<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Steffen Möller pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/pyensembl">Debian Med / pyensembl</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/pyensembl/-/commit/082579f968b6872793e9a3bcc54452591319a398">082579f9</a></strong>
<div>
<span> by Steffen Moeller </span> <i> at 2026-08-29T01:55:59+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added .gitignore
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/pyensembl/-/commit/1b028b6dfd8b5abca197e77a0e301fff17a2b011">1b028b6d</a></strong>
<div>
<span> by Steffen Moeller </span> <i> at 2026-08-29T01:56:10+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 2.10.4</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/pyensembl/-/commit/81cc144fe09552bb869f416354efde43bdd09328">81cc144f</a></strong>
<div>
<span> by Steffen Moeller </span> <i> at 2026-08-29T01:56:11+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/2.10.4'

Update to upstream version '2.10.4'
with Debian dir 7871e7f3991dd268b1f08ce302a610441cfed2d5</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/pyensembl/-/commit/b771060719a83a09ed2eff82d47b6e8a4f214f6a">b7710607</a></strong>
<div>
<span> by Steffen Moeller </span> <i> at 2026-08-29T02:00:07+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Pointing to FTBFS
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
36 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#6b8eb1151e11abd72b31ffb764de06790e5bda1e">
.github/workflows/tests.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8ec9a00bfd09b3190ac6b22251dbb1aa95a0579d">
README.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b92c9d7f6a1fe2f439cb4bef6011394658166981">
<span class="new-file">
+
debian/.gitignore
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f9947d028acb12014b8dca78719cdb3cec24958c">
pyensembl/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f9d8d10efaa1d795a7afbeeaafc44d2af15ce4d7">
pyensembl/common.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dacd195e0dad3989933d698d7225cd51067aec08">
pyensembl/database.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#aa8453d62c26c15c4686a5f6b5ca2959e8bfd4f0">
pyensembl/ensembl_release.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#83e6c440e84c8e64e561ded577ab3b0c6539f00b">
pyensembl/ensembl_url_templates.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e3b1e572f1cdbebb8e40026fe70be0426589e170">
pyensembl/ensembl_versions.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c46ece65e6e9f298f85e05810fc7640fe575dc4f">
pyensembl/exon.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#74e58c4e0ad8fc22fea2f34a984d40e33f79f65d">
pyensembl/fasta.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f46f45e852f86919a51c3dd105d277e84df2ab10">
pyensembl/gene.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8a0f199b1a1739cfa83d3e941a2dd6a583d18da3">
pyensembl/genome.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4e59381031b86e80f7402aafa90f602157b000fb">
pyensembl/locus.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4c63a5088ded74474f58f030fc9834264f71c9d8">
pyensembl/locus_with_genome.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#603dd1d2500489c05da7f8408ff4358e0ea45c28">
<span class="new-file">
+
pyensembl/protein.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a47f597d0bc4bd21418941e45d002cea5ccd5b68">
pyensembl/sequence_data.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bc9a4817a88a75439f061e5a72eefd4099c6d19f">
pyensembl/shell.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6a4a2d20c84b34b39cc50eff81a2ee3069bb7964">
pyensembl/species.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e4f90a33e861e6a2e9f8ef480bf6176ac9605eba">
pyensembl/transcript.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5398d2d88db94a2551dd6815d06045e67a5c5b2b">
pyensembl/version.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5d07e7d72637aa0d59c89d381fe6dc4cf46e2491">
pyproject.toml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2acc65acdda9ae987dbf8da8251ed25fe5a18110">
test.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#91ee9ac243dcd4388fa7afac7e95aa363cc4009b">
<span class="new-file">
+
tests/test_biotype_filter.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4e48f58bd1e76956efe1567a1848db9cba0d30cc">
<span class="new-file">
+
tests/test_database_cache_dir.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6522580a8a222314f1177aed3d27381c51731045">
<span class="new-file">
+
tests/test_ensembl_genomes_species.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8a91c9d6faced2057796a385cfddd6592fb67d7c">
<span class="new-file">
+
tests/test_extended_protein_coding.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7dd61cef7f57f886d70148ef50a8e1ff2b3b4c06">
<span class="new-file">
+
tests/test_fasta_versions.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6f9e8cea0f27b04d45b13579bf61ae3b9063fa50">
<span class="new-file">
+
tests/test_gencode_biotype_aliases.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ced84e951bbed392797c94c0ef7ae542659243fc">
tests/test_locus.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#15d887bde05ebce15c25b93e203cf0cf35f3384e">
<span class="new-file">
+
tests/test_merged_gene_intervals.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7fcde5ecd7435e7b733172ae5988d9f08b638d41">
<span class="new-file">
+
tests/test_nearest_feature.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d96cb58aa2630919c4ebc5ee07e3c034a5a54c55">
tests/test_shell.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6e9e70c34521f76441804ea7a5b36d79ce2d336b">
<span class="new-file">
+
tests/test_versioned_protein_fasta.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7473282e512f1a324703d504956f5fd0053b9a0b">
<span class="new-file">
+
tests/test_versions.py
</span>
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/pyensembl/-/compare/c4d2b101144c3065a0e9ea7ecb6f9e047d65250b...b771060719a83a09ed2eff82d47b6e8a4f214f6a">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/pyensembl/-/compare/c4d2b101144c3065a0e9ea7ecb6f9e047d65250b...b771060719a83a09ed2eff82d47b6e8a4f214f6a at 1787961621
</span>



</p>
</div>
</body>
</html>