<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/scikit-bio-binaries">Debian Med / scikit-bio-binaries</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/scikit-bio-binaries/-/commit/47b8ad598285f198c582ef37f49a42c2a999564d">47b8ad59</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-07T04:33:27+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Packaging update (routine-update)
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/scikit-bio-binaries/-/commit/ccba9dc03c036ebcb02e1e2ad48334f5cfedfccf">ccba9dc0</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-07T04:33:41+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 1.1.0</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/scikit-bio-binaries/-/commit/1bfc35884d53b87a779d06a7b4696d0ea7577527">1bfc3588</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-07T04:33:41+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/scikit-bio-binaries/-/commit/0dba6260560abef2a2b05f9a56975142f39145c1">0dba6260</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-07T04:33:42+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/1.1.0'

Update to upstream version '1.1.0'
with Debian dir c47f648faeea947e5760537fb8e20a9b5e81dfd6</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/scikit-bio-binaries/-/commit/1669f0e69ec2d649027a06bb10c848035dfa645a">1669f0e6</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-07T04:34:16+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Changes made by cme
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/scikit-bio-binaries/-/commit/629fad56ddc5f6196c0f99357f773632d3dd9111">629fad56</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-07T03:34:29+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Set upstream metadata fields: Bug-Database, Repository-Browse.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: source: upstream-metadata-file-is-missing
See-also: https://lintian.debian.org/tags/upstream-metadata-file-is-missing.html
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/scikit-bio-binaries/-/commit/231fd3c8c80930be458bc2fb674553bd47490fca">231fd3c8</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-07T04:37:57+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Rebase patches to latest upstream
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/scikit-bio-binaries/-/commit/ad3ccd7d17de171b2f3ad9c300edae341cd275f9">ad3ccd7d</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-07T04:38:45+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Upload to unstable
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
37 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#c778226b6c4c0fb51cf7942c8ee1f3d9fc1249d0">
.github/workflows/main.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5cc2925ca8258af241be7e5b0381edf30266302">
<span class="new-file">
+
.gitignore
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#836efb6e25a091dcb4ff8e1dbb2f0be6a5cbf14c">
Makefile
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#561b88e19de321ca62c7590bbb350765fb110905">
README.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ea060c313f7b8f251b199ffbadb19ab9a1fde2b7">
<span class="new-file">
+
api_tests/wasm/Makefile
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4d4a394ff4174f20019a8af4d8b6185efe92c21f">
debian/patches/hardening.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cb7931f3a35d8c527838d1a9d609c9f7ea2aa0e6">
debian/patches/no_install.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#754934d705b27da82fe23c815978b42a75d67819">
debian/patches/openblas.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#76258ff6f1526200cf3fda90e9f37fd9ee4b4364">
<span class="deleted-file">
−
debian/patches/reproducible.patch
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bc34014ab4b9a49dd7a27bdd8d352912607c3a96">
debian/patches/series
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6e33966e576673d99926f169cbe6e7304aafd023">
debian/patches/shared-lib.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f5606a935d95a2f20059a7ac1136f47b2edadbf6">
<span class="new-file">
+
debian/upstream/metadata
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6e1ff129bd698dc6ae88522e4b09387c99c3566e">
<span class="new-file">
+
scripts/fetch_eigen.sh
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#14ed45b8081f5c12fa34083782d241817f7f7e3b">
<span class="new-file">
+
scripts/test_eigen_wasm.sh
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#09a8e11089bd7b184c2ba7778565c1350e1c7e3a">
src/Makefile
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#303d9237476f8a0525e06672e733179cf9e7f737">
src/distance/permanova.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#abf30ad57d9fa923331731eb479f45a7e7624d10">
src/distance/permanova_dyn_impl.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ac5bd86abc2c11524403fdf56024e2b0c4d0387f">
<span class="new-file">
+
src/inmem_build.mk
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fbdf1becb74d2820c99d01586a4101ae27453d99">
<span class="new-file">
+
src/ordination/linalg_backend.hpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f2dd5885886e726f5e825e45d582192cd4f18f50">
<span class="new-file">
+
src/ordination/linalg_backend_eigen.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bf0de469e5b3a433ab3cc4a7c59ae4ecac97cea9">
<span class="new-file">
+
src/ordination/linalg_backend_lapacke.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fc4f015afbd1c0e54df93d947b67b46729604fd4">
src/ordination/principal_coordinate_analysis.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8e45e3ab3667646f2ef9fb73a26875935fb23eb7">
<span class="new-file">
+
src/tests/wasm/generate_pcoa_expected.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b3f77faeb5083149a4bb2626eaad0edb354d734c">
<span class="new-file">
+
src/tests/wasm/generate_permanova_expected.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7d768878033046f04e6b41af2cb7d3aa4cd5197f">
<span class="new-file">
+
src/tests/wasm/pcoa_inputs.hpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#104e32a9668ba88931efe4ace47da9430fb72bfb">
<span class="new-file">
+
src/tests/wasm/permanova_inputs.hpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c1d0065c82dfed91014ec20c8a9012c5563ab174">
<span class="new-file">
+
src/tests/wasm/test_center_wasm.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7f69c3252f2d46f4bc95468d903bc1b64a80c6c7">
<span class="new-file">
+
src/tests/wasm/test_pcoa_wasm.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d7b9a2ff6bd31397c21a26bfdeb9fff90cf1c896">
<span class="new-file">
+
src/tests/wasm/test_permanova_wasm.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#36ff8cd94aa977d516fe5c8671929c84a10f4984">
<span class="new-file">
+
src/tests/wasm/test_smoke.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#273fa48d83bb82628ac407e79b109f9875bf7b27">
src/tools/skbb_generate_helper.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#71f3f7121ac9959a2d8343558bbeb66c066305fc">
<span class="new-file">
+
src/util/portable_shuffle.hpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1033647e16e66eeb26cf7b5632593b8c439b832b">
src/util/skbb_detect_acc.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#742944d6f067826498f5532ac4247a9e76dd0b0d">
src/util/skbb_dgb_info.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fb2a0e86ef7ffb51cebce8be2f8ca0bd44449c3d">
<span class="new-file">
+
src/wasm/emscripten_build.mk
</span>
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">
—
<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/scikit-bio-binaries/-/compare/1cf5d9b69db57dd5eb8b87dd1319e708344db2fb...ad3ccd7d17de171b2f3ad9c300edae341cd275f9">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/scikit-bio-binaries/-/compare/1cf5d9b69db57dd5eb8b87dd1319e708344db2fb...ad3ccd7d17de171b2f3ad9c300edae341cd275f9 at 1788748751
</span>



</p>
</div>
</body>
</html>