">82e91648</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-24T08:51:23-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume Drawing: Fixed "flipping" of slices during rotation.  When setting the "view transformation", the "up vector" was improperly set and became parallel to the "look at vector" causing the flip.  Setting of the up vector has been corrected.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4b5e9ce342978324d75867296cfc010bf6beabf2">4b5e9ce3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-24T08:51:23-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume Drawing: Cleanup of code including replacing std::array<float, 3> with Vector3D.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/58cea0fde1444ea2a8fe7aea7afeebe3cbbe8c51">58cea0fd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-24T08:51:23-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Scene Show Files and Folders Dialog: Fixed bug with missing "NOT FOUND" list file list, show NOT FOUND in red.  Add scene file information in a third tab as it shows a file breakdown by scene.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/330343675ccbbb07e756c59d4612d923fa9f914c">33034367</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-24T08:51:23-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In AString.h, changed all of the fromNumbers() methods to use a default value of ", " for the separator parameter.   Added a fromNumbers method that accepts a Vector3D.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0e81aa8b3404b642d5d78c4c4d14c7e241f12982">0e81aa8b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-24T08:51:23-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added OpenMP support on MacOS.  The src/CMakeLists.txt file contain logic that used environment variables for finding OpenMP as an alternative to CMake's Find OpenMP logic.  These environment variables were unused in our builds and did not function correctly when tried.  They have been replaced with cached variables beginning with WORKBENCH_OPENMP for the include directory, compiler flags, and library.  These new variables are used on MacOS to support OpenMP in Workbench.  While it would be nice to use CMake's FindOpenMP to find OpenMP on MacOS, I could not get it to work.  Some notes I found online indicated it only worked when OpenMP was installed with the "Brew" tools.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0ab643cf11dc5023daefc531f80cabb5860cb9d6">0ab643cf</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-02-24T08:51:23-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added an item to developer menu for verifying OpenMP functionality.  If compiled without OpenMP, it just pops up a message stating so.  If compiled with OpenMP it list the maximum number of threads and runs a small for-loop that should produce "out of sequential order" results if OpenMP is working.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/63c0873209463747d71b72e583b80d49b7303534">63c08732</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-01T09:46:50-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For 'wb_command -zip-scene-file': If the user does not provide a base path, print the base directory that was automatically created by the command.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/863c668a4812dfdee9171875df2df151db32b1f9">863c668a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-01T10:41:46-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add 'wb_command -scene-file-update'.   Palette settings for a data file are saved in a scene.  If the number of maps in the data file changes after a scene has been created, the number of palette settings in the scene does not match the number of maps in the file.  This command will update the palette settings in the scene to match the number of maps in the file by copying the palettes settings from the first map to all maps.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/32dd1b1d3d86fd1df4e7ae3d946f30be8ef9f4c0">32dd1b1d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-01T15:12:52-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update to 'wb_command -scene-file-update'.  Parameter '-copy-one-palette' is now a repeatable parameter so that palettes can be repaired for multiple files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8ab9f17a6b978ea70bf0e24cf9e0bc4b114e13be">8ab9f17a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-02T14:07:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update to 'wb_command -scene-file-update'.  Command has been redesigned to find files with palette problems (number of maps in file does not match the number of palette settings for the file in the scene).  Options have also been added to print files for which palettes are updated (-verbose) and to ignore errors when a file cannot be found for fixing its palettes or the palette cannot be fixed (-Werror).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0a7c170456c59210a693e766a170bb1c9b23b758">0a7c1704</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-02T14:49:52-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When 'wb_command -zip-scene-file' find that the scene file is outside the base directory, add the base path and the scene path to the error message.  This might be caused by symbolic links but need to see these paths to verify.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/68e228ec0659ba5cb424510105a40606481856d7">68e228ec</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-02T17:37:06-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For wb_command -scene-file-update, reenable the -copy-map-one-palette option.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2ac8ec7f8c13bd34da2536d776083234302124ca">2ac8ec7f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-03T14:01:35-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add option -write-scene to -zip-scene-file command that allows writing of the scene file and it may be needed to change fix paths of files from determination of base path.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/267e45828b4b021b4e976044e8ab05235a28b7d3">267e4582</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-03T15:01:04-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Previous change with allowing writing of scene file has fixed problem.  Added setting of custom path into scene file and ignore writing of scene when zipping file in the GUI since the Zip Scene File Dialog updates the scene file prior to calling this operation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/911aea73d5da62c50e9e7ae6fbad483b6ce70ad2">911aea73</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-04T09:44:51-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When file information command is run on a scene file, list the base path type, custom base path, extract directory, BALSA Study Title, and BALSA Study ID.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/953b0dee0fe97ac66a1755ea7ad848d467dd06aa">953b0dee</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-08T14:18:47-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Updated wb_command -scene-file-update with options to add files to a scene or to remove files from a scene.  The user may specify the name of a file or a text file containing a list of files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ad3110e066c9201a190685cb9dc251f3e12d2f4c">ad3110e0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-08T14:29:02-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix Qt5/Qt6 compilation problem.  Qt6 uses Qt::SkipEmptyParts and Qt5 uses QString::SkipEmptyParts.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/79893f14df2adce30907f75080fefb065a0adb69">79893f14</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-08T15:17:03-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improve help text for wb_command -scene-file-update.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6ecb6b254043e676030c96b26a73d7fbd969c168">6ecb6b25</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-03-10T16:22:50-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>move -cifti-palette off of CiftiXMLOld, work properly for file palettes

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ea4f86042dbe49f2e1a1f65b872eb8497e6946b7">ea4f8604</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-14T09:33:47-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Enable automatic fixing of palette color mapping that is save in a scene.  The number of palette color mappings for a file must be different than the number of maps, the file must support per-map color mapping, and apply to all maps must be enabled in the scene.  This functionality can be disabled by setting "enablePaletteFixingFlag" to false in CaretMappableDataFile.cxx.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/10bfda9a8c5794e04d3df553894917c80dbe9dc7">10bfda9a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-14T09:33:47-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed formatting of DataFileException error message.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/94ab2d21ee3b56375804cfba9481fd754460b8ee">94ab2d21</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-14T09:33:47-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixes and updates to wb_command -scene-file-update.  For removal of a file by name, fixed removal of a file that does not exist.  Add new option "-remove-missing-files" that removes files that are in spec file but do not exist.  Allow user to specify parameters in any order but process commands in proper order (remove files before adding; update palettes after adding).  Allow command to complete even if there are errors in any of the operations and print error messages but allow command to abort if new option "-error" is specified.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3f5e6b45aa5246fd16c7638c18d353db132dced0">3f5e6b45</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-14T09:38:36-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Remove unused parameter.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c513d68fca9951cf93746c9f269b5eed87e4562d">c513d68f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-14T10:51:04-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When wb_command -file-information is run on a scene file, add "NOT FOUND" after the names any files that are not found.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4a80c79caa4855905ab1b8ca506737253704cdb3">4a80c79c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-14T11:09:20-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For scene file update command, if there are errors loading the scene and the user has specified the remove missing files option, add a message explaining that errors loading the scene (missing files) can be ignored since the scene errors are for the missing files that will be removed by the command.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3549b300fc34c383036ddbec08a8a26e08c87fd5">3549b300</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-14T11:24:23-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improve the scene loading error message for the scene file update command.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/17f8c880d81d0348a2c098b93a7965b0d89f4ba9">17f8c880</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-15T15:19:18-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When a scene is created, include the Workbench Version, Date and Time, Commit Date, and Commit Version in the SceneInfo section of the Scene XML.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b5ca5cdc7d5c1dbf25230fcdc85a380aa66746eb">b5ca5cdc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-15T16:00:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Remove unused classes for writing scene file that were replaced by the Stream Writer.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/512308ecc04b66c1ce5650653bee869b12d9965c">512308ec</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-17T08:53:20-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed scrolling of slices with mouse in Orthogonal View.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/26396217365e0d21bfb878b05ef76c61246d2b75">26396217</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-17T15:23:19-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Move GiftiMetaData, GiftiException, GiftiMetaDataXmlElements, and GiftiXmlElements from FilesBase to XML so that they can be used for SceneInfo's metadata.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/69fc8a3534b4c4e38333b4659860d621720610d9">69fc8a35</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-17T15:27:22-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When a scene is created by the user, add this metadata to the scene: the Commit, Commit Date, Current Date/Time, Workbench Version, and OS Version.  This same metadata is also added/updated in the scene file when it is written.  Metadata is added to scenes as scenes in the same file may be created by different versions of Workbench.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2dc8fba900075dde3388996f14e83acbc45d0137">2dc8fba9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-18T12:45:57-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Display a scenes metadata: (1) In output of wb_command -file-information when run on a scene file; (2) In Scenes tab of Files and Folders dialog displayed when Show Files and Folders button is clicked on Scene dialog; (3) In Scene Preview dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/089a44bdeb11fb94dc96826aec8b2f5e6daba6da">089a44bd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-18T14:50:42-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Modified commands -show-scene and -scene-image-capture.  If Workbench is built without Mesa3D, the commands will start but exit with an error message indicating that the commands will not run due to the lack of Mesa3D when the software was compiled.  Previously, a command not found message was printed.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/105e6b81c769c8e29030cf2b3aef5068259ce626">105e6b81</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-22T15:16:12-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Image Capture Methods: Removed "Render Pixmap".  It is only available in the obsolete QOpenGLWidget, available in Qt 5 but not Qt 6.  Default capture method changed to "Offscreen Renderer".

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f9d35729da388b00c979771954b5fe0bc0b67ab6">f9d35729</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-03-23T17:41:22-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix segfault in SceneInfo copy constructor

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f6e960f6831470b5755de94b5a9d44f1f13d86ce">f6e960f6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-24T09:47:03-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When writing SceneInfo, write the MetaData before any other elements.   One of the SceneInfo children is 'Name' and 'Name' contains the name of the scene.  MetaData also contains a child 'Name'.  When BALSA scans SceneInfo looking for the name of the scene, the last 'Name' element becomes the name of the scene.  By writing MetaData first, BALSA gets the name of the scene from SceneInfo:Name and not MetaData:Name.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/44f55b47399e71d67e7933baebf13cdcb31ff9b9">44f55b47</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-25T14:23:39-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-955 Replace surf/vol millimeters/percentage combo box with radio buttons: Radiobuttons have replaced the combo box.  The millimeter/percentage size spin boxes are enabled only when the corresponding size type is selected.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/eb4d7bfec323f50db42e09290e6743dce94f8c35">eb4d7bfe</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-25T14:49:00-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix signals incompatible between Qt5 and Qt6.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b812b13f3c6a2b2e56c60f5ced3865d3ad80eef2">b812b13f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-28T08:55:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Suppress diagnostic message "Populating font family aliases..." that occurs on MacOS in Qt6.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5b742b7c312ad210ec9be85a4f51bfca15ed4d08">5b742b7c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-28T11:33:36-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-955 Replace surf/vol millimeters/percentage combo box with radio buttons: Added separate symbol sizes for media since media is always percentage.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f03d84fd4c10459bcb6bdac641c3ab91724109d0">f03d84fd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-30T08:58:21-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-956 Dialog listing modified files is too tall: Replaced usage of a Qt dialog with a new, custom dialog that contains a scrollable region (if needed) for listing modified files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/643f985c7408b6abeade083b6d9ac6c6a8739887">643f985c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-03-30T14:02:07-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Updated images for message dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5bec23dd9d2629ac1b0fd65017b980ad27479caa">5bec23dd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-01T14:09:57-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add a new message box dialog that places the text in a scroll area when the text is long.  The Qt message box is too tall when the text is long.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0ca22002079c6f50005ffc8d2b43d62a9edc278b">0ca22002</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-01T14:52:05-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed memory leaks when surface type files (surface, metric, label, rgba) are rejected when their number of vertices does not match the number of vertices in the corresponding structure (ie read both 32K and 164K surface for right hemisphere).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ecfe9070accd95ce3ceec131196df5ca3a3f130a">ecfe9070</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-04T13:28:52-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume Viewing: Fixed panning in (1) AP was backwards in parasagittal view; (2) LR was backwards in Axial and Coronal when in a radiological view.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/44adf330981f72948a1c28de0cb3f0b9f27d0f92">44adf330</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-05T12:21:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume Viewing: Changed panning with mouse so that the anatomical location under the mouse when the mouse is pressed follows the mouse while panning.  Works well with zooming.  Does not work well when there is rotation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6b38dcdf8dc6672d8921fa548432fc5396ac03fd">6b38dcdf</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-06T08:13:13-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume Viewing: continuing MPR panning with rotation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/196f8757a617b96faaa10ec4dfd9a68be8509a42">196f8757</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-06T15:58:28-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume Viewing: Redesign of translation when applied to MPR volume view.  When translating with mouse, the anatomical location under the mouse now follows the mouse and works with any existing translation, rotation, or zooming.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/36c810ff15ad133e53ed6d1037ca4124deac3660">36c810ff</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-06T16:39:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume Viewing: Cleanup of some code.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/14cf4483298387b93793f11a417eb5dd00941fd9">14cf4483</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-07T11:36:07-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation warnings reported by mac universal build with Qt 6.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/28781d53a01304d31b772e16e0d71e7a2a726854">28781d53</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-11T09:51:29-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improve tooltip for identification symbols so now "ID from <type>" where <type> is media/surface/volume.  This helps differentiate from a pixel/vertex/voxel tooltip.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b83c135035f6982d9329972336c8737d7acd7e50">b83c1350</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-12T11:31:02-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Revised Identification "Show Symbols On <type>" checkboxes.   Previously, they controlled the display of ID symbols based upon the type of model on which the identification was CREATED.  Now, the checkboxes control the display of symbols on the type of model.  Thus, unchecking "Surface" inhibits the display of identification symbols on all surfaces (regardless of where the symbol was created).  Text of checkboxes also changed to "Show ID Symbols on Surface", etc.  Removed "Show ID Symbols on Other Type" checkbox as it is no longer needed.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9a6df68803cfb7563a9431ebfd2345247f6ad3f1">9a6df688</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-12T16:04:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume Viewing: All view MPR slices working for neurological mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b27b49b88f45ccc3c0af1a03c7b2bd658fd3b005">b27b49b8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-12T16:04:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume Viewing: Fixed rotation in axial plane so that counter-clockwise rotation always increases the rotation angle.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1cef9ae6489ab3885c2a2b77ed811695f74d0995">1cef9ae6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-12T16:04:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume Viewing: Correct drawing rotation of crosshairs and rotation with mouse for Axial and Coronal views when radiological mode is selected.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/80af932080b0208d05a61e75d48a53806b04d762">80af9320</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-13T16:38:08-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume Viewing: Several fixes and improvements for drawing of rotated slices in ALL view.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e4aaa0a5ddf8182f38aa8cf9a8c4faf35a86d1fa">e4aaa0a5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-13T16:47:13-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume Viewing: Removed code for an experimental method for drawing all view slices and its related developer flag.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/db2f7a94eef8f89d58c12e17aafeec9dd189d4a5">db2f7a94</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-14T10:40:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Cleanup of Preferences Dialog: Consolidate image items to new Image tab.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6d78a833cbbccb77e9dc46dd93a6fc4bceb8ba70">6d78a833</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-14T11:27:08-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed experimental texture volume drawing some of which is incorporated in new MPR volume drawing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5cd1569583bdfb3b7e1181b79d22b22f9cc3d4b0">5cd15695</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-14T13:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed preference for cropping of scene preview images.  The option is now on the scene create dialog.  This option is rarely used in development, when debugging a scene and wanting to preserve empty spaces (such as when a model is zoomed/panned).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c537600f2d0f7bbc7a05628c4f4b2a4ab6a1aa6c">c537600f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-14T14:43:47-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Preferences Cleanup: Improve naming and organization of items listed on Develop tab of Preferences Dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/19ae43ab3eadfbb97668dd0e7fe792d2372f409a">19ae43ab</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-04-20T11:17:32-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Media Frame Control updates:•     If there is only one frame (CZI scene) in the file, the All Checkbox, Index Spin Box, and Frame Name combo box are disabled.  If there is more than one frame (CZI scene) in the file, the All Checkbox is enabled.  The Index Spin Box and Frame Name combo boxes are enabled only when the All Checkbox is UNCHECKED.   Tooltips for these controls have also been updated

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fd7a06e69a08d67adaf723b47c403fcd2ffad8b7">fd7a06e6</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-05-02T18:23:35-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>protect against nan/inf in nifti scl_* fields

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b22c38ca963b7a8be6f57e91d722ec89bc821ede">b22c38ca</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-05-02T20:39:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>copy/paste typo in error message

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9819ae237f37b2dd27a5597f24a8321de227825b">9819ae23</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-04T12:32:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>If a duplicate file is loaded (same file loaded a second time), the file's name is modified with an underscore followed by a number and this sets the file's modified status.  If the file does not support writing, clear the modified status since the file cannot be written.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5e02dc2a2bceeb5df235587959ccf8111d6eeac8">5e02dc2a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-04T12:32:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed bug that resulted in two exit dialogs.  If the user clicks the close button in the window's titlebar, this issues a close event.  In the handling of the close event, the exit dialog is displayed.  If the user selects Exit from the File Menu, it displays the exit dialog and if the user confirms exiting, the window's close event gets called by Qt and it was displaying the exit dialog a second time.  Now, the close event will not display the exit dialog if the user selected exit from the file menu.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/128acadd6cc010990018efcfdeeaf09bff6394ce">128acadd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-04T12:32:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Media Overlays: Removed "All" checkbox.  "All Frames" is now the first item in the frame name combo box and used to select all frames.   Cleaned up code including updating to modern signal/slots in GUI for media overlay.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a3b0a35e93aa5af8d47b0b3a5af577fd873b1ed9">a3b0a35e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-04T12:32:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>CZI / Media: Added yoking of media frames including yoking with brainordinate overlays.  Does not yoke to "All Frames" at this yet.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d90bdf43bd084f62a4f7958021f871a0313d3df7">d90bdf43</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-04T12:32:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>CZI and Media: Added yoking support for "All Frames".

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/08325bd1661bd17165d28c95ff7f60886a79bfff">08325bd1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-06T12:41:12-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Staring on Maximum Intensity Projection for Volumes.  Is working for orthogonal views.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/21374ccaeb7e9a2a979548829281c79924807738">21374cca</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-06T17:02:50-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Maximum Intensity Projection Volume Mode: Fixed display of volume when there is rotation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/291cee8bc09fc451c26c574529d52e305c137c34">291cee8b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-09T13:38:53-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Correct getting of Cull Face in OpenGL info.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e806ba31ca8403b78d51accb7256fde9d507a309">e806ba31</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-11T15:18:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add polygon modes to OpenGL Information.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/cc8f84804d67992930f21d648aec1fa19e73dd71">cc8f8480</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-11T15:55:40-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed blending for MIP and MinIP modes by drawing a black (MIP) or white (MinIP) slice just prior to drawing any slices.  The black or white slice is needed since these intensity modes use blending with MAX or MIN and drawing of all slices along the viewing vector.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1d0ea7a317381a0ac50eb241948641c9df5c9069">1d0ea7a3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-12T16:25:36-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume Intensity Drawing: Cleanup and improvements.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/efae8fddd2126e31b40649618be7f80b752a521b">efae8fdd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-13T17:10:36-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume Intensity Modes: Show ID symbols from other sources (surfaces or volume slices).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a167d6f569ed2838dbc701f802600d63ca7c5385">a167d6f5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-16T11:54:40-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume Intensity: Add MIP / MinIP for CIFTI volume data in slice and all views.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c0025cad1819c99740c5cb0c79cd2e556dc0b634">c0025cad</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-17T08:54:54-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed some old code that forward referenced a class that no longer exists.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3865bd158554ef69de3b3e36e8e5ab9bb3162f79">3865bd15</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-17T15:48:04-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Clipping Planes Improvement: (1) If user toggles the clipping plane button in the toolbar to enable clipping and none of the X/Y/Z clipping planes are enabled, enable the three clipping planes; (2) On clipping planes pop-up widget, if user enables one of the X/Y/Z clipping planes but the global clipping planes display status is disabled, enable the global clipping planes display status; (3) Add a new "Pan Mode" with a selection that allows using the Volume Slice Coordinates from Toolbar as the panning for the clipping planes (changing the slice indices/coordinate moves the clipping planes.)  Default for "Pan Mode" is the pre-existing pan x/y/z values on the clipping widget.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/71e88d41fb390c11db4110ea08c6bffd4bb6c771">71e88d41</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-19T10:00:33-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For Volume MPR: An identification operation is used to determine if an MPR crosshair is under the mouse.  Add filtering so that only identification of crosshairs is performed instead of identifying everything.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bef3a8a72acd0189abddaaa4e54a43ca309ac52a">bef3a8a7</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-19T11:34:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume Intensity Modes: Added identification of voxels in volume maximum/minimum projections.  This is performed by finding the voxel with the greatest/least intensity along a vector that intersects the volume with the vector starting at the location of the mouse click.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d8297c35c734db63659d84b982793f77f4397242">d8297c35</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-20T16:10:41-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added new cached CMAKE variable named WORKBENCH_APPLE_WB_COMMAND_BUNDLE_FLAG that is only used in Apple builds.  When this variable is true, wb_command is built as a MacOS Bundle (wb_command.app).  When false, wb_command is built as a normal UNIX executable.  The default value for this variable is TRUE.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2c91d8f75684f352558d4c10c8e15e26fdf3f04e">2c91d8f7</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-23T09:05:35-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In movie recorder, update finding path of ffmpeg for newer wb_view app structure on MacOS.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/58eb62fce844f63fc61648652d9fee35d1a12724">58eb62fc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-24T13:40:13-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume Modes: Updated controls in Toolbar:Slice Indices/Coords.  Combo box selects slice viewing mode (Orthogonal, Oblique, MPR, MIP, MinIP.  Button to right of combo box selects sub-modes: Masking for Oblique, and Neurological/Radiological for MPR, MIP, and MinIP.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3e06d84d622e6b7cad23554ec69d0bc80f912ac8">3e06d84d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-24T15:30:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume Modes: Fixed yoking of orientation mode (neurological / radiological) for MPR, MIP, and MinIP volume slice modes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fca18e63b98ef6b3733b6e96f31fc56edc550eb0">fca18e63</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-24T15:31:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR, MIP, and MinIP modes: When radiological orientation is selected, change the color to red for the "R" in the tool button to make it obvious.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c22556aee02b8e70d54e28691626ecba7edf981f">c22556ae</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-27T16:45:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Revising controls in toolbar.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3c7dde62ffc5547b42a93b758479e6d209f56e93">3c7dde62</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-05-31T14:17:33-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Implemented slice thickness used in MIP, MinIP modes.  Slice thickness limits the number of slices to a thickness that is centered on the selected slice coordinates.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/07e724f81164f5c3513d751d20373c6fdfc30239">07e724f8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-01T09:21:41-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Initial implementation of Average Intensity Projection.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6c8108c3476b9032f1d10abb7fb4a9de1a9e09d4">6c8108c3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-01T12:37:18-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume Intensity: The button used to select MPR options pop-up widget and Oblique options widget in Toolbar -> Slice Indices Coords has been updated.  The arrow to pop-up the options widget remains.  Now, clicking the non-arrow portion of the button cycles through each of the MPR modes or Oblique Masking modes and displays the current mode instead of the text "Opts".

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/001534c59fe45ddcdc1d6460c3c42221c8871d76">001534c5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-01T12:45:15-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume Intensity: Fixed compilations warnings by removed unused method parameters.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6491e5d66cff873e6eeff01c1aba465a9336a9cd">6491e5d6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-01T17:00:10-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed MathFunctions::nearestPointOnLine3D().  Its output of "pointOnLineOut" was incorrect.  This output was not used until today with volume intensity processing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0e2ade2012562ecc2cd8f9e90daccbdab2f8e6c0">0e2ade20</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-01T17:01:01-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume Intensity: Add "thickness" usage in ALL view with new checkbox on the Volume Intensity Widget.  Using a thickness helps with the Average Intensity Mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/66e10e390e9fd8cabff98f4aff214488a1aa08da">66e10e39</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-06T16:46:21-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume Intensity: Set parameters for slice thickness spin box range, decimals.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a4c5fc925d60eb87b5b07b8773218f39db1b5aeb">a4c5fc92</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-07T08:54:52-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation errors and qt version incompatibilities on other systems.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c1a1f78a5401c5df5b71a83c761d1042dc135171">c1a1f78a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-07T14:35:42-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed problems with incorrect percentage symbol size on volume slices.  When percentage was used for volume data, the percentage was based upon the longest volume dimension.  If the "brain" filled the volume file, this worked okay.  However, if the brain was much smaller than the volume (lots of empty voxels around brain data), the symbol was too large.  Now, the "non-zero voxel extent" is found in the volume and it is used for the percentage symbol size.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/42bb36a0c67180a9e79ff7aec191004fec4cccd4">42bb36a0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-08T15:06:01-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-959 ID Improvements: In Identification -> Filter tab, added a "Vertex/Voxel Geometry checkbox.  When checked, the default, information about the surface vertex (index, XYZ) and / or voxel (IJK, XYZ) is displayed when an identification operation is performed.  When off, this information is not displayed.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d70b65c61470cf6c0e879b708e0a20c4460884b3">d70b65c6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-10T09:50:47-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-960 ID improvements: Change Identification -> Files tab.  A checkbox that force a file's inclusion in identification information was removed.  It was replaced with a combo box that allows the user to always include the file, include the file only if the file is in an overlay, or to never show the file information.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4504af45516f1e2ee1276d65ca958144166e025e">4504af45</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-10T10:12:04-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-960 ID improvements: Fixed bug that caused Identification -> Files to be empty.  Content (list of identifiable files) was empty until an identification operation was performed.  It is now updated when a user-interface update is received.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fc8f5c283513b8a743e94ce92eb1bfd37368925c">fc8f5c28</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-14T15:14:22-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-960 ID improvements: Revised Filtering of Files displayed during identification.  User now has option to display a file: (1) "Always" - always displays identification data for file; (2) "Never" - never displays identification data for file; or (3) "Overlay" - only displays identification data for a file if the file is in an enabled overlay.  Also, some revisions to media (CZI, image) identification text generation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1f058b354627849c4c74e470d13962f18e5caf00">1f058b35</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-15T10:40:16-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-960 ID improvements: Fixes for media identification.  For CZI files, only successfully identify if the mouse is clicked over valid image data in one of scenes (frames) that is displayed.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/16384bd4bb5fd3ee0f28de90b60b5264a6f0ea80">16384bd4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-15T14:43:57-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-957 Volume Intensity Modes: Updates to user interface.  Replace combination toggle button and menu arrow with a a "down arrow" button that pops up the MPR options (or Oblique options if in Oblique mode).  Note that disable toggle button cycled through the intensity modes and was an improper usage of a tool button.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3e08da1d9cf756daf4baa71c26233f5d9f7cc793">3e08da1d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-16T09:43:53-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-960 ID improvements: Improved tooltips on radio buttons in Identification -> Filter to clarify their functionality.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6c817e66d0eedffcc84323bbcc837c639222575d">6c817e66</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-16T09:54:20-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add an "UnLock" button to prevent improper editing of BALSA Scene ID: Unlock button with warning dialog has been added to Edit Scene Dialog (and Add/insert/Replace Scene dialog).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8447ec7560e739b80ac26ad2935e415d505ab354">8447ec75</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-16T10:11:15-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added missing header file needed on Linux and Windows.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/22fa1cfcb033f618f0cbc971c70b948155129af0">22fa1cfc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-17T10:16:20-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-960 ID improvements: Fixed failure to include Volume files in Identification -> Files tab.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1e6d5c5c9fb01e9181c8be764a1099957100f509">1e6d5c5c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-17T12:32:16-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-957 Volume Intensity Modes - Fixed All View (3D) of intensity volume to draw the correct map (not first) for multi-brick volume files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d3bcec2d8bc747ebf9f7b61307557aa9473fc65d">d3bcec2d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-06-17T15:27:32-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>WB-960 Dialogs improperly displaying when a scene is loaded.  A user experienced display of Surface and/or Volume Properties dialog when restoring scenes on a specific version of Linux.  These dialogs do not need to be saved to scenes so scene support for the dialogs has been removed.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8f6a0c1abe5c06116aec22d4db4392fd0446d79d">8f6a0c1a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-07-11T16:42:36-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed volume dynamic connectivity for single voxel.  It failed to update the scalar coloring after loading data and has been corrected.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b5963bd51d99f2472f44ac830b78802912cef4ff">b5963bd5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:58-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Moved SceneClassInfoWidget into its own file and removed it from SceneDialog.h/cxx.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d301b6525a40c5f3dbb3d392d6d13076a41372e1">d301b652</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:58-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In OpenGL information, include supported texture compression formats. Fix comments on glTexImage*() calls in graphics primitive.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/06908fccb6c8dc422e0f18cc1f59c6b346453ad7">06908fcc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:58-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added reading of CZI meta file including creation of transforms involving pixel, plane, and millimeters.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5fd9e90dc9c828f2da74d43714e0a64bd9a27ee5">5fd9e90d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Cleanup of image file code including replacing std::array<float, 3> with Vector3D.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1abbcb805dd17a3e13b1fc59dafda796fe651a5c">1abbcb80</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Continuing CZI Meta File development.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/de91ceb2906c27b7d789fa5bfe34bafe36b6b15b">de91ceb2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added drawing of PNG images containing transforms using new image coordinate drawing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5b022e979722d9cc79db8b22d7f55622d77af18d">5b022e97</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Starting on some redesign of textures used in graphics primitives.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8f8d11c9d65ca7648ac004a99828c21ffa2a5d8d">8f8d11c9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Continuing on some redesign of textures used in graphics primitives.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/31d9a148920e131f1b71ddc66f3b71e1c219a1b4">31d9a148</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed some unused methods from ImageFile

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6cb43b1b4db293dfd368ffeb78e381b9de0f425b">6cb43b1b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Finished redesign of texture revisions that pass CZI image data and QImage data directly to OpenGL texture processing 'BGRA' color mode.  Previously, the images were copied to intermediate store with conversion to RGB.  These changes improve both CPU and memory performance.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4f0f3fe54cdd9c5605dd355ba0b2a2c413c5b868">4f0f3fe5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Revise display of, and add a few, texture compression formats.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/dc08dbe382c84626b6f52ba4e6617bed46cfd596">dc08dbe3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Enabled texture compression for ImageFiles since the images can be large.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/af1dbd5249f289ec0f8bdf3865fd16d3b22777e4">af1dbd52</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added a preference for image file texture compression and only if uncompressed size is greater than 512MB.  Also fixed reloading of image file so that the texture image is recreated.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6a17cf15ce69979848cbe1f6337a3434c540ebb9">6a17cf15</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed normal CZI loading for updates to texture images that now have origin at top and updates in preparation for "plane coordinate" CZI viewing/loading.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8504d05528678f2bf0e669a5e659a04755edf153">8504d055</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>CZI Plane Coordinates: Loading of CZI images in plane coordinates seems to be working.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8d9a4564a78e909bdb53ad86031ab1d5ad648dd7">8d9a4564</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>CZI images in plane coordinates: fixed panning with mouse so that part of image under mouse remains under mouse as mouse is dragged.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8d22310af61fb574b147cc02a9ff1d782b7e96c9">8d22310a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For graphics primitive textures: (1) Log a message if mip mapping is off but the filter is set to a mip mapping filter; (2) If mip mapping is off and a mip mapping filter is used, use a non mip mapping filter.  Note that if a mip mapping texture filter is used but mip mapping is off, white triangles are produced.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d94187b1d5cc12698554f01e9a2831b9b9166e22">d94187b1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>CZI: (1) Added "tinting" that adjusts coloring of a CZI image using information from the CZI file.  Tinting makes the images match the coloring displayed in the ZEN software.  Until now, the image, without tinting, were too dark in Workbench when compared to Zen.  Unfortunately, there is a bug in the CZI library's tinting code.  It works the first time but running it additional times adds artifacts, sort of ghost images to the output.  So, tinting has been disabled until it can be fixed. (2) Updated export of CZI to image files to allow RGB or RGBA and to optionally include pixel to plane and plane to millimeter matrices in the image file's metadata.  (3) Reduced duplicate code in ImageFile for creating graphics primitives.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/af4e87b9225059cac95fa8e33c3a8d23cf96c897">af4e87b9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Image Textures: If the image data does not have an alpha channel, use an OpenGL internal texture format of GL_RGB.  It saves some, but not much memory when compared to GL_RGBA.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/dfaa20ef4ed1fe5dd562dca27fd08ef5d7797f10">dfaa20ef</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For Image Files that are only RGB (no Alpha channel) use QImage::Format_RGB888 (3 bytes per pixel) in place of QImage::Format_RGB32 (4 bytes per pixel with an alpha that is always 0xff).  Saves 25% in memory usage

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ae68440682956e120ab62c4dd467dbdef87148f3">ae684406</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update GraphicsPrimitive so that it can draw a subset of its coordinates.  Changed ImageFile so that it uses the same GraphicsPrimitive for both Pixel and Plane (if available) coordinates.  This allows them to use the same OpenGL texture.  Previously, two primitives were used, each with their own texture.  Using one copy of the texture cuts memory usage in half.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/529558d4e30c764b5684f3119f27a45fb5562c0c">529558d4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When switching the image view between Pixel and Plane, reset the view.  Otherwise, due to the differences in pixel/plane coordinates the image data may not be seen until the Reset button is clicked.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/243b31aa7ff13b6f78c66d10fcd8304ad24f8387">243b31aa</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Cleanup of ImageFile from using one primitive for both pixel and plane coordinates.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5b7edbb27dc35ba4933748fed093d4d744865c64">5b7edbb2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Save CZI "display settings" after reading file so that they do not have to be reread each time image data is loaded.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e5cc2fef3556f431a1cc35e56a7703b229086dde">e5cc2fef</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T11:43:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Default OpenGL texture compression on in preferences.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9e95d40b24c99035ee515a2a4c4d299683c2f38b">9e95d40b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T12:35:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation problems on other operating systems and computers.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0809baf315e9d1d58645f00b31444447c3f04005">0809baf3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-05T12:51:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Part 2: Fixed compilation problems on other operating systems and computers.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/05e619e0af48e2412a052d797795e607362355dd">05e619e0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-08T08:31:40-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When copying palette settings to other maps/files, also copy the histogram settings.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f7f08e98c007b537c10da30a00e6c1a40e3a8b4a">f7f08e98</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-08T09:11:19-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>CZI: Fixed crash that occurred when an identification operation was performed on a volume and CZI images in plane coordinates were displayed.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5e7dfdfb609835796b5e82b94b7961b42f22db4a">5e7dfdfb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-08T15:05:23-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add method to DataFileContentInformation to display a Vector3D object.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/63aec4273d727df977871e06592a2322faac81e4">63aec427</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-08T15:06:47-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Display bounds of images in millimeters in data file information.  Add swapping of X and Y values when multiplying by matrices that convert between plane and millimeter coordinates.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ee73a01f09dde1dbbb715b153b15d75cd8e46f1c">ee73a01f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-09T12:38:52-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Seem to have fixed problem with image millimeter coordinates.  When applying the plane to millimeters transform, swap the X and Y components before multiplying by plane-to-millimeters matrix but DO NOT swap X and Y components after the matrix multiplication.  Display of identification symbols between the image and volume has been improved.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/566c9e370781c6d3e2ba7456d8c8e6e6d215cecc">566c9e37</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-09T12:45:19-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed scene problem for IdentifiedItemUniversal.  m_pixelPlaneCoordinate was being saved two times.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/de77083523cc5fd035c8775320decdaa1bdb9c1d">de770835</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-09T15:10:06-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>CZI: Improvements to identification between image and volume (plane coordinates was mistakenly used in place of stereotaxic for image id).  Cleaned up code in a couple of files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a4dd278467dda5a5b2c24105c230a520ff896cd7">a4dd2784</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-11T08:19:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed zooming for images displayed in plane coordinates.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3c86426c95d982fd39524639ad84ed996f12f2b8">3c86426c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-12T09:19:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>CZI Update for new metaczi file that contains matrices now in "right then down" convention.  No longer need to swap X and Y.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e53765e1c2247705a9b8eb24bd8c82a2f78ecfad">e53765e1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-12T09:19:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed selection of an image region by dragging the mouse to create a box for images displayed in plane coordinates.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6980bab64645215e3215191928452ad5a5c5289b">6980bab6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-08-29T15:08:08-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Adding support for new Histology Slices File.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/230321d258dcfd875d681d663b55f50261c84cac">230321d2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-08T09:58:01-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Continuing developer of histology functionality.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c6c5f37e9e2b534cbdbc1ae6121ccb906543df78">c6c5f37e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-12T15:40:24-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Continuing developer of histology functionality.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/240193b95c7da5efc7a3d2daa5f8128f1d1a0077">240193b9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-14T09:51:27-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Continuing development, annotations now working.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c201e073b365c75346266e04bade3070c3b70271">c201e073</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-14T11:12:00-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Correct percentage sizing of histology identification symbols and add controls for sizes of histology identification symbols.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6da3ac76ebb6f3df6fac4bceac3c874aa800cde9">6da3ac76</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-15T16:49:42-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Fixes and improvements for placing annotations and identification symbols on histology slices.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/98a643b0784d4f36f5b51aae4cb3a017bf4c3769">98a643b0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-16T09:55:22-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Some cleanup of the HistologyCoordinate class.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e8ef751873a22a680dd36d3bde0adda05b45a70b">e8ef7518</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-16T12:39:43-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: When saving histology file name in some objects, make its path relative to scene file (for scenes) or annotation file (for saving as annotation file).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3b6c472cdf096ad5288d75d5529df49b4d2d7cff">3b6c472c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-16T15:58:19-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Fix crashes that occurred when CZI file were not found for reading.  After reading a HistologySlicesFile, list any missing child files (chi).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/807c3122ac2849e22b9328dba402a11e9a9c44a1">807c3122</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-19T15:39:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Add logic to get name of data files (CZI image, distance, non-linear) files used by a Histology (CZI metadata file).  These names are then used in the ZIP scene command so that scenes are correctly zipped.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4ffbedcf6fa15484e719b51a6524a3323fdd8cbe">4ffbedcf</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-19T16:34:06-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Updated zip spec file command so that it includes images/distance/non-linear files from the CZI meta file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6a5544ebc0cf16469a77f098eea90695684ed881">6a5544eb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-20T08:32:43-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed message about unrestored scene objects.  There are a couple of items in scenes that are saved but may not be needed when restoring scenes (eg. filenames saved for use by operation zip scene).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2d2ed658e36ab3cecf2d1be3ab60621839181524">2d2ed658</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-20T10:38:27-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed CziMetaFile (replaced by HistologySlicesFile).  Renamed CziMetaFileXmlStream* files and classes to HistologySlicesFileXmlStream*.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/445c9dded74d288b7705130365f208a3df5f844b">445c9dde</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-21T13:40:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Started on loading and use of NIFTI files for non-linear transformation between millimeter and plane coordinates.  This partial implementation is disabled so that an update can be put out in advance of a BICANN meeting.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fb026c9f6e24169fdefe976ec7241d842ceb2dcb">fb026c9f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-21T14:05:44-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix compilation error for Qt5.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8de2a08a6e73769cca685d724543d4907300f201">8de2a08a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-21T14:23:56-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>More fixes for windows compilation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/dfd2bf4342133d7d7a75074b814dfd0e1f41583a">dfd2bf43</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-23T08:00:12-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Starting on non-linear offsets

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bed285731ef0f0c6dc2f61935907ef081253186d">bed28573</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-26T08:27:08-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed crash after restoring scene caused by recent update.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/dd6d812f7b05c86d01921e075219a3aea2d5c504">dd6d812f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-09-28T15:41:21-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Non-linear offset for plane to millimeters seems to be working correctly.  Added some id information for assistance with verification of millimeters to plane.  Add more info to file information for histology slices file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7790638016a9fa53590b88c35122223493a3d3f2">77906380</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-10T09:55:04-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Numerous updates with revised transforms between various media coordinate systems.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c8d46ad64c91f5334b3a960d076a379d34ad04b8">c8d46ad6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-10T10:14:41-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed point and click yoking between volumes and surfaces.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9e26c1ef34cf314dba11215077285773dcba7f7d">9e26c1ef</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-10T12:30:58-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add attribute maximum stack depth to OpenGL information.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8d04f6d63d69d1c83b26e9c3e462a0f3644e0fc3">8d04f6d6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-10T12:37:27-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: A few small updates.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4b4b42c777741a98a1fe09e34d9ebfd01855b008">4b4b42c7</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-10T14:03:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix compilation issues on other platforms.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a862c4ce3692ac459c6ddca3b47fad4767ef9d8a">a862c4ce</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-10-11T21:31:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>use existing custom base path in -zip-scene-file, make warning more visible and accurate

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/712c95f06885266fe9bdb9e1a0b59f977d256827">712c95f0</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-10-11T21:31:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix pngs being effectively uncompressed

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e452ef6a55f27c2e94d53d7b3f9e6cb814c72fc6">e452ef6a</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-10-11T21:34:17-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>don't copy metadata from cifti template

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0628ae5728f26452c6e29e8c7e6475ca82d748ba">0628ae57</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-10-11T21:35:53-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix unclosed parenthetical in -cifti-help

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b46ea2c48593de2576bd3510bf2a8878edc507f6">b46ea2c4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-17T10:46:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Some improvements with drawing histology using millimeter coordinates.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fccdf2ef2e92316d214d8affedc79dfd6cec423d">fccdf2ef</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-17T10:46:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added option on Identify Brainordinate dialog to add an identification symbol at a stereotaxic location.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bd146bb2b0c52ad18d84257648b29f26e01b366a">bd146bb2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-17T10:46:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Disable some debug printouts

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/87e07b0d91de3499efeb92a96aeef4837ba9a0c8">87e07b0d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-18T16:08:33-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: When user increments/decrements by one slice using the spin box in the toolbar, get coordinate at center of screen, project to new slice, and move projected coordinate to center.  This keeps the slices "aligned" as they are changed.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/100fc136b813efc9726376ebd71bf2c4533b588d">100fc136</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-19T09:44:36-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Enable drawing of stereotaxic annotations on histology slices.  Fixed drawing of histology space annotations so that they appear only on slice on which they were drawn.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5e9623ae7501296e206800991123d29cc2699a55">5e9623ae</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-19T09:50:04-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Use slice spacing (that was added to histology file in last commit) when drawing identification symbols.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/184a1deee2e5b8b68f2c1556e6027ec73cae9169">184a1dee</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-19T11:23:54-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Allow slice "re-centering" regardless of the change in the slice index.  Previously, re-centering was applied only when moving to an adjacent slice.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f6db5a680be62f003c30fe7f9cf8262738aa4eb1">f6db5a68</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-21T12:22:22-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Started on using distance files but putting on hold at this time.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1c722c65366bf220267519843563e8c17c9b6e19">1c722c65</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-21T13:04:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Move volume surface outline of BrainOpenGLVolumeSliceDrawing and into its own class BrainOpenGLVolumeSurfaceOutlineDrawing.  This is in preparation for drawing surface outlines on histology slices.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f15ab70adb310cadae72d628a9f0cd99b719e529">f15ab70a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-24T10:17:56-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Added surface outline to histology slices.  Added a checkbox labeled "Non-Linear" in the Toolbar->Histology that allows one to toggle non-linear correction on/off.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/cabaecb39ee3dc6ca1bf9f02fb2cc9fd9a59d726">cabaecb3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-24T12:23:23-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Added yoking of tabs containing histology slices.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b9b3fc558a8bb030ea1691b8e42a13c12a226b33">b9b3fc55</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-24T14:16:33-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation warnings reported by a Linux system.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/dd0751da6ec63f4ac21dd2e5f52e981bad01493f">dd0751da</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-24T16:38:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Fixes for yoking of tabs containing histology to other tabs containing histology.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/18f53d58d0b73b2a41931aea9ba100278ef7f609">18f53d58</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-25T10:28:43-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Fixed yoking for the plane/stereotaxic selection.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e6e0dd5be62e5cd50fbb7b0b844b500daa9fcfcf">e6e0dd5b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-25T11:50:25-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: For histology file's file information, include stereotaxic coordinates without non-linear correction for corners of images.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/dfa9844f5917f65ef21c01dfff3aa81ef6d89d93">dfa9844f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-25T12:21:12-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation error; qsizetype not in older versions Qt.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d0f042ae1bb850fde78dc57ee3ff2655337c3eac">d0f042ae</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-25T14:44:56-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Fixed crash in yoking when histology data was not loaded.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/41b1db10c41cf97d035040024c7a8ac37a5037d1">41b1db10</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-25T14:58:02-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: When reporting name of media file during histology identification, include the path after the filename since many files have the same name but different paths.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/628917ec8fb3560a213875b89e38188839f8e571">628917ec</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-10-26T19:30:16-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix the inverses the right way, remove "add a 1" hack from XML reader and undo "swap dim" in previous equivalent code

the extra inverse transform is now redundant

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d72b50655012d6a5e1cb500ce178b61f4cfa88bc">d72b5065</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-10-26T19:51:07-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Use constructor form to avoid narrowing float complaints

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5b9b694d71c7e9c77b72ee6d0f9698b6326d0e3e">5b9b694d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-27T14:32:52-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Foci: Add new class, BrainOpenGLFociDrawing to use for all foci drawing.  Use the new class for all volume (orthogonal, oblique, MPR) foci drawing and remove foci drawing from some of those volume drawing classes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c52006d8746f7574d6265cdca624d8984a3dfa38">c52006d8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-27T14:32:52-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Foci: Foci now created and drawn on histology slices.  Cannot delete foci from histology yet.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8b54b01b14120df124fb9907fcc31bc4c68ba461">8b54b01b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-27T15:00:12-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation errors and warnings.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d8046d8daa5b1245ecf48d6a2e0e9d8c9a8c55a7">d8046d8d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-27T16:39:53-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>A recent change changed ortho near far from (-1, 1) to (-100, 100) fixed drawing of foci as spheres on histology slices (spheres were clipped).  However, this has been found to cause the window to model transform to be incorrect.  This causes problems with identification of histology including the plane coord Z to be 100.  So, changing near far back to (-1, 1).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5a9c61b6398a90759ac62efc2d0063353aad6143">5a9c61b6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-28T13:01:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Foci: Revised identification of foci on volume, added foci identification on histology, and starting to consolidate foci identification.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/642d1c43a519212810743035ea242b535708e7ba">642d1c43</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-31T11:04:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Some improvements to prevent crashing when files are missing that are loaded through a czi meta histology slices file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/088b93a4392f15a133c7ac2b4bedd77caeab70f3">088b93a4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-31T11:57:05-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: When reading a histology slices file (czi meta), test each of the czi image files to see if they can be opened.  This allows missing image file or file with incorrect permissions to be caught and avoid creation of invalid histology slices and an invalid histology slices file.  While permissions can be tested, the permissions test may report incorrect results if an NFS disk is mounted with 'defer_permissions'.  QFileInfo documentation also reports problems with permissions on NTFS file systems.  Only the image files are tested, not the non-linear and distance NIFTI files.  Doing this prevents putting wb_view in an unstable state and reports the errors to the user in an error dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f707cd66f6b758d6e3dc95a929d9179eed541f7a">f707cd66</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-10-31T13:13:06-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed usage of EventAlertUser in HistologySliceImage since it is no longer need as errors are caught elsewhere when histology slices file is read.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/69718ed514b1c29573ab5d0571517e773dc871c3">69718ed5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-07T14:23:50-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix for MPR crashing.  A pointer had been created that pointed to data local to a function for storage of image data.  A shared_ptr is now used to allocate the image rgba data for 3D textures (volumes).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/42ce80a56f82edb1bea7b34595d4f2b92250e0fc">42ce80a5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-08T16:01:03-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed problems with scale bars not appearing.  Each tab contains an instance of a scale bar and each scale bar kept the index of the tab to which the scale bar belonged.  If tabs were deleted and a scene was created and saved, the tab index in the scale bar was not correctly set when the scene was restored.  This prevented scale bars from being drawn in some situations.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bea0ab050de2b5daed0f8a2e39867fcbb5c0e9a5">bea0ab05</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-09T09:54:45-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In BrainOpenGLWidget, there should always be a corresponding call to 'doneCurrent()' for each call to 'makeCurrent()'.  There were some places where this was not occurring, particularly if the deprecated QGLWidget was used.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5a8acef1d1c7c277556037bb5702a5034a7387ee">5a8acef1</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-11-15T18:40:11-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>add MIT exceptions for FSL/MSM to octtree-related code

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b681efa844689cbd0bed7857fd9e72178b846195">b681efa8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-16T12:06:31-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: When user changes control in Toolbar -> Histology (slice index, slice number, plane X/Y, or Stereotaxic X/Y/Z) update any volume slices in yoked tabs to match the histology coordinate.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9f3bb97185acb887d12a25ec8fffd67078ae4187">9f3bb971</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-16T12:06:31-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: When converting a window coordinate to a plane coordinate, always use a depth value of 0.5 for the window-Z.  If a histology image pixel is clicked, it does have a depth of 0.5.  But, if the user clicks where there are no image pixels, the reported depth value is 1.0 and this will result in a non-zero plane-Z when the window coord is converted to a plane coord.  If this is allowed to occur, the selected histology slice may change and we don't want that to happen.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/99072c7a5278a1e0f78e8b8c3b8b7b3c1de3345f">99072c7a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-16T12:06:31-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: Removed unneeded code  and cleaned up code for setting the view of histology using the selection box dragged with mouse.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a0d4e1501aa2565c39dc9bbbffcdfd2131a7145d">a0d4e150</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-16T12:06:31-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: When user selects a region in a histology slice, select the same region in any yoked volume slices (orthogonal only at this time).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f5255168b8d2f74d658a55ddc991f88a3632c5c7">f5255168</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-16T12:06:31-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: When user selects a region in a histology slice, select the same region in any yoked volume slices (added for oblique and MPR).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5f8e90b739b53b43d021f6b06b1715f1fec41941">5f8e90b7</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-16T12:06:31-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: When transforming a volume view to match a histology region selection, make sure the volume tab is yoked to the same group.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/aabc768eecaca003a01cf928fe72052199d97334">aabc768e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-16T12:06:31-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added a preference for displaying a cross at center of histology and volume views.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f3d424b6fe3ff233da368e3a59a3403bee2085c4">f3d424b6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-16T12:06:31-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: When a histology region is selected for pan/zoom, wb_view tries to find another yoked tab with a volume displayed in it.  If none found, use dimensions of current tab to set the yoked volume pan/zoom.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9414cf12d1b7f0ace3f8e38891c7729abcfc60aa">9414cf12</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-16T12:06:31-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Histology: When a histology region is selected for pan/zoom, any volume tabs with same yoking group are also panned/zoomed.  Make sure tab with histology's yoking group is NOT off.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b9b19779ff005204ef04547f5ecacdede6c5a7b6">b9b19779</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-16T12:06:31-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added tooltips for histology slices.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/cbdd9a7cc4bf16fc8d1b6bdbf906a40a5faf6272">cbdd9a7c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-16T12:06:31-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Identification: Computer histology slice spacing with average distance between slices (distance between all divided by number of slices minus 1).  Use slice spacing for determining if an identification symbol is close enough to drawn on a slice.  Add distance to previously identified item in ID text window.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e29ce58e2e97b192767c11d7a86b97f339bbe3b3">e29ce58e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-16T12:06:31-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Identification: Add distance to previous identification to tooltip for histology, surface, volume.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d63fa0c6aa2106af01d413d95dc51ce083f91e77">d63fa0c6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-16T12:06:31-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Log at Fine level when a texture image is loaded by a graphics primitive; reduce minimum texture size to 256 for CZI image; include texture settings when graphics primitive text information is created; in scene capture image command, log at the fine level the OpenGL information.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4e1ccf222dccf61916db0069681481f06cee4330">4e1ccf22</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-16T12:06:31-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In wb_command -scene-capture-image, log at the 'fine' level, information about OpenGL (shows capabilities of Mesa3D library).  When loading CZI image, switched back to storing image data in a CziBitMap instead of QImage.  Using QImage was crashing in wb_command when Mesa3D attempted to create mipmaps and the image dimensions was set to 2048.  Qt documentation states the pixel data in a QImage should be accessed by calling a function to get the start of each row.  A pointer to just the first row was passed to OpenGL.  Qt also keeps each row on particular boundaries.  If QImage is used, the image data will need to be copied out of QImage.  In addition, may want to read CZI data into images that have width/height equal to powers of two so OpenGL/Mesa3D do not need to resize images, possibly with downsizing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a9ae634dac7f2f73f89cdb204c65a62fc7b14b01">a9ae634d</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-11-23T21:19:14-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>add warnings based on how workbench recomputes qform

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/04b46d60a7368f26a16e97b80383a4e87ea05e45">04b46d60</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-28T15:12:53-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Move Undo/Redo buttons from Toolbar->Image to Toolbar->Tab so that buttons are available in all modes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/910cb80c1776fb9ef83e6871cf63d917b16b96f9">910cb80c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-28T15:12:53-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Enable selection of Redo and Undo from wb_view's Edit menu when viewing histology.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f1cec69a4bcbba844f101462e62a13cba2472b24">f1cec69a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-28T15:12:53-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Show Toolbar->Orientation section of toolbar when in Volume Mode.  Use its "Reset" button to reset the volume view.  Remove "Reset" button from Toolbar->Slice Plane (makes all modes consistent for reseting the view).  Move Redo and Undo buttons from Toolbar-Tab to Toolbar->Orientation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e80725d453b2207b2ca950b8714608d92bef640f">e80725d4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-28T15:12:53-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Remove "Custom" button from Toolbar->Slice Plane since "Custom" button is in Toolbar-Orientation that is now shown in Volume mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/af5f15e332f8e90570f074973880e8ae6bdbaa83">af5f15e3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-28T15:12:53-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improve Custom button in Toolbar->Orientation: Button is clicked to display the Custom View dialog, the "menu arrow" is clicked to select and apply any available custom views.  Add icons to redo and undo buttons in Toolbar->Orientation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d15769e543810675954adca88565ca39df385754">d15769e5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-28T15:26:44-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When Reset button is clicked, only reset MPR rotations if a volume is displayed.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c96f964e9e40109772ff1c9223ea6a036ef89e7b">c96f964e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-11-28T16:00:23-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In Volume Create dialog used in voxel editing, default the voxel information (dimensions, spacing, origin) to that of the underlay volume.  Volume Type now defaults to "Select Type" that forces user to choose Functional or Label.  Improve some labels on the dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/01a6730f1ccbe4ea9e3b8af42af7fc73688bc654">01a6730f</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2022-12-09T20:18:02-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix not setting pixdim on volume files

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/cf4eab76a2c0e64c510ca1779337ddcd7cdce6d3">cf4eab76</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed stereotaxic drawing of histology slices.  It was incomplete and was not being used.  Histology slices are drawn using plane coordinates.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/332db32e5b61e0e1fd21dc871cca8aa75c3172e9">332db32e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Updated VoxelEditing.html help file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5f8f49bd7924a5472e7c4013af5c6ac9e97aba8b">5f8f49bd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Updated VoxelEditing.html help file (again).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8fb5d7ceba66882d6f84c12e841257bd667829bb">8fb5d7ce</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Enable voxel editing in MPR volume viewing mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1e410583e2f3f242c23bfd5f018edbe67395abcf">1e410583</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In Toolbar -> Orientation, add a "region selection" button.  At this time, it is valid only for histology and media.  It defaults to on but user can turn it off to prevent selection of a region when the mouse is dragged.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/16b6e11dff6364780b400cd2c8c679a9ff4f5803">16b6e11d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Reorganization of select region logic so that it can support bounds selection on a volume slice.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0d40722feff1d2052c6a2ee7e80731fb71a34dc9">0d40722f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add new class ViewingTransformationToFitRegion.  User can now drag the mouse to form a box when viewing orthogonal slices.  The volume slices is then panned/zoomed so that the region in the box fills the viewport.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d5a03a94aef76d4fae89ef4adcd5f72df9473447">d5a03a94</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Moved MouseEvent from GuiQt to Brain as mouse information is needed by 'fit volume region to viewport' when volume slice view is 'ALL' so that it can determine which slice plane is being manipulated.  Also fixed 'fit volume to viewport region' to account for any current zooming so new view (zoom) is set correctly.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/caa68c3b2b245920fe32b39991d1fb39b13c360f">caa68c3b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fitting a region selected on a volume slice in MPR into the viewport now functioning.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/aaeb2f71212428d473b98527bcbba9b5ed1127bc">aaeb2f71</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Change cursor to a cross (plus sign) when mouse mode is enabled for selecting a region.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/cc11ecdfdf63decaf8aeff58ac71b8e656b4fe21">cc11ecdf</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Move region selection for media/histology from ViewingTransformationsMedia to ViewingTransformationToFitRegion.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c27a73d746354f42904a36ebbc7f6ad9fc632f5c">c27a73d7</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Region Selection: When a histology region is selected, select the same region in any tabs containing volume slices.  Works for MPR and Orthogonal.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9bab04757de1d7ed9de37b05c684ae2a58857367">9bab0475</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Eliminated "Primitive invalid, all points may be coincident" warning message in debug mode that occurred when the region selection box is initialized and has no geometric area.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/926bd8a2119e155d8b5346b65d7d9a925863a9b5">926bd8a2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Region Selection: When a histology region is selected, select the same region in any tabs containing volume slices.  Fixed for when a montage slice view is enabled to that the viewport is for one slice in the montage, not the viewport containing all of the slices.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e87f67233d0f437f4ddfe7f931337eb943e4e87d">e87f6723</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed selection of annotations in MPR volume viewing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e0fae321b4be6cb317b9d6d37f8eaf1dcc666580">e0fae321</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed update of cursor.  (1) Cursor selection was from the selected tab and has been corrected to select the cursor from the tab containing the mouse; (2) Update the cursor as the mouse moves, not just after a paint event.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b32cc15f283f76792839565a382dd809b7ade552">b32cc15f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed display of annotation in stereotaxic space displayed on a histology slice.  Disabled depth testing for this situation since the distance of the annotation from the slice is also computed and the annotation is only drawn if within a 'half-slice" distance of the histology slice.  Also fixes when annotation is "just behind" the slice.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/74b6affd4e9fd5e9d2a71a0a0480da34857f2c2f">74b6affd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Do not allow slice scrolling with mouse when viewing orthogonal slices while in Annotation editing mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8a63923b2b400e0adf2657bf2260477e566d2fef">8a63923b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed problems with spin boxes on Custom View dialog.  Prevent updates to spin boxes as user is entering new values.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a3730cedc3bcd64bde00e5931e1669d1d56390a3">a3730ced</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed problems with spin boxes on Custom View dialog.  Prevent updates to spin boxes as user is entering new values.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f8c8ae1056c7bb50cb851b2113e3ede7c35f7b90">f8c8ae10</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Increase voxel editing brush maximum size from 99 to 9999.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/72cc6c1aefbd7e614b25148081c12738d596e1c1">72cc6c1a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed rotation of volume slices in MPR mode volume slice views.  Slices were rotating opposite direction of crosshairs.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/909b7c56ded14d565bbe958fb7d60cd2693557b3">909b7c56</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added CaretPreferencesDataValueList that stores a list (array) for something in preferences.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5c3aab3221a0e8b3ec023c25da7ff3a068221bfe">5c3aab32</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added a "recent scenes menu" that is displayed on the File Menu and the Scene button in the toolbar.  It allows selection and immediate loading of the five most recently loaded scene files.  In addition, if wb_view is started with the new option "-scene-recent" the most recently loaded scene is loaded into wb_view.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bf72652352e88f32bdb992fc1fede02afc1c0b22">bf726523</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When a "default tab" is created for histology, default the tab's yoking to off.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/adaaac4bf57d6ca88619a7a2ee9d7c69b0e46e53">adaaac4b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:19:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed assertions for validity of transforms in MediaFileTransforms.  If a CZI file loaded directly (not through a CZI meta file), the transforms are invalid which is valid in this case.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/596c8d631045fca59730cd6e11f470cda2ffbc97">596c8d63</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T11:46:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When histology region selection changes a volume tab view, make sure the volume tab is set to the same yoking group as the histology slice tab.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e4cea231ecb66dc8bf57cea55de9a057f6eabbd4">e4cea231</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T12:10:06-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added Variant include.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8cc4fcd5b807eb4f39c3d1aba1280541b1f5b8ff">8cc4fcd5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-20T14:40:08-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation warnings and errors when building on other operating systems.  Some are due to Qt 5 and 6 differences.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/afccb2765b664ffffa7af49b36f71244efe4ae60">afccb276</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-21T10:53:13-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Display a progress dialog when loading a recent scene.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f6dda6506db27d27ec0bb6ae60d54e8c6bf4704a">f6dda650</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-27T09:10:32-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Updated slice scrolling with mouse so that one slice is scrolled for every 4 (8 on high DPI screens) pixels the mouse moves vertically.  This allows the user to move by a single slice by moving the mouse slowly or many slices by moving the mouse quickly.  Also added a "System" button to the About Workbench dialog.  Clicking the system button shows information about the user's computer and in particular the monitor resolutions and 'high dpi' status.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/13959b958af19190c9f39aa66a0cd738595746d1">13959b95</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-27T09:57:21-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed restoration of scale bar.  In function for restoring a browser tab, the scale bar was initialized after restoration of the scale bar.  This has been corrected to initialize the scale bar before restoring the scale bar from the scene.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6596db1fa9a9933e154bd936da80be6db454f27b">6596db1f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-27T16:27:12-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed display of an image that is displayed using the Features Toolbox -> Image tab.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9271f36433189345788ca03ab383d9fff609e453">9271f364</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-27T16:30:23-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added an "Overlap" checkbox that will be used for testing CZI overlap at a later time.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/070fd5fd9176b6f21040a00c8d282b50ce76867d">070fd5fd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-27T17:53:36-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix  and temporarily patch compilation errors on other operating systems.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d316c14eed2d44e9d96c46dbb65c56c554834cc1">d316c14e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-28T08:28:16-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix issues compiling on other systems (compiler and Qt differences).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1dd2f91d6097c19c00b8f7c637aca703ec158ccd">1dd2f91d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2022-12-28T11:46:14-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added new surface drawing type "Cut Edges" (on surface properties dialog) that only draws edges that are attached to one triangle.  It can be used to draw only the outline of a flat surface.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/64d5ccad9a432a5d89d550e6c27b1e6899cbf1ae">64d5ccad</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-03T15:57:51-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For wb_command -scene-capture-image, log the OpenGL information at the CONFIG level (was FINE) and test the OpenGL version for compatibility with Workbench (will print message if too old but will try to continue).  Change minimum recommended from from  OpenGL 1.5 to 2.1.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b3d70077fbabc14e8158beab3bc886479230da07">b3d70077</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-03T17:10:19-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When getting OpenGL version, detect between failure (null pointer) or empty string.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5bb2ae88c810c9d3b6f71e2464b1cb37b6746176">5bb2ae88</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-04T08:52:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For wb_command -scene-capture-image, throw exception if OpenGL version is less than 2.1 which will terminate the command.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b0bfd468885554d38c583d92ed55682d474fe962">b0bfd468</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-04T15:02:14-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>If the OpenGL version test fails while running wb_command, indicate that this may occur if Virtual GL is enabled and that Virtual GL if running, must be disabled so that the Mesa3D OpenGL libraries are used.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d6c940d4338ea19d7d4c58f594615e26a89b82ff">d6c940d4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-05T09:28:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed Zip Scene File bug that occurred when the scene file contained the base path type=CUSTOM but the custom base path was empty.  In the Zip Scene File dialog, the Custom Path combo box had a value, that was the default value.  Fix was to transfer the custom path in the combo box to the scene file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8409be8a0bd8882ed5299a3251672c486f01a40c">8409be8a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-09T09:30:13-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>The Exit Workbench dialog contains a suggestion to create scenes but does not explain how to do so.  Added some instructions on how to create scenes.  However, a standard Qt dialog is used for the 'show details' and the text region is small and cannot be increased in size.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fd0dc093f83ae351c34b4b8d734e154d4aa45a0a">fd0dc093</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-13T14:15:26-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added reading of the CZI distance file.  When ID performed print to terminal the distance value from all distance files associated with the current slice.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b9d9629647ab8ed39d049ce8ce48a5ead29f17ee">b9d96296</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-13T14:15:26-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Meta CZI: Use distance files to create masks for czi images.  These masks are then placed into the OpenGL stencil buffer to fix overlapping of CZI images.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bf6d97f34e9d47dd1f43fc21a211be5b0c8316e9">bf6d97f3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-13T14:15:26-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Meta CZI: Compute CZI overlap stencil masks after reading czi meta file.  Use "Overlap" checkbox in Toolbar:Histology to enable/disable overlap correction.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/88a562ed8496921649d3ce2bbe7f1b35619bf621">88a562ed</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-17T15:17:00-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Remove unused variable.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/772ee7ae23d2444167531dadfb50bd8d065c4f8f">772ee7ae</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-17T15:17:40-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Prevent crash if distance file is not available when getting text for depth information.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ab5364248a9eeaf5b1656da7e68033449f5c34ec">ab536424</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-18T13:40:45-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When converting a Vector3D to a string, use 'f' for format of floating point numbers (avoids long scientific notation for values near zero).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9f1d9ece794b62ef3a5f3f4e68799772e0d21cf6">9f1d9ece</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-18T13:42:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR montage slice drawing: For slices in the montage, move along the 'slice vector' using coordinates instead of using slice indices along an axis.  Draw crosshairs at correct location in the slice.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/67b6699ec42a8f171f3dfdf6841a6b4184df75c1">67b6699e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-18T14:13:26-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For MPR slice montage, add "mm" to slice offset characters.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2cbff07f17378fcb35f414c9447e4f05d7d0096d">2cbff07f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-19T08:48:57-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added missing requests for OpenGL stencil buffer.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/727a1f1f9b4656798287cb104d772dd2b575e060">727a1f1f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-20T14:07:18-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixes and additions for enabling/disabling the display of volume parcels using the Features Toolbox.  Tested with both CIFTI and Volume Label Files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9c7bafd7645768f118d5c5922b10c21109c7c80f">9c7bafd7</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-20T14:52:17-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix compilation warnings encountered on non MacOS operating systems.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5ae1b6f0e7ea716a7eebcc498578e28b193b4ca5">5ae1b6f0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-20T16:03:17-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed additional compilation warnings

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1d94924c1fff91473f78701d45f0077d4712ec72">1d94924c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-25T13:53:54-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix MPR montage mode.  Slices in montage were in wrong order (Top left slice should be at 'highest' coordinate along axis; Bottom right slice should be at 'lowest' coordinate along axis).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ad4d4047d1f20452876bc6d67ac5fe367c120bed">ad4d4047</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-25T13:55:25-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Do not log an error when an image file's 'plane coordinates' are invalid as this is normal for most image files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6b27da97b5cbc508bbae489e3985bca9359e1936">6b27da97</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-25T14:39:47-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation warnings / unused code reported by compilation warnings.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4f40ee1d6f21887e0f73a994617f6117740e6e9b">4f40ee1d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-26T10:45:37-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In Toolbar: Montage, add a menu to the "XYZ" button for coordinate display.  Menu allows choice of offset or XYZ on montage slices.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/20254eb4c5a3153c060cc45f4e161f782ca6ef69">20254eb4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-26T11:17:03-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix compilation warnings.  Change "Xyz" to "XYZ" for montage coordinate menu in toolbar.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e8a89c9217b15ded07dda5f959bcd0ab93d0af57">e8a89c92</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-27T11:20:44-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Preferences Dialog: (1) When setting foreground and background colors, warn if user tries to set the foreground and background colors to the same color; (2) Show scene colors along with user colors; (3) Add checkbox that indicates when scene colors are active so that user can uncheck it and switch to user colors.  Note: When a scene is created, the color preferences and added to the scene so that the scene is displayed correctly.  Workbench switches to user colors if the user changes a users color, loads a spec files, closes all files and a few other ways.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3f4a888eb8a2e8890c37db542e50cb4829d1ab4c">3f4a888e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-27T14:50:02-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Noticed that zooming in on a CZI image on a Mac high-resolution display that the image was noticeably smaller than the amount of screen available.  I had recently reduced the size of image for CZI loading (Preferences Dialog -> Image) to reduce load times.  However, the image size was too small for the screen resolution and problem was fixed setting the preferred size to a larger image.  So, if the CZI image loading size is changed on the Preferences Dialog, warn the user that if the size is too small, the user will notice that image data loaded does not fill the available screen region.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/030520618dc9c63c8088153bb0c6292243210aba">03052061</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-01-27T15:53:07-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Toolbar->Montage: Add control of font height on montage slices with a spin box on the XYZ menu.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/96dd13aa2429366153079df450a4808af776c262">96dd13aa</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2023-01-31T11:29:04-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>warn and reset type when changing volume palette of label volume

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1aec910b92dcb031682a17b8fba7ef5e6957eba9">1aec910b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-02T15:36:06-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed bug with Volume MPR montage drawing.  The object to window transform was not set when the montage contained an even number of slices.  This was due to recent update that redesigned montage slice drawing to draw along viewed axis instead of orthogonal axis.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/483fd7af3cd8de73efef5c586348f2176ff24c05">483fd7af</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-03T12:48:20-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add "View" button to Custom View dialog so that user can view the underlying matrices.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/620ac6c85d5bc178c4f6a7198f67be9ac7194ecd">620ac6c8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-07T12:22:12-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When uploading to BALSA, send the scene file's Study ID and all Scene IDs to BALSA so that BALSA can check if any of the Scene IDs need replacement.  If any Scene IDs do need to be replaced, BALSA returns new Scene IDs that wb_view updates in the scenes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c6bb9b0db9e3cc5859e8dae7de02a65d5f736322">c6bb9b0d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-07T12:22:12-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Adding one usage of new WuQHyperlinkToolTip.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0f332d43eddaefbd398251ca946f8f96e2f255cf">0f332d43</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-07T12:22:12-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added WuQHyperlinkToolTip.  A tooltip is text that pops up when the mouse is moved over a widget.  Tooltips do not support hyperlinks.  There is also QWhatsThis that displays help information when the user clicks on a widget while the application is in a "What's This" mode that must be explicitly activated by the user (must select item in GUI to enter What's This mode and is exited when user clicks mouse).  WuQToolTip inserts an event filter into a widget and intercepts tooltip events.  When a tooltip event is received that contains a hyperlink, WuQToolTip displays the tooltip using the QWhatsThis:show() method.  In addition, WuQToolTip also intercepts a QWhatThisLlinkClickedEvent that occurs when a hyperlink is clicked in a WhatsThis widget.  In this instance, WuQToolTIp issues a signal indicating a hyperlink has been clicked that can be connected to and processed by a Object subclass.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/87faef56715772b9eaac1bfd25396a4cbdbe815b">87faef56</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-07T12:22:12-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When uploading to BALSA and if any scenes have their IDs changed, list the scene names in the 'upload successful' dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a070f60858089fcf4977f87be9656c3b9f3f3f4b">a070f608</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-07T12:22:12-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Updates for improving volume file create dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0ca8d1f4bba2b3397cd3fdc72eb89512f754a929">0ca8d1f4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-07T12:22:12-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Made improvements to Create Volume dialog (used in Edit Voxels mode) including a resample option that allows the user to enter the new spacing with automatic updates to dimensions and origin.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8d876a87c1ed18e724893b4e30380b67d85487e2">8d876a87</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-07T12:22:12-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Use WuQHyperlinkToolTip to add tooltips with links to help information for toolbar's voxel editing controls.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/94f4c036c9bf2349d236223bf68ab6cf380a9578">94f4c036</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-07T16:50:49-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add the left rotation matrix in the Custom View dialog's View Transformation.  But, do not know if it is correct.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c5527d26cee2d296b7323000795c1857a50c22b0">c5527d26</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-08T10:41:07-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add a close link to hyperlink tooltip.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/55a7475f5036839bae071e0e37d4477a6fcce9c4">55a7475f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-08T14:57:04-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>A few improvements to Recent Scene Menu.  When menu is on scene tool button in toolbar, enable tooltips indicating file that contains scene name.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f4383225d2a46d36594cd34d30f5d447a0dc1334">f4383225</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-10T10:18:04-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added text alignment for volume montage slice coordinates display.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e98bd3a8aadf4cbb2abd9c89d6001c534915966c">e98bd3a8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-10T11:42:35-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For volume montage coordinates menu (displayed by clicking arrow on XYX button), replace menu selections of Offset or XYZ with a combo box.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/29267b938feb5fda5e95b81c429688147425133d">29267b93</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-10T14:18:49-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Disable hyperlink tooltips until a GUI option for enabling them is added.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f8273987f525571a9924e9f370e3411e2b7b4c50">f8273987</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-10T14:21:21-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Enhance tooltip on montage XYZ coordinates tool button.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6971d7444dfa0fe8aa8560a38ca7cadb3a30fab0">6971d744</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-10T15:03:50-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add <cmath> include to fix compilation errors.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/374a0d98f752295de79445faae5aa88ea1aa05fd">374a0d98</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2023-02-16T22:37:03-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>add filename to warnings about pixdim rounding, etc

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f1d0e9488bbce0d6093a4c3f7d43157adf2a6710">f1d0e948</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-02-21T11:53:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For volume MPR mode, show rotation crosshairs on a single slice view (just one of axial, coronal, or parasagittal) and allow rotation.  In single slice view, user will not notice anything changing when rotating crosshairs unless there is another MPR view in another visible tab.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/91e8c1a02ecd2b527119e76e4bd96ede31994b13">91e8c1a0</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2023-02-22T23:05:11-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix bad logic in volume rois from extrema

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1b846c69ef763e46ab23af96691799a12efed4a9">1b846c69</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2023-02-27T18:33:24-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>increase accuracy of stdev and related in outlier exclusion and reductions

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9c65b15c13f71a8ce0dd60c825659fc6354445ab">9c65b15c</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2023-02-28T22:10:50-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>don't warn about recomputed pixdims from oblique volumes

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ed408b8d873554241fc3c00781454d31690d82eb">ed408b8d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-03-02T14:17:25-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Correct help text for wb_command -scene-capture-image.  The examples in the help text were using the old command switch (-show-scene-two) and it has been replaced with a call to getCommandSwitch().

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/faaa98c37b3ce75e54602a43d631bef178b194ea">faaa98c3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-03-20T15:31:53-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When the coordinate (0, 0, 0) does not map to a valid voxel in the underlay volume, set the selected voxel coordinate to the middle of the volume when BrowserTabContent is initialized or when user clicks ORIGIN button in the toolbar.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b14f484d10798eb5973cda6bcffc2c8bcb5ae211">b14f484d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-03-21T14:21:25-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In Toolbar->Slice Indices /  Coords, corrected problems with slice indices and coordinate selections and updates when the selected volume had an orientation where parasagittal was not in first dimension and/or coronal was not in second dimension and/or axial was not in the third dimension.  A new method, getDimensionsPCA, was added to VolumeMappableInterface that gets the correct maximum dimensions for the parasagittal, coronal, and axial axes correctly for any plumb volume orientations.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a031771f1ffc1d228104cc25a9273122ce28ba31">a031771f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-03-22T08:57:41-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed orthogonal drawing of volume slices for an SLA oriented volume file with non-uniform voxel spacing.  Added getVoxelSpacingPCA() to VolumeMappableInterface that gets the spacing for parasagittal (X), coronal (Y), and Axial (Z) axes for any plumb orientation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/45919ac2f34eed1b1d1eca30063d517c423f4747">45919ac2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-03-22T11:14:10-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added new SubvolumeAttribures::VolumeType::RGB_WORKBENCH.  This new volume type receives red, green, blue coloring using the first three maps in the volume file.  There is a kludge at the end of VolumeFile::readFile() that sets the volume's type to RGB_WORKBENCH if the file has a specific name for testing the coloring.  This kludge should be removed once there is a way to set the volume type correctly for files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1461f0efc75f4247a44f6814236364163f158e9e">1461f0ef</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-03-22T12:04:02-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed problem with no overlays enabled if one loaded only an RGB_WORKBENCH volume file.  Now, when initializing overlays, if no overlays are enabled for a tab and the bottom most layer contains a valid file and map index, enable the overlay.  Without this fix, nothing is drawn and it looks like an error as if the file did not load.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1401f0607b55da2c3518f8c226fecc4bb7ca6519">1401f060</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-03-22T15:43:27-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed drawing of RGB_WORKBENCH volume files in oblique viewing mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ca8c89f3217f0c3b8e6fab7f5c2a77397299dcca">ca8c89f3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-03-22T16:31:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed MPR volume identification problem caused by an incorrect index into an array.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/63f7cadd7f6f688c766c25218a57c278ea98d65c">63f7cadd</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2023-03-23T22:07:32-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix segfault, likely from volume rendering of cifti

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1999da9156dc40d82dd4d6870329e9ba0821b3f2">1999da91</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-03-29T13:56:22-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed texture coordinate computation for MPR volume drawing.  Texture coordinates were off by 1/2 voxel.  the problem is that the OpenGL texture coordinates (0, 1) are at the CORNER of the first and last voxel and the code is mapping the texture coordinates (0, 1) to the CENTER of the first and last voxel.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/aa96f1ee1c619fa615859e534da6c17f890e4d07">aa96f1ee</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-03-30T09:13:20-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed cropping with margin for Image Capture Dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3d47f1a986bf628083edce92de6fdcf3acf30ec7">3d47f1a9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-03-30T12:02:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume Editing: (1) Fixed assertion failure when editing a non-plumb volume; (2) When "Lock" button is unchecked, warn user if volume is not 'plumb'; (3) Fixed crash if editing voxel is not at a valid voxel index.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1beb44b8b593895f3839f588c729848c9836635c">1beb44b8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-03-30T15:58:39-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Enabled 3D mip-mapping for anatomical volumes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9108695ad58bbea9ca08a9973b0af68debf5d528">9108695a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-03-31T09:45:24-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume: Fixed problem with an outline box that appear around the volume slice by blending color and alpha components separately.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/495479f5f43d41eb5293fa9c781bd3e1d9924e75">495479f5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-03-31T13:35:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Disable mip maps for 3D volume textures until I (John H) can test the code on Linux and Windows.  This was enabled about 2 commits ago.  Note: Changes in files GraphicsEngineDataOpenGL.cxx and VolumeGraphicsPrimitiveManager.cxx.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/778cda1c1f51a378186869fc721610b118c2ee31">778cda1c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-03-31T16:41:07-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Layer opacity blending for MPR has been fixed.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a3a6d3cf4a9b5bcd921f442dd1c4a42b3c6ccae9">a3a6d3cf</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-04-03T11:01:18-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Starting on MPR "three" a revised version of volume MPR drawing.  For each axis view, rotation now appears to be about the screen vector.  Improvements also made so that rotation is about the selected slice coordinates and the rotation is estimated using an angle formed by the screen coordinate of the selected slices, the current mouse screen coordinate, and the previous mouse screen coordinate.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/80e66ac35bcf24346908189fe2caf28246296e68">80e66ac3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-04-03T11:01:18-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Disable developer flag for new MPR with rotation corrections that is in work

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7ffed212680229b77be697c69e0c5ac4b64aa157">7ffed212</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-04-07T10:21:33-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Workbench was crashing when trying to read data from new CZI images.  When Workbench reads image data, it requests the image data in Bgr24 (8-bit RGB) format.  These new CZI images are in Gray16 format.  The CZI library does not support conversion of image data from Gray16 to Bgr24 and throws a std::logic error that Workbench did not catch.  Workbench now catches the std::logic error that prevents a crash and logs it to the terminal.  Either the images need to be converted to Gray8 or Workbench needs to be updated to detect the color format and do the necessary conversions.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4d3cfbe0dede781dda6699384e4eda8543b04000">4d3cfbe0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-04-12T09:26:29-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added another overloaded method to add name and value that accepts 'const char*' for value.  This fixes problems with 'const char*' implicitly cast to a bool.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f84b3252a10481b129d7c8ec8e80e624df48e2ff">f84b3252</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-04-12T09:27:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add information from media file to data file content information.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/92e1153e241833ae4cc37f380929e3e5e2ef783e">92e1153e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-04-12T09:40:36-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>CZI multi-channel file support.  A multi-channel file with datatype of Gray16 was not loading correctly.  There was an image displayed but it was very dim.  Apparently, when the datatype is 'Gray', tinting must be used to color the data.  (1) Enable tinting for blending channels from a multi-channel file; (2) Add logic for loading a single channel and tinting it; (3) Using the scaling tile accessor when getting RGB of one pixel (single channel accessor fails if datatype is Gray16 as it will not convert it to RGB).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e80aeffb56bb43e679afe53cf1ddb7c92423a94c">e80aeffb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-04-12T15:03:22-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Updates for detecting channels in CZI files but not yet allowing selection of the channels.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6c15cc9462cc3a8bf594f2897f2391d546911cff">6c15cc94</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-04-13T16:54:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed crash when a CIFIT file with volume data was loaded.  A cast from VolumeMappableInterface to VolumeFile was not tested for success in a recent change to get the volume type for RGB volume files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/dc0f744bdcd2fe035af7f646f9748e89e4a5055a">dc0f744b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-04-26T08:31:39-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New compilers on macOS Ventura produced over a thousand "Implicit conversion loses integer precision" compiler warnings in our code, Qwt, Qt, etc.  So, suppressed the warnings when the clang version is greater than 14.0.2.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5baeefd8271047dd2f220be7a2245cf5f66ca20f">5baeefd8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-04-26T08:31:39-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Allow selection of individual channels in CZI files that contain multiple channels.  Controls are in the Media Layers menu displayed by clicking the Wrench icon in the layer toolbox.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b18884dbf2bbfe78f87541e983d20c004b420625">b18884db</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-04-26T08:31:39-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Consolidated controls for CZI channels selection.  Checkbox for 'All' channels is now first option in spin box for channel number.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3f32d3f62cd742f5e556d83a6b3de99bf3c8d13a">3f32d3f6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-04-26T08:31:39-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation warnings on unused variables produced by newer macOS compiler.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7df7416157b73049654571c57170dbd825547aba">7df74161</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-04-26T09:30:29-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>If only one channel in a CZI file, disable channel section in the media overlay settings menu.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3b420bc8ba9e05ff82001bc0c121ecac2fe7ad9d">3b420bc8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-04-26T09:49:12-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed bug with using arrow keys to increment/decrement the CZI channel number in layer menu control.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c35d9250e4fb43196649260e3acf8f19eb1905c6">c35d9250</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-05-01T11:20:43-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed bug with volume surface outlines not always restoring correctly when coloring is set to a tab.  If the index of the tab referenced by the volume surface outline was greater than the tab index containing the volume surface outline, restoration from scene failed due to the referenced tab not having been restored yet.  Now, volume surface outlines for all tabs are restored after all of the tabs have been restored.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2c06bea2328fa45a8635bc08da384fa6fdd28e2d">2c06bea2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-05-01T11:27:00-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>During bug fix for volume surface outline, noticed that clipping planes were not correctly saved to scene and is now fixed.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e67773abcdc9ff5fa276bcc382150fc4a012af29">e67773ab</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-05-24T09:23:06-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Indices into RGBA colors overflowed int32_t and were changed to int64_t for a volume with dimensions 1098, 979, 1011 (multiply by 4 for RGBA).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/94d0c2e2b4f98852ef14baa80faf023ccd5f0a9e">94d0c2e2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-05-24T15:31:16-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Code that computes non-zero voxel extent in a volume can be very slow for a very large (1000 x 1000 x 1000) volume.  Using OpenMP improved performance but it still may take a couple of minutes on an M1 Mac.  So, until the code can be further optimized, just use the full voxel extent for semi large (#voxels > 400 * 400 * 400).  This non-zero voxel extent is only used for sizing of identification symbols.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/857ebf1f20842e3d7e0ab495eced428bf13135f3">857ebf1f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-05-24T15:38:06-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When wb_view is started, test for NULL when creating the first new window.  If NULL, print error message indicating computer may not have a display.  Trying to prevent crash in this condition.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/77911c8fb32ec0c8c2af366ba2d21f22c61510ee">77911c8f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-05-26T09:16:00-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Change some indices to 64-bit intergers to prevent crashes with large volume files

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f2b73ec671e11ce49f4f582e90419a7cdf0d6303">f2b73ec6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-05-28T15:29:02-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed a std::cout << std::endl from GroupAndNameHierarcyItem.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4a35f378aeceb587e8fc93a49cc812086b48735a">4a35f378</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-06-14T10:00:43-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added a new palette named "Special-RGB-Volume".  When this palette is selected for a volume file and the volume file contains at least three maps, the first three maps interpreted as Red, Green, Blue coloring.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c4d64b39aef969ad2cc67ffca62a269bd10c15e2">c4d64b39</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-06-14T10:01:30-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When quitting and there are modified files without a name, put "unnamed <data-file-type" instead of an empty name in the warning dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/45ea7ad6b18231db259306b8314fb08fdfae4aed">45ea7ad6</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2023-06-19T21:09:39-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>whitelist MEAN and SUM from length=1 reduction warning

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d8d8e7d28703adb582660e0c84db6837ea1ba970">d8d8e7d2</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2023-06-19T21:45:52-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>consolidate length=1 whitelist in a function, add some other operators that seem reasonable

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d3dffb992b33103f93ffb9bd0feed24cf47fc7d0">d3dffb99</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added method to compute the signed angle between two vectors to Vector3D.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c31793ccc6daa6fd918a339408204b930bbeef04">c31793cc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Continuing development of revised MPR volume slice drawing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8c773bdc0f260052a07b48d0c5a02ec2a02e1f2b">8c773bdc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>If switch to volume MPR viewing, do not set to all planes (axial, coronal, parasagittal) if montage slice viewing is enabled.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2a548522cb0f3d619cdd09838fa910f367a43f20">2a548522</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed wrong primitive for volume MPR drawing (was returning the triangle fan primitive when triangle strip was requested)

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6a1e09bed9a5603ffd12ab221b90ec9d5ab97fff">6a1e09be</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Updating MPR: Fixed display of identification symbols, volume surface outline, and intensity modes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3ab6755193142ebcfa6f4bf18e8af6661e93cb29">3ab67551</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Updating MPR: continuing development.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f1ae0bf229c32c5e99caed89fe7f12b6b0a0e363">f1ae0bf2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Updating MPR: Correct position of slices with rotation and voxel coordinates in work.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a6e4db6dabae278f48d60478e62546c51cc8a279">a6e4db6d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Reduce warnings about coincident points in OpenGL polyline drawing since it can be caused by zooming way in so outlines are very tiny spatially.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/53ed504474f1bd90bf4faa094192e5187687e118">53ed5044</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add an inverse transform method that returns a vector to EventOpenGLObjectToWindowTransform.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a0b4cd6587a749db74a3113293bbf05b64ec6eca">a0b4cd65</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add methods to GraphicsViewport that return each of the viewport corners in a Vector3D.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b6cc9f710b951795da8cd7a3110f4b8fb934640e">b6cc9f71</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add a projectPointToPlane method that returns a Vector3D to Plane.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/07652e25f653f399e13bf40c9a624b56a2cab08f">07652e25</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add rayIntersection method to Plane that returns a Vector3D containing the intersection point.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e5a37f775f392e5df418feb617869aaab05f99e9">e5a37f77</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add method that intersects a ray with a volume to VolumePlaneIntersection.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0c6eb4c3b37e4e0519e9b117c4333c44dece4358">0c6eb4c3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Continuing MPR volume viewing development including 2D intensity slice drawing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/dd1311e19591575a32ed6e15e7942ac4c3fa8f97">dd1311e1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixes for 2D intensity max/min modes.  Disable intensity modes for ALL view since the slices may overlap and the intensity modes 'accumulate' in the framebuffer (may be fixable by drawing each slice into an offscreen buffer).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7b29e8f52e0f61f8509f9d667276451d6eb2bfd5">7b29e8f5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR fixed rotation of mpr axes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/78a8e54610970c7edb947b8e9a055412515b02df">78a8e546</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume viewing: Fixed problems with intensity modes when there were just a few slices.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fc0b829df8f9494389fd891e3594a011316cfc7d">fc0b829d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>BrainOpenGLFixedPipeline::getPixelDepthAndRGBA() Fixed test for inside viewport.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ac8df009bc24f4bc51ef5041f2c0289f0aea1e96">ac8df009</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixes to keep slices in place when a voxel is selected.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/62e9454186b176d2f91679cb5dd1ed5d9718f816">62e94541</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When getting depth from BrainOpenGLFixedPipeline::getPixelDepthAndRGBA, warn if depth testing is disabled as it results in an invalid depth value.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/eaf9c84af3f52c3f2a2f7be63afb0ddbe66cb6c5">eaf9c84a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: New mode that fixes the view but transforms the volume.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bf2661188ce4f555f99d1dd88cd2c9a99955bc78">bf266118</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Had a file opened in editor that caused Brain/.VolumeSliceSettings.h.swp to be added to git now removing it

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/221997604a206babf454f9e67c4c411ce9852bea">22199760</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MPR Volume Viewing: Add an "inverse" rotation for each axis.  When rotating in an axis, the "inverse" rotation allows the current axis to remain static (not rotate) while the other axes rotate.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/09a9c8350f0f3d322fe892e80f267b8540ec7dc0">09a9c835</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Cleanup of MPR code.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/59eec9cec5814d9c5037fe5d1da37bfa3aaab5c1">59eec9ce</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixed volume surface outline on MPR slices.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bb49676d6e643faa84cb372b66cdc7a5fbceed91">bb49676d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixed problems with volume surface outline.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f5453c48910f1f3f1bffbd07432a1c55407195ce">f5453c48</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Graphics Polylines: Do not attempt to draw polylines that become degenerate (all same coordinates).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/89a1b2d495388b0d314f2c22ca866f12029b040b">89a1b2d4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixes for rotation; volume surface outline on 2D volume slices.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/842e50daf8b3466e7418b240b9c0deca283115fc">842e50da</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixes for slices in ALL view and drawing volume surface outline on ALL view slices

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4068d4961d580e31f85951ab5f2268f9672215ef">4068d496</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed crash when graphics primitive was drawing spheres using a float color.  The float color was converted to bytes incorrectly.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d7a7267f100ff20f5eb0e26c58322966733d6036">d7a7267f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add new class, VolumeVerticesEdgesFaces, to simplify access to vertices, edges, and faces in a volume file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/287ab1dc10e94e29c07094a0873d8b5de6dbf4e9">287ab1dc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Add a box that shows rotated vs non-rotated volume in ALL slices (parasagittal, coronal, axial) view.  It also shows location of the selected slice coordinates.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/279b3cc8771ceab56f12cb87dc919531d2bc3300">279b3cc8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Use newer class VolumeVerticesEdgesFaces in VolumePlaneIntersection; Add antialiasing to some line drawing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/811ca2c1b505d7ee21d8fc0901c45dc6fb8c2741">811ca2c1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixed strange white border at edge of texture by enabling blending.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c6c9ddbef1eb5737ab93f78f4a456dbfe1cb89fb">c6c9ddbe</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Removed developer flag for new MPR and added another MPR selection in the toolbar so that old MPR still works and new MPR is available.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/37ad82cc9fe4df7cf7968bb03b99a7f4693575c5">37ad82cc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Some attempts to load scenes created with old MPR implementation into the new MPR implementation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e721524881008c5160d21b8ae2d2f86eba88b8e3">e7215248</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixes for rotation axes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6206672501fbd21eef20d327a782d2c7a9e224e8">62066725</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Located in the slice views are labels that identify the axes (anterior, left, inferior, etc).  These labels are identical to those displayed in an orthogonal view.  However, once there is rotation in MPR, the labels may no longer be valid.  Now, the labels are dynamic and are only displayed when the slice's axes align with one or the orthogonal axes.  For example, with no rotation the axial slice's labels are L, R, P, A.  If one rotates 90 degrees in the parasagittal view, the axial slice's labels become L, R, I, S.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/234cef0b5a5ff4f7f30f204b2f981b9c8738763f">234cef0b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Add option to allow "in-plane" rotation to the toolbar's MPR options widget.  This allows the user to rotate the slice that is being rotated.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c9540f42dce5884cc37ae69bd3d7b45534da81d2">c9540f42</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Switch MPR rotation to a quaternion instead of a matrix.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/062b51213fe74e56999f15a8ae4201e91fa917cc">062b5121</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Use premultiply for the axes "inverse rotation" quaternions.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fe595e68a24e2788b0dedc0ca5f2d77d1b0a9a8a">fe595e68</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixed rotation crosshairs.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8397be2be1e88be5afe0a9e4d421ea2ac62f3154">8397be2b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixed orientation labels when in Radiological Orientation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/481a3aeb45952adf40cabf38dc6763583323ac85">481a3aeb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixed MPR Average and opacity blending for normal MPR viewing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e0aff64df27ac404297353c9abd8f246e46d9655">e0aff64d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Cleanup of code for intensity drawing modes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/633b1f41eab86a8bb9173cdea8eebce5efa3c0c5">633b1f41</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixed/implemented Volume Properties opacity that is used for ALL view slices.  Added polygon offset to ALL view layers to prevent flashing of overlay/underlay (fixes depth buffer issues).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a861bb64eaa6bbfed9ce488afdc86b1763429e06">a861bb64</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T15:35:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixed identification problem caused by wrong alpha value from previous fix for texture artifact white lines around edges.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0044711aa09390f3a170bf02f9bcec327e91a685">0044711a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-11T16:30:55-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For yoking, do not copy the volume slice montage On/Off setting.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2dd1cfd624db058866169d7988861dffce4bd402">2dd1cfd6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-12T08:46:41-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fix compilation errors and warnings from other build systems.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/85f47679f9b6a9b1d2e45db441a5cf6a2fe60259">85f47679</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-12T09:42:28-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fix compilation warning about unused parameters from other build systems.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/af2bb1a31f3c6e4827c71751a280adbbc4cabfa8">af2bb1a3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-13T14:44:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Adding a new cursor type for rotation that rotates only the axis containing the cursor.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/14343720c516f38eed2071eea53d9a734fc1d573">14343720</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-14T11:26:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Added "view rotation" functionality.  Axes now have three sections.  Starting at selected coordinate, thinnest section changes slice coordinates; second thicker section rotates only the slice containing the cursor (no changes to other slices); thickest section rotates the slice planes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4b5398e42b50f9886cdf312690d7806960cc81e3">4b5398e4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-19T15:40:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add method to Plane to get normal vector in a Vector3D instance.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/74d1c6b79417291df20f339cf2c2de4e7040ca42">74d1c6b7</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-19T15:47:20-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Using inverse rotation for each axis was found to work incorrectly causing planes to become non-orthogonal.  For example, suppose in a default view, the user rotates in the axial plane (around the vector 0, 0, 1).  The inverse rotation for the axial slice corrects for rotation around 0, 0, 1.  Now suppose the user rotates around in the coronal slice.  The normal vector in the axial view is NOT  0, 0, 1 anymore due rotation in the coronal view.  However, the inverse rotation for the axial view corrects for rotation about the normal vector 0, 0, 1 so the correction for the axial slice is now incorrect.  The solution is to use a separate rotation quaternion for each slice axis.  Each of the quaternions  is always rotated when the user rotates a slice but the slice being rotated is also receives an inverse rotation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4a9e8524849b98c8916a273b59b2beeee01997dc">4a9e8524</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-19T16:47:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed unused code that performed MPR rotation using matrices (now uses quaternions).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c55de9ebca0cbbf876c640e15590e026e69f3824">c55de9eb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-20T12:09:10-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add method to verify if three planes (normal vectors) are orthogonal.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ba2956be3ef995dee419bf731bfb77f7f136ec6c">ba2956be</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-20T13:00:30-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Add developer flag that allows switching between "inverse transforms" and "separate transforms".  Note that the "inverse transforms" fail to keep the volume slices orthogonal.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7e692bc52dea24c7d6beb132475ce31de9e76d00">7e692bc5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-21T16:00:39-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: New implementation of crosshairs in stereotaxic coordinates.  However, rotations are incorrect so that still needs to be fixed.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a02016edc8a97dcd7e29527a6e34b39c3c314ec0">a02016ed</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-23T13:47:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Correct normal vectors of "virtual slices" so that crosshairs represent the 'other' slice planes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/10556370162778d0664becfb5e0fc7409a079336">10556370</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-24T09:26:53-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Corrections for rotations and crosshairs so that they move in same direction.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f2d50dd06697e4a59ea368c717a682e849ad5195">f2d50dd0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-24T10:27:15-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Corrections for montage slice offset vector.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1c322ee4d4f91ff21892aef8efc5ac3fee8b30f3">1c322ee4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-24T12:20:12-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixed drawing of mouse dragged selection box.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f850dd7ce606de06600a66c83aa49d24c308ad7f">f850dd7c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-24T15:00:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Attempt to apply rotations from scenes created with old MPR to the new MPR.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e6e42a687c2e9aa3c268a8e29885247d328e014d">e6e42a68</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-24T16:53:33-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Edit Samples: Added support, but no functionality for the new "Edit Samples" mode.   Button in Toolbar -> Mode is disabled and hidden (code in BrainBrowserWindowToolBar::createModeWidget()).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/cd008c68c1b904afa8702e3c440a1fe58bc94e75">cd008c68</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-25T08:17:03-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Edit Samples: Added support, but no functionality for the new "Edit Samples" mode.   Button in Toolbar -> Mode is disabled and hidden (code in BrainBrowserWindowToolBar::createModeWidget()).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/63cc124fa6a2cd2aa09b4fcedb661f1bd08c81d8">63cc124f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-25T11:00:47-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixes for ALL view in MPR mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/797b0a43248bc31cdfab95d38b4059f0fdce6b6f">797b0a43</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-25T11:16:55-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix compilation warning with unused parameters.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9a80feec01479a7e9320e998de59843d2a74f6bc">9a80feec</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-26T10:49:19-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Put some gaps in the crosshairs so that there are three distinct sections (select slices, rotate only slice, rotate transform).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/131e84f7b885d82af76ebe21adf2fa97795e2484">131e84f7</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-07-28T10:16:53-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>SceneFile::writeFile() was not converting the input scene file name to an absolute file path.  When a scene file is written, the paths to the data files are converted to paths relative to the the path of the scene file.  This conversion to relative paths fails when the path to the scene file is not absolute.  This bug was noticed when a user ran 'wb_command -scene-file-relocate' with a relative path for the output scene file name.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/748016def8d26894d0ab5198742820d596588886">748016de</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-03T12:52:54-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Samples: Continuing work on toolbar for Edit Samples mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ba63a41765984386ed91af3cae3511f7c7806ced">ba63a417</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-03T12:52:54-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Samples: Added new samples file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/21b1eca8b76881334ac719ee38a58cd4638a7694">21b1eca8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-03T12:52:54-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Samples: Implemented drawing and dragging of polyhedron annotations.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4b1fb5353895b556cc15cb56bbde6ac354c04034">4b1fb535</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-03T12:52:54-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed identification problems so that identified coordinate is used (not moved to voxel center); Fixed volume crosshair gap in MPR viewing; Various improvements for annotation polyhedron drawing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bd189e37ec8d2bf2678ea0e381e8976c98ffe65c">bd189e37</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-03T16:12:43-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed crash when there was a failure to create a new polyhedron annotation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/08ccc7b4d62390193153c2e28abf8a6be0675ef1">08ccc7b4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-04T09:59:11-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add plane of slice to identification so that it can be used for annotation drawing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d85d7e88d0a0bd36bf5c14fd1efe1f6226243434">d85d7e88</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-07T09:47:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Polyhedron Annotations: Save 'plane' of volume slice on which the polyhedron was drawn.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/40bc163ee075532d6179e6dd5c1385f2a43f1597">40bc163e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-07T12:21:18-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Polyhedron annotation: Allow selection of polyhedron when drawn 'between" the near and far slices.  When selected the size handles on in between slices are drawn as unfilled circles indicating that they cannot be edited (editable size handles are filled circles on near and far slices".

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bf062f4396a05737b327a731ad49bb203070bc90">bf062f43</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-07T13:34:03-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Polyhedron Annotation: Add depth from when user creates polyhedron to annotation file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/85ecc20d884e7d6c29ff5f7b47074175c1ad010a">85ecc20d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-07T17:00:22-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added insertion and deletion of coordinates into/from polyhedron annotations.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d05352132554e5c2742680887650860dc067e8c1">d0535213</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-08T14:02:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixed rotation in slice montage view.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c9739381df0e14cc62c9f1b8ac84bad91c4a441c">c9739381</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-08T14:28:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixed crosshairs so that they are sized in pixels (and do not scale with volume slice zooming).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/21675e7b29c23380dfdb4ba01c1df8a4e5efb2f4">21675e7b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-09T13:20:43-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Adding finish and cancel buttons for annotation drawing but not yet complete.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9019492751d3ca752d5c799c96f43f57ce3bd2f5">90194927</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-09T15:59:43-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Reduced size of circles displayed at polyhedron (and poly line, polygon) when the annotation is selected.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4e52f3c9ea131411777cc2c6e884fb3c277aa424">4e52f3c9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-09T16:44:05-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When identification is performed on a volume slice, set the selected slices to the center of the voxel.  In the identification window, the actual XYZ selected (not necessarily at the voxel center) is displayed in one row and the IJK and voxel center XYZ in another row.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/28affc6fce03f2642a1a5ecc8c0386ca844789d1">28affc6f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-09T17:09:18-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed typename of annotation for redo/undo of a coordinate insertion or deletion (was displaying polyline for a polygon).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3e3acfcba2351fe0b30f71eaa43d79a212ba5476">3e3acfcb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-09T17:28:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Annotation Toolbar: Implemented function for Cancel button (cancels drawing of a poly type annotation).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f87a3aa32362ed8cb64ecda190d4bbee9f8b157d">f87a3aa3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-11T12:19:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed recent bug that snuck in and failed to create box, line, or oval annotations when mouse was dragged to draw the annotation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5dd3c3c1085294cbb815ae238185485922f38375">5dd3c3c1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-16T12:34:43-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Event for inserting new annotations was going to all open windows and not just the window in which the new annotation was requested.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/49eea939981b3544cb6ae55db45e8a4b95d3e3bc">49eea939</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-16T12:34:43-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Polyhedron: Partial implementation of drawing polyhedron on slices not on original drawing plane.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/eb45f08cb8ffa883a20a61c6b5772027bcd5360a">eb45f08c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-16T12:34:44-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Annotation MetaData: Added reading and writing of metadata to individual annotations.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5382d470372dc9639af6eb47aa0329c1fd74e4ba">5382d470</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-16T12:34:44-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed print statements.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/728b21c266f9c59989c2c06bca5b53b16f8484e7">728b21c2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-16T12:34:44-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>On Open Data File dialog, change default file filter to scene file (was spec file)

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d915de1d5d931716882efe6f0aedcafbdd823b0b">d915de1d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-16T12:34:44-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added Edit Metadata to right-click menu in Annotations Mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2ed74afcc92eeb69da04a37f0731260759c9e352">2ed74afc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-16T12:49:55-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Annotations: Fixed drawing of some annotations (box, oval, line, text) when created from start to finish by mouse dragging.  When drawing an annotation, allow editing of the line thickness, foreground color, and background color as the thickness may be too great for some poly-type annotations.

Fixed conflict.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/64eca715f3328d7b295a77c17ff5834602fcd271">64eca715</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-16T12:50:16-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Include metadata in an annotation's modified status.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/73bf146a54c6f5459b2e0b2fd9de0eaffa3d304e">73bf146a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-16T12:50:16-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added metadata editor to annotation create dialog for polyhedron metadata.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0cdb5b438ec65a4712232a1e46e131ef204c637c">0cdb5b43</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-16T12:50:16-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Disable slice dragging in MPR montage as it uses the coordinate of the slice in the montage.  It needs to use the middle slice but this is difficult as an ID operation is used to get the coordinate.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/dbbd22b1aedb543a7c3dd56b98e87e58c9605703">dbbd22b1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-16T12:50:16-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixed identification failure that prevented dragging the crosshairs over an identification symbol.  Also renamed performIdentification() to performIdentificationAll() and added performIdentificationSome() to BrainOpenGLWidget.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/21ca1a42048cff550bcf774ae740c0d898b6c762">21ca1a42</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-16T12:50:16-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Create new custom metadata editor for annotation create dialog.  The custom metadata editor shows only specific metadata items in a particular order.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3eb4fc38ae887a3a89e9aa8d4269b8dcd40a6ed6">3eb4fc38</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-16T12:50:16-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Implemented Annotation toolbar's "Finish" button.  The button is enabled when a poly-type annotation has a least 3 points.  When enabled, the background of the button is green to make its availability obvious to the user.  Alternatively, the user can shift-click the mouse to finish the poly-type annotation but this functionality is not obvious.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b119af10d9758a326fbff5cb80055e5a3e1bfc3a">b119af10</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-16T12:50:16-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improve size (not too large) of the sizing handles (circles) on poly-type annotation points.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e47d9348120f81ec2651577bbc0a5dd709ddebd0">e47d9348</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-17T11:40:13-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume MPR: Fixed rotation (rotation did not work for the vertical axes).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ec7758229be6027b2a6c933161e51693788f6180">ec775822</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-17T12:22:53-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Polyhedron annotation: Fixed line width for "other axis" views.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fed35167830ea1244f8bc1cb4368569fcac86e27">fed35167</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-17T13:43:43-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Allows stretching the widget of annotation created dialog and metadata editor dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e805f8deea41f7e73757b48be42543d3f29b733e">e805f8de</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-17T14:03:03-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Annotation Toolbar: Rearrange width, height, and rotation controls to reduce horizontal space used by these controls.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/306a90a1f7e5cdd1043f86fb4cf4981ab8ac23ce">306a90a1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-18T12:16:28-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added "X" button to remove the last coordinate from a poly-type annotation that is being drawn.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4f3aa40736e5a3797c53325d26fe922c0d0c126b">4f3aa407</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-18T13:05:08-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add a "Drawing" label to the section of annotation toolbar containing finish and cancel buttons.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/055a035296e73acfa5becde0eb74d9b009ef25cb">055a0352</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-18T14:28:33-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Disable insertion of a coordinate into a poly-type annotation since this can accidentally happen while trying to drag a coordinate with mouse.  To insert a coordinate, right-click the annotation and select Insert Coordinate from the pop-up menu.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8796ee5ace2ed8b391a40644574f256d26b4b713">8796ee5a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-21T12:04:06-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Polyhedron: On create dialog, number of slices is total number of slices; previously was additional number of slices.  Metadata is now validated but user can use new "Require metadata" checkbox to finish the polyhedron without entering metadata.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/06d45795b845e02bd066ee3cdb5982145ea4722b">06d45795</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-21T15:42:52-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Poly-type annotations: Fixed problem with line width incorrect (was using window height for thickness percentage) during the time a poly-type annotation was being drawn.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9d785b3ff5a9f0d0ac0e30c6ca77c79466b28360">9d785b3f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-22T12:22:25-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add cmath include for linux compiler error.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a4b0d9f61b5ef1dd29ea8cb92e775072767b2927">a4b0d9f6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-22T12:47:28-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add cmath include for linux compiler error with QGLwidget::update/updateGL.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e8e9a471c92a0eb9ce6c9482fd7a92cd7030af14">e8e9a471</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-22T13:09:31-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add cmath include for linux compiler error with QGLwidget::update/updateGL trying again.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/24ea4751369229a8605980d0bf35d71c0a740c6b">24ea4751</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2023-08-22T16:52:02-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>attempt to fix windows building

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5da40c2511a3aa4198e0544ac6581520920c9aed">5da40c25</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-31T14:22:14-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed kludge that checked for the filename photo_recon_SLA.nii.gz when reading a volume file and changed the volume type to RGB_WORKBENCH.  New way is to use the Special-RGB-Volume palette.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e03815c49e72f903b36af69b3b12f9a96a06a034">e03815c4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-08-31T16:00:46-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Changes for volume palette SPECIAL-RGB-VOLUME: (1) Removed test for this special volume type from VolumeFileVoxelColorizor; (2) Changed VolumeFile::getType() to test for SPECIAL-RGB-VOLUME palette and if found, return type RGB_WORKBENCH; (3) Changed MPR drawing to use discrete coloring when the volume type is RGB_WORKBENCH.  With these changes, 'enclosing' voxel is used if drawing in MPR with SPECIAL-RGB-VOLUME.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d06f78f0cdd2ec2bf353aedce199c1ad7e400778">d06f78f0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-09-21T09:02:07-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Change order of volume modes so that MPR is before Oblique.  If the user loads an oblique volume, it will now display in MPR mode instead of Oblique.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c13905b86b054f0ed45071bf180aec394e64202b">c13905b8</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2023-09-21T19:45:40-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix crash from VolumeFile::getType accessing a palette without checking if the file is label-type

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/abcdacb4f27295c7db3226d8accaac4dac141a9b">abcdacb4</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2023-10-16T18:56:32-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix longstanding typo in -volume-erode

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a9f8f00b05bd207c544a293a72b1026e1a57db83">a9f8f00b</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2023-10-16T19:54:00-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>replace buggy QFile::remove with cstdio

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3bfbc5cac975aed11e83274853aeaf792c736594">3bfbc5ca</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Polyhedron annotations: Draw size handles on a polyhedron while the polyhedron is being drawn.  But, the size handles are too big since the annotation uses window coordinates space while it is being drawn (converts to actual space when finished).  All annotations will need to be drawn in the selected space instead of drawing in window space and converting to selected space when annotation is finished.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e00bac065d9461c231a79f428f7547627031bad7">e00bac06</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>From EventAnnotationCreateNewType, removed the CONTINUOUS mode that was not being used.  At one time there were two modes continuous (user had to drag mouse to create poly type annotation) and discrete (user could only click mouse to create poly type annotations).  The DISCRETE mode had been modified to support both clicks and dragging.  DISCRETE mode has been renamed to CLICK_AND_OR_DRAG to better reflect its functionality.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2cabd8f8fc80d9b12978ac456b3804e37e50b2a7">2cabd8f8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Some cleanup of UserModeAnnotations mode enum so that names better reflect their function due to functionality changes made over time.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/566b01de461be10e39db5846fd40542cb55536f2">566b01de</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>From UserInputAnnotations, removed unused mode and code for setting the coordinates of an annotation with a dialog (AnnotationChangeCoordinateDialog).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c362a3e5ee68f8e3909ab24389401df4581d003f">c362a3e5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed AnnotationCoordinateSelectionWidget and AnnotationChangeCoordinateDialog as they are not used anymore.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e05aba323bd3eeee9e8abaf25871cfabb50032d6">e05aba32</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed leak of a GiftiMetaData instance in AnnotationCreateDialog when an polyhedron was created.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b183979eb6c0c7c7d38bdf526909f57fb189d331">b183979e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>A little more cleanup of UserInputModeAnnotations.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a0628e1d0a86765f927f1127a16267fec9aafacd">a0628e1d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Adding new modes to UserInputModeAnnotations to draw polyhedrons in stereotaxic space.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/61f72a766d439364a93c03d6146e6133294d8bd8">61f72a76</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Revising how size of viewports used for annotations is obtained into a "drawing viewport manager".  Also adding drawing of polyhedron annotations in stereotaxic coordinates.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c825abdf0048705280846641ef34d1ae744bcef4">c825abdf</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Annotation - Updates for editing the line color, background color, and line thickness of the annotation being drawn by the user.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6c6d7a9d8ab448d90ecf7e980cb192c468861808">6c6d7a9d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Updates so that the annotation widgets can support annotations or samples.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/23be946e4db8ce268347bf39330f606b66f4309d">23be946e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Adding Edit Samples Mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/aacaa61cc24f2de5cd8dfab011a2cee68fc2ebda">aacaa61c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Samples Editing: Extensive changes for new "Edit Samples" mode that is an subset, with additions, of Annotations Mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bba01c49b34aa2c8c3530bac9be9c0409fe15124">bba01c49</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Annotations and Samples: Cleanup of clipboard.  Pasting is now to the file selected in the toolbar.  Previously, it was to the file of the annotation that was copied.  However, the user user could close that file between the time of copying and pasting.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ebd5b88d6846b7edb6d196012b953fa607f564f1">ebd5b88d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixes for Annotation Depth Widget.  It is used to change the depth (extent) of the two faces in a polyhedron annotation.  Depth is in millimeters but also show a slice count derived from the underlay volume spacing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e60e1b9660fe569282ef05a1aa7c454fe9533561">e60e1b96</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix adjustment of polyhedron depth while drawing a new polyhedron

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ba3d38ffb5c6ca9cd1d8baa8533247500138e3e9">ba3d38ff</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improve layout and functionality of Samples Toolbar Insert new sample widget.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fd8f115bbf8ebb901ae8818d3820b29769118d37">fd8f115b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improve layout and functionality of Samples Toolbar Insert new sample widget (part 2).  Forgot to add new files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1efb7523c2540d7e53374cb312e6681515b4ada2">1efb7523</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Insert  New Sample Widget: Added a Save button that simplifies saving of the Samples File since samples must be saved to a file and not the scene (like annotations are typically saved).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/cf2e62cebde61b4a8651c0b28ea0eef643a6347e">cf2e62ce</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add DisplayPropertiesSamples so that the display of samples can be turned on/off through Features Toolbox.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2b11a3a298bb52c89375e765e7edd0b3301025fc">2b11a3a2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When entering Edit Samples mode or creating a new sample, turn on the display of samples.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7b2ec740a83017fef16877171311dc1bbebf76f9">7b2ec740</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix some Edit Samples control's tooltips.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e246dc86c83cf1a1b96152a172b3d2424be47426">e246dc86</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improve some tooltip on the Edit Samples Insert widget.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9d408d464c12b96ad409cfb39f2bf19789a9d574">9d408d46</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Allow cancellation of new sample before the first point has been added.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a4cb3f56ea6d5426fadcecdb0bb9a4693873804f">a4cb3f56</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed selection of Samples in Editing Samples mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/457baee18e1a70bf78acb1ce31fea92c6ee79f16">457baee1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Display a pencil cursor when drawing samples or annotation poly types.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/aa143f3759e70954a17358ea61c1a5527ceb233f">aa143f37</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When drawing polyhedron size handles, draw the background color slightly larger than the foreground color to make the symbols more obvious.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/82624fd078fd6e749af9f65e68628e7a35098d19">82624fd0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Show "two-tone" size handles on poly lines and polygons.  These handles have the background color around the foreground color so that they are easier to see.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/43a18cf9acbd51dd05c848ad64801b564cf073a3">43a18cf9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Started on improvements  for line widths in annotation drawing but will have to work on it at a later time.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/50d34bfb8b43cac53da0da0ee890efe26c1ef52c">50d34bfb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Disable Annotation (and Edit Samples) Redo/Undo buttons while a new annotation (or sample) is being drawn.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/67b77b1ad749ad5344d2506f032da0ad9a938a85">67b77b1a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For EventAnnotationGetBeingDrawnInWindow, add the user input mode (annotations or samples) to ensure event goes only to widgets with the same input mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1524027027e3a2c350bcad2e18064a696b676670">15240270</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Implementing a new system for tracking all drawing viewports and their contents to for use with annotations and samples.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a666f35adeb7ed7532daa8802337065aba575a2a">a666f35a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Samples: Redesign of samples drawing.  User draws on all slices in montage or chooses slice to exclude from drawing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f793f5173cce933b04e542e17495052cc8a80aeb">f793f517</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Manage drawing viewports with shared_ptr's to fix invalid pointer bug.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ff1e3214fb00fa66b052cdf882f4d197c07c282f">ff1e3214</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Copy AnnotationCreateDialogTwo to AnnotationSamplesCreateDialog since this dialog will be specialized for samples creation.  Enable/disable items in the Sample Insert New widget based upon mode selected and whether or not an annotation is being drawn.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/eea5b457304dcdd0714ed39fe326700990f756dc">eea5b457</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed drawing of scale bar for MPR volume viewing modes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/64f11bb580920cfb6563fa9695e907b7b9592cc5">64f11bb5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Ding Ontology Terms: Created CommaSeparatedValuesFile that is extended by DingOntologyTermsFile for reading the Ding Ontology Terms File.  The file is in the Resources.  Created a dialog for displaying the ontology has both a sort list and a hierarchy that the user uses to select a term.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/52e6d69decca377fb8b5ec5bec3b2e1bd5d599bf">52e6d69d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Samples: Cleanup of annotation samples create dialog.  Improvements in custom metadata editor including support for selecting from pre-defined values for some elements.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7a1a0643d4e81ebcaf5c8f0814341d86b0fcf92c">7a1a0643</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improvements in annotation samples metadata editing.  Use a combo box with list of values for some elements (instead of a button that pops up a dialog with the list); Add support for a date editor for date elements.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fe85d66da24b67e9c6fb0bcd98e03771bf91c176">fe85d66d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Ding Ontology Dialog: Add "Expand to Level" option and save the expansion level and selected item for next time dialog is displayed.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0abd15c3d2535223886ebf23c74260de0266fdca">0abd15c3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Ding Ontology Terms Dialog: Fix for Tree View Collapse All button.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4178fec1d4cec6efdaf464e7f075b0fca573f07d">4178fec1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Remove Polyhedron button from Annotations since polyhedrons are only used in the newer Samples Mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c9b8ef95b6eb15d59353a16f2cf3707aab425bce">c9b8ef95</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Use 'shorthand id' metadata value for the name of a polyhedron annotation.  The annotation's name is displayed in the Features Toolbox.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f5c3584344bdbbefafe97dfc99e64c429a926367">f5c35843</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Show name of a polyhedron (sample) annotation at the center of polyhedron.  Names can be turned on/off on Samples page in Features Toolbox.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/14ddf9fcee84ae846e27cb1c9a2609fb1216df8b">14ddf9fc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Annotation Samples Create Dialog: Save metadata entries for next time dialog is displayed in the current session.  Default the dissection date to the current date.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6a43a4d10d1ff7c0484bcf7acc1754c9d3bb48a5">6a43a4d1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added MetaDataCustomEditorDialog that is used when editing metadata from a Sample Polyhedron.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1c2126d87bff5ff1c03d5ff58c8be4a6c0fd3527">1c2126d8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed selection (deselection) of sample polyhedrons on Samples tab of Features Toolbox.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e824d8e0c5256f71f9c1ffe662cff6b8f1c49867">e824d8e0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Samples Metadata Updates: Optional vs Required, Structure replaced with Hemisphere, Default some sample metadata to off.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5569af9ef94fa5d4638ba7f65a8f734bea65eaea">5569af9e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add font attributes (font name, size, color, bold, italic, underline) to the name displayed for an AnnotationPolyhedron.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8c013d333d75cfe63917928b0fadb4c73a8499f5">8c013d33</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-23T12:14:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improve layout of samples toolbar widget to reduce its vertical height.  Small size improvements in annotation toolbar widget.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/236ec4c30766fde357b44fee4764897e8fbd4c74">236ec4c3</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2023-10-26T18:07:04-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>new -volume-components-to-frames command, to deal with complex/rgb types

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4779ed89ea37cbb5303b1cdb31d9d3d7997320fe">4779ed89</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2023-10-27T15:10:22-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>add absolute mm-convention reading to -convert-warpfield

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/824653bfb3135bc0a132607e8d33cadd2c82404c">824653bf</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-10-31T09:28:40-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation warning.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ecf21c237faff0550bbabf8c7845c85adcb1f23a">ecf21c23</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-01T16:35:39-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add locking of the selected Edit Samples polyhedron.  There must be only one polyhedron selected for it to be locked.  Once locked, it can be unlocked by clicking the 'Lock' button, cutting or deleting the polyhedron, selecting Edit Menu Select All or Deselect All, loading a new spec file or scene.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e30818cfd9ecf0938810896c252a86cb7fb89091">e30818cf</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-01T16:47:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed scene restoration error of SamplesDrawingSettings that caused improper 'X's over some tabs in a tab montage in Edit Samples Mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7c0f13b221b706cad4637725f1048d680df50414">7c0f13b2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-02T13:25:11-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Edit Samples: Fix for dragging polyhedron vertex when the polyhedron is 'Locked'.  Some selection information was not reset when user released the mouse button and it caused incorrect vertex movement next time mouse was dragged, even if away from the polyhedron.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b5c7887fc8a594c6b094343e64943948e3f74574">b5c7887f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-02T13:44:35-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Edit Samples 'Lock' button: Turn off lock user exits Edit Samples mode; Improve the Lock button's tooltip.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/76aa085fd1e592ac5b861b8addfd5571c8008975">76aa085f</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2023-11-17T22:33:05-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix wb_command default for cifti to write output on-disk

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a878e270df56b62e9d9755c22f2e7f553363aaf5">a878e270</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2023-11-20T22:42:27-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>improve IO error checking, sanitize CiftiXML mutable state on set/IO

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4446e3a04fb10c894809a6d49e1f86fa44266726">4446e3a0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed memory leak if user canceled creation of an annotation on the New Sample dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6e30587c31932b211c22f560ea2886527f0bb1da">6e30587c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Edit Samples: Updates for new Sample metadata items that are selected from labels in label type files including logic to split label into the metadata ID and metadata Description.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a1ef5df278edf275603a6e7397fffae93869a955">a1ef5df2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed problem with incorrect modified status for a sample's metadata.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/cdfb24bf515dcfd15d217a9efb6981d77fba2b30">cdfb24bf</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Edit Samples: This mode extends the Annotation editing mode but there are a number of items on the right-click menu that do not apply to samples editing.  So, remove those items in Edit Samples mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7d60d5ae70cdb413dd11c23062b08e52c53c8931">7d60d5ae</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add new "Modify" section to the Edit Samples toolbar.  Move "Lock" from "Edit" to the "Modify" section.  In the "Modify" section is a "More" button, that when clicked displays a menu with addition operations.  "Reset Slice Range" has been added to this menu and it resets the extent (depth) of the polyhedron to the displayed volume montage slices that are not excluded.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/58a1274ef9c772b84f93280fc305464649ba6123">58a1274e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add second plane to sample so that there are two planes representing the first and last volume slices used to create the sample.  Implement the "Info" option in the "More" button's menu to show information about a polyhedron (planes, coordinates, and metadata).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fc89b3475ed0f108088f72109564219539c1fb59">fc89b347</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Cleaned out code from when a polyhedron (sample) was drawn in annotation mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/96800f5786ab7b4b6fc841fc6037f971578a6ca4">96800f57</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix a few compilation warnings.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/950ca328cf98d65de7e8d88427bb56df7be73abb">950ca328</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Matrix4x4: Add rotationTo() that computes a rotation matrix for rotating a vector to match another vector.  Uses OpenGL math quaternion for generating the matrix.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bdcf647c68ee83c972244f3467bb0ff78016b5aa">bdcf647c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>MathFunctions: Added method polygonArea() that calculates the area of a polygon (polygon may be concave) using the "Shoelace Formula".

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3c2a7c8def9231ca2c00e0e55529486a8ac071e4">3c2a7c8d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Samples: Added display of polyhedron area in the polyhedron Info text.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b1f46abc950d00c3121fec066149444ad584ab0d">b1f46abc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed bug with polygon, polyline, and polyhedron: Coordinates were being saved in the scene data for these annotation types but this is not needed as the coordinates are saved to the AnnotationFile (which may be on disk or embedded in the scene file).  This bug was only noticed if one manually edited annotation coordinates in a disk file.  When the scene restored, it loaded the coordinates a second time and overwrote the coordinates from the disk file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/26f61f85d87213dac975627ab35e8f310f64b681">26f61f85</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Edit Samples: Remove "Reset Slice Range" from the Modify sections "More" tool button menu.  The reason is that the tab containing the polyhedron is needed but we don't know which tab (if in tile tabs) contains the polyhedron since the polyhedron can be in multiple tabs.  "Reset Slice Range" is now on the right-click menu since the location of the mouse click must be over the polyhedron and thus identifies the tab containing the polyhedron.  Also added Info, Lock, and Unlock selections to the right-click menu.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ed330d5c1b56d2bfc0560c0639a764b6f11d87eb">ed330d5c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Polyhedron volume calculation: Improvements including testing that points are coplanar on the two ends and in information, list areas of the two ends and distance between the two ends.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1b4c412f0f731bf549b806b56ffde85fc0235de2">1b4c412f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add "Reset Polyhedron Range" back to the menu on the "More" tool button in Edit Samples Toolbar.  If user selects option and Tile Tabs is enabled, warn user to verify that the selected browser tab contains the sample.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c6f1b801ff2b836da525dace284c10e558075109">c6f1b801</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improvements / corrections to polyhedron volume calculation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/45aaecac64a6a9d9961e48480399eff048932624">45aaecac</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add a static "fromString() method to Vector3D.  This method reads the vector's components from a comma separated string.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/66ac4b5396f7d3432b103f4a29b00c2bf315c44b">66ac4b53</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Edit Samples Mode: Enabled dragging of a polyhedron (sample) name while the polyhedron is selected.  When the polyhedron is selected, the name is enclosed in a box.  When the cursor is moved over the name, the cursor becomes a "four arrows" symbol and the user can then drag the name to a new location.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/87f7e5a520d52a7034ae9ee289ac711620894f85">87f7e5a5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Enable use of system proxies by calling QNetworkProxyFactory::setUseSystemConfiguration() but only in wb_view.  List any proxies on the About Workbench More Info dialog.  This should allow proxies on user's computers to function when uploading to BALSA.  However, I have no way to test this.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d56226b8a8c293c00bbb0e37731a06c3034f51e4">d56226b8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix for Edit Samples Mode -> Reset Slice Range: The redo/undo command processing failed to copy the planes and the coordinates of the names on the end slices.  This fixes a bug where the name was missing on an end slice after using Reset Slice Range.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6ebd1be69f65d17c0abbb5f01567e5fb8e4d6984">6ebd1be6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed an overloaded rayIntersection method from Plane whose parameters could be used incorrectly.  Switched usage to the other rayIntersection method.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/63cf39d53f6e6981af2e76e9050377873fcdcde2">63cf39d5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T09:10:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Palette Mapping Fix: In Full Mode, data most negative, zero, and most positive, are mapped to -1, 0, and 1 in the palette.  The data coloring code was mapping the least negative and least positive values to palette zero which was incorrect when the least negative and/or least positive data values were not zero.  This has been corrected so that data zero is mapped to palette zero.  This problem was noticed when the data coloring did not match the color bar.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/257dea1746d7d1709f7e8472ad9785ef42a6195b">257dea17</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T10:56:05-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix compilation error on Linux systems.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e0f726716884ab2fde4ef7212e388aec24690f5a">e0f72671</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T11:51:36-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix Qt 5 compilation error on Linux systems.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8828019a12b7a40b90c2428a97c01a395c67ba85">8828019a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-22T20:51:07-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix crashes when there is an attempt to display an enormously large matrix in matrix chart view.  There is nothing in the GUI that says the matrix is too large but a message is logged at the severe level in the terminal window.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a0a87b9b47e2fb0f35883946aaf387b3f8043b6c">a0a87b9b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-27T10:11:13-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Ding Ontology Dialog: Fixed problem with QCompleter selection for Abbreviation when there were multiple matches (CaH, CaHdl, CaHr, CaHvm).  Code was only using completer result if there was exactly one match and now uses the first match of one or more matches.  Enabled completer selection in the Descriptive line edit by matching to any items that contain the text entered by the user.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8431a6f348b9a94b6d7b90717e3294468b9c6f30">8431a6f3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-27T10:17:17-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add "Edit Metadata" item to menu display when "More" button in "Modify" section of Edit Samples toolbar.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/af7fb83b7f3bfac2612a17d2a99055e32dfa2116">af7fb83b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-27T11:47:55-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When a matrix file is too large to be displayed (a dimension exceeds OpenGL's 2D texture limit), display a warning to the user indicating that the file was read successfully but will not be displayed as a matrix.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/05b3da17207e8d3997a957f273829d2b6b25a7a6">05b3da17</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-28T12:42:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Correct title on metadata editor to be "Edit Sample Metadata" when a polyhedron's metadata is edited.  For all other types, use title "Edit Annotation Metadata".

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/094e2d075c8751367b49a46d7d6083f96a90bbdd">094e2d07</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-28T12:56:57-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>DingOntologyTermsDialog: Fix selection of abbreviated name when the QCompleter returns multiple items.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/12e320527fb66563dae7c396b8103b9f45ddce10">12e32052</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-28T14:44:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add label "Samples" to the section of the toolbar containing the widgets for editing samples.  To prevent the toolbar from becoming "too tall", other items in toolbar were rearranged into horizontal layouts.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/67cec7ddf1ca481428cc3aa8b4c9684d7e9478c9">67cec7dd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-28T15:15:35-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Use up empty space in Edit Samples toolbar by allowing the filename combo box to stretch and fill the empty space.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a6787b48ed0da1d4c522de5dd4f52a896a1f4eed">a6787b48</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-28T16:12:25-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed crash in Label Selection Dialog/Widget when the user presses cancel and no label file is selected.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/359aba61647555b44af4ad0e0048990549a0797d">359aba61</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-29T09:21:22-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For Edit Samples Mode: When creating a new sample, default the metadata values to the FIRST OF:

     *   - The most recently drawn sample since wb_view was started

     *   - The last sample in the selected sample file in the Edit Samples Toolbar

     *   - The last sample in the most recently loaded sample file (this will likely

     *     never happen since there will always be a file in the Edit Samples Toolbar).

     *   - Empty

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5dfc98d00304939a0ba08981760334fda633f93c">5dfc98d0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-11-29T09:27:47-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add tooltips to abbreviation and description line edit indicating that entering text will show matching entries.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d4e179500080324b234b0c2b502edae184755f3b">d4e17950</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2023-12-11T17:07:32-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>make -covariance work in roi modes

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/42ea9f536e60908f46ea1c182a2283956b701cc8">42ea9f53</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T08:38:52-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix Conflict.Dynamic Connectivity: Modified CIFTI Dense Dynamic to use ConnectivityCorrelation for its computations (Metric and Volume dynamic already use ConnectivityCorrelation).  Add ConnectivityCorrelationSettings for new dynamic connectivity options to the dynamic connectivity files; update the Connectivity tab with an options button for these settings; settings are not used yet.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/00400e8a86454e628a6ad2662be3b7ea0b835691">00400e8a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T08:38:52-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>ConnectivityCorrelation Menu: Disable correlation options when the mode is covariance.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/dd2deba1b474a03161175f48715567a496a2b37c">dd2deba1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T08:38:52-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added CIFT Parcel Dynamic file that computes correlation from a CIFTI Parcel Series File.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/68f226ce8c839d3c436d8ca1537d656d33845749">68f226ce</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T08:38:52-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Parcel Dynamic Connectivity: Fixes for loading of dynamic data and correct color mapping.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9f035c602a42141e294c989caa47cf70c27faeb1">9f035c60</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T08:38:52-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed calls to a debugging function.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5a3d56896b06acc64947f60bb56e403d2f3f491c">5a3d5689</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T08:38:52-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixes for the recent updates to dynamic connectivity.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5d76b43f1cd1a36de568923b26af69d6032dde3b">5d76b43f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T08:38:52-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add new ConnectivityCorrelationTwo that will replaced ConnectivityCorrelation.  This new version is much simpler than the previous version.  Updated CiftiConnectivityMatrixDenseDynamicFile to use this new connectivity code and fixed region of interest connectivity bugs.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5ea37d4ddae9e6cc233c7d3ea4452fd33087c940">5ea37d4d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T08:38:52-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Updates for parcel dynamic to use new correlation code.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/df6688815cc17ac0ed6e2ce5344c6e7881daeab3">df668881</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T08:38:52-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Correlation: Updates to VolumeDynamicConnectivityFile() to use new ConnectivityCorrelationTwo.  Fixed bug in existing functionality that was using indexToSpace() instead of enclosingVoxel() that caused loading data using a neighboring voxel instead of the correct voxel (reported by enclosingVoxel()).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f434229f99871c42185a8db3752d4ef163c9a297">f434229f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T08:38:52-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Metric Dynamic Connectivity: Updates to use new correlation code and bug fixes for averaging in ROI.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/24a01a9fdd2d6e09676255aa188aa0b1c3314d10">24a01a9f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T08:38:52-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed old correlation code used by dynamic connectivity files.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8e6702b95ac015585fe7a5cc26442bd0e9c1670e">8e6702b9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T08:38:52-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improve consistency of number of digits right of decimal in formatted text identification.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a5b23afd81700587e32c4246992c97ea71b018fa">a5b23afd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T08:38:52-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Make some optimizations to ConnectivityCorrelationTwo.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/471dd13b8f45cc87aa34c222e810bab7d6ec6975">471dd13b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T08:38:52-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation error caused by a new data file type (parcel dynamic) after pulling update.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/81da6d3ac0beeba22b3d17fd1dbba0350eebaec9">81da6d3a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T10:34:31-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed crash if a scene was loaded, containing a dynamic connectivity ROI, and nothing else had been previously loaded.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6645c99e8281f2d756c5b50dc01926479db2279a">6645c99e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T10:59:08-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation error on Linux and Windows caused by an overloaded Qt method used with signals in Qt 5.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/56fd40e5ec4886fca92c090ada0b6ad80441e04a">56fd40e5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T11:38:27-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Enabled histogram chart view for Scalar Data Series File.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3c464d8d419f0876db47f1261aa7a085c62e5724">3c464d8d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T12:03:29-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When matrix is too large to draw, only log message to terminal one time instead of on every attempt to draw the matrix.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/481f0cbfbf96d261f26f3423f7be5493c8f2a413">481f0cbf</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-12T14:30:01-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Correction for digits right of decimal in formatted information display.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/06517526ca6ebf40ecfbac9ea336e2c5c5112aca">06517526</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-14T12:25:34-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add support for drawing chart matrices with one but not both dimensions larger than OpenGL's maximum dimension.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6d0309bd5e72356623b18d77c98dd5f24e1c84ed">6d0309bd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-15T11:45:46-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improve tooltips for annotation poly line and polygon tool buttons; Edit Samples Insert Sample tool button.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/03fbd1b100e2ef29811d0be3fd8afd79dae1c00f">03fbd1b1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-18T10:31:01-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add logic for selection of the annotation that is being drawn.  This will be used when logic for editing a new polyhedron samples that is in the process of being drawn.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8d645529298d89fbe89ec047647fb89fa5d9e6b2">8d645529</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-18T10:36:50-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added "BICAN_Donor_id" to Sample Polyhedron metadata.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6f944c5ff9a4071bf72938ac1c9025915f23c795">6f944c5f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-18T12:40:09-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed developer flag DEVELOPER_FLAG_MPR_AXIS_SEPARATE_ROTATION_MATRICES and its usage.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/69e7dadf351fa5d6776b30531f3a53a896af183f">69e7dadf</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-18T12:54:06-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed obsolete code that allowed (but was not used) to allow in-plane rotation for MPR three (slice rotated instead of crosshairs).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2c9182e1f88d5bb826ad933e9a69b202f0ec8f3a">2c9182e1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-19T15:41:02-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Custom View Dialog: When reading from and writing the rotation values for MPR into the dialog, flip the sign so that the angles in the dialog are the same as the Oblique view angles.  Add a new row for MPR (Old) since it uses different angles than the new MPR.  Also, for MPR old, when reading from and writing rotation values into the dialog flip the sign so that the rotation values are the same as oblique (between MPR old and Oblique the slice will appear rotated differently but the crosshairs intersect the same parts of the brain).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4e332931df0cf2f0cb616ceb4f9b0f6c0673156c">4e332931</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-20T12:26:07-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Hide selection of "MPR (Old)" for volume slice viewing UNLESS a scene is loaded that uses "MPR (Old)" mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/820698af00cb8e78623dcba4a0dab1d5a8801dc1">820698af</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-21T15:19:50-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add a "Move" button to Samples -> Drawing section of the toolbar.  This button is enabled while the user is drawing a new sample polyhedron.  When clicked, the mouse switches to "move" mode so that the user can drag coordinates in the sample polyhedron before finishing the sample polyhedron.  When done with moving coordinates, the button is clicked again to resume adding coordinates to the sample polyhedron being drawn and finish the sample polyhedron.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7af6e70c8684f187503408fe8e52df481f72eb18">7af6e70c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-22T10:52:23-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed inconsistency in Annotation and Edit Samples Toolbars with the title of the individual sections.  Title of a section is grayed out if all of the controls in the section are grayed out.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9d389e82638bdc2d86227cc162f4d08e18b9fdeb">9d389e82</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-22T16:45:34-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed memory leak that occurred if the user canceled drawing of a sample polyhedron.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/53cfa21e5f7505b0a5a92cd9e9052e1ed3cbd6e6">53cfa21e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-27T11:11:54-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed new sample polyhedron "disappearing" while the Finish Dialog is displayed (annotation reappeared after dialog was closed).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/53afd9f790247199d99175c31803c5c165f191f3">53afd9f7</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-27T12:33:46-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>The MPR three overall quaternion was not updated when rotating using the mouse

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4c6d8b59c806fa89738a102d3f3f71c37d570f75">4c6d8b59</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-28T09:33:40-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed problems with MPR rotation sometimes going a little crazy on Custom View dialog.  Also changed all of the rotation spin boxes to turn keyboard tracking off.  If the user enters a rotation value using the keyboard, the user must press the return key to apply the new value with keyboard tracking off.  When keyboard tracking was on, the rotation value was applied as the user entered or removed a character  and often caused large changes in the display of the surface or volume.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/47e49d8723a5cc86fdf0465d8d9eba5379c21a74">47e49d87</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2023-12-28T15:02:38-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add more information to VolumeMprVirtualSliceView::toString().

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/50e2f33cc54e6bc6b84b058295bb410d7b203a7e">50e2f33c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-03T11:11:12-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add developer flag DEVELOPER_FLAG_MPR_THREE_SLICES_CHANGED_JUMP_FIX for testing fix to MPR three slice 'jumping' problem.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0c796365b3c505afcabb54af2ba88a6f33d4678d">0c796365</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-03T11:12:00-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed problem with MPR three slices 'jumping' if the selected slices were changed and the slice rotation(s) were non-zero.  Fix is on developer flag: DEVELOPER_FLAG_MPR_THREE_SLICES_CHANGED_JUMP_FIX.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6d48770d7b04393ad58285111386c3a183662f38">6d48770d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-04T11:30:39-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Some improvements for voxel editing in MPR and Oblique slice viewing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2ce0e2e7c68af1006fec1a08fae393974e7e5f48">2ce0e2e7</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-05T11:45:16-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>If a Qt message (warning, error, info) is not sent to the CaretLogger, display the message in the terminal window but only if the source is compiled in debug mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1626e073478a1f1bfc0f8122fb23888bc212aff3">1626e073</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-05T12:18:28-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Rename AnnotationFinishCancelWidget to AnnotationPolyTypeDrawEditWidget to better reflect its functionality.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/00f2080e8e991ff971afc049a1e9ea010a356f3d">00f2080e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-08T09:44:38-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Small reductions in height of annotations / samples toolbar.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/66861ccd6320540ac0ab9a9bc932fbe6b0677121">66861ccd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-09T15:44:18-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Revise drawing/editing/finishing a sample polyhedron.  There are now three exclusive buttons for editing, del (delete coordinates), ins (insert coordinates), and move (move coordinates).  Editing is only allows on the first and last slices in the polyhedron's extent.  Tooltips on draw and edit buttons have been improved.  To make the last coordinates move visible its 'sizing handle' is larger (user may mix drawing and editing so knowing which is last coordinate may be helpful if resuming drawing after editing).  Each edit mode has its own cursor shape when the operation is allowed: delete (an 'X'), insert (a 'plus'), and move (two arrows).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3c6d7772564a50e8c72c168a09914037622f8104">3c6d7772</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-09T16:35:18-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When editing a sample polyhedron before is has been finished: If the user moves a coordinate it only moves on the slice on which moving takes place.  The other 'paired' coordinate on the other end of the polyhedron no longer moves.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/23fba3b942cf0845b362bd2884544b46bf5cd96a">23fba3b9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-10T11:21:32-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Polyhedron sample drawing: If "Cancel" button in toolbar or "Cancel" button on Finish dialog is clicked, warn user that polyhedron that has been drawn will be discarded.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ace36fbdba3fbd0ac5dc8860e72c1ecf636fe71f">ace36fbd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-11T09:16:33-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Bug Fix: If user was in Edit Samples Mode, started to draw a new sample polyhedron, switched from View Mode and back to Edit Samples Mode, user was unable to resume drawing/editing the sample polyhedron.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9d4dcffe737cc5d24374c63e55908a74f7603cdf">9d4dcffe</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-11T09:50:26-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>If user is drawing an annotation that is being placed in a disk file or drawing a sample and the target annotation/sample file gets deleted, cancel drawing of the annotation/sample (note that target file is selected before drawing).  It is highly unlikely that somebody would delete a file while in the middle of drawing an annotation or sample, but this change prevents a possible crash.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/40c8c35c844108af5af15716b50b9928194c00f6">40c8c35c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-11T12:06:46-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Change orientation of Redo/Undo and Lock/More buttons to vertical to save horizontal space.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3404e61160743206a88dd5561ec14a20888bdf25">3404e611</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-11T13:58:06-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For sample polyhedron add a second move mode ("Move2").  This mode alllows the user to move the coordinate under the mouse and simultaneously moves the paired coordinate at the other end of the polyhedron.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fc91171ea7338c2e4e18c94070956961eaf515f7">fc91171e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-11T15:17:03-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed "Finish" button in Annotation toolbar overlapping widget on its left.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b4667a5583477501041086b99b9eea49cc9cca2e">b4667a55</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-17T12:12:43-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Annotations and Edit Samples: For samples, now have two buttons for moving coordinates in a sample polyhedron.  'Move' moves only the coordinate under the mouse.  'Move2' moves both the coordinate under the mouse and the 'paired' coordinate at the other end of the polyhedron.  Buttons for removing, inserting, and moving were rearranged for Edit Samples mode and also added to Annotations mode for editing poly lines and polygons.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7309fb4b33eab8aff11e521140cafde17cb02964">7309fb4b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-17T13:56:22-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Remove items for inserting a coordinate and remove a coordinate for poly-type shapes from the Annotations/Edit Samples pop-up (right-click) menu.  These functions are now selectable in the toolbar.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7960e0ffbce4ecb5778f71de1d9293f49322c9f1">7960e0ff</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-18T10:59:30-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed selection of annotations and samples.  If the Edit Mode was Insert or Remove and the annotation/samples was not selected and the user then clicked the annotation/sample to select it, a coordinate might have gotten inserted or removed by the selection click.  Also fixed cursor so that the insert cursor was not displayed over a non-selected annotation/sample.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bea222f8aee444ece4f73c54fd52e6c5e28dc104">bea222f8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-19T10:06:26-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed voxel on/off editing for MPR and Oblique volume slice viewing.  It just sets voxels on/off as if in an orthogonal view.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/88a8c639f03e9e8b20b3b81e09ac06ab956d5f7c">88a8c639</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-19T10:34:21-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Enable some other voxel editing modes for MPR and Oblique Viewing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6b06492def686b03676fff7885c1d1091e6d0a2b">6b06492d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-19T11:42:11-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Do not try to project new foci if there are no anatomical surfaces loaded.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f3c774da51e2e16d2ff6e42c093832b5f686d212">f3c774da</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-01-22T14:57:33-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For volume surface outline, include UNKNOWN for the 'GeometricType' (in addition to the 3D surface types), when searching for surfaces to display a outlines.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d9358d1f65669db67c80c62801e3cce7babe1b31">d9358d1f</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2024-01-22T23:09:07-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>support map names in -cifti-math -select

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/cdffe0237cf9c93721de99876e7283e193999996">cdffe023</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Samples Finish Dialog: If user clicks the dialog's Cancel button, do not delete the sample that the user has drawn.  Instead, keep the sample so that the user can resume drawing/editing the new sample.  The user can use the toolbar's Cancel button if the user no longer wants the sample.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ed118a1c1e14a7a39ef9b04d5b8b2edb2941a4b4">ed118a1c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed size handles on samples and poly-type annotations so that they scale with zooming (applies only to those drawn in stereotaxic space).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1324e6931f0330abbaf8bc13b2aea343d531e257">1324e693</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>A number of refinements to Annotations and Edit Samples Mode: Enable editing (insert / move / remove) while drawing; Changes to names of buttons; Undo/Redo support also.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/daaf116a1ecf2bd6e13098e30d63980539c43ee6">daaf116a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed incorrect assertion on border color array when drawing border.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1a189f9534b233d3695eb96b678e4ef6dd89c632">1a189f95</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Split up events for repainting windows into one set for "repainting now" and a second set for "repainting soon".  "Repainting now" essentially blocks until the window is repainted.  "Repainting soon" allows the window system to decide when to paint the window and is used when an immediate repaint is not needed and allows for multiple paint requests issued in a short amount of time to only cause one paint event (the most common usage).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5366e84047b5b5b184d3d040eec5453c9d05696d">5366e840</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When editing voxels, request an immediate repaint of graphics and not wait for windowing system to do the repaint.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/34116d4e62132a5892d9ac8e602371b7f78c1011">34116d4e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed text for insert redo (was using incorrect text 'remove').

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7e2f3dfb80d59afd705b0caa0c38b5630bcf27b4">7e2f3dfb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Rearrange a few buttons in the poly-type draw edit toolbar widget.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b8d8bf00a1bd86a576c73c07c5e56512ee9d1f54">b8d8bf00</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Starting on adding a redo/undo functionality to drawing of a new sample polyhedron.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f9224f474804d84604f687b9805ddcf515f47d7c">f9224f47</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add Redo/Undo support for when a sample polyhedron is being drawn, prior to Finishing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7e2cd15c436b751bdf515a2e05d77e388126f470">7e2cd15c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed memory leak in moving sample polyhedron coordinate.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f139221087fb12b3a84e3a75ba73438e78787232">f1392210</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation warnings about unused variables.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ccc99b3d1ad38c3ecd9a6ac0761a3a4c840a6ff3">ccc99b3d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Enable Redo and Undo for editing operations while drawing a new sample polyhedron.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/18c1898a1d139955a7155fb27c6d39944dc6b5c4">18c1898a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improve text in Edit Menu for Redo and Undo of Sample Polyhedron

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c6dfafd9df5d658408d6770439cd1afb814be22e">c6dfafd9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improve Voxel Editing Performance for turning voxels On and Off in a Label Volume: Previously, when a voxel was edited, coloring was reassigned for every voxel in the volume.  Now, the coloring is assigned only for the voxels that change.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4ad9b84d3748ae2670f99a2036ccf3e1c1664522">4ad9b84d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Rearranged buttons for poly-type annotation and sample into a "Draw New" section and an "Edit" section.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7176b9fcdaf436ec6ad5899b08a12249d56d5be3">7176b9fc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add methods to VoxelIJK to return each of the I, J, and K components.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7b6adfa6cd1f28f92db6067d0c1fba683f8d4fb8">7b6adfa6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improvements in voxel editing performance for LABEL volumes and turning voxels of/off: (1) Do not recolor the entire volume, update the colors for only the voxels that have been edited; (2) Do not reload the entire 3D OpenGL texture, use glTexSubImage3D() to load only the rgba colors that have changed.  A developer flag is available to turn off these changes to compare before and after performance (there is a print statement that times the voxel editing operation).  The print statement will be removed after changes are tested on other platforms.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b67c3605d3b873185475ec5a81cfb8c772e90d3e">b67c3605</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed developer flag for MPR slice rotation fix.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/39d995b99ee569f73fcd16eaf5f7a48b3295e5a4">39d995b9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:09:42-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Revert "Removed developer flag for MPR slice rotation fix."

Need develper flag back to test MPR problem.

This reverts commit cbbe5e4be1f6dc79ad9a9c8d25ebce816a3b7dd2.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5d5b5e9f30b4c7901ddcf99340e6bf8d245986fa">5d5b5e9f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T10:49:33-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Change print statement that print time to perform a voxel edit operation into a logger statement at the INFO level.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d9daae5fbc713eddb7b447bfaf268f1152301cf0">d9daae5f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-01T14:18:19-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Remove testing version of Ding Ontology Dialog from the Develop menu.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/537d208c60f73d57fff540a770716f568563b9a2">537d208c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-06T12:29:12-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update label selection dialog to get name of label file, map name, and map index.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/07db938ba9237dee8fac275b46a0feba173a3499">07db938b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-06T15:24:20-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In CONFIG text when wb_view is started, include info about all screens, not just the primary screen.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/751bdc6d2620bb16e511e5451cb3858fd8f37a46">751bdc6d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-06T16:03:31-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Partial implementation of Sample's Metadata revisions.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9f94a24cd3f6dff4fb4dde19cf8cf7cc252e83d3">9f94a24c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-08T10:03:54-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add event to get the pixel size for a window or a qt widget (window containing qt widget).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a463e62ad462a4705c866f1baa72bf6707aa4e0e">a463e62a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-08T10:08:06-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed bugs and problems with poly-type annotation line width and size handle diameters including size handles being too large.  Use the screen's pixel size to calculate a minimum size for the size handle.  The diameter of the size handle for a poly-type annotation is now the same as the width of the line.  However, the size handle will not get smaller than a minimum size so that the user can still grab the size handle and drag it with the mouse.  Also fixed bug getting the drawing viewport when aspect was locked and the window's bottom left corner was not the OpenGL widget's bottom left corner.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/397ff15276408694b45b057607fc2b76ef661a37">397ff152</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-12T15:50:59-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added AnnotationMetaData, that extends GiftiMetaData, and added some virtual methods to GiftiMetaData that are used by AnnotationMetaData.  These methods are used for replacing obsolete metadata names with new names, getting data type for metadata elements, and editing the metadata in the custom metadata editor.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b78cf6399158a8b7ac7b4d2fd64ab9766c272eda">b78cf639</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-13T17:06:07-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update metadata system to support composite elements.  When requested from the metadata, a composite element is composed from other metadata elements.  Composite elements are not stored in the metadata to avoid inconsistencies.  This new composite metadata element system is used by AnnotationMetaData.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/cf149f4a2109a6df6b2b85b039d5f213870f00ba">cf149f4a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-14T09:13:02-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Move Samples metadata names out of GiftiMetaDataXmlElements and into new AnnotationMetaDataNames.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8f894d1989bdcc3fdbbda6b870ac6778fb4a935c">8f894d19</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-14T12:08:18-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Allow an empty name for a sample polyhedron (instead of displaying "Polyhedron #"); Add some tooltips for Sample Polyhedron metadata; Default the Entry Date to today's date.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b6280e3e7fd9ebbb8f1ce363f2da753f9af83f01">b6280e3e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-14T12:14:27-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Change label in polytype draw edit section from "Edit" to "Edit Coordinates" since the buttons under the label are for editing coordinates a poly-type annotation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6310f10c7cabc1e36f0fde86f0891c6996287572">6310f10c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-14T12:15:05-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When finishing an annotation and copying metadata from the most recently drawn annotation, to not copy any composite metadata items.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b455f5fc168115dbc2af2458cabbfbe63cef2121">b455f5fc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-14T16:28:49-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Samples: First implementation of generating a unique Sample Number for an Allen Slab Number.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/482d83d9019cc70c083c5e7ca872e5661bc1f8db">482d83d9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-15T09:59:11-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix compilation errors and warnings reported on Linux systems.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/feb67c401119b3255c373ef8dbcb90b8c1d6a0cb">feb67c40</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-15T10:21:38-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix compilation errors.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3232cc9897021cb23b81039f6714bc52ec57a91c">3232cc98</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-15T10:43:18-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix compilation errors due to Qt version differences on Linux/WIndows vs macOS.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7d3e3a5c608caaa080a8a43ac15ea426f86544e6">7d3e3a5c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-15T10:53:38-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>More Fix compilation errors due to Qt version differences on Linux/WIndows vs macOS.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c5c9a6fba2c6f2970715400bbb051651512eb146">c5c9a6fb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-21T14:48:37-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Remove Alt_Shorthand_ID from sample polyhedron metadata elements.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3ed09742379b9bd733d7104fdebc1cb866caad64">3ed09742</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2024-02-27T23:02:28-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>rework -cifti-merge for 3D and direction choice, add legacy option support

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/532f0798f19ac3051952864568c091400c3eec4b">532f0798</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-29T09:46:56-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed assertion for an RGB_WORKBENCH volume type with a palette mapped volume since RGB_WORKBENCH is a special type used for a functional volume whose 3 maps are mapped to RGB colors.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/57570059aa3ab61b4cb15225b6b2e9130c732ac6">57570059</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-02-29T09:46:56-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Previous commit that removed assertion should have set volume color assignment using discrete coloring.  Note this and previous commit apply to the obsolete MPR 2; not the current MPR.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/92c086dc2da442511f1cebe2bfa811ddc9393950">92c086dc</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2024-03-01T21:29:45-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix copy-paste error

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e1cb0dae44889e3436799330fd56bd7e5e5f4d0a">e1cb0dae</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-04T09:37:03-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Do not allow main window toolbar to float (be in its own window).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/79a060d520afbf1db677cf4fedb91beb6eb90dfc">79a060d5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-04T09:37:03-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed crash if metric file read had a different number of vertices than the surface file with the same structure.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c17464d3de41806b1956531d9507031a34b33c0b">c17464d3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-04T09:37:03-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When in full screen mode, do not disable options to show toolbar, overlay toolbox, and features toolbox.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7ed9b3ba3cead8bf0c3242110c60ebfebdc9b6c3">7ed9b3ba</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-04T09:37:03-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Revised processing of full screen mode so that it works properly when user clicks the buttons in the window's title bar.  Add View Maximize to View Menu.  On macOS clicking the green button in window title bar goes to Full Screen Mode.  Holding down the Option Key and clicking the green button in the window toolbar goes to Maximize Mode.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/eddf43d01a581150f8079c871f1d2736a021d401">eddf43d0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-04T09:37:03-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Revert "Revised processing of full screen mode so that it works properly when user clicks the buttons in the window's title bar.  Add View Maximize to View Menu.  On macOS clicking the green button in window title bar goes to Full Screen Mode.  Holding down the Option Key and clicking the green button in the window toolbar goes to Maximize Mode."

This reverts commit ce47b83d23e90337da93ddd08efeacd460fbbefa.

Some of the changes are causing a problem and need to start over with them.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f0f18e854882b20dfb96770a178a9d6086dee0e0">f0f18e85</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-04T09:37:03-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed View Full Screen mode so that it functions if the user clicks the 'green' button in macOS toolbar.  Also, add "Show Maximized" to View Menu to enter/exit maximize mode.  On macOS holding down the option key when clicking the green button enters "Maximized Window".  Fixes/updates to Escape key for exiting Full Screen or Maximized mode.  The different between Full Screen and Maximized is that Full Screen removes the Overlay and Features Toolboxes.  Maximized does not.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/066e1719bc9a3910a0c9dd6e312b9b82b11feb28">066e1719</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-04T09:37:03-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add a small amount of Objective-C code that removes items that Apple adds to menus: Edit Menu - Start Dictation; Edit Menu - Emoji & Symbols; View Menu - Enter Full Screen.  This code is from https://opencor.ws or https://github.com/opencor/opencor.  Specifically the files macos.h and macos.mm.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a5228cba01a8b846fb52af45fed68ba19515e3bb">a5228cba</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-04T09:37:03-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>On Overlay and Map Settings Dialog, increase digits right of decimal from 3 to 6 for low and high thresholds.  Do not use a fixed width for threshold spin so that they can expand in width if needed.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3f06b836bd2bb014eed31391f8ae7af4dc340400">3f06b836</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-04T09:37:03-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed problems typing into horizontal and vertical range spin boxes in chart toolbar.  Problem was that when a spin box value was changed, the commands issued where also updating the spin box and this caused the problem.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/dcb76c0cb1e763e2e8a2491a1d4cacf257da2fdf">dcb76c0c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-04T09:37:03-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In window's toolbar, add an "Undo" button on the right side of the Lock Aspect button.  If the user unlocks the aspect ratio, clicking this new button re-locks the aspect ratios to what they were at the time the Lock Aspect button was clicked.  If the tabs have changed, a warning message is displayed allowing the user to continue or cancel.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2a75b317024f80c255a8bc722fba1e39413d51eb">2a75b317</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-04T09:37:03-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add code to allow a timeout for HTTP Post requests.  However, code is commented out until it can be tested when ConnectomeDB is back up.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/70b4d98f5c6802b3b69f04eee6c24fb01f7521e6">70b4d98f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-04T13:44:04-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Finished implementation of http timeout.  It is used only by CIFTI file and defaults to 30 seconds.  Testing was done by setting the timeout very short when reading a row from ConnectomeDB.  An uncaught exception was fixed when data was loaded as a result of displaying a scene.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c385920b383f6965b0fb67dfd3a8ce9a653a4e1e">c385920b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-04T14:04:34-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fix  compilation warning on new class.  Fixed compilation error on Linux and Windows as they have older versions of Qt that do not support the network request timeout.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/cbc1131c66a9cef937c352572c25f49d03cf1af2">cbc1131c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-06T11:45:55-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed a couple of unused variables.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3aa65640a9bab62b5c967fc1a848278b6e14649b">3aa65640</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-08T16:30:43-06:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>On the Tile Tabs Configuration Dialog, add an "Undo" button next to the "Set" button for the Manual Configuration mode.  Anytime the Manual configuration is replaced, clicking the "Undo" button will restore the previous Manual Configuration.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ebdd28dade59fb3bfd429aac8288dc8cb133a324">ebdd28da</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-11T08:36:56-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed tooltip on Tile Tabs Configuration dialog's 'Revert' button.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a27a04c5c43803705ee991d8f6a38d3c86ad6d76">a27a04c5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-11T09:07:10-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Custom View Dialog: Fixed problem with changing one MPR angle caused all MPR angles to change.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/90b3d2d937470c2488aa95bc5bb2f9339047c6d8">90b3d2d9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-11T15:21:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For Map Settings Dialog Threshold controls, in unlimited mode, min/max are now int32_t min/max.  Previously were double range of data in file.  Note that QSlider operates in integers.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b9b4c1c5e50e271abe2dfd00a55ed86392dd0102">b9b4c1c5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-11T15:59:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For Map Settings Threshold controls, limit step value to one.  Otherwise it may be so large it is unusable.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7b73d89bbc2df936597722e85da7eee737d78e82">7b73d89b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-12T09:32:41-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Adapt the HistologySlicesFile (which reads a *.metaczi file) to read Tim's new *.meta-image file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/613f98e3aa74fb5785307c2c4e28f15757705731">613f98e3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-13T09:36:09-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed histology slices file.  Old slices were not removed when the file was reloaded and a couple of other slice dependent items were not reset.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/64e5c372643950e2b9dd956cff03302d9534d855">64e5c372</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-14T13:40:02-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When files are added, read, reloaded, or deleted: Clear the volume surface outline cache since the file may affect the surface outlines (this does not include loading a spec file and its data files).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1038bd7630ba4c5f0205bedf489aa2902416cb30">1038bd76</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-15T12:26:08-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update HistologySlicesFile so that it reads new meta-image format that replaces Slice Number with SliceName.  In toolbar, replace slice number spin box with a slice name combo box.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c0ed6553a0ddaa49e6a7274e317eec4188c5e28a">c0ed6553</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-18T14:31:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Initial implementation of volume surface outline that allows for a "surface thickness".

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/983d6d1e0a675b9bf047e312bae2c902622bc104">983d6d1e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-18T15:25:04-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For drawing volume surface outlines on histology slices, use the spacing from the file when computing steps size when outline depth is used.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d825664943a130fb1d11d0d7a27c22f10cb073db">d8256649</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-19T11:55:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When Volume Surface Outline Depth is greater than zero, use OpenMP for computation of the volume surface outlines (iterating through them).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/928389f1eb4c8b38e4be009ecf26eac90ad463de">928389f1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-19T12:14:36-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Include OMP number of threads and maximum number of threads (when compiled with OpenMP) in ApplicationInformation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/19f9fcfb7066fb01545165d8805ea6ec7b9df4ec">19f9fcfb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-19T14:04:55-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Do not draw volume surface outlines when performing identification.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/cb40cdfb31a79f7e07dd2d59a8c3cc7af7a83c18">cb40cdfb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-20T09:43:32-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Display number of OMP threads and maximum number of threads on About Workbench Dialog's "More" dialog rather than in ApplicationInformation.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a2c2ce3b3ddbf780a14f61984e529172f94c56a6">a2c2ce3b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-20T09:50:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Cleanup of BrainOpenGLVolumeSurfaceOutlineDrawing including it is no longer all static methods.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/003b051ae0361091797670899395ee829895bd0a">003b051a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-20T11:54:18-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation errors and warnings from Linux and Windows.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1192254e6a2248794a22fe4d2b155bc711ba05cc">1192254e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-20T13:25:11-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed width (was too wide) of Depth Spin Box in Volume Surface Outline tab of Overlay Toolbox.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/83f52b528eb9b8f389c4456a47c4298b96b99372">83f52b52</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2024-03-20T17:45:12-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>fix map name and label table copying in -cifti-merge

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2259797c1adc545749cb62c33badaeb990322f3b">2259797c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-21T14:09:46-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add caching to Volume Surface Outlines when drawn on MPR slices.  Limit to 100 volume surface outlines in the cache.  Add a right-click menu to outline depth that allows user to override the Workbench calculated separation between consecutive outlines when the depth is greater than zero.  Overriding the depth can eliminate gaps between multiple surface outlines but may require additional computation time.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/eaedb7354c05361dcc15ec23e4849a482ba5f951">eaedb735</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-21T14:51:40-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For volume surface outline separation dialog spin box, use the "special value text" set to "default" instead of zero for Workbench to calculate the separation.  Update (redraw) the volume surface outlines when the value in the spin box is changed.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/42e3e99aef26327a8d1d00435e0500debd4a8912">42e3e99a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-26T13:19:16-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For CZI, change logging level of invalid NIFTI index for non-linear volume from Warning to Fine since this is not an error.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/822cf1bcb63c427a3ddef9eaf66ce53c66616b51">822cf1bc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-26T14:11:56-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When getting the coordinate for histology slices there is a test to see if the underlay file has changed.  If the histology coordinate was copied from another tab (yoked), the filename associated with the coordinate may not be valid.  If this is the case it causes the coordinate to reset to "the center" and yoking does not work for this tab.  So, this test for a change in filename has been disabled to prevent the coordinate from being reset.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9a18b1ef7451a39446a34fcc71179e17d8d4048a">9a18b1ef</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-26T15:06:32-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added a preference for showing identification symbols on histology slices.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a05799f2ef1a67f85489cb0f7a0b5e4f50a2b150">a05799f2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-26T15:21:23-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Change logging of an invalid histology coordinate from severe to fine as it can occur before histology fully initializes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/03a3518418d1f28a609648947d9d1bedb28ea73e">03a35184</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-26T17:09:40-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed crash if trying to drawn an invalid image index and display "No Images" in this case.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/406d96c90cf098fb1552c94eeb0682ab9e558923">406d96c9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-03-29T13:23:19-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add a new surface outline drawing mode that draws a surface but clips the surface above and below the volume slice.  User can draw surface outlines with three modes: A lines (previous implementation), as a clipped surface, or as both lines and surface.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d013b958add1c39dca321a4789486086f52e9d22">d013b958</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-04-09T14:52:45-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed incorrect 'break' statement in VolumeFile::parseExtensions at the end of the loop that iterated through the extensions.  The break caused exiting of the loop after the processing first extension.  This prevented reading of the CaretExtension if it was not the first extension.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0061ca996f67afec3d69af149f935a715571bf18">0061ca99</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-04-10T09:35:41-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed gaps appearing in volume surface outlines when the preferences Volume Surface Outline Separation value was less than 0.5.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5c19ab55cfd9fb8d53591759fc1b14902ba27be3">5c19ab55</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-04-10T09:35:41-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For volume surface outline depth: When the value is zero, display "Default" in the spin box.  When the value is "Default", volume surface outline "Lines" are drawn with a depth of zero (same as before depth control was added) and volume surface outline "Surface" is drawn with a depth of 0.5mm.  This fixes a problem with drawing the outline as a Surface using clipping planes as a depth of zero place the clipping planes at the same location resulting in no surface being drawn.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/383e8467f034c8739121fd83377339f55b1c2bd3">383e8467</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-04-10T09:35:41-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Renamed BackgroundAndForegroundColorsModeEnum CaretPreferenceSceneDataValueModeEnum so that it can be used with other preferences that get saved to a scene but can be overridden by a user after loading the scene.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f0925edfd37db3808794a4df6355b18c80f49a04">f0925edf</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-04-10T16:44:59-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Updates and bug fixes to save the Preference's Volume Surface Outline Separation value to scenes.  On Preference's Dialog, when separation value from the scene is being used, indicate it by a checked checkbox.  User can revert to the Preference's value by unchecking the checkbox.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2e663bdff57597d5d1fb251dc4740d14d9cf11dd">2e663bdf</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-04-23T15:19:21-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Attempting to fix running of ffmpeg on Windows.  Added ".exe" to ffmpeg.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/66264dcb92d54de8851953d20a691d7e077b57ac">66264dcb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-01T13:45:54-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In OperationZipSpecFile, log a message at the Fine level for any files that are outside the base path to help with debugging.  Using logging at the fine level should prevent message from being seen by users since this logger level is unlikely to be used.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4f8013dd5bc351cc37f6941cf43c4f975f56e7a9">4f8013dd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-01T14:48:12-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In OperationZipSpecFile, log information about the spec file name and related path at the FINE level.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/ea02da928870dcd1dcffb7e0a3c8b966e6518500">ea02da92</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-01T15:19:29-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Log one more item in OperationZipSpecFile.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9e6dfdbb968600d7f7fa5a69046fbf87846d2d1e">9e6dfdbb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed yoking of Samples Display Settings in Features Toolbox.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bf8b6bcd8f25dbcb32da15a787bd6b9115bbee66">bf8b6bcd</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Enable Samples Tab in Features Toolbox when selected tab is viewing a volume model.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f92e98e4fc6b0eb59366e253ce82d20c6b46002d">f92e98e4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added drawing of polyhedron samples on Histology Images (meta-image) file slices.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b1eceefc16904160f39f45910c70c97bdc6c1b72">b1eceefc</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Allow selection of a sample polyhedron on the "in-between" slices.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7fae76ebbb21e7422340f0be63d304f8973d1d75">7fae76eb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Display sample polyhedrons on histology slices.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5649af90ef2daf415808d0c2884507440ce8ada6">5649af90</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Suppress Qt warning message about incorrect PNG profile "iCCP: known incorrect sRGB profile".

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/758a3dc69e25c8eb9e5549435ed794b37cbf9c4b">758a3dc6</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Enabled selection of a sample polyhedron on a histology slice (meta-image) file.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c482f9ac50cd83bc3fefd05edd0f768e895581bc">c482f9ac</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed bug that turned on the display of annotations when a new sample polyhedron was inserted.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/99c84b9cb64ec8ddbc1dcc8eb571885d8b0ff097">99c84b9c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add a method to test equality of an AnnotationCoordinate's XYZ with an XYZ in a Vector3D.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a3131a212476aec3f13731750d93d941246df3e2">a3131a21</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add a polygon tessellation named GraphicsPolygonTessellator.  It tessellates polygons into triangles and can handle polygons that are self-intersecting.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/c1fe8b4d751f02ce23790a8c767e209447d91f41">c1fe8b4d</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Use new polygon tessellatior for drawing annotation polyhedrons on volume slices that are not parallel to the planes of the polygons at the ends of the polyhedron.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/564eaa72c01b475ec7aa9b045bcbcd77361ae509">564eaa72</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add static method to covert a SubvolumeAttributes volume type enum to a string name.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/987d181f2bee30d9447855985c7a73909671877f">987d181f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:37-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add method to VolumeMappableInterface, VolumeFile, CiftiMappableDataFile to get the rgba color for a voxel without needing the DisplayGroup and tab number.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1cef0c17cc76c18ed8c17c4d14f16ae38f74018e">1cef0c17</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Partial implementation of displaying volume label files on histology images.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/057cb4696598b732795d23ff6575f634d1b0d672">057cb469</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Mapping volume to histology image now working for Cifti Label File.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e9994eaefe62f6a082fc01e3b89ea9ccda956858">e9994eae</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Performance improvements for mapping volumes to images and allow any type of volume file, not just label volumes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/6209824ce09acb8a0d6dac66656d23ffd06c81c9">6209824c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Display volume labels over histology images: Improve efficiency of mapping CIFTI label files by caching voxel RGBA coloring values (faster than requesting RGBA for same voxel many times from Cifti).  Note that many image pixel may map to the same Voxel.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/49531081bc9523593257e6a1b9f3a4ed26cb0474">49531081</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Do not need to update coloring in a CIFTI label file in response to an invalidate coloring event.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4be71f04a1912f1c9f9a60f1b20aa4c8a5119c25">4be71f04</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Remove "Non-Linear" and "Overlap" checkboxes on Toolbar Histology Widget to Developer options on Preferences Dialog.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/4a204994546cbe464fd4c079aebebca8cb5766e6">4a204994</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improve performance of mapping volume voxel to image by move PixelIndex outside of loop.  Construction/Deconstruction of it many times becomes slow.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0ec25452e14dc8284a8584d9ea96db5764c5392b">0ec25452</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Further performance improvement in volume to image mapping by eliminating a PixelIndex constructor in a loop.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/43e31bcb965c7a9a2d0e92ddd3c6c6cdd1a2e424">43e31bcb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add method to set a full row of pixels to ImageFile.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/04164f9bf1c5c195a2c91e50127bfbcd80b1ac3c">04164f9b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>More optimizations for mapping a volume to an image.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/7e8ec8f4e94a93893c385b2ab1937ffeb0f43eba">7e8ec8f4</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update volume to image mapping to support CZI files.  Add ability to change resolution of image used when mapping volume to image (smaller is faster).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/73a95ae9c8038741a382168a59b680af24d3c219">73a95ae9</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Rename developer flags for histology items.  Add a new developer flag that allows any volume file or any volume mappable CIFTI file as a layer for display over histology slices.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/46bb8a7342b1b136d50b2cb6b48dc3c0650fdfcc">46bb8a73</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed developer flag for allowing all volume types as histology layers and since that is now the desired behavior.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9d9d96c1e3b0bfb77d90847caf0433c084f1b22c">9d9d96c1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed adjustment of zooming on custom view dialog for histology slices.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/38adc4b3f7a91f1c0cabca951c7bd1ff3c74f3e0">38adc4b3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T13:43:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Disable unfinished code for limiting dimension of output image for mapping volume data to histology.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0290ffc7a56d23f8fe8f534b3ace525654fe52ac">0290ffc7</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T14:42:29-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Change order of libraries in Desktop and CommandLine CMakeLists.txt to try to fix linking of Annotations to Graphics (move Graphics to after Annotations in list of libraries).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e2608539c4bda096d2cf7d47bbb45f172379cc4a">e2608539</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T16:04:47-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Windows is failing to compile with an enumerated type value named AnnotationRedoUndoCommandModeEnum::COLOR_BACKGROUND so changing it to COLOR_OF_BACKGROUND to see if it fixes the problem.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f3ac07a8a4eeec1872dd91e02dbe245dc1ae21a5">f3ac07a8</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T16:15:14-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Variable named 'near' failed to compile on Windows.  Renamed it to 'nearValue'.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/1e32635b5311c661f47d58bb8b1ea1a966d3f246">1e32635b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-06T16:36:55-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Windows: rename 'near' and 'far' to 'nearValue' and 'farValue' in GraphicsOrthographicProjection.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/03df9208513c8843adc6a21046ff5ddb09041e94">03df9208</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2024-05-08T18:33:41-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>update brainordinates/timepoints private variables to cifti return type, which should also fix "total elements" multiplication for large files

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/48d3b9d0dc4fffbeef250970c15cd71bc8e8b793">48d3b9d0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-09T10:21:35-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add method go get basis vectors from Matrix4x4.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/3f7ddd47d41494f2099ef504b6972e53e1d84604">3f7ddd47</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-09T10:21:35-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add a "Yoke Orientation to MPR" checkbox to histology toolbar.  When this is on, the image's orientation is copied to the MPR orientation in the tab's yoking group.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e2ba357fffa8b3664bbbcbf688ce39d227a103a0">e2ba357f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-09T11:41:41-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation warnings.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8cb1ac572e4f6d7fad683ae0f2d7fc1a4f852a1a">8cb1ac57</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-13T11:19:30-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Corrected drawing order of volume surface outlines so that they are drawn bottom layer to top layer.  Previously all layers with lines were drawn first and then all layers with surface clipping.  This prevent a line in a higher layer from appearing over a surface clipping in a lower layer.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2abd3cdea339b11e6b2834dcf43cafd3fda449ff">2abd3cde</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-13T15:12:00-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed panning of Volume MPR - did not work if the MPR tab was yoked.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/59e03a9e2e7a29aa20415e573fb08f712c8c4f31">59e03a9e</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-13T15:28:54-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed  compilation error on windows and linux.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/0396f4ba0fd3203f11c6bbb24fc528efdccff102">0396f4ba</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-13T16:49:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When surface file computes a normal vector for a vertex, the normal vectors from all triangles used by the vertex are accumulated in the vertex's normal data and then the normal's data is divided by the number of triangles used by the vertex.  When this normal vector computation was called more than once for a surface (such as when a surface is reloaded in wb_view), the normal data was NOT being set to zeros at the beginning of the computations causing the normal vectors to be incorrect.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f5f12c44c2a173bd466a660e1b7998302a457469">f5f12c44</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-14T10:26:42-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add button to histology toolbar to show/hide the crosshairs on histology slices.  This property is yoked and saved to scenes.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/49bd46c1c4cb79709feb0f2826930d070ec8f0a3">49bd46c1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-15T09:44:00-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Volume Surface Outline - Add opacity.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a9ab9e89f9b31d085368768b3139c90b6b0a623f">a9ab9e89</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-15T14:13:03-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed display of identification symbols in MPR mode.  It was using the orthogonal plane equation and not the actual plane equation that results from rotation for drawing the identification symbols.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d9283fdb769f8c8235d9e641e4b198b12f8501ce">d9283fdb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-15T15:56:42-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Correct panning of a parasagittal view in the horizontal direction (panning of brain Y was backward from brain Y panning of axial).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/04f5ed94d16a8638cf9db7b32fcaa04f79e2938b">04f5ed94</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-16T11:34:32-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Tried OpenGL lines for volume surface outline drawing with opacity but it results in gaps and looks worse than poly lines.  Disabled selection of it this mode.  Perhaps it can be improved at a later time.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/19a01c9ad2f53be706fac3d8c21887adc3a3f91c">19a01c9a</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-21T14:24:02-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Display volumes on histology slices: Add intensity modes: Average, Minimum, Maximum.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/48a6648b4e0aeec9a16d6f442327c8a616f16c9f">48a6648b</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-22T09:54:05-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Remove unused function from histology slice drawing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b54d67438d2e60d0e2eac222ce8264bb56c3158c">b54d6743</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-22T09:55:07-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Improve performance of volume to image mapping for average intensity.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2fe31439d6ebd8d6949fe04a310a3795052aa277">2fe31439</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-22T14:54:45-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When mapping a volume to an image with stereotaxic coordinates, the image is often at a much higher resolution (pixels per millimeter) than the volume.  So, calculate the approximate number of pixels that map to one voxel and map the volume to a lower resolution image (approximately three pixels to a voxel).  This speeds up the mapping substantially and the quality of the lower-resolution output image looks the same as the full-resolution output image.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/fe5ba55c26a44d4e3f3ab33cb049e4060d8e8306">fe5ba55c</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-28T16:13:07-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add display of histology slice angles to histology toolbar.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5b3688b0c1ffd0b6c54360efa49d5b32c22036f9">5b3688b0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-29T12:19:03-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>When identification updates volume slices, use the stereotaxic coordinate to update the volume slices; NOT the center of the voxel containing the stereotaxic coordinate.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/19c3e557ee8573250e6f521e07666cc4bf7248c2">19c3e557</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-29T14:53:55-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In Toolbar->Volume Montage, move the precision spin box into the "Coordinates Format" menu that is displayed by pushing the arrow on the right side of the XYZ button.  Doing so creates space for the a new control for slice direction (polarity) that will be added.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/2ac803c2738fae53b9c64b5f5aed9a7b0b2860bd">2ac803c2</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-30T15:26:49-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added GUI functionality for controlling volume montage slice order that will be added next.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/bd4b6d222ea708befcd4006a159780534e1ac3ef">bd4b6d22</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-31T13:06:47-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Implemented volume montage slice ordering.  Use can choose to have coordinate increasing, decreasing, or "Workbench" mode that preserves older mixed ordering (oblique and ortho are increasing for parasagittal and decreasing for axial and coronal).

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d3625ab51677d3c7db4376cdf9d1f50d3bf9a408">d3625ab5</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-05-31T17:06:34-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed macro setup in volume montage toolbar for new slice direction combo box.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/66169ea3edf6d3947b6ccdc19382643f8fcf2ae2">66169ea3</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-06-03T15:29:38-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed error with macro support for slide direction control in volume montage toolbar widget.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/61cac1755a18ca89a3828dd0f7506b77a4c15ec2">61cac175</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-06-04T10:54:06-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Revised metadata validation to allow more sophisticated validation of edited metadata including warnings.  Previously, the only validation test was to verify an entry was not empty.  When user creates a sample, added warning for Allen Slab Number if it is out of range for the selected hemisphere.   Added an advanced tab to the Edit Samples dialog that allows the user to set the range of Allen Slab Number for a left or right hemisphere.  At this time, this range is not saved when the user exits Workbench.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5956bb1f1a9325ab985324eb8896703187ffe8df">5956bb1f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-06-05T14:19:51-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed identification display of "All Maps" for files that were selected for identification when the file is in an overlay.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/d8380574f5b862b4e57972ebbe2a7aae3964cbee">d8380574</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-06-05T14:20:08-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed compilation warnings reported by Linux.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/f3076aa09f437a80661676d5a6d72e079e765661">f3076aa0</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-06-06T09:31:17-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Fixed slow reading of a large CIFTI Dense Label File.  Initialization of the label hierarchy was sending out color invalidation requests for each label as its status was turned on.  These invalidation requests are now blocked during initialization.  Reading time on a Mac dropped from 180 seconds to 12 seconds.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/dba8bd44af8f485f296923a91f6661e4b72d2c47">dba8bd44</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-06-06T11:32:32-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For Histology: Show slice indices as 1 to N when the indices are viewed by the user (toolbar, identification, file information).  In the code, the slice indices remain 0..N-1.  Previously created scenes function correctly but the slice indices displayed to the user is now one more.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/8806f9fb44eccbd6d6bd8abd5e27b2ecf3122843">8806f9fb</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-06-06T15:47:44-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Rearrange widgets in Histology section of toolbar so that the length of the Slice Name can be increased.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5b3b27ac93e238abd45f43f40a352767657b620e">5b3b27ac</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-06-06T15:56:13-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>In Toolbar Histology section, remove the Z-coordinate for plane coordinates.  Plane coordinates are two-dimensional so this control is not needed.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/b38d205f296abef4fa8051be8696cd3c8659d698">b38d205f</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-06-13T09:33:21-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Attempt to make MPR neurological/radiological orientation selection more obivious to user.  Added some text to panel that contains orientation selection and a checkbox for enabling the axis labels.  If user changes orientation the axis labels are turned on.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/e72f642304e265c394d47ca4f3c1a750f5b18708">e72f6423</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-06-13T11:39:35-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Removed some unused code from old color index identification from oblique slice drawing.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/34c321679c12ec6f52b60b11fcd3078c53b126c5">34c32167</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-06-14T10:43:27-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>For Volume Oblique identification, use stereotaxic coordinate of mouse instead of center of the voxel.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/706322f11f7d0e9551b66d1ffda1600c9775ea5c">706322f1</a></strong>

<div>

<span> by John Harwell </span> <i> at 2024-06-14T14:05:50-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Change two copyright years from 2015 to 2024 in Desktop/CMakeLists.txt.  These dates are used with the macOS bundle.

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/9dba65e4007980fee512aa86aff7860961cb7207">9dba65e4</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2024-06-14T14:48:48-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>set version

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/a4824b22b46b2d5afa3e543a483f73faea27bcf5">a4824b22</a></strong>

<div>

<span> by Tim Coalson </span> <i> at 2024-06-14T15:38:26-05:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>update some copyright dates

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/30ff9101805ef79f4de5d73e478e1d603a00e2cf">30ff9101</a></strong>

<div>

<span> by Yaroslav Halchenko </span> <i> at 2024-06-18T14:01:42-04:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Merge tag 'v2.0.0' into releases

v2.0.0

* tag 'v2.0.0': (1112 commits)

  update some copyright dates

  set version

  Change two copyright years from 2015 to 2024 in Desktop/CMakeLists.txt.  These dates are used with the macOS bundle.

  For Volume Oblique identification, use stereotaxic coordinate of mouse instead of center of the voxel.

  Removed some unused code from old color index identification from oblique slice drawing.

  Attempt to make MPR neurological/radiological orientation selection more obivious to user.  Added some text to panel that contains orientation selection and a checkbox for enabling the axis labels.  If user changes orientation the axis labels are turned on.

  In Toolbar Histology section, remove the Z-coordinate for plane coordinates.  Plane coordinates are two-dimensional so this control is not needed.

  Rearrange widgets in Histology section of toolbar so that the length of the Slice Name can be increased.

  For Histology: Show slice indices as 1 to N when the indices are viewed by the user (toolbar, identification, file information).  In the code, the slice indices remain 0..N-1.  Previously created scenes function correctly but the slice indices displayed to the user is now one more.

  Fixed slow reading of a large CIFTI Dense Label File.  Initialization of the label hierarchy was sending out color invalidation requests for each label as its status was turned on.  These invalidation requests are now blocked during initialization.  Reading time on a Mac dropped from 180 seconds to 12 seconds.

  Fixed compilation warnings reported by Linux.

  Fixed identification display of "All Maps" for files that were selected for identification when the file is in an overlay.

  Revised metadata validation to allow more sophisticated validation of edited metadata including warnings.  Previously, the only validation test was to verify an entry was not empty.  When user creates a sample, added warning for Allen Slab Number if it is out of range for the selected hemisphere.   Added an advanced tab to the Edit Samples dialog that allows the user to set the range of Allen Slab Number for a left or right hemisphere.  At this time, this range is not saved when the user exits Workbench.

  Fixed error with macro support for slide direction control in volume montage toolbar widget.

  Fixed macro setup in volume montage toolbar for new slice direction combo box.

  Implemented volume montage slice ordering.  Use can choose to have coordinate increasing, decreasing, or "Workbench" mode that preserves older mixed ordering (oblique and ortho are increasing for parasagittal and decreasing for axial and coronal).

  Added GUI functionality for controlling volume montage slice order that will be added next.

  In Toolbar->Volume Montage, move the precision spin box into the "Coordinates Format" menu that is displayed by pushing the arrow on the right side of the XYZ button.  Doing so creates space for the a new control for slice direction (polarity) that will be added.

  When identification updates volume slices, use the stereotaxic coordinate to update the volume slices; NOT the center of the voxel containing the stereotaxic coordinate.

  Add display of histology slice angles to histology toolbar.

  ...

</pre>

</li>

<li>

<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/connectome-workbench/-/commit/5c843c4d87a26523291012ce91e37848034d3310">5c843c4d</a></strong>

<div>

<span> by Yaroslav Halchenko </span> <i> at 2024-06-18T14:01:54-04:00 </i>

</div>

<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Merge branch 'releases' into debian

* releases: (1112 commits)

  update some copyright dates

  set version