<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Michael R. Crusoe pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/toil">Debian Med / toil</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/toil/-/commit/170ed1acd44661fe89f77650ae4f75c42386628f">170ed1ac</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-08-24T14:41:42+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>d/watch: find new releases
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/toil/-/commit/bca17f5851a00faa843cf6f7ec9e2971489c1f0b">bca17f58</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-08-24T14:42:07+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/toil/-/commit/a86ebb488f8f252beab24ecaf5467ae6eeafe225">a86ebb48</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-08-24T14:42:08+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 9.5.0</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/toil/-/commit/c261c5c4940691fb4fb8514c592597fdfe3f91c7">c261c5c4</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-08-24T14:42:24+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/9.5.0'

Update to upstream version '9.5.0'
with Debian dir f2364c59a12a5a17bd7aeb8fe50470ea1d871fa5</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/toil/-/commit/88fea863a0e843c4a5d40b915e420f3e0dfdb297">88fea863</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-08-24T14:45:29+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Refreshed patches.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/toil/-/commit/0635e68caaaf1a924a12044fd88033e57f15ef2f">0635e68c</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-08-24T16:44:58+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>d/rules: skip a test that requires the currently unpackaged "edit_distance".
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/toil/-/commit/82401d752444a9e154d3284b3efdffb279ef9c3f">82401d75</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-08-24T17:39:16+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>d/control: only target the default Python version. Closes: #1141066.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/toil/-/commit/d6fb6928b4822f5300211d59724d255eae010922">d6fb6928</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-08-24T17:39:16+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>upload to unstable.
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
51 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#587d266bb27a4dc3022bbed44dfa19849df3044c">
.gitlab-ci.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a88e2a926426071529e2985b4ee35848bb987e65">
BOTS.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9f2bb23950c3371d81e699162117b1d95f9bd8d9">
debian/patches/atomic_copy_as_alternative.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7d50ce949dd83a42315e1f32258188ca8a9ffb91">
debian/patches/fix_tests
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a60b6da312ce2c8904a87b8489d7c52da683c432">
<span class="new-file">
+
debian/patches/optional-edit-distance
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bc34014ab4b9a49dd7a27bdd8d352912607c3a96">
debian/patches/series
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bbcb48e2be151813ceeaaec7eadcaf824b49c1c6">
debian/patches/setting_version.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8756c63497c8dc39f7773438edf53b220c773f67">
debian/rules
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#68ef9f98c01c7eecd4c605cc26048a06f3304b79">
debian/watch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#734cb112ea615891b9ef15d07ae7bc1dee10abc3">
docker/Dockerfile.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f99c72d2aacbf31ded1872c66de3f988dced0301">
docs/appendices/environment_vars.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#32be2c2e3690a70b96e3263f2bb4aa0ce226602a">
docs/running/cliOptions.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f4fb69164b97e1b6f17984369c9c382573a3f919">
requirements-dev.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9859689e8bd3ddc443a4adadad9053893501bd72">
src/toil/batchSystems/kubernetes.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a6f3af15c881ae20fc1a43acbbeb46501aac42d1">
src/toil/batchSystems/slurm.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e4fd847d42e121b772337a96bada018b0e6ad45c">
src/toil/common.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0dbd18a5ef7b094b4ad2f95d5aa87ee2ed51212f">
src/toil/cwl/cwltoil.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a4add364610812caa42a9215ebab384cc263e063">
src/toil/fileStores/abstractFileStore.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7bacd2a077f0dc4dd68b8f4bb4edb4cb762f9823">
src/toil/fileStores/cachingFileStore.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2e740f2c14c1744d1a97bb6dc673ff7864e2d9b1">
src/toil/fileStores/nonCachingFileStore.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#25bb698efc92d8425e6ea48ef986d72d2cf62017">
src/toil/job.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#596e3e7c16c66f62cd45824e69b58880ea4b9027">
src/toil/jobStores/abstractJobStore.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a13607e119e7ea420a0824a7cdbd58157a4965f0">
src/toil/jobStores/aws/jobStore.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f8698b8c91b4525c2e8a2cc4fe1f8b489291216f">
src/toil/jobStores/fileJobStore.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dd045e3729cc148b776666a18ef81c339828c1ff">
src/toil/jobStores/googleJobStore.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ea5270bc3abd520281f872efd33d52f850400455">
src/toil/jobStores/utils.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b423c2afb0f414beab2120da703bd01ca2a7bb55">
src/toil/leader.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#84c3abe347344cd667c2bfdff9eea8ee645a7dca">
src/toil/lib/aws/s3.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#817ec0b3e76cbfa8f89018c49dd5b1eb30013019">
src/toil/lib/generatedEC2Lists.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7e71432f91b03a2d090d368d005146e20d34f040">
src/toil/lib/threading.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4fdd980a9183fab0c434ee4d0a6b3ca38c006cf6">
src/toil/provisioners/clusterScaler.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5912984dc30bcff0ad0e03fd9bf2d9edd91e579c">
src/toil/statsAndLogging.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d0bde58f1db120631635b5f3fff16dd1cd6ad2a1">
src/toil/test/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#96459f5054e9121215b86d0ba6dacef97a87d08e">
src/toil/test/batchSystems/test_slurm.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6e8ee3e619de891a48dbafa4f9851650bf598f6a">
src/toil/test/cwl/cwlTest.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c6d8d715bddc64aa9908abc8884c5d4f7dd9d3ed">
<span class="new-file">
+
src/toil/test/cwl/whalesay.json
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6cc2a02da82aa69708f1a6aa58ba449f1e9efca4">
src/toil/test/jobStores/jobStoreTest.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#848da9cd59b9f8273b37db1a074c1e2cd850d356">
src/toil/test/options/options.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e8cf4884fd997f632402cd0ba6a820be65eb0393">
src/toil/test/server/serverTest.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2cb4cf877111423b211c5657d02bf6e7d032ab58">
<span class="new-file">
+
src/toil/test/src/commonTests.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#93d686c757d84c5ca681669cd6a8d45fefdfe4ac">
src/toil/test/src/fileStoreTest.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#79348eba06f26e52854cd55548d2b6883dabc5ea">
src/toil/test/src/jobTest.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#aa778e586c5ff04b65bbd49d47553924fbc420be">
src/toil/test/src/threadingTest.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#104e3d36618063f76831cd47f740a73e677f2734">
src/toil/test/utils/toilDebugTest.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6b418636a667f91d454914499d033fd505219722">
src/toil/test/utils/utilsTest.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3dee82c92d6fe9e05c0636ad5b00785d59f2c7cc">
src/toil/utils/toilLaunchCluster.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4ba8173bb10fceebcd6ca502fa6cf48a28ebdf02">
src/toil/wdl/wdltoil.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#18f9b5de2f811d48c647453af8626fed83792536">
src/toil/worker.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5924b9c92b6ea461ef4ffca6c6e00a0d1d183452">
version_template.py
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/toil/-/compare/53ee8965a2dcf479fb98a0edb29a5fcc1a11c7c1...d6fb6928b4822f5300211d59724d255eae010922">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/toil/-/compare/53ee8965a2dcf479fb98a0edb29a5fcc1a11c7c1...d6fb6928b4822f5300211d59724d255eae010922 at 1787588979
</span>



</p>
</div>
</body>
</html>