<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Michael R. Crusoe pushed to branch upstream at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/cnvkit">Debian Med / cnvkit</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/cnvkit/-/commit/3d4bf86ef9e83d28f50de7c742bbf7697176edd5">3d4bf86e</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-05-14T10:28:29+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 0.9.13</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
103 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#6e656a06857650151f28f253233ed97584044098">
<span class="new-file">
+
.devcontainer/Dockerfile
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b34062a34eb177d6796c9ce334de4930d86f38c1">
<span class="new-file">
+
.devcontainer/devcontainer.json
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#05a721ebe3ba0754116825ed1359ff1785f4bbac">
<span class="new-file">
+
.dockerignore
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d0947ba6bab9c2243baa6c214e9fb6f6fd680b12">
<span class="new-file">
+
.github/workflows/claude-code-review.yml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ff8c533f75a6d6c87ddbd832cb00672888151519">
<span class="new-file">
+
.github/workflows/claude.yml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#76d4c6fbccd5253399c77c65bb673a98a1094d0d">
<span class="new-file">
+
.github/workflows/integration-tests.yaml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b22a01f97e34df61088cca2f4510644d75712a1c">
.github/workflows/tests-tox.yaml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5cc2925ca8258af241be7e5b0381edf30266302">
.gitignore
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8b28ba38a2c1b980c9846458130ebd674aea62fa">
.readthedocs.yaml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2d5d10cfc503b52b745a2f437966ee1b895371af">
<span class="new-file">
+
CLAUDE.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6651ddff6eb82c840ced7c1dddee15c6e1913dd4">
Dockerfile
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#561b88e19de321ca62c7590bbb350765fb110905">
README.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7366318a16393570d3a71b36265d78b541f6060b">
cnvlib/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#42d036b285f793fa4706218270f28c4e0af74569">
cnvlib/_version.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0bb9fa1a6130cb3bdc4393b8b2032ae11d3c9f16">
cnvlib/access.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#023ef3cf31e96bcfb114b17e9eeee40b3559216c">
cnvlib/antitarget.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0dd6dacf3a32d43e909fde3613a86d002941bcc6">
cnvlib/autobin.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#15480036fba0b7dad855fda6856199d0684fa1c9">
cnvlib/batch.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bdde3f61ae7f7287d446832829cfd862bd0c5b6e">
cnvlib/bintest.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5650a2db29370ab5ab223eb5e22f2cda64ad6185">
cnvlib/call.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e6eba9641b0114fd92e71cfcb3105b6a9aec411f">
<span class="new-file">
+
cnvlib/cli/__init__.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e7c55b92ece7980339a5e507074ca41134603972">
scripts/cnv_annotate.py

cnvlib/cli/cnv_annotate.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c9ab1e97291c2915f5bda5da8f11c5724b74f138">
scripts/cnv_expression_correlate.py

cnvlib/cli/cnv_expression_correlate.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2891aff1662adca7b1dfee982be100e3c2bf6b57">
<span class="new-file">
+
cnvlib/cli/cnv_updater.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#064ef3b2cdda5f23708f8935010ee8d0960da174">
scripts/genome_instability_index.py

cnvlib/cli/genome_instability_index.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c542c4a11d6c8d24db5da9f9f766fb861a40b72e">
scripts/guess_baits.py

cnvlib/cli/guess_baits.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fc594d92a4733c009daedf6d9a6b22cdb3fd872e">
scripts/reference2targets.py

cnvlib/cli/reference2targets.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6954ca2a176e46a2c2f6da9790b0d7ab39e466e8">
cnvlib/cluster.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c039cbe0d6f382867ffe4356a402c3d571fcb89">
cnvlib/cmdutil.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3c97ce14774c9dcaaf77c07a55b41a9bb29613dd">
cnvlib/cnary.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3bfd834a3fe21bbe615fb5efa8925f3e9d88210e">
cnvlib/cnvkit.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#37071ebf7e39e57e21ff893de63e92a9b7f6fcba">
cnvlib/commands.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2d80ee87fcbf5798dce3684c444d415a6d37bf35">
cnvlib/core.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b1c2e997cbcbc150dfbb18cabfe5fbefc6fe41ce">
cnvlib/coverage.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#688889bacd2109480ea9a077eba5f2cd9944b61f">
cnvlib/descriptives.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#62d353493b66e1cacfcb64b472183da221ff7045">
cnvlib/diagram.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e0b9b6c135ef19da5b4d4718f3f11edff2251b58">
cnvlib/export.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6a9840d2eac663f8ebd4f5d048ee6f9ee950255b">
cnvlib/fix.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#37aed3c7907262a902915aecc793c52c3a48002f">
cnvlib/heatmap.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d5de4c64ce69f26a9edcef51de9217f0782e4cd5">
cnvlib/import_rna.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#162e6c638a543a28f67daa161a17301fb9299add">
cnvlib/importers.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cfa99f9009249da7977281377b21f130af68fe64">
cnvlib/metrics.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#81740ab84365142008e8644f92e0c284ffa5fbc8">
cnvlib/parallel.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#aa9a0862a0c03ef558a1a7784359c7fac40a3205">
cnvlib/params.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c4b161fc9507aa8cc3c8f268ddd0dcc32a9bb9e3">
cnvlib/plots.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e302820aded8fa24cbe10b7982e8c81159ed4875">
cnvlib/reference.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7b2b1c44e1461bc889009b1993bafbdf3768bc70">
cnvlib/reports.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#53cf62a516f30d088c59651d6a2d958620dd5fbc">
cnvlib/rna.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#042ad1cb073aba7f730f360c07cf2df6491e983a">
cnvlib/samutil.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f1f7d899f70bf68ebb7f625ec2ac7532559cd37d">
cnvlib/scatter.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e87bfcd2ec9408dec42eb764cb87778a4f42cf90">
cnvlib/segfilters.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2b33ccf937d24b40fb7480b3013a15978923df38">
cnvlib/segmentation/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f7b099f991a0340c6329ac46493597d82cfb8402">
cnvlib/segmentation/haar.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9b34e9846c222fbc2867cbaffe1fffd109acc62b">
cnvlib/segmentation/hmm.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d715c8b9f117250ba1cb4ded039ffcd51fe3c838">
cnvlib/segmentation/none.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c160ff0d2f0f8d012f4020300257a1bfd42deb00">
cnvlib/segmetrics.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8c84e9d227297e00b270e1d1259a188a27c7d95d">
cnvlib/smoothing.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#83009b09f049de6017f52ea49796b7c84e6f006c">
cnvlib/target.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2dca27b497dd001c9f70173febefc2ff0c9734b7">
cnvlib/vary.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3b0839c8996cb4de39415c2e95d3672ea1774b2b">
conda-env.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4455ea4c28397fb0744fe9965b258e3be7c5bf78">
devtools/conda-recipe/meta.yaml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#df0576cbb783bc50b36e1efa3cbe0564a26c8295">
doc/conf.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1bbcd8980c541f52998ccf56da078edd2ca6a2d0">
doc/index.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c49ad6b528b87258450406430abe6ba07e6b6765">
<span class="new-file">
+
environment-dev.yml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5d07e7d72637aa0d59c89d381fe6dc4cf46e2491">
pyproject.toml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d87615e5db73e4882279a4dbb59704fc9e6ac1c7">
requirements/core.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#18a54bc76396d8520dedda512b306d4132cc48dd">
requirements/dev.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3ddcea52b77be114bd1641b1e1fde90d7ebe5048">
requirements/min.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2a8057f32b8b0485509da87ed7110be232b15579">
requirements/tests.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7e6459c0d1a234d7bac44f85ec699af2991aa5f4">
<span class="deleted-file">

requirements/typing.txt
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6881fde72e5212c1731620a991c47fc9adcd86ef">
<span class="deleted-file">

scripts/cnv_updater.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#75a908b0ada4c1a31136f8be4984113d1ff1a252">
skgenome/chromsort.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#918196e67017f19cd061fb907f53501eaa346c79">
<span class="new-file">
+
skgenome/cli/__init__.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c79698f74bdf495d21ab9c144ef079b1620cb86">
scripts/skg_convert.py

skgenome/cli/skg_convert.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bfd0befb01f91ec5663a831d29c3ee0dcb11fa7f">
skgenome/combiners.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c8e0ab1b5fb1e9df495f7ab12a38316201fb89ec">
skgenome/gary.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#af4aa75c1234fedbcee4a101a5adfd3e5b9a9570">
skgenome/intersect.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#75060770df0eb5a4b573699dfbed0acb0f63cae5">
skgenome/merge.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b3ee6e052379b7f33fa70f3e9bc855470a3d1160">
skgenome/rangelabel.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0ba2470003295ef06278b6c829484f2b715556bb">
skgenome/subdivide.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#db7911b6ac58211cb5ee4cc4534c791b7c315062">
skgenome/subtract.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fcbc60e2d8cf298d97237ae8dd207f0f0eb8ba25">
skgenome/tabio/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5bb655e42cff74f6231cf30978df1b1d1123f09b">
skgenome/tabio/bedio.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#712e71c07acb8dc4d63292c4492b104fcaa173c4">
skgenome/tabio/genepred.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1e1000175ac97a54e3f4e28127f8c144fd77db5c">
skgenome/tabio/gff.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fe0caaee97c38f78e211c27bf440ee5be5eadc98">
skgenome/tabio/picard.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b304814432eed8be36f58e4f774799278fbb5623">
skgenome/tabio/seg.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#907a39dedd4b21176eb2a3e8172490676d302a0f">
skgenome/tabio/seqdict.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8503bf1c58d6d713dc06f66c83c34a633ef3f9a5">
skgenome/tabio/tab.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0e2602b2a402bb8b7084559d173315197226ede2">
skgenome/tabio/textcoord.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7065f4f0d819fec1314e0fae3604344356e8cbc5">
skgenome/tabio/util.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5356ab48968982732f2d5b764a13bdb390f2a1e5">
skgenome/tabio/vcfio.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#91f24998b33057769876b12566e54d75ff87188d">
skgenome/tabio/vcfsimple.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ff32dfc1a15502a5eaf7e0c7c713b8f4174a5706">
<span class="new-file">
+
test/formats/na12878-M-Y-trunc-nochr.bed.gz
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#15a806b7b4030d3a3785ace35cd0e0c706762803">
<span class="new-file">
+
test/formats/na12878-M-Y-trunc-nochr.bed.gz.tbi
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#782bfd89115a8bc70f99abcde98310610be7a7e3">
<span class="new-file">
+
test/formats/na12878-chrM-Y-trunc.bed.gz
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e133642263c446f6bb784dcc7d921b7577a85246">
<span class="new-file">
+
test/formats/na12878-chrM-Y-trunc.bed.gz.tbi
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#66c587ff588fe351ee8d2e2848948aca38f455a2">
test/test_commands.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#de6d64b0c8ad44feb793fe050089503db6fb430f">
test/test_genome.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d20e8942a7e1ca9b8fb09a7f0f9e9cc129e74967">
test/test_io.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f2b8d99f96c01ed42e7e2b95f0babd9455ad75cf">
<span class="new-file">
+
test/test_parallel.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ed83d49b9210d304b844491fe8eef438386d060d">
<span class="new-file">
+
test/test_rna.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#61be067c7cf3bdbf8a6b021a2b5167eb30612d0c">
tox.ini
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/cnvkit/-/commit/3d4bf86ef9e83d28f50de7c742bbf7697176edd5">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/cnvkit/-/commit/3d4bf86ef9e83d28f50de7c742bbf7697176edd5 at 1779122321
</span>
<script type="application/ld+json">{"@context":"http://schema.org","@type":"EmailMessage","action":{"@type":"ViewAction","name":"View Commit","url":"https://salsa.debian.org/med-team/cnvkit/-/commit/3d4bf86ef9e83d28f50de7c742bbf7697176edd5"}}</script>


</p>
</div>
</body>
</html>