<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pysam">Debian Med / python-pysam</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pysam/-/commit/2c9c2e8c5fc404a648cbd653773f3a7fb2aa3234">2c9c2e8c</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T16:17:23+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Bump versioned Build-Depends: libhts-dev (>= 1.24~)
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pysam/-/commit/9143f13d6e6053842ba0d5e5ce21a86a8e64876c">9143f13d</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T16:17:41+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pysam/-/commit/fa5620218821cfb91c57b70a5344c2ec0b34a3d1">fa562021</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T16:17:42+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 0.24.1+ds</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pysam/-/commit/f776ae17ce1b569758bd87b5c93ac8d1e53fe67b">f776ae17</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T16:17:45+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/0.24.1+ds'

Update to upstream version '0.24.1+ds'
with Debian dir 6dfcc0c53a81fb04a04a3d6265e7b94723935cf7</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pysam/-/commit/b7823823163d9f72ee952cfe5a773591820e2939">b7823823</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T16:19:05+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Build-Depends: pybuild-plugin-pyproject (routine-update)
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pysam/-/commit/16dfd1ae6951b62dd14363ead2f5df5c596c8967">16dfd1ae</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T16:19:14+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>debputy lint --auto-fix (routine-update)
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pysam/-/commit/5546a0919bc1765f952a307ba0e0c31f6fad65b2">5546a091</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T16:29:13+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update patches
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pysam/-/commit/db8638861a549787008f01e8dc0b4570033e2d77">db863886</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T16:40:10+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>No need to apply this patch
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pysam/-/commit/d7d0f6bbcd3b6ce368b8a46fe4818d8364350b5a">d7d0f6bb</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-16T16:40:28+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Upload to experimental
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
274 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#9f621eb5fd3bcb2fa5c7bd228c9b1ad42edc46c8">
NEWS
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#561b88e19de321ca62c7590bbb350765fb110905">
README.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dfb798d86a6eba26c17feb9346c2747ebfba3897">
bcftools/HMM.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7185eb962adfd66adb491ab9286940ad1c4c47a9">
bcftools/HMM.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7335b92e55fb2b16453944f568cbe22c68faa32e">
bcftools/HMM.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bf0a43679ba9de44db63c21cfaaab4c13b046460">
bcftools/abuf.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4a681d360c0cdcc37cf928592e704ba449b47a46">
bcftools/abuf.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#38f2fca9b910b46be301187a68db080cc6770e67">
bcftools/bam2bcf.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#74d5e4573ce694cb34f610ad7397afdc133ab7d6">
bcftools/bam2bcf.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#03d75ee5d78a5bfabdc772145285f786dad2524c">
bcftools/bam2bcf.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#999a3a76956f52eb09603437813bb5f8f730831c">
bcftools/bam2bcf_iaux.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#33fee26c2fa21777cdf077d54be156c6c7f14149">
bcftools/bam2bcf_iaux.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#09cc7e36a3afe6efc646ffeff27baeff7cd9218f">
bcftools/bam2bcf_indel.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#16f088e739673bc8d64a629169048fe9d5d9ecc9">
bcftools/bam2bcf_indel.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c0013e41536d4afbc270fc669fa8fd42c3ac9935">
bcftools/bam_sample.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#450b0e2f272e42321e318d25894a9dfaa2d1b552">
bcftools/bam_sample.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fa57713010929291368e32ac4160670c2e82006d">
bcftools/bcftools.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0dd5d0dba97ac3f2f776b5f876ba12d31d6b9e0a">
bcftools/bcftools.pysam.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#03b7c57d03955cd7e83b9324e720e66059724b98">
bcftools/bin.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#471373f0a41bf4702def4b896ca11b3dde06baff">
bcftools/bin.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5f25e384c26ce9738f83205c10204e0540091de0">
bcftools/ccall.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a151a21f5986a16c72da3007a846a506887fd164">
bcftools/ccall.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5fd37d81f8bd646724bcda881bb183102b6cc741">
bcftools/consensus.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5ab08c680272b1f43f9129cb0917e24e6e3f2f72">
bcftools/consensus.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2c6658fac1da05c2325a860b4edea03f75093bd0">
bcftools/convert.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a7b8dc8b4cc2469dd5b0351aca5038b7a20b1efc">
bcftools/convert.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d76d906d74b946f3bccb77ffee62e18a8a69d7c3">
bcftools/csq.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#11fd9c587c6ace63e6aa709f33371ebce6eecdd3">
bcftools/csq.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a1ba30e0cce9ada19f5161a331917eccf7fe3cae">
bcftools/dist.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d4b1b22f2dd99ca96b28de7c98f6bab0de609860">
bcftools/dist.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#77fe8abc497531a74b93836eaf50db5621498108">
bcftools/filter.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5a42f31a30e433ff556f80e9c25a64d47ffabc3">
bcftools/filter.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7a46b7de73377abca8f5f57eab52ae353a1dae1e">
bcftools/gff.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e22ef4e4fa680beff8004987cf3b877dea108c1f">
bcftools/gff.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0f5ceca82a04210033ea9411771076a74e416094">
bcftools/gff.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1f89b6dfd8a22844157212a2b0ef4caeb28c0cbd">
bcftools/hex.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#93a3454dcb1e2aa2b418e6dea380a3e1825b26a3">
bcftools/main.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#31f1631ecc8365f1248fe81bb8ef7c48fafe3158">
bcftools/main.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7cd32748f663895805a8c1af8f7cd8ca7747c35f">
bcftools/mcall.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f589bc6fa753203bd7fbfab3a56bf9fa5176a3e1">
bcftools/mcall.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1d4d787d58e7fc883fb6f5a7ca0255749b64b4b7">
bcftools/mpileup.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2a60e79a2b60faaa20101e392a1b4f0381c2b19e">
bcftools/mpileup.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#98c721ee7c8c01834f2a7600b8b0c622fd8bba17">
bcftools/ploidy.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3dee7650ca2a9a4c823d610684b7fa0700b0c5c7">
bcftools/ploidy.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0f6ea589e09931dec301cbbecd0e2a73fa0ed40a">
bcftools/ploidy.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1e0d1ed1e2fc70122d1cc0b28868b5e9786d3376">
bcftools/rbuf.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bb74ef1937f6683f8d56634619a0f8d38970f455">
bcftools/read_consensus.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#81dcc27c02d46effbc87bd9d21b41c94e1e3cffc">
bcftools/read_consensus.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#66fc73c3d5bb69812255c14753bfa98eafdc7b52">
bcftools/regidx.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ef4cca62a487add7d5ef88de6f81b1cb7e4665dc">
bcftools/regidx.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b22dc91ab5d7836148a1382104851d00b5326428">
bcftools/regidx.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1b055bee9c7c710f189ac201a1f55ab2e71ec207">
bcftools/reheader.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0f606bffcfcbe17b2a50e45b5782555676837d94">
bcftools/reheader.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#53a446a59e2841bb71743340904011f4e13ff479">
bcftools/smpl_ilist.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c7b949fa221a0b8f292c58cdedd0c442fc0c5695">
bcftools/smpl_ilist.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5b3da1000c7f4246f6617dcb6823186574a49b83">
bcftools/str_finder.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d11aa8c6f028dd78d45e35ef70a8adaec19d0b1d">
bcftools/str_finder.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4dd9e6252f0af5828a3a9147f345f5cb8447fe8c">
bcftools/tabix.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#64b3afbc5916fc7c8fc0ec938b5b2357d564e41f">
bcftools/tabix.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#eeeb665dd386433468bdd1425adaa43d588f1a61">
bcftools/tsv2vcf.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c95de18706eb735120a1a119805676cc27d4b657">
bcftools/tsv2vcf.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#61b5f942cfc235430f753e7d96c878fa689a3273">
bcftools/tsv2vcf.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4abf2be943ebc52a28ad9634808c97e54b9f905f">
bcftools/variantkey.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4bf10390df028500de7a40899d595f148cf22e29">
bcftools/vcfannotate.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#604dba4ed1a040060b1244a4395d260a7670ea91">
bcftools/vcfannotate.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f7e17b05e14cbcb0df8b9feb498e1ef6dd9f6209">
bcftools/vcfbuf.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9f61007f19a864ba08f1772f79c71e0f3a1af989">
bcftools/vcfbuf.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#73fbf0e97b4dfd03ac86b1ca390cc35939001e72">
bcftools/vcfbuf.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#67a8281185b56e428d3de9651a3e4e61d58851a1">
bcftools/vcfcall.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#520724e2ab4c076768e218e7c1d3e75ce06e046c">
bcftools/vcfcall.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a8a00591761d6f39461b3cf91cf7a6c18009b36b">
bcftools/vcfcnv.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#12b080650ef5201c3a734c3f76cc2e8bf48bb62a">
bcftools/vcfcnv.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ba1736d723b71cbdd222986d04cf5ee9b4b8e820">
bcftools/vcfconcat.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0e412bae2825603dd1485bf01c53c14dd1328ad1">
bcftools/vcfconcat.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1c2131582f4e532416eb5918f72367a4e8523739">
bcftools/vcfconvert.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ebd0d41c80cb5d1829ca9e8134ec43355f5105ec">
bcftools/vcfconvert.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e8179f82374c14e75c5d862dfa420e00b2704fec">
bcftools/vcffilter.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5ae70c2228b293d27866ba8b5ea2f2333b843b4">
bcftools/vcffilter.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d413fae5f0a931064b2653112dbc79f7b58b0773">
bcftools/vcfgtcheck.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e9abb9712fed089bcdf01f2422174bb872322bc9">
bcftools/vcfgtcheck.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#56477a34bdaa85d287ed3a6c7dd032028bf9706f">
bcftools/vcfhead.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#195394154e6c72b288196826222461dba691572d">
bcftools/vcfhead.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2fcdc96e39b6d9fd48df5b3fa88fdfabaa221dbb">
bcftools/vcfindex.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#02d7c7007f475c0ca1c9324d2f0f0d1516cee966">
bcftools/vcfindex.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cbf4a4f9fd71d1ce95055747ed332ad4ae1a85e6">
bcftools/vcfisec.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5805c73f834714615a5a43113a32853f51ca885f">
bcftools/vcfisec.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f03abfb336e7cc4ffb743f6df7b70133b5983d76">
bcftools/vcfmerge.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#25f6c746ae9f321aa200fb35e1b19006cb1fe147">
bcftools/vcfmerge.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#36bdc80a087884fdb50d7dccc1c6b55c7e0b546b">
bcftools/vcfnorm.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d508a8b9485954a878383a21eef791717fd13325">
bcftools/vcfnorm.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5fe3a7d215bc6336c48ac7c76c65d8ca957cef4a">
bcftools/vcfplugin.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e4af95d31e3e126d832871fef258327baba922b1">
bcftools/vcfplugin.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d98edef5e276663cbe935e3b356cdab516d9b7fc">
bcftools/vcfquery.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cb5c2a964fcb88158b35cdfe198f9953dd4181a6">
bcftools/vcfquery.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f66c13d953ee15d1a57e995bb6689d8a5083d60e">
bcftools/vcfroh.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2d126b9eb89f3a7b6e04800d85264065264fc840">
bcftools/vcfroh.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#864e4d4581149ee1c4cd6ed3c4323a427327a469">
bcftools/vcfsort.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4dd2ebfff78e2aee9326658a1aeb629d046bd6d0">
bcftools/vcfsort.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8215f87b97f8bb9004d66a63c7583a1c2fe39362">
bcftools/vcfstats.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#79ba652a1b828cf87939db4d5d3ad5324b429ee4">
bcftools/vcfstats.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9e6ca1eaab0035eabcf0f6ff5ae30bb2269cbaf0">
bcftools/vcfview.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ffd245a559bcb1f7a570b9098e7a56a0c8cec5cf">
bcftools/vcfview.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5e7dc01351c9f154d21535b10a5f60f5797e8ea">
bcftools/vcmp.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#948dc024f562f54891bd7772655b30f4e6e2adb0">
bcftools/vcmp.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b21c16443aa60e354ac49058fbb9c8a5ad3c5650">
bcftools/version.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f631debfb2d60e3fc8d394b44287a2782c133405">
bcftools/version.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#93120fd176b5b3807b75685e77a3483ba20cef4f">
bcftools/version.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9454ecbb3e2a3e02b63dfddfb1d2b84e6d86aae4">
<span class="deleted-file">
−
debian/patches/preserve-stdout-from-gc.patch
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bc34014ab4b9a49dd7a27bdd8d352912607c3a96">
debian/patches/series
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1726a6472206e304d98c6b914431439690233fc4">
<span class="deleted-file">
−
debian/patches/skip-test-on-32-bit.patch
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#82c051b99c070fc2f1f308116da2fe94cf1e6e15">
debian/patches/skip_test_remote.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#68ef9f98c01c7eecd4c605cc26048a06f3304b79">
debian/watch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cf64d3f5823f7cd7d1a9c7359159134b4f999636">
devtools/check-platform.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5e102073357f7a49ee828f914cfbabbb138b97bf">
devtools/import.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f9b92df4b59033e64a9712b0318f094363b5e904">
devtools/install-prerequisites.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cb342c6815d4fbd8ef564a526e9dbd697d2bde40">
doc/api.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#df0576cbb783bc50b36e1efa3cbe0564a26c8295">
doc/conf.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e75a907881e0d88f928f46be6254a9e0aabdebfe">
doc/developer.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#69fc74168706e139f1e7f68adcf3b46a9344cb62">
doc/faq.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9519ee06a77ef783f1f40c6e675b2961f5cc4089">
doc/glossary.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1bbcd8980c541f52998ccf56da078edd2ca6a2d0">
doc/index.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6677207c6fa30ac9cec19ad036ae842582159ecb">
doc/installation.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2c1b5652590d700aa19ef4abed3f568279b20404">
doc/requirements-rtd.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8d35ba8784713d5b8c7e518bcf88c6cd5580496e">
doc/usage.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d12609d0b6ed3786d8442d7753874546fdd80025">
import/pysam.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d07dd83feb83d5bb55347fc36d59a22459d73a17">
linker_tests/link_pre_489/cy_build.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ba971f696a77e69c8e8c7016acdd81a5aac02b54">
linker_tests/link_pre_489/tests/test_module.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#76ca6cc1ec0b06a85915b1d646c5c3bcd903aae7">
linker_tests/link_with_rpath/tests/test_module.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ac4179ac5747b257ab208404722654a3ea263c61">
linker_tests/link_without_rpath/tests/test_module.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5d07e7d72637aa0d59c89d381fe6dc4cf46e2491">
pyproject.toml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8058f02316ab1c9936e224f48689dee9199bdeb8">
pysam/Pileup.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c8e52c6840aa66fa047b3f8e76b44423a894671">
<span class="deleted-file">
−
pysam/cbcftools_util.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1d746842a606689c38f82c81f1bf96ead216f1fb">
<span class="deleted-file">
−
pysam/csamtools_util.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#078a6ac13a6f666c1c784cdc2993dc39cf1a88b6">
<span class="new-file">
+
pysam/dynamic_curl.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#736dd2f514b59225bb6cce4f63d3f5713548d9db">
<span class="new-file">
+
pysam/dynamic_libs.c
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a311a769c3fe82eb2cb807f1091355d59c24fffd">
<span class="new-file">
+
pysam/dynamic_openssl.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#599f1e2da436609fb91f1c59633da754665a9f24">
pysam/htslib_util.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#18f3a3c6e8037b0ca15e228b0ea78b637deab612">
pysam/htslib_util.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#42bbe5c7089864cf1ecf264d1f8b1efaba7c15e4">
pysam/libcalignedsegment.pxd
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2942d9dbe7b9e16b19f299a67c4ddfe36bc0c325">
pysam/libcalignedsegment.pyi
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b44fb316d144c9e7e3ee1338637f091b36c80cd3">
pysam/libcalignedsegment.pyx
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bb55d850f0b5e527e40984d24ac495d09cdb5a9b">
pysam/libcalignmentfile.pxd
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ff1d14b421161de9c8f6c44d03be80f444038a31">
pysam/libcalignmentfile.pyi
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#be8fac4db0cd970b9b514c57c468ec195bfd3dbc">
pysam/libcalignmentfile.pyx
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#83d0ffc86f7fb19f872c60ff44163108c5acee60">
pysam/libcbcf.pyi
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#835e9a48e2f64c6a378df1f970d3c16062ac4257">
pysam/libcbcf.pyx
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fdfa40bb205a4a9021d7c93c43abc40202630d63">
pysam/libcbgzf.pyi
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#59a8bc14e895bc1806a8808a8958d1655c7a3afa">
pysam/libcbgzf.pyx
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#864add60038839c772a713edd06a93864783d2fd">
pysam/libcfaidx.pxd
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2405d9ab96b3ff0c7adc8da4fd43a723f6e95b01">
pysam/libcfaidx.pyi
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1a54aaadfdd299c815418b721ac37a7e37a2fcd1">
pysam/libcfaidx.pyx
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4a6acc6522329ddec92f55657a6eef333c8f7caf">
pysam/libchtslib.pxd
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c83c526010f0a280d31e1e427eb6bc283e296bc5">
pysam/libchtslib.pyi
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#00ba4d5860c6c8b8171ce3354a16c43390b24669">
pysam/libchtslib.pyx
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#813547ab89ca0542926f064a02ca5f9f0d5c4b91">
pysam/libcsamfile.pyx
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0fb9b4b6000753c96b77f0f3071b1cf0f40d6558">
pysam/libctabix.pxd
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1a076a002edcd61bd14c3b986537507a6898b18d">
pysam/libctabix.pyi
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5cba83387c230c14bf75ecd38cfb7b96076d6897">
pysam/libctabix.pyx
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c1995b036cb62a4cc34586e2ea08fddeb7a26361">
pysam/libctabixproxies.pyx
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#06bd1164245b511bed4ebd610a21fe94ce02be90">
pysam/libcutils.pxd
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7a6843331e8511a4386f77e57cfaa7bee7c7f268">
pysam/libcutils.pyx
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#166a592b0477e6f3fbbf8d0fdf77b9fe6d88fea6">
pysam/libcvcf.pxd
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2f7028ac92fd3b190114e519c8df0398055fffa2">
pysam/libcvcf.pyx
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#627100e78ba38d7ac6a88d240aa2c4bb44e1e57c">
<span class="deleted-file">
−
pysam/pysam_stream.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e4ebd8bc079fc1452896882e6125915b35a61445">
<span class="deleted-file">
−
pysam/pysam_util.c
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#24c0c41a956c0cbb0e722957117afd9f162355f7">
<span class="deleted-file">
−
pysam/pysam_util.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5de8e83fbd5f10c667b72ce16a3fb0f3beaffd55">
pysam/samtools.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2ca1ed0ca39a8074e7dac4724e4ba498227cea34">
pysam/version.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#07f090ad9873f87f68699bd3cecb3e69766df008">
pysam/version.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f4fb69164b97e1b6f17984369c9c382573a3f919">
requirements-dev.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4b1374b41387ec50cc8632ab97e7ca995123fcd6">
samtools/LICENSE
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4d910686680b30dd6021a887d36f532df7706a48">
samtools/README
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4138d62d879d30837389292dbe97f322bc00ccc2">
samtools/amplicon_stats.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9ceff026708705ee603f7082aa1280a52f1821df">
samtools/amplicon_stats.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7858ba409480972434de6dd34e0a9dbcd36ba012">
samtools/bam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#36c691008af7068662c5c0b7c2edfcb466d7165b">
samtools/bam.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4e12063beecc633fa3eff32e33cf7e85b98fff95">
samtools/bam.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7ccc1559a4f900431910d2f6a661f5f1414069d8">
samtools/bam2depth.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0cde02514f2c7045433f98216aec137fec5cc141">
samtools/bam2depth.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#aef7210b4468364f18205495d1630860e2f6b858">
samtools/bam_addrprg.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#995618c060f3c3cd429e5a2de289a2d4160a1d68">
samtools/bam_addrprg.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5a3ce404cfb60065639379412cb0bf734866de46">
samtools/bam_ampliconclip.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#42c9d5584a9b972903f0d5a0ec37bd8c2723ccab">
samtools/bam_ampliconclip.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5544c2e6d9c480505171ec4c5aca1ffb6483455a">
<span class="new-file">
+
samtools/bam_checksum.c
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1024bb565ac7dcbfe404a1f3453f5e8c3e2ecb89">
<span class="new-file">
+
samtools/bam_checksum.c.pysam.c
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cea63ed7c1a36a66a8e57fd7b41f4bb93a26f0fd">
samtools/bam_consensus.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#33548b97359ef2fd6cc6324db4a3766e27b67d5b">
samtools/bam_consensus.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9d2af81a0c720d33dc5d39ea7de7bdaeccb8fc73">
<span class="new-file">
+
samtools/bam_consensus_tab.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#426bb8fe4cf4c426ad95f420eadeb3cdaf8ba767">
samtools/bam_fastq.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cc3eb6f8983362ad53585b202601aacd4d6f4354">
samtools/bam_fastq.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#005dc9b1df1b6c914aadc6bbda3f5f7bfac07a3b">
samtools/bam_import.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e2e28176d3108fea650ea12c6dd37248cd59b246">
samtools/bam_import.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#897b0d0483980f13dcf1b00fa486646132b2bb76">
samtools/bam_index.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#91f1e5582ad2efe42712c4f3f115e1ef7a4da8e6">
samtools/bam_index.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ce272b3f1e2c47e9d639cfbf608410727b6a5c97">
samtools/bam_markdup.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#38e4bd140cb176135dceeaf03fc8226c4577c7b7">
samtools/bam_markdup.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fc97047b7e9648801b7fb243ecb003aea70530e6">
samtools/bam_mate.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#137e1120b48dbaa1477191045c3b64d666fc0f17">
samtools/bam_mate.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d9c415733bb86ce6453562158a5c7a624509f39c">
samtools/bam_md.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a18c76a1a82c10b25b074467defef4fa96e6fc46">
samtools/bam_md.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8a0591fb7f39811ac5452983b8fe03e548ea0746">
samtools/bam_plcmd.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b3c136f745a8001c8c96c451e330f201b23438bf">
samtools/bam_plcmd.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#236536ade5e9b83b2c604d8815fe90fde6daa8e9">
samtools/bam_reheader.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b72b79a06705810a7037ab6a1a5812a879e2278c">
samtools/bam_reheader.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#aa22d788b4fba90cb6f6a3645c3fb5e50a032baa">
samtools/bam_sort.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b71425daba6e0db93a81f932dbfba7e41d27300b">
samtools/bam_sort.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8fcbc2a0843c78918c91042652e975aa17cc2938">
samtools/bam_split.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d97b41e8cfab3c26e5a751bb2b54965fab61fc18">
samtools/bam_split.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5e0d926a6fab0c57364433eea65663612b567564">
samtools/bamtk.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f0affdb68ebccd35a762b2417e98e174b88bc4d5">
samtools/bamtk.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2530f368ee3105fa9e2f11735c7dba23ed31371d">
samtools/bedcov.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ceaa0eecf419bf71d081916512e41bb2331c6c75">
samtools/bedcov.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#130cb0db48e9993ee6a306279cc3a31d0972e278">
samtools/bedidx.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d537c3a2c6eb9b036a1b9acd26c3a45b51dcfc46">
samtools/bedidx.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a08858028603f86422da8fe92ad14bade3d18957">
samtools/bedidx.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bbc3d5816bde6484ae319976a3f7cca87b60ba85">
samtools/consensus_pileup.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e8f7e44570dca974ec4b4c2393909dc43f20f88c">
samtools/consensus_pileup.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ae5faeaa602ea01ba01fc519e2e63e73a24f1150">
samtools/consensus_pileup.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#14c1a010415f24118ae53fc3042000b304dbe89e">
samtools/coverage.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#20676b8195dec8ef7cb5fcccf52a3fc336724842">
samtools/coverage.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#090a003d25f7d994a454dcd25496122bb06b6dd3">
samtools/cram_size.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d2a1559c8fe838d0f6bade4f47b97a99abeddf3d">
samtools/cram_size.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0ba1ffacaf0505784f3c082395796666a1e4b9b6">
samtools/dict.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2ce85d8d84b161541c0146eff4299b0630fde1f0">
samtools/dict.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a4c0b1e586f1a2bed85d2aec8b6d1d79eed73dd8">
samtools/faidx.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c4a43d909b97be3adad134409f98770a0ff2a3a0">
samtools/faidx.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#caf23397a7912944254b9e4187f03288519ba02e">
samtools/padding.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c8004ceb4867f42af07b10a2ae3d38e345cc5057">
samtools/padding.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#522df1570c20668225a74553fbf84d9a846ff744">
samtools/phase.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#678bba144fcc78739a2b2e811ebf0f39a8f0ce90">
samtools/phase.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e1dcdc3a838fe6f7852a19872a542c892d201014">
samtools/reset.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#37bd73688d0221e6f503d8d39539aa2569d41890">
samtools/reset.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d75a648f80543430c03958a3c0b94ca4b21351e5">
samtools/sam_opts.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#524cab6631a292b457d9f37b09ec2e9147055e25">
samtools/sam_opts.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9231740470e2b0f7f81820f931ed225534f89f36">
samtools/sam_opts.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a501a8aad4bc4979850e514d4c34f51d39d7a926">
samtools/sam_utils.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e6efcbcdb5987641c3f0608d3e02b19b0510acdb">
samtools/sam_view.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1bad9c72e4bcbaac621850dbcb031e7832eb0a6e">
samtools/sam_view.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c65b0edead81357df907c0a2c14d878dc0f37059">
samtools/samtools.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b2ecd537d312a91725e13f5dcf95e1c5e8664d31">
samtools/samtools.pysam.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4c1ea4bc6eee3afdcb221eeb900584702c595fc9">
samtools/stats.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#af371ccc2d4070c3ed3e10c40e5817b03d11ce92">
samtools/stats.c.pysam.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b0e9cea5186f983dfb7d6749701c7528c21fd7a9">
samtools/version.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8c91c0296909b5ea3c496fde69e9dc44a6c6ae5f">
setup.cfg
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8e2edce0d507e1297474f25c00cae94258db38d8">
setup.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c84966e6f5982a3cb92ea05fa74fb0bbcf129f0e">
tests/AlignedSegment_bench.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c58fdd9a4b4ee763feb70fad325d065ec2392feb">
tests/AlignedSegment_test.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3f5905538ee881f71c55306698a0cf982014c224">
tests/AlignmentFileFetchTestUtils.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#797cd332d3478398a7e36ad1b1f98f67e7199db3">
tests/AlignmentFileFetch_bench.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5a96fcf50ad38a2464a1b827efb2a4be240e725f">
tests/AlignmentFileHeader_test.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d6f175a471cdbf41a479fcf969a6baaa52e35295">
tests/AlignmentFilePileup_bench.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6a4b498fbf561c8bb919b361a261b00ca6fdf2e2">
tests/AlignmentFilePileup_test.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#92f77b2c92103f65fdea25cc2b3a3937f74abd5a">
tests/AlignmentFile_test.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#467847303bbe8882a1566c08c54c40e359f9595e">
tests/PileupTestUtils.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5a7cf30328545689171ee4ee9ef634c0d3fbd8e3">
tests/StreamFiledescriptors_test.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6df528dc63413d2128ac2d73460fcc89d9f78f0e">
tests/TestUtils.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ec97026eb8fe07084f6c10e7c9851f7d184c94ab">
tests/VariantFileFetchTestUtils.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7c59fe33373d0f8198ec78faf23fb301783c4728">
tests/VariantFile_bench.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#41d0bce65058c0063ec208cdcd36aa993c263cf7">
tests/VariantFile_test.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#906aa6d1f3d836f5da6667ed5d271833ba91cb4a">
tests/VariantRecord_test.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a1d397296ad70e8dc8306785cec2e84666b3ff26">
tests/_compile_test.pyx
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#952741d64476aca9e0e81d026bff0e0fd5c59d7b">
tests/_compile_test.pyxbld
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5811909089478eb748e317471677678604efe344">
tests/compile_test.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#626af34e8204774ea46e20955936146dedc828eb">
<span class="new-file">
+
tests/conftest.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a70350ce3a17f3cd656a779a5fe491a514712c7c">
tests/faidx_test.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#20ec598c20adddacdc54827595b15eb4a82fe830">
<span class="new-file">
+
tests/libcutils_bench.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ec2d5f41e47fc6fae4019b18b5dd35d0ac85cad8">
tests/linking_test.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d81b709b8b2fa47e19210cb2fc01fe3bd3b3a317">
tests/samtools_test.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7786f1056e5a73eac54a89d9cce88916c81f2d37">
tests/tabix_bench.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e92d2b066dfc206e7a09e86c3fe1c9758f26ed6a">
tests/tabix_test.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7218c6cc473982b21ff00da8fac5a5f16171c43a">
tests/tabixproxies_test.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9b9d2ba024edcacc98d6dda2956faa854f6e69cf">
tests/typechecking_test.py
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">
—
<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pysam/-/compare/041c167667472ad438bf9b96d5b9c91d1b912403...d7d0f6bbcd3b6ce368b8a46fe4818d8364350b5a">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/python-pysam/-/compare/041c167667472ad438bf9b96d5b9c91d1b912403...d7d0f6bbcd3b6ce368b8a46fe4818d8364350b5a at 1789569646
</span>



</p>
</div>
</body>
</html>