<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Karsten Schöke pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython">Debian Med / python-biopython</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/commit/a8c8cc539596527a517c2a1ae90eb0a35bca5fbe">a8c8cc53</a></strong>
<div>
<span> by Karsten Schöke </span> <i> at 2026-08-07T13:41:24+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 1.88+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/commit/dac8435c6d79b7f7fac0b5d27e80de9a0ac5380b">dac8435c</a></strong>
<div>
<span> by Karsten Schöke </span> <i> at 2026-08-07T13:42:27+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/1.88+dfsg'

Update to upstream version '1.88+dfsg'
with Debian dir 8c2083fedc8c6bc2b2ce13b36722da0ef3eccaff
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/commit/5dcb2c8c3993f2077926bf1cd93311d5dbf3899a">5dcb2c8c</a></strong>
<div>
<span> by Karsten Schöke </span> <i> at 2026-08-07T13:42:57+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Changes made by cme
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/commit/d795c9d0044f67d46e6aea803a57a9c8d6bdf4d9">d795c9d0</a></strong>
<div>
<span> by Karsten Schöke </span> <i> at 2026-08-07T12:43:15+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Set upstream metadata fields: Documentation, Repository, Repository-Browse, Security-Contact.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: source: upstream-metadata-missing-repository [debian/upstream/metadata]
See-also: https://lintian.debian.org/tags/upstream-metadata-missing-repository.html
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/commit/71c8909163e7d842c337b4767f082ba302d51866">71c89091</a></strong>
<div>
<span> by Karsten Schöke </span> <i> at 2026-08-07T13:43:20+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>debputy lint --auto-fix (routine-update)
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/commit/263b4aa7ddd0cdaf479329c1a932d9187570a2fe">263b4aa7</a></strong>
<div>
<span> by Karsten Schöke </span> <i> at 2026-08-07T16:17:11+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>upstream change to PEP-517.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/commit/8cfa6eae97e35397203567e218c5cd3d1fa14459">8cfa6eae</a></strong>
<div>
<span> by Karsten Schöke </span> <i> at 2026-08-07T16:19:06+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>d/rules: Fix FTBR: The second build is invoked with the `nocheck` option and therefore fails.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/commit/440f7b516b306fa6423a10d36e3d9eb56c92f47a">440f7b51</a></strong>
<div>
<span> by Karsten Schöke </span> <i> at 2026-08-07T17:13:23+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>d/rules: Delete unnecessary top_level.txt
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/commit/e358b5dc59b531d993cfef868e4617233456a4e5">e358b5dc</a></strong>
<div>
<span> by Karsten Schöke </span> <i> at 2026-08-07T17:15:05+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update changelog for 1.88+dfsg-1 release
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
73 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#961d2007ddaacf60fb7db9dd5246cf601bc343ec">
.appveyor.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fd5da61396a8376845bee5cdf71aaf3c98a888ae">
.circleci/config.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e244a4301388880e5a3665869551912d45a5d73a">
.github/deploy_docs.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#899ce9c202bf7bb5480e72836c3edc773c9c4244">
.github/workflows/ci.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#121cd38a14510b07b9d05bea3fb3a48cca5c1bf9">
.mypy.ini
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e7d14d429f898757a423156de0e8c49d75240694">
.pre-commit-config.yaml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#05777ad225b1353b06e31e8d8c13b30a58f09963">
Bio/Affy/CelFile.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d7754918e6821db6ffea065687599ec4f11a8e2d">
Bio/Align/AlignInfo.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b828f25c57e9442dfc9c7738d1dcb83de7e17c19">
Bio/Align/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ca273793e6eea84b7f337443c74c9af38f9bb07f">
Bio/Align/bigbed.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#645fd02933f835bbf860a2c20e5f99b8d1c32b75">
Bio/Align/bigmaf.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a4a8251561ce7cfa6441158ec2fd3e56ca579934">
Bio/Align/bigpsl.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#02c2ffbb4b0a2ee936c7dff7118587e48d4e8474">
Bio/Align/sam.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c756bff6c484fd6df6e574384ee51f2dfbc60ce9">
Bio/Blast/_parser.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#507d665009ebe7908f51c566afe254fcab3bccb4">
Bio/GenBank/Record.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#22bfa9e8f9f2c7d76d974fb975bab8770395c599">
Bio/GenBank/Scanner.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a4aa2d81a1d67e135e24852bd6e4dac3ee9795b4">
Bio/Nexus/Nexus.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#844a6e4bd54e458578804be1668e767a77614708">
Bio/Nexus/Trees.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#18a19b2e6ef3ff26bdc69fe1e5ec26079164e301">
Bio/PDB/Atom.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1beec66c2ff258255e69dbb2677d904240c3f230">
Bio/PDB/PDBIO.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#32d22b0ac258839964f6fd82f648ab30e8e8eedd">
Bio/PDB/internal_coords.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f6baca80bb6ee331aaf9808989785d061cf4e7d7">
Bio/PDB/vectors.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5955679f177ae3609c088d8d67c5b73f5d1a373">
Bio/Pathway/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bb683f78c7fc0556e1bca1db0102b040e7ce8194">
Bio/Phylo/BaseTree.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f1bfb25d198fb7dc7aa1b0f8624c3f8de5330543">
Bio/Phylo/CDAO.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#59b624762628030569486bbe9fe4644953e4171b">
Bio/Phylo/NewickIO.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e7eaec16a2b918d70078f3d03643c2827a21ad27">
Bio/Restriction/Restriction.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e0344858054ab9c9567b39904ce4c5dbd4d64480">
Bio/SearchIO/InfernalIO/infernal_tab.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5272cf0488fb7ccf20ac32586fcdaf1acbe30977">
Bio/SearchIO/_model/hsp.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#227277e4cebf405199d290196749a879f64405b3">
Bio/Seq.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8f4bb4ac4689353638049daaaf9baaad07e3874b">
Bio/SeqIO/AceIO.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f708e5b7921ac59888f471c69ae3525a3c2ea629">
Bio/SeqIO/FastaIO.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#490f3d1e03a25093ccf5ab27fcac6a63956592fe">
Bio/SeqIO/GckIO.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a29a631d90584024b1d689aaca2a52a62dcebde5">
Bio/SeqIO/GfaIO.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5c6f021591079b7e3f26acbc8d520fccf33ebfc">
Bio/SeqIO/Interfaces.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dcc705cb98e10fda2c32f071288eb64e74888ea1">
Bio/SeqIO/PdbIO.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#323f655c7b662b1063ad518decdfa3563aadff22">
Bio/SeqIO/PhdIO.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e904f7c80009398d81f914528386c7a3ae01e425">
Bio/SeqIO/QualityIO.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1929b474afe3e1b58641dd6e381b0162b39f867e">
Bio/SeqIO/SffIO.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5c8da40447e69fac34b67e907990d60df9b72749">
Bio/SeqIO/SnapGeneIO.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1d47f0c3ad2ed2959e583a250e239b6d1aeae4b7">
Bio/SeqIO/SwissIO.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dd6c2099b33de519e2689b7947a3d7ca12e02f83">
Bio/SeqIO/TabIO.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1c077e3cd37dd57cd20805e258296382254f8dbf">
Bio/SeqIO/UniprotIO.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b77c1c33df51834e2b9d3c2e035751f99075ee8d">
Bio/SeqIO/XdnaIO.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ffe78ce7356484edd343ab60d3741220b155b737">
Bio/SeqIO/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4ccb7ae3d13234140cbcfc045563496addfea865">
Bio/SeqRecord.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3dc8691ad40b3f5fd2aab8e94d71f517d46486da">
Bio/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7150bf346a4671fbb5272daa708a8be550621751">
Bio/motifs/jaspar/db.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fd8ce0a1af85a99377c0ff208454310fe4487d0f">
Bio/pairwise2.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9bd7a50ad5d5a0260be1ca14469f1cfe34dd8d49">
BioSQL/BioSeqDatabase.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e50fbb964004cc434789ab89cd188c26a3ca0037">
CONTRIB.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1039f2f1a2551c10ddf7b67dba18b445346c0057">
CONTRIBUTING.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2b4cb0f620900ebd537d44dfc7e190ec08246db4">
DEPRECATED.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e944a037af54c660cfe824cc6f100237d454d22e">
Doc/Tutorial/chapter_motifs.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fb94455537c014cc1b947b7d8a477d665d517513">
Doc/Tutorial/chapter_pairwise.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8e9983d68bc118797b12e3c989281a14e4ae4a62">
NEWS.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#561b88e19de321ca62c7590bbb350765fb110905">
README.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#895cd04259dfe3b33e30582076d9f5edfe476e83">
Scripts/Restriction/ranacompiler.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6bd5bb9d547d63f3e493a2c162778062fd217a51">
Tests/common_BioSQL.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bd0647fe71cc58ff99d00e5eb8623b2524f755f6">
Tests/seq_tests_common.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#65e327ccbb35c7093a15827b617e31fd023abf4b">
Tests/test_Align_Alignment.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d651c7628802ceb060c262484565a4934a7464e1">
Tests/test_Align_bigbed.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#269d281fe881d4d22aa610de3a2bb8b2338c7bf0">
Tests/test_Align_psl.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d253bc80a75c5af0e72697a85284eea5d107154b">
Tests/test_GenBank.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6d4eb708624f243ad24ac12a668087022a90cea4">
Tests/test_PDB_alphafold_db.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#25da01ca9f1daba2c2d72c339b20d5a2144a7336">
Tests/test_Phylo.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f14ae391554d78c7015388b7fc2c852b65b60c84">
debian/python3-biopython.install
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8756c63497c8dc39f7773438edf53b220c773f67">
debian/rules
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f5606a935d95a2f20059a7ac1136f47b2edadbf6">
debian/upstream/metadata
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#68ef9f98c01c7eecd4c605cc26048a06f3304b79">
debian/watch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fe78b29f4d6640902d4a0d2014343e13c11169f8">
<span class="deleted-file">

hht2+-1000.dna
</span>
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/compare/f8a6318925b469010cbec7130bf017bdd29c935a...e358b5dc59b531d993cfef868e4617233456a4e5">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/python-biopython/-/compare/f8a6318925b469010cbec7130bf017bdd29c935a...e358b5dc59b531d993cfef868e4617233456a4e5 at 1786116797
</span>



</p>
</div>
</body>
</html>