<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch upstream at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/cufflinks">Debian Med / cufflinks</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/cufflinks/-/commit/2637912004ae146eb1f92d5bc51d1b2e285c922a">26379120</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-20T21:37:49+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 2.2.1+git20190706.dc3b0cb+dfsg</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
51 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#a5cc2925ca8258af241be7e5b0381edf30266302">
<span class="new-file">
+
.gitignore
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dad57a4c245a8007c90257aef0514c8b6a0f600c">
AUTHORS
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#69e27356ef629022720d868ab0c0e3394775b6c1">
<span class="deleted-file">
−
README
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8ec9a00bfd09b3190ac6b22251dbb1aa95a0579d">
<span class="new-file">
+
README.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#32aa0c63e4ef53edc5cb4c9f092a93255a8a8e89">
ax_bam.m4
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d88354bc7e221029fbca305b238a51b278d75355">
ax_boost_base.m4
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#612e97e2c544031cb9b6decb7c1264141e2b5a24">
<span class="new-file">
+
ax_boost_filesystem.m4
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#da9baa1da821e5e637c9ab63b00cffa65f3d2fdf">
ax_boost_serialization.m4
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#958f9084a49d8c7f01892b97513f64ca3627c832">
ax_boost_system.m4
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0b3637a815b3c44b95c70a6a4bcd5d773e4432f6">
ax_boost_thread.m4
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c18eba0127aa090fd88259ce281ebdb56ed0648">
ax_check_eigen.m4
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#87db583be5c13c1f7b3c958b10e03d67b6a2ca06">
configure.ac
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b8d322cca13b7303167b216a3efe71db4e1687a1">
<span class="new-file">
+
index.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#050461ea689702b2970d9a6b85794c628b975e1b">
src/GArgs.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b419e32e3b9a2c243217f0bf4ddabb8631f7aeb7">
src/GArgs.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e381d6f1f73f6801ebbfebf9d00b8c11ffb76346">
src/GBase.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bb4953be596f4d046dc67fa8979b760452421b99">
src/GBase.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#64e8acf5cab0c760723fafb4219fc0584a610244">
src/GFastaIndex.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0033d51c5c0519f8f90274f0dfb714a2f7f73368">
src/GHash.hh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e98514bb171061daa0085589c77b74f17a379725">
src/GList.hh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#43e4f70b36fb24265234fa354d6476c2b7e31ca3">
src/GVec.hh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#67e794015a01b8816bd16290e5f8538236da8245">
src/Makefile.am
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b3e3a43d159df222bb25f36b81db409e9f97c3fb">
src/abundances.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5bd6c4194bdd5b3c768c06a09381f688ec0fedfe">
src/biascorrection.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#651b23fa09907523b556ebb2cd0788a97202c65a">
src/biascorrection.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ca957e2a3f82ee499c587644d301c63088cb3c43">
src/bundles.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dadbd3f8222d9df81a447767e61cad810bcd60ab">
src/bundles.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a9704a1e87b817083aeac222c588992536ba0218">
src/clustering.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#09e7e3e003ffb1e14cda4ee0074353e181cdfbbe">
src/common.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#742351309009b70e28c04c50b75d5287975926bb">
src/common.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3eed147fcf75a514d61258575f8e81213f79d999">
src/cuffcompare.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#74953fc6566d532d1a75f25e433c9efc4d159d3d">
src/cuffdiff.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f8b70c58142ac5e295ca29f95811030f13170e76">
src/cuffdiff_to_gct.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#837587ea82ebbccce085b7059368f9088ce8ee97">
src/cufflinks.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#df78c6cbe0ab1979a534d1a004d813b39f03bd6d">
src/cuffmerge
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#553f2927cd576d8f8862414cae4eea20b6511dc5">
src/cuffnorm.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#27a0c6d4954d1d93419d54b19a083e3dead9a770">
src/cuffquant.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f743de09ac7dabe125ecfa764a67ed483ec71ba8">
src/differential.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#82e406e3a66b58091ccab1227a5c666bb40122bc">
src/differential.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a392180c3cdeff9c71845942e423bca07853575b">
src/filters.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a1820557b90a8b8addc340d1179cc94696d836a5">
src/gff.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3c2ce67c24c4e30e184886428e9966a160421a5f">
src/gff.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a78831374caeddff7da8f9dcda0e4e3550cd357a">
src/gtf_reads.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#723c871f801bf6c0c6ae60c7a5ad3ce31ac10a9d">
src/gtf_tracking.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#45eab213eda6cadb034b9ff2f73044c125fefefe">
src/hits.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bf3caff6684ce0386de876966a596964845b5bc7">
src/hits.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ae446b139192a1f12ed8e6bdabf9334031143f5d">
src/lemon/error.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fe3d5b2df555761d8a65aff02746606f5dc5ff1f">
src/replicates.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a432e651913a24704e5db8fb6f47cb919d43df1c">
src/replicates.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a0ed7bdf1a235abb90a8a10bd4bf54b1d15a5923">
src/transitive_closure.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5dbe5dac96465767a11f3295fcb177c88fa9c1e5">
src/update_check.h
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">
—
<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/cufflinks/-/commit/2637912004ae146eb1f92d5bc51d1b2e285c922a">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/cufflinks/-/commit/2637912004ae146eb1f92d5bc51d1b2e285c922a at 1789933902
</span>
<script type="application/ld+json">{"@context":"http://schema.org","@type":"EmailMessage","action":{"@type":"ViewAction","name":"View Commit","url":"https://salsa.debian.org/med-team/cufflinks/-/commit/2637912004ae146eb1f92d5bc51d1b2e285c922a"}}</script>


</p>
</div>
</body>
</html>