<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/htslib">Debian Med / htslib</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/htslib/-/commit/cc020810e088675d97a8413a6fe7ffff88321433">cc020810</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T13:39:26+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/htslib/-/commit/315870e51c78ad924089a8fe66f9689c44ceb245">315870e5</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T13:39:27+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 1.24+ds</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/htslib/-/commit/e631420f828794752c5d4d725d2b045dd81b15f1">e631420f</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T13:39:30+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/1.24+ds'

Update to upstream version '1.24+ds'
with Debian dir 277dfe510a7e762ce2c68aeef162330792487a19</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/htslib/-/commit/752545ed327d80baddc9b47a3c36ebc85368ff7a">752545ed</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T13:39:38+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Drop 'Rules-Requires-Root: no' from d/control (routine-update)
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/htslib/-/commit/3378572d5cbd512e3469737db8912bd1e8d0fd03">3378572d</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T13:39:39+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>No tab in license text (routine-update)
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/htslib/-/commit/7b04dc80c360d33feaf3e95530684518a4040576">7b04dc80</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T13:42:27+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>no need to exclude files any more
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/htslib/-/commit/32803aac59566fc28b33afce081e95a2f48ce3ae">32803aac</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T13:44:23+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 1.24</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/htslib/-/commit/3773ca407d44b0651d849ecec3ed8198be180c65">3773ca40</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T13:44:33+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/1.24'

Update to upstream version '1.24'
with Debian dir 68f2bbc473f7fd31a675ebf7d12a8f1c93ef9f79</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/htslib/-/commit/b0679d129c3f282e1758e51c9d96222b17d45d2f">b0679d12</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T13:45:12+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update patches
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/htslib/-/commit/5019956acb7aa63287aeeb4aa152821a36422d0d">5019956a</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T13:58:39+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update symbols file
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/htslib/-/commit/898b219adaafb86d494d6466d3a7901742061246">898b219a</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T14:05:16+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Python3 is used in test of htslib-test -> add to Depends
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/htslib/-/commit/20afa8dbfd6b24e71ea0c42022478466ce1ac18d">20afa8db</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T14:11:55+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Upload to experimental
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
181 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#3f454a98e586d1aa0d322e19afd5e67e08f2d3c8">
<span class="new-file">
+
CONTRIBUTING.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0398ccd0f49298b10a3d76a47800d2ebecd49859">
LICENSE
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#836efb6e25a091dcb4ff8e1dbb2f0be6a5cbf14c">
Makefile
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9f621eb5fd3bcb2fa5c7bd228c9b1ad42edc46c8">
NEWS
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2b1212ed0c6e95c256812dc2fe823fd4e3feffe8">
annot-tsv.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5a6b5371fd288655be1474f80b4381e9704ef311">
annot-tsv.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bdb455f32b320a8835a445259e0c8d9f6a687368">
bcf_sr_sort.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#784f84af063299f7e2f0676f161fe91f67f77ab0">
bgzf.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6ce7ebc8c1e771e392405c0d7eec3caae674ffb7">
<span class="new-file">
+
bgzf_internal.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6a0642ef327a4ce0d9e388d0b0cf0a71638ad61b">
bgzip.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5422e2382dc57b288f3056d5cd31f46ca4fd2069">
bgzip.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#47fc0e419d965659228637bfdaa95e1e9735cad0">
config.mk.in
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#87db583be5c13c1f7b3c958b10e03d67b6a2ca06">
configure.ac
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5c8ade8ae11dfe042170aa961699bbd02f2ec97e">
cram/cram_codecs.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d44bcf887890b26ebada40c205e8504015e2f6d2">
cram/cram_codecs.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#840976018c922d6811354c31daaa780aa6f261bf">
cram/cram_decode.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ad1f88fbd4f5ab20406707c0730e6a84a8380af9">
cram/cram_decode.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8966c85872f8c44558af7fb66d11572221b10d6f">
cram/cram_encode.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ce757aebbb1a9c04c097f4250c7869907b11860b">
cram/cram_external.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d5c6148ddb19f2cff561dd2a5c095a842e197383">
cram/cram_index.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5f323d0f8e1572d29ce69422114ea3c683c08bd6">
cram/cram_io.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2b12a8c15553cf46c2bd57bd8eae669f9cd3d1ed">
cram/cram_stats.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c2e58e744743fb847b78a46d902e0ca3cb766961">
cram/cram_structs.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2102e6a96df61caad248ab81de36a3cee14207a7">
cram/open_trace_file.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d9bd8cde090ee0d3a621c9f54855393b216c3173">
cram/pooled_alloc.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#20bcc42cbd970cae6b15666bd7beb541ce329197">
cram/string_alloc.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#adb7f75f79e3bb85eb62912a2904c5d24af878fb">
debian/copyright
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e1e94bd25b4763eb39cdc80a640ab96063cef6f6">
debian/libhts3t64.symbols
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#06fb03301309b154c051857bbc90bb8d4d2f730b">
debian/patches/fix_float_precision
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e47cb1a5863bf3a417e62dfa9a72f801cd6d3afe">
debian/patches/fix_sequence_of_linked_libs.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4e2347832944e2503574fcfbcf9446b65002161c">
debian/patches/testShebang.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#44dc4f3e32ab8a228183c9e6e05e434df3239a45">
debian/patches/trim-file-prefix.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#68ef9f98c01c7eecd4c605cc26048a06f3304b79">
debian/watch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#51f41eca8f6413c77444e12fb0d221cbe1313344">
faidx.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2f413c8951445b4caee66f9d021b58d94652596b">
header.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cd6e7ad6e97d9a621862f19e0467cf57646646fa">
header.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#08a33c33100064839a45df0cd5a71a643b71aa54">
hfile.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8a6cfde2cb175ffbd5e00c15bdb5bb91482703f8">
hfile_internal.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ef0a779afbd8ee7df5d36e5d500f940e2dd01b62">
hfile_libcurl.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7a9c610bb7f05ffd388d1e4472db647f1d385943">
hfile_s3.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#64102d126c47fde7586c1360f74ace30174ec5d0">
<span class="deleted-file">
−
hfile_s3_write.c
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1be55503d7d6c773586dc644e84b86a5536816d8">
hts.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ccc671a4b2fc86b1d2ce679f5ac3cf0a32388b5b">
hts_expr.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#10626867731e71179d5fc58b21a977b5f51ed4a0">
hts_internal.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#31033656ace4e4e1da1b5b505e72b14de6af6892">
hts_probe_cc.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#00ad65eb0bb2ca2c84337bc85e68e67fa3c2f892">
htsfile.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#311887dd5b3ab5b179a3a49d3591727bc6d91169">
htsfile.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d8c6282dc0cb65ac8021905b6ac9d13adb8a1315">
htslib-s3-plugin.7
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#65ec9dc879b07286be654f20f37210e7dc044241">
htslib.map
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#69d0a750a3655c05b3d4b0d11798ff5989d3d555">
htslib.mk
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7ccb3075b9f40bd09f39b280b743783a68a84030">
htslib/bgzf.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9ac473f0d3a4dff527be17ad9f3da66e106f2b79">
htslib/faidx.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9b8468ae363914b035abd68ecf5239e75e8f96c6">
htslib/hfile.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#23144171ef46270c8d90b6c189ed5dc6d7b18651">
htslib/hts.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2da36f35e74a254fdecca68598e51dc5449959cc">
<span class="new-file">
+
htslib/hts_alloc.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58e427dc2cdb82a50a82f499c9595bf7ba30c9b8">
htslib/hts_defs.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0633c236218976413e9a84c9f11bb9932e4d9bff">
htslib/kbitset.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e101118056af6168b3cb140fb92733d314add4d5">
htslib/khash.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a8efc99792a92ec6f236a68a308a334b50d5b100">
htslib/ksort.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1be2479967a70628b9802222e87d7256020ae9fd">
htslib/kstring.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#13ba80e67cedc7292fec4fc52d54a883ec2e97ad">
htslib/sam.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bd5f0736dc68a30af334053dc255f7607647ac52">
htslib/synced_bcf_reader.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#69652595fb5f5f9a9ed8cf40f89890d128e2bf57">
htslib/tbx.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#029f45b5a6618d3c762af054ae12f411ce704a81">
htslib/vcf.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#abf2088dabdb0921f4315bac54029098345cdb0b">
htslib_vars.mk
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c4e235c01d45a8846ef7fbca6fa7daa1464c41ed">
kstring.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#674a74b50056179c447fbb0f8cd8d884a6e706dd">
m4/hts_prog_cc_warnings.m4
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8c59377072f1817282cf33cfc3532b1d8157a5cb">
probaln.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cd337043ffd6457150c5a1c3301f30ae14d07255">
realn.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8fda9900bcc8a72c3657da9eff2bbcd78d16b349">
ref_cache/listener.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c0a535ae180a04c04e01f6bc3cf93a3253fb90b4">
ref_cache/log_files.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#445d080870774ee20f78e3991101de5b4b2bc538">
ref_cache/main.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b37884e46df1c9764011cd5c8e92dcc2ac967052">
ref_cache/poll_wrap_poll.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7a1eccecc586e61a0b1a1b5ee78ed4bb71faf7c6">
ref_cache/ref-cache.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#784083f2644755468fb5cd7c69cb5b68e6c3d3b9">
regidx.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3ff76aca17d9815adbbfee02596e6c4d46aa1384">
sam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#83ad9d439922e808ac2080e2849cca7a588345d0">
sam_internal.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#39e8cfc912379dcc935c6f43f3931ed4e3de883d">
sam_mods.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#04624bac435f6812799f22d5ea93cb10aa59a324">
samples/mpileup.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1d781229012ec55a39f3196d8d15d0ed6cc85f75">
samples/pileup.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#998aba32bd2943b5fd296b8e72db0904210b6eef">
samples/pileup_mod.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#aee9e27e2a67c8ad1d6bc8c83334b7ead21c7ade">
simd.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8f00f65387751d947ca665d07356f7c24daad174">
synced_bcf_reader.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0d460fca0bf7c4a1ddcd42c3f68e2d829ea204e6">
tabix.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5e939b06665b90a2b0ecd0c2e47bbb2cf7aae68d">
tabix.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ded580d0fca8465e1248ff77d28998e44b658887">
tbx.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#960f71c049fad8a2fbccafdc9e2a91add59888f8">
<span class="new-file">
+
test/base_mods/MM-variants.out
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f3e0b3de264e41f8612dff5cb693d9bb2919e1bd">
<span class="new-file">
+
test/base_mods/MM-variants.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#13d2845285ba1b5f55a225ca7e8420245c3dd7c1">
test/base_mods/base-mods.tst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b4dff0a0b0e36dcc0903fce37b98a531e6fb0d16">
<span class="new-file">
+
test/embed_MD.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#51b095a7597cb555bf2034496d78e82a04bae6e3">
<span class="new-file">
+
test/embed_del.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9472bfc67b23d99c51d5ec37b1a41fd0942fc792">
<span class="new-file">
+
test/fastq/UMI.fq
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#038b1a0808147923a4edc6fd4d275e341716de3a">
<span class="new-file">
+
test/fastq/UMI.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0d88e03b3c945676b3f5c3c551053b1010a2e509">
test/fastq/fastq.tst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7d16385afc6058f3f806065202df15dabbc0aaf9">
<span class="new-file">
+
test/index3.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b753a9a85312144e7458b60f5c53c65da8e7cda7">
<span class="new-file">
+
test/index3_exp.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#398d463b44d117f96e37cf36232a1d5bd30f04f7">
<span class="new-file">
+
test/mock_http_server.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8d903e13d12796b4704fea427af8b8d0a453e3b0">
<span class="new-file">
+
test/tabix/bed_file.unique.out
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b824f3a1e4dcc0d1dd4a321b07bc6fd0906ad473">
<span class="new-file">
+
test/tabix/gff_file.unique.out
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0b458327f70735ebd5c4874f1ab609ae150b3e02">
test/tabix/tabix.tst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5a8dcb45790fa5fcb4b6d5050b13d9f821e1d1b7">
<span class="new-file">
+
test/tabix/vcf_overlaps.bcf
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5c2ebac7d2ad857799218b3fcb591ee818709604">
<span class="new-file">
+
test/tabix/vcf_overlaps.no_u.out
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2c9eb67f37463599bdf9270c09fa4b672ef8af8f">
<span class="new-file">
+
test/tabix/vcf_overlaps.unique.out
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bff5820e8c11e97ddbb6104ae32ddeb4ca591ca5">
<span class="new-file">
+
test/tabix/vcf_overlaps.vcf
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f3fc35ca79d57ed7b3cbf5b07a5f1cd29b313bff">
test/test-bcf-sr.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#46222e713f439e1bce1336f822fbe59d0aff4ca7">
test/test-vcf-api.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1dafee15289de195cc70f0739a91d5b95f8e8889">
test/test.pl
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5fdb8573b2d0cc5d428bf4666f719c70f21d199a">
<span class="new-file">
+
test/test_alloc.c
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#75752abb1e0cefbd5f78e1ee72cb89b2ea8df3f9">
<span class="new-file">
+
test/test_hfile_libcurl.c
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#543a54d0b9b014429ef38e91817f999827c97ee4">
test/test_khash.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e812b32d235b04fd02986106a77cf4df6337824e">
test/test_kstring.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1c4a2aae65d0b6da8cf0d0496ed8ff5e9ab857b7">
<span class="new-file">
+
test/tlen/README
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#40f7916252ef6e5587b6ec93b703d95db01cccbe">
<span class="new-file">
+
test/tlen/a4.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3713993ca0e1db350bf890e9d214098325761de7">
<span class="new-file">
+
test/tlen/a4.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#60b84d0d47e5a9429270601c93a22412ff7e0254">
<span class="new-file">
+
test/tlen/a5.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1414243520e89c95dc5fc872a6afd15b0bbc1a95">
<span class="new-file">
+
test/tlen/a5.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f92fb08e091935472f0262fd4136f98d49c88827">
<span class="new-file">
+
test/tlen/a7.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0212da68b9e321fae4627fcb4f84ff86a2ccd900">
<span class="new-file">
+
test/tlen/a7.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#80a176344a3f102ec0ea02e1140cce8bac37e2f4">
<span class="new-file">
+
test/tlen/a7b.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0ce0e2f080cecc08f34d97faadac4f0314af1993">
<span class="new-file">
+
test/tlen/a7b.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5d61a1d1778fcc3521d17b17cdf83fc2700ca008">
<span class="new-file">
+
test/tlen/a8.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fa1fa4e0d8bdc9806da9af9caceab4899f7c0d14">
<span class="new-file">
+
test/tlen/a8.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ed673ceac44491956937799b606bc9f50dea77e5">
<span class="new-file">
+
test/tlen/a8b.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f11efcc229d4805b2af786685bcf9ad4f102a689">
<span class="new-file">
+
test/tlen/a8b.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dd0e3c305de67d004521b2bb9b9719f71ce5bedb">
<span class="new-file">
+
test/tlen/a9.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#41bf2264a557526158f871b4bfed17e1d8a8a5ba">
<span class="new-file">
+
test/tlen/a9.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d067a5b42c9b4355cb00bd837807dda5f23b04a0">
<span class="new-file">
+
test/tlen/a9b.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3acb02082f01b97230fa89b4f1bd8dea7a8c973f">
<span class="new-file">
+
test/tlen/a9b.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e88a168a5fc7977ef2abd50165cdad23da93475c">
<span class="new-file">
+
test/tlen/b7.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f9d043b641172ffae4bb80ff98c2391cfa2d5f12">
<span class="new-file">
+
test/tlen/b7.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#154e8459556080b9e70cc2b08d1dd0745c3414b4">
<span class="new-file">
+
test/tlen/b7b.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#250391aa176a8bc8a3b32f3366b2f9d58d5de7fa">
<span class="new-file">
+
test/tlen/b7b.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f9d2bf514b2f613cf165061cf2a35e423b6bbae3">
<span class="new-file">
+
test/tlen/b8.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#23a25809f27258f02b157f8db7dbcbef3f821473">
<span class="new-file">
+
test/tlen/b8.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#86ec80fe4d8afbe927502596e6125d32577f082d">
<span class="new-file">
+
test/tlen/b8b.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#620fc3dcd2202d3d936f0c3d26f654a0f2f4f592">
<span class="new-file">
+
test/tlen/b8b.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#07cdbfca172c52cfe38c35cd596064f0d927d9b8">
<span class="new-file">
+
test/tlen/c7.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bf3bb76dddc537578424b9e8969d1e71aee20ee6">
<span class="new-file">
+
test/tlen/c7.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0d8251b48d5dc6ddf8bc20e49c56305a00b25964">
<span class="new-file">
+
test/tlen/c7b.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bc0f80ff183442440848f018811f9a981d8c704e">
<span class="new-file">
+
test/tlen/c7b.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7ae3e777a0ff1e56d2e1d45d7474a171c0aae719">
<span class="new-file">
+
test/tlen/c8.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#80fda7d94365a1d16f85e6f8c49e623d849d51f3">
<span class="new-file">
+
test/tlen/c8.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6dc748935ed739bdc9ab89cbfa678864b94b449b">
<span class="new-file">
+
test/tlen/c8b.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5314ad2e308c74bf22f8f9ccc57d55035389a19a">
<span class="new-file">
+
test/tlen/c8b.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e4e1ecdc2a7e991aee862b687cf7867e801eef11">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d4.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#760f707d5df54d21e4e4615867dcb266d916cfde">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d4.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7be41d29ccd113980e81db7bfa0e84c34d27cb91">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d4b.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#585dcda8f4cfc04a03ca51d79e9830ffd2d68088">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d4b.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#40c67ed003c425b99fb65bf0d7a4704b59aa88dc">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d4c.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#78a594092798cf8b1eb1b46d8bbb95abfc0d952a">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d4c.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#792d495c01c1ab94ead317b6b38f3b2762425931">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d4d.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6f24e97fd20a8debd9afb7965568f210e6f8c440">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d4d.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dfbb6feedf5f49d74e438b6782fde76ebb294606">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d4e.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3b8fc553ddccd3cf4d37d545c20803e92baba107">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d4e.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#401b78e4c6f97e2d953f6cf28678ddce9e2589e1">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d4f.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4d2f9a5975469a1d266977c5121cf50d7fa9b028">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d4f.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#312724502868d218a0d2ec88c301b8fb3ff4b9c0">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d5.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#675f4c2353f1d731cca897b41cd80b6c3494a6af">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d5.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f40f682ebec265f4641acade32c9727b22df52be">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d5b.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dfbad11d1919d6ff09d1f1be8caec848a51327ec">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d5b.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#10874c08e299917558db08eb69cbd62f7a090718">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d5c.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7a04fd9f02b93be4d59be697a2cb5dbb9ec1c3c3">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d5c.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#56ff50de082ab781ec8c1935c2078fb13be2dba2">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d5d.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bfae8b6f0c133184e3935156847b176e8da97a77">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d5d.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2798ecb2a7a8dd037052fd45d650d595a8813327">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d5e.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#08787fef2ccb1f1e3788b55093e3ddc5d3a6760b">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d5e.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#02264840beb37b43db9f1ba082be39c00cf41a99">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d5f.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#89a42eedd12c65a72bf3b8f702c55ca7e3871c44">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d5f.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#140fe3a0dd11cf310bcf37c834c1671ad91897ed">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d7.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1d65c1bbb20ae1fcbefe11dd4075e68f2418bffe">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d7.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1f447fa83cba839f3a44f0d01c00701628a9e181">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d7b.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3b60992b790b71790eedeb29d5eb45804464dfc4">
<span class="new-file">
+
test/tlen/d7b.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b753aeb2ded80dde221dab1b1bf32a44c682d6d7">
<span class="new-file">
+
test/tlen/tlen.sh
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a17289a004d3627d2bc802d21c720a6e4cec826a">
<span class="new-file">
+
test/tlen/tlen.tst
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ee31c675d272207a15238a04b71c6e518b8f0188">
<span class="new-file">
+
test/xx#repeated2.sam
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5472d1346db8fdcc9f10a31d0c03158e0da17709">
thread_pool.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8a0799313a5296dac6779d2110db74c14c759325">
vcf.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#448a0e4f0024c48335a99f4d56d12ca34a77b9b9">
vcfutils.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#79af080a263b467ea1886b300bde6b2d35c43aa8">
version.sh
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">
—
<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/htslib/-/compare/c6873bf28ebbe6977e9b22390bd6f919c496182f...20afa8dbfd6b24e71ea0c42022478466ce1ac18d">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/htslib/-/compare/c6873bf28ebbe6977e9b22390bd6f919c496182f...20afa8dbfd6b24e71ea0c42022478466ce1ac18d at 1789560759
</span>



</p>
</div>
</body>
</html>