<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/cufflinks">Debian Med / cufflinks</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/cufflinks/-/commit/f563355d377e9736be4c53a7d90efd7cbf175da7">f563355d</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-20T21:28:58+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>- Force -std=gnu11 when compiling the legacy locfit C code so that old-style "extern f();" declarations keep their pre-C23 meaning of "unspecified arguments" instead of "no arguments" - gcc15.patch: fix broken function signatures (prresp, compbandwid, wdexpand, compsda, widthsj, kdecri, ar_setfunction, extern INT fact[])

  - Force -std=gnu11 when compiling the legacy locfit C code so that
    old-style "extern f();" declarations keep their pre-C23 meaning of
    "unspecified arguments" instead of "no arguments"
  - gcc15.patch: fix broken function signatures (prresp, compbandwid,
    wdexpand, compsda, widthsj, kdecri, ar_setfunction, extern INT fact[])
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/cufflinks/-/commit/2637912004ae146eb1f92d5bc51d1b2e285c922a">26379120</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-20T21:37:49+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 2.2.1+git20190706.dc3b0cb+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/cufflinks/-/commit/0a0eb86ab015154ea7baa40ef2f3370aa80c644d">0a0eb86a</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-20T21:37:51+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/2.2.1+git20190706.dc3b0cb+dfsg'

Update to upstream version '2.2.1+git20190706.dc3b0cb+dfsg'
with Debian dir 36fc6f8f0df1245ea4560d9e5f16fe43d92ac4aa</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/cufflinks/-/commit/bbfae3fd9d0dc6d42974ba94627900051e25f966">bbfae3fd</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-20T21:39:46+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Rebase patches to latest upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/cufflinks/-/commit/83ee115460046c72e22f9e7f247c2de3a66b8847">83ee1154</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-20T21:42:23+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Build-Depends: libboost-filesystem-dev
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/cufflinks/-/commit/7ce289654b849d007925478ff5bb2aa95503c178">7ce28965</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-20T21:44:43+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>* Build-Depends:

   - libboost-filesystem-dev
   - s/dh-python/dh-sequence-python3/
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/cufflinks/-/commit/bf2c642dd7e03713cbe73c9c4b3531c145853056">bf2c642d</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-20T21:47:24+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version (latest commit)
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
67 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#a5cc2925ca8258af241be7e5b0381edf30266302">
<span class="new-file">
+
.gitignore
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dad57a4c245a8007c90257aef0514c8b6a0f600c">
AUTHORS
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#69e27356ef629022720d868ab0c0e3394775b6c1">
<span class="deleted-file">
−
README
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8ec9a00bfd09b3190ac6b22251dbb1aa95a0579d">
<span class="new-file">
+
README.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#32aa0c63e4ef53edc5cb4c9f092a93255a8a8e89">
ax_bam.m4
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d88354bc7e221029fbca305b238a51b278d75355">
ax_boost_base.m4
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#612e97e2c544031cb9b6decb7c1264141e2b5a24">
<span class="new-file">
+
ax_boost_filesystem.m4
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#da9baa1da821e5e637c9ab63b00cffa65f3d2fdf">
ax_boost_serialization.m4
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#958f9084a49d8c7f01892b97513f64ca3627c832">
ax_boost_system.m4
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0b3637a815b3c44b95c70a6a4bcd5d773e4432f6">
ax_boost_thread.m4
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c18eba0127aa090fd88259ce281ebdb56ed0648">
ax_check_eigen.m4
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#87db583be5c13c1f7b3c958b10e03d67b6a2ca06">
configure.ac
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#931f8e2f8d6d1e9d9ac40eb9ad4c9ae34c2d6934">
debian/patches/0001-fix_spelling.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fdf5f7cf592ee43b2385ab35510c85edbbb1e07f">
debian/patches/0002-bam2samtools.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#52e878625de552271795df9c31e1049f4d14f366">
debian/patches/0003-fix_includes_path.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cdfc9c97726c1d538ab61f34576f4ca87e8a14da">
debian/patches/0004-fix-m64-usage-and-lfs.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8b3f5731a027c904f6e9859b378a08efa8ed5b20">
<span class="deleted-file">
−
debian/patches/boost1.65.patch
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bbeef92d5319dd03c18e5f58840a719050c4a8b5">
debian/patches/byte.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2df637ac5e1bc3992a2599500659e5411ab8e996">
<span class="deleted-file">
−
debian/patches/fix_gcc-6.1_issue_in_liblemon_code_copy.patch
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9d0f08a316a28b802616e05fc164558799f9de13">
debian/patches/fix_gcc-7_ftbfs.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#066a0567c2d05fe559acd8a7fdbb50bee7f1b125">
debian/patches/gcc15.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fcdd3d412d490d2777322e28ff5dbcab41f71924">
debian/patches/lib_eigen.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d4f3127ca0c7660377d4511b5cbe618a872e47d0">
debian/patches/no_svnversion.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#09e451a75d1a29d5d7c934e1af43220c052e0eb7">
debian/patches/py2to3.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bc34014ab4b9a49dd7a27bdd8d352912607c3a96">
debian/patches/series
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8756c63497c8dc39f7773438edf53b220c773f67">
debian/rules
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b8d322cca13b7303167b216a3efe71db4e1687a1">
<span class="new-file">
+
index.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#050461ea689702b2970d9a6b85794c628b975e1b">
src/GArgs.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b419e32e3b9a2c243217f0bf4ddabb8631f7aeb7">
src/GArgs.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e381d6f1f73f6801ebbfebf9d00b8c11ffb76346">
src/GBase.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bb4953be596f4d046dc67fa8979b760452421b99">
src/GBase.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#64e8acf5cab0c760723fafb4219fc0584a610244">
src/GFastaIndex.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0033d51c5c0519f8f90274f0dfb714a2f7f73368">
src/GHash.hh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e98514bb171061daa0085589c77b74f17a379725">
src/GList.hh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#43e4f70b36fb24265234fa354d6476c2b7e31ca3">
src/GVec.hh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#67e794015a01b8816bd16290e5f8538236da8245">
src/Makefile.am
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b3e3a43d159df222bb25f36b81db409e9f97c3fb">
src/abundances.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5bd6c4194bdd5b3c768c06a09381f688ec0fedfe">
src/biascorrection.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#651b23fa09907523b556ebb2cd0788a97202c65a">
src/biascorrection.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ca957e2a3f82ee499c587644d301c63088cb3c43">
src/bundles.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dadbd3f8222d9df81a447767e61cad810bcd60ab">
src/bundles.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a9704a1e87b817083aeac222c588992536ba0218">
src/clustering.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#09e7e3e003ffb1e14cda4ee0074353e181cdfbbe">
src/common.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#742351309009b70e28c04c50b75d5287975926bb">
src/common.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3eed147fcf75a514d61258575f8e81213f79d999">
src/cuffcompare.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#74953fc6566d532d1a75f25e433c9efc4d159d3d">
src/cuffdiff.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f8b70c58142ac5e295ca29f95811030f13170e76">
src/cuffdiff_to_gct.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#837587ea82ebbccce085b7059368f9088ce8ee97">
src/cufflinks.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#df78c6cbe0ab1979a534d1a004d813b39f03bd6d">
src/cuffmerge
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#553f2927cd576d8f8862414cae4eea20b6511dc5">
src/cuffnorm.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#27a0c6d4954d1d93419d54b19a083e3dead9a770">
src/cuffquant.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f743de09ac7dabe125ecfa764a67ed483ec71ba8">
src/differential.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#82e406e3a66b58091ccab1227a5c666bb40122bc">
src/differential.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a392180c3cdeff9c71845942e423bca07853575b">
src/filters.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a1820557b90a8b8addc340d1179cc94696d836a5">
src/gff.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3c2ce67c24c4e30e184886428e9966a160421a5f">
src/gff.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a78831374caeddff7da8f9dcda0e4e3550cd357a">
src/gtf_reads.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#723c871f801bf6c0c6ae60c7a5ad3ce31ac10a9d">
src/gtf_tracking.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#45eab213eda6cadb034b9ff2f73044c125fefefe">
src/hits.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bf3caff6684ce0386de876966a596964845b5bc7">
src/hits.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ae446b139192a1f12ed8e6bdabf9334031143f5d">
src/lemon/error.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fe3d5b2df555761d8a65aff02746606f5dc5ff1f">
src/replicates.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a432e651913a24704e5db8fb6f47cb919d43df1c">
src/replicates.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a0ed7bdf1a235abb90a8a10bd4bf54b1d15a5923">
src/transitive_closure.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5dbe5dac96465767a11f3295fcb177c88fa9c1e5">
src/update_check.h
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">
—
<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/cufflinks/-/compare/c0672a03dcb9507d3185901e16131cb0c4a0ae28...bf2c642dd7e03713cbe73c9c4b3531c145853056">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/cufflinks/-/compare/c0672a03dcb9507d3185901e16131cb0c4a0ae28...bf2c642dd7e03713cbe73c9c4b3531c145853056 at 1789933898
</span>



</p>
</div>
</body>
</html>