<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch upstream at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/sniffles">Debian Med / sniffles</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/sniffles/-/commit/91315fe1f7cc69a7cbd192252518fba2f81d3b51">91315fe1</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-07-07T21:26:15+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 2.8.0</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
27 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#8ec9a00bfd09b3190ac6b22251dbb1aa95a0579d">
README.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8c91c0296909b5ea3c496fde69e9dc44a6c6ae5f">
setup.cfg
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8e2edce0d507e1297474f25c00cae94258db38d8">
setup.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#af3890cf17511681cf58865c036fe315faf35f6c">
src/sniffles/cluster.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#93c39fae881ff453a24dcc45caf290a36bf6cecc">
src/sniffles/config.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a26db25ad1689ad6948965c7b7d48db346485add">
src/sniffles/genotyping.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4ab2e91bf77cd4e24d76f7ab50531db5f5e760b0">
src/sniffles/leadprov.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8adc5ba0e3dd93a07eac824b0fe578a55dfcc367">
<span class="new-file">
+
src/sniffles/local_asm.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#17c46928c15e4766a2fd84c3854a35e66e269cad">
src/sniffles/parallel.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4c3ef1d9804c58de5e6474d519e7f2d9d521329e">
src/sniffles/postprocessing.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0aeb37aad21b7f16659f6b5dee1224e215f4a6a8">
src/sniffles/region.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#73ca96af4a7e60d0988099221a4c4dd5c5b3af3e">
src/sniffles/result.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6a013d682d0917f95aecd879f5e426b49654675a">
src/sniffles/snf.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#11ec8303065616d3e8faf4605027aa6809a97174">
src/sniffles/sniffles
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#575f0c99799ebbbf40a901126ebe37b9ae8bcf5f">
src/sniffles/sv.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f26f9ebbc7f101195e711d39d69b7d3c456cd1bb">
src/sniffles/util.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1b6e083d6d8e5d1fb689a20dc031a2908a0a1425">
src/sniffles/utils/resmon.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#92835e0f1a4ea173faef72451d0394a24bd25098">
src/sniffles/vcf.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f261edd9d29158fa5a974d53250222221a3e3f11">
<span class="new-file">
+
src/tests/common.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#23786ff25956ce58d3df4838c6ae3bb1d08a3fcf">
<span class="new-file">
+
src/tests/data/hg002.bam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3272716cc83ed1c9c99c1546e01b5fd02ad7cda3">
<span class="new-file">
+
src/tests/data/hg002.bam.csi
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6d0d17fa66ba9c017c451b7e2b938278debac5d6">
<span class="new-file">
+
src/tests/data/hg008.bam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1d896154b28b420ca85307e9ee9a465b35fe0d7d">
<span class="new-file">
+
src/tests/data/hg008.bam.csi
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7fd50e5d9a6a9fda2d6ce31f21e8a8f11a2830ba">
<span class="new-file">
+
src/tests/test_bnd.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#11b06fcdf3d2a85a16f03f6b30aad9eeaaf3a404">
<span class="new-file">
+
src/tests/test_bnd_leads.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#39b16778677a48819024ff6044c740ecaa75182d">
<span class="new-file">
+
src/tests/test_params.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a83b98c25ee995b70a1c34c82662c599e62ed74b">
src/tests/test_vcf.py
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/sniffles/-/commit/91315fe1f7cc69a7cbd192252518fba2f81d3b51">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/sniffles/-/commit/91315fe1f7cc69a7cbd192252518fba2f81d3b51 at 1783453646
</span>
<script type="application/ld+json">{"@context":"http://schema.org","@type":"EmailMessage","action":{"@type":"ViewAction","name":"View Commit","url":"https://salsa.debian.org/med-team/sniffles/-/commit/91315fe1f7cc69a7cbd192252518fba2f81d3b51"}}</script>


</p>
</div>
</body>
</html>