<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/diamond-aligner">Debian Med / diamond-aligner</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/diamond-aligner/-/commit/122ef45c8af99fa286fe04732e65c90aa621fb29">122ef45c</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-03T10:41:46+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/diamond-aligner/-/commit/fa5e558193be0d5638846b9ad61fa25e6a547ea6">fa5e5581</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-03T10:41:47+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 2.2.6</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/diamond-aligner/-/commit/5c3c25eff551d01bc4d989f755cda6a285d11192">5c3c25ef</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-03T10:42:34+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/2.2.6'

Update to upstream version '2.2.6'
with Debian dir 0c5a1baa591f0e88c06914db3394d1568b907075</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/diamond-aligner/-/commit/9533596dbfdbc43ff1f1303968fa45110927e928">9533596d</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-03T09:42:47+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Set upstream metadata fields: Bug-Submit, Repository-Browse.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: source: upstream-metadata-missing-bug-tracking [debian/upstream/metadata]
See-also: https://lintian.debian.org/tags/upstream-metadata-missing-bug-tracking.html
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/diamond-aligner/-/commit/7d3bc4f0b658403009130697a03b11b50eb693af">7d3bc4f0</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-03T10:46:36+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>No patches needed any more for this upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/diamond-aligner/-/commit/22558b29957da5ce24755fed03c9aaa0604d6434">22558b29</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-03T10:54:47+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>d/copyright: add new Files ;  Add debian/lrc.config
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/diamond-aligner/-/commit/0134a949505565e43bc7068bfae86a0b942f77b2">0134a949</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-03T11:04:55+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>src/lib/atomic_wait was removed from upstream source
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/diamond-aligner/-/commit/ee616ec0e76f3e4d7ba7a8f2b6771e5211ce97a7">ee616ec0</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-03T11:12:45+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Upload to unstable
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
172 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#2f473ef69010f24d2546e13263bcc2c49befd2f3">
CITATION.cff
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9a2aa4db38d3115ed60da621e012c0efc0172aae">
CMakeLists.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8ec9a00bfd09b3190ac6b22251dbb1aa95a0579d">
README.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#adb7f75f79e3bb85eb62912a2904c5d24af878fb">
debian/copyright
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3681548d44618e77a80cee4da4d80af0d65ad6fe">
<span class="new-file">
+
debian/lrc.config
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#316a43f95df1a38208f88ec7e8c147097da8dfd4">
<span class="deleted-file">

debian/patches/compatibility.patch
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ff478480364c2722888323d58028a6aea0e07c34">
<span class="deleted-file">

debian/patches/remove-duplicated-traits.patch
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bc34014ab4b9a49dd7a27bdd8d352912607c3a96">
<span class="deleted-file">

debian/patches/series
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f5606a935d95a2f20059a7ac1136f47b2edadbf6">
debian/upstream/metadata
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ba308c53c268704c3008f5e2e6e8129f9f6bf3fe">
src/ChangeLog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f76380e3e66f9453de89e5ac198478544cf1e6e4">
src/align/align.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#61cd51bfb6b0ef754d2fbb366e90b8ad35f3fc02">
src/align/alt_hsp.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8310f6d8c536d182ebd128c5e462f7c6addcbf6d">
src/align/culling.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d594b71a9f28bc686d4f75f12a6229c2e586ecae">
src/align/def.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5a2381540b8362260dcaa6747086bb358097256e">
src/align/extend.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#52ecbb45dea21619756b1951b32ef00fa81a1d54">
src/align/extend.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a70d5a64b741f28155bdcdf591968e4b59b60de4">
src/align/full_db.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b18faac0ee01a4af7eb1b183c49e78e698af5c15">
src/align/gapped_filter.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9fc8681bb50d867858382e8ecdfd9bc32570af85">
src/align/gapped_final.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7540abd0721601ec3b35ecdd671f39ce63cef20f">
src/align/gapped_score.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1885ffadb5308ef489a619e821b06986ef227e22">
src/align/global_ranking/extend.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bf2f09cbd84aa17f89d5db00e4ef7fde6b953c36">
src/align/global_ranking/table.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0b08202a0e53b77834bad522a650ac3fd069ede6">
src/align/load_hits.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#84d656034746137b8c6b0226ff878a5b99cc6bb3">
src/align/output.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6d09ff6bcfac65c792218c53e21ca1a9e62a26ba">
src/align/target.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f8990446cab751baed0b8c7fc38171e7d68cb1f7">
src/align/ungapped.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#76d5a97c09cca591280144de40f9c04a5ec57ef7">
src/basic/basic.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fe8c534c15ea9cf93547993244c3ab903c4895ff">
src/basic/config.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#79a175a8b141cc4f06683108fcd39b79a555f1cd">
src/basic/config.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#da280a51d91809345347036c4e31920b2c744ab7">
src/basic/const.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#80dc9ea59410b77519d86244d5b42337fb185f2f">
src/basic/hssp.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#27a8e360958ba8ac7bc89efa21bddfdd10635225">
src/basic/packed_transcript.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9cdd6e619760f59a971d25b80727732f834f4813">
src/basic/sequence.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#eeb9c797e717eb3e4f468bca3e84923ae3c9a8db">
src/basic/shape.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#02748963ebfdb263f232fa8cc7afc742d6771e86">
src/basic/statistics.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#467665467b2524c5963653aca7f29e3762bcc4af">
src/cluster/cluster.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b3068523e4c354d5569c46850d2ac1ef79985b6b">
<span class="new-file">
+
src/cluster/combine_blocks.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c2718b247b3dcab97a2346c8a7428f92d388122a">
<span class="new-file">
+
src/cluster/count_seeds.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3bd0cc7b886861fcef5e110c5450ba4d32a9cbe2">
src/cluster/data.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cb9aa86828e217b5bd22d5f5389dceaa0e546893">
src/cluster/file_array.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e32575ef2e63f2a583912aa5a951281d34cc36fb">
src/cluster/helpers.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#880dcd6466f69a12ae92216a845cd49f0cfef52a">
src/cluster/len_sort.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5fb90e13b9c340e0127ec10faada808cdb3a046e">
src/cluster/lin_index.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#16084e80246121469ab3501bd41f0b2601341413">
src/cluster/make_blocks.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#05473c5df0dcbc22dbd24c9334201ffdfcef58c4">
src/cluster/multinode.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c81e3d767b103205c693ff426478fc105539fd7d">
src/cluster/multinode.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5ade76184f5f0172ca86104f68fb1af124446f8c">
src/cluster/output.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2effc74180de8cc6de5500ca2eb2ce81d9e83c48">
src/cluster/radixed_table.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ed0f43ddafbd5bf4b786d583b7e939448d6496ba">
src/cluster/realign.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ce620e83b5f8f00f65cd6af2684716b3d102c390">
src/cluster/search.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5b0f07c092cdf31cb78cfd151bbdc2f01d894a8a">
src/cluster/volume.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2896dd6d6b36449b7f6ed62fc6e1a6e2a4174ec8">
src/data/blastdb/phr.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d4d96927792cc435c8ba65fb005a929d33cc5b44">
src/data/blastdb/psq.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1beb2481a1ae484d005a27579fe801d22473a9a3">
src/data/fasta/fasta_file.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f2f7c42acad5b7d251cfbea13c80029c6c09c3d0">
src/data/fasta/fasta_file.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3c3cee14169be41ed6ada8d094d40d9722a57846">
src/data/fasta/parser.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4ecaf36ee24dbf87b53e2c0c4edead08c216a2d0">
<span class="new-file">
+
src/data/fasta/volumed_fasta_file.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9321ec599ee7ea6a73a0220be88651efd30d8370">
<span class="new-file">
+
src/data/fasta/volumed_fasta_file.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#30a61fffd2ff734f5e8f9f2db126813927258784">
src/data/seed_set.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c50ff62781b6da11f519926a60035fed010fe8b4">
src/data/seed_set.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5c4d25a3bf084a13332788f6b32777e540c59b50">
src/data/sequence_file.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e69b05256f632245743ec08f6499a6bb6b55b37c">
src/data/sequence_file.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#681060858f53613aebc0e374d1943b837e701d0f">
src/dp/dp.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5d0306e968d7c8958b328e6d7e5da64bf0d0b37a">
src/dp/scalar/traceback.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b6bf516c174707aa1c0852f7d288395cbf477083">
src/dp/score_profile.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#84705b8e1746b2b510d5ff81239a5cc105c2e040">
src/dp/score_vector.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#503a0d0a04d792d79a548b340f7e1a9201a8d375">
src/dp/score_vector_int16.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fca48027490c3c37433bb7bfe054875f42886c49">
src/dp/score_vector_int8.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b71c617f6c21dd8f42636e50b3499b22a233c5a1">
src/dp/swipe/anchored.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ff02aa0c0e989c8688ac5fc5e560dff8115046c8">
src/dp/swipe/anchored_wrapper.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#36c9568495b5e92087ac3999322cf44d3d5cda7d">
src/dp/swipe/banded_3frame_swipe.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b1173ed1c50b6ea5c8e60148187f7ec31a652782">
src/dp/swipe/banded_matrix.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3895b3c92f5954d61a368fe229b92c15caa8177d">
src/dp/swipe/banded_swipe.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58929b21c2c1e20d051de7de69097c1955bd538d">
src/dp/swipe/full_matrix.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f22dbb432f34ebbde855082d0b3934c8d73c1daf">
src/dp/swipe/full_swipe.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f029c9266faec97f105981cc4f88e78d3b78027b">
src/dp/swipe/swipe.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a06527298ef02c89fb54496eac3383e92599dcb7">
src/dp/swipe/swipe_wrapper.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#18dfda8832c0aa49538985ad5f5809874b9049c2">
src/dp/swipe/target_iterator.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e386b1a6d2dc4836ad4b086a50a157ab8f52b024">
src/dp/ungapped_simd.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fbae496310b3f08d6f47e09183c926a9f2fd58b2">
src/chaining/aligner.h

src/legacy/chaining/aligner.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b909ce46e56f9c7aae3bc66d78ae0052c23473cc">
src/chaining/backtrace.cpp

src/legacy/chaining/backtrace.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#67d4af8d1aded678d6f86fc26c077b5d3e134f06">
src/chaining/chaining.h

src/legacy/chaining/chaining.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#28900ba76a09abb8bca8b64967a1eb3b792fb858">
src/chaining/diag_graph.h

src/legacy/chaining/diag_graph.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f0b8101bab294c32189ad09494f93da26ef3e296">
src/chaining/greedy_align.cpp

src/legacy/chaining/greedy_align.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c68c5ce357265d0aec2f3162c436b62884bf4406">
src/chaining/hamming_ext.cpp

src/legacy/chaining/hamming_ext.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1c7ffc8dd7ecb14cb8539af036803947421e2e08">
src/chaining/smith_waterman.cpp

src/legacy/chaining/smith_waterman.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#058ead5d359a97dcd1a2703dbdd5cedc3a058e5d">
src/legacy/daa/daa_record.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#45662b94bff095253ab0c34a7325d78ff29b52c8">
src/legacy/daa/view.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#532f945437e41ba00e222dde5d6f383eae2409f2">
src/legacy/dmnd/io.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4d74818a3910ecca0e538330672b3b8e5775a863">
src/align/legacy/banded_swipe_pipeline.cpp

src/legacy/frameshift/banded_swipe_pipeline.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4962fb23ba6f4ffc56d24db7c0b97a7e247d885c">
src/align/legacy/pipeline.h

src/legacy/frameshift/pipeline.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#09f12c101fd1e5e8dff8e7465d76b013838f225c">
src/align/legacy/query_mapper.cpp

src/legacy/frameshift/query_mapper.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6dac1d9169a3d0b52b1a3d29ad89a6f18571edde">
src/align/legacy/query_mapper.h

src/legacy/frameshift/query_mapper.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bfbf09a53ed3e0af6524fdc5351fb3ccc8af8641">
src/run/tools.cpp

src/legacy/tools.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#66b66ba9115bc2222fea14baac514586ea9d9910">
src/legacy/util/task_queue.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#73fc911b2cfc4f20ebbacd24a0708e02215924b4">
<span class="deleted-file">

src/lib/atomic_wait/atomic_wait
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#86ed5a33002e73393a40dd786c672edca9cc4fba">
<span class="deleted-file">

src/lib/atomic_wait/barrier
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8deb7ddcccfba1ba97b3e37af89647cfbe54510e">
<span class="deleted-file">

src/lib/atomic_wait/latch
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bc31b253437197a3cec9113c07936b352d9834fe">
<span class="deleted-file">

src/lib/atomic_wait/semaphore
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#952f7be26b26341224addf36e6aa2c203392d6f7">
<span class="deleted-file">

src/lib/interval_tree/interval_tree.hpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#db8882390e4c0962c3f31b7e5c1815998223ea18">
<span class="deleted-file">

src/lib/interval_tree/interval_tree_fwd.hpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a6d2cb98a2e6f66e136d812f4a3ed2be69125c85">
<span class="deleted-file">

src/lib/interval_tree/interval_types.hpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#74cb66ae62fd9009d5fb44cbdc63ce57de581776">
<span class="deleted-file">

src/masking/lambda.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2e8b5447c09de4a17715319ff1f87b5d04a2bf9f">
src/masking/masking.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#77dc003f9cf8e8c6d70002dec11aea0accd98e86">
src/masking/tantan.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e5b9d8920b81eb6750e90f3209200fc8470e11aa">
src/masking/tantan.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5d5065572d76598ae90656b8719d5a94489d25d">
src/util/simd/vector8_avx512.h

src/masking/tantan_step.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bab91f135e168904eda289f2d2d8d7fee55d2c6a">
<span class="new-file">
+
src/masking/tantan_step_avx2.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e06daa37f556c5d347f5f878bab51592d1ece616">
<span class="new-file">
+
src/masking/tantan_step_avx512.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#62ff2b32975e2a625e9ef42d924534f7f95de2a6">
src/util/simd/vector_generic.h

src/masking/tantan_step_generic.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3bc5ca78af8bf352e347253afbeab5564dd71e1f">
<span class="new-file">
+
src/masking/tantan_step_neon.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#87544e71749f8fae4a3f5f2430581a0ff3fb4f48">
<span class="new-file">
+
src/masking/tantan_step_sse.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#346bceae9c69aa640029837166a86eae0c98d3c6">
src/output/blast_pairwise_format.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e744f4de2bef9a2b087868b317337a012d7e61ce">
src/output/blast_tab_format.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#47835b94538bcd69b2fa4694d560d8c54a48c330">
src/output/output_format.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c7eb006568a8601edbd3ff5da55610baa6a9fc6f">
src/output/output_format.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3466795a3b58e7d6d79f265ab66e6bab752d5d36">
src/output/target_culling.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0ee070ce2ae60556b7508b21b4b5aa7a147643a1">
src/run/config.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#aa612a337fc66ae885c76e4eb2a819dfd69117f8">
src/run/double_indexed.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3550d99932a84c79895ecbcd490f1998f4cd963e">
src/run/main.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9f8d65b19c3694953fe4b75e2ac0d136a55ac243">
src/run/workflow.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#081a905b1423fc4421cb311d8e6cb988da6d6129">
src/search/hamming/finger_print.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#535ee5b749ab2a28db9eadaaa7fbe6dca9aa4f0f">
src/search/hamming/kernel.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3d55edf77fd10ac59349aa4ebe2c7146c6ea961e">
src/search/hamming/kernel_lin.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d6afd206a9f233e674f01a0f0bd81bf2aed262f5">
src/search/hamming/kernel_mutual_cov.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7d349fe188cfbc22445393dd616b21dcc341bb3b">
src/search/hamming/stage1_2.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cd4e239a6165148f5c27b9993d1dab45dd1baeb2">
src/search/hit_buffer.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#43cef0fb7dfc62f23566ec8ce5b1f24bfb0706a0">
src/search/hit_buffer.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7ed3bcfdc9d325b822a653a8ac4a962f572e2d2a">
src/search/lin_index/lin_index.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bb38a482b4666f03c72e7f19c8aad89b96933b8a">
src/search/lin_index/lin_index.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#eab321a95bd3127f112ba55f8ece2d4057b687c1">
src/search/lin_index/scan.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3d9236f90647dcdbf1271be1c5598ea6c93b80fc">
src/search/search.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#06eca2d70217471b3c15e331dd5f53f6e82e4530">
src/search/seed_array/enum_seeds.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5aaed6b4f0232b76245b6dcfb4001f72831aabc9">
src/search/seed_array/seed_iterator.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cfaa737b21f29a41655e955dde9c8a8adbb33172">
src/search/setup.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cf437c2859cf45bfaea0b16a1a3542dac8b39082">
src/search/stage2.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e06e878b1989263e359bbb21280228fe503dab9b">
src/stats/cbs.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8d55c28ee98fae13dc483a0af411a0e04ff8fad9">
src/stats/cbs.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0d294e23f65196b29bb05fdb39bceaf01d5612cc">
src/stats/stats.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e78457fb822358fac97ea92eead52aa44fe7bc2f">
<span class="new-file">
+
src/test/blastx-frameshift.out
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d43ca576f98ff955e24afa9a653c1cd0998946aa">
src/test/deepclust-multiblock.out
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2e3ff7ae35af972945a16814751cf2a0dc4427d7">
src/test/deepclust.out
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#046cb900730c44c8b3959ef5e4ad307ff1b5af22">
src/test/diamond-test-blastp-very-sensitive.out
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fff15780d758026a7ff98498b8498399601efbfc">
src/test/hit_buffer_stress.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ceee4f687956e22f035aeea067ab7d2b71b808bb">
src/test/linclust.out
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1614cab9302ce521eb86747b584e46589ec4e76e">
src/test/realign.out
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3062314bb150f152af7ac80cd0fca55e311e2fc5">
src/tools/benchmark.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c6b1322b0aa6bac811d9c517d1bd53363dcf7419">
<span class="new-file">
+
src/tools/count_distinct.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c652d0826c5cf759b0a589cc9d4562f3845d0780">
src/tools/greedy_vertex_cover.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dda08aefd6a6d483ef609c6492d0d0f5dc198c98">
src/util/algo/hash_join.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#efff378a60ce9e869f6a083455099368a68ae592">
src/util/algo/hyperloglog.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f39f0689d7c0fe8dc1441fd60471c19e3f0b5f8c">
<span class="new-file">
+
src/util/data_structures/bloom_filter.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#41faeb7b08cd6f5bee6c8d375ed779cea135483c">
src/util/data_structures/mem_buffer.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3fff10382334fc7e5dbbb3a05b7df74a275cb83b">
src/util/data_structures/reorder_queue.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#26f9d0431ff40c2eb88cba0c52a1f59451572c6c">
src/util/intrin.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#47ee32834c047e2e05a2bcde55d58cb805142955">
src/util/memory/alignment.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7df36a92e17d9e37e5757982381a24a0ffe9f3af">
<span class="new-file">
+
src/util/memory/mem_profile.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6f23eac9d09b6401525643a2b763ce9e8f55bcf3">
<span class="new-file">
+
src/util/memory/mem_profile.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3f4372fa5c6f512576fb969f57f475898c531dc6">
src/util/memory/memory_resource.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0883aaa1ca757a70191fec2378eb6f69906f5eb8">
src/util/memory/vmbuffer.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f9452cd9f27f334c115d6386e14c5d05b1de828a">
src/util/simd.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#45027e1590ce8ffdb47fb619b29662f817a3ccf2">
src/util/simd.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d581c8be631b61527a9efa708146ebf51f0210f3">
src/util/simd/dispatch.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#82b323054d17d0ec6d924b6a9b9ce06e8836b989">
src/util/simd/transpose.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3a878e4d7605d2c1d102c24722ba96fda3326dfb">
<span class="deleted-file">

src/util/simd/vector.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d4b87e43446140b1614cc51a608c2cf679614e0f">
<span class="deleted-file">

src/util/simd/vector8_avx2.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#50e737003b7a4d09e3882e4cc77003711ea97a29">
<span class="deleted-file">

src/util/simd/vector8_neon.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#afc7450a988ca5758934d103dd4790671b69039e">
<span class="deleted-file">

src/util/simd/vector8_sse.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2ec7dc43068fc79fd78773238616dba736db6015">
src/util/system/system.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#669364dd640ece5a57d17d123809803b6c661829">
src/util/system/system.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#515f58a0e95edfc7ddc75841ceb8a555219ea12e">
src/util/text_buffer.h
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">

<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/diamond-aligner/-/compare/6fe0cfa0a516c547ab9ab89f1f908d727d686bdc...ee616ec0e76f3e4d7ba7a8f2b6771e5211ce97a7">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/diamond-aligner/-/compare/6fe0cfa0a516c547ab9ab89f1f908d727d686bdc...ee616ec0e76f3e4d7ba7a8f2b6771e5211ce97a7 at 1788431749
</span>



</p>
</div>
</body>
</html>