<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/libbio-db-hts-perl">Debian Med / libbio-db-hts-perl</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libbio-db-hts-perl/-/commit/edaf668a9387cfe3668d50ca36365b600dd74388">edaf668a</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-21T13:39:21+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Point watch file to Github since there is a new tag which is missing at CPAN
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libbio-db-hts-perl/-/commit/02e0258826174f92f2f6d6d22cd263dfa6015b55">02e02588</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-21T13:39:48+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libbio-db-hts-perl/-/commit/49f4b31701f501bfe5f81e2796a0028d791ea375">49f4b317</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-21T13:39:49+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 3.02</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libbio-db-hts-perl/-/commit/e14008399dcd376bc87b58e53f00616eed482374">e1400839</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-21T13:40:05+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/3.02'

Update to upstream version '3.02'
with Debian dir 5338bef31d8ba3f4fb3e139b9ea34d1038f6bc32</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libbio-db-hts-perl/-/commit/7c1d2980138c780734dd09afb2376a28e096ce2f">7c1d2980</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-21T13:40:06+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Standards-Version: 4.7.4 (routine-update)
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libbio-db-hts-perl/-/commit/4daad3ae98d182c9754f0b5334d55dc55388bbe7">4daad3ae</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-21T13:40:10+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Changes made by cme
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libbio-db-hts-perl/-/commit/5eb5f51d59a8cc64f968ed98a22a6f10a6723f45">5eb5f51d</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-21T13:40:27+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>debputy lint --auto-fix (routine-update)
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libbio-db-hts-perl/-/commit/dcb62ddf67b3817fdc4970739ab89878d103a945">dcb62ddf</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-21T13:57:39+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Seems patch can be deactivated with latest upstream
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
55 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#a5cc2925ca8258af241be7e5b0381edf30266302">
<span class="new-file">
+
.gitignore
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dea01dd89a3b602828e630677fde5d77c06441c8">
<span class="new-file">
+
.travis.yml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#249199540ceee6ec6b4a1f1daa24666f4aa042eb">
Build.PL
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8aa57de6dce6ee1c35c6aba7426503281876b258">
Changes
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#752e0cc480ca04e6a651de2a8dfacbf74312ad9e">
<span class="deleted-file">
−
DISCLAIMER
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a3f9c475c2d88b813515131b5ada2bdaaaec8c5c">
INSTALL.pl
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0398ccd0f49298b10a3d76a47800d2ebecd49859">
LICENSE
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#99aec53b52aee7fd41e057b43112a2b07b20b1fa">
<span class="new-file">
+
MANIFEST.SKIP
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4a6da301633ce81aa21cac64ffb95d87c6894995">
META.json
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3b7f8f92275828b66b32cb6c6aeb61e73c1d7587">
META.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#69e27356ef629022720d868ab0c0e3394775b6c1">
README
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fae4531c398d5a1d9d5da31a3c5b6daabaad0b35">
cpanfile
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bc34014ab4b9a49dd7a27bdd8d352912607c3a96">
debian/patches/series
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#68ef9f98c01c7eecd4c605cc26048a06f3304b79">
debian/watch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6c07792c1f8c96a18595cd24fd27130b7bf8ad6b">
lib/Bio/DB/HTS.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8916f36d062486e3ba297a36f44e8c6a3c61a521">
lib/Bio/DB/HTS.xs
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0693e5a14adf62832de522ef404f23e12d029655">
lib/Bio/DB/HTS/AlignWrapper.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#75929160f1777e1eed20a714d8293faa0d8fe7d5">
lib/Bio/DB/HTS/Alignment.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#09ad32907457c174dfa6e73abacdacaa74fca35e">
lib/Bio/DB/HTS/Constants.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e123bfc3117e4c9427b3c74fdfff2c94ba469326">
lib/Bio/DB/HTS/Faidx.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c55b493a840c3726e7de561274c5f8f6299e2d21">
lib/Bio/DB/HTS/Faidx.xs
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e6aa62c5ba6ed0ef2f26dc86f4265553dcb20d95">
lib/Bio/DB/HTS/FetchIterator.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#af47f0a6acc4f7638cba073e8d28b9acf38c8b7a">
lib/Bio/DB/HTS/Kseq.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f9d3a1bf02c8ffa2e1b2d82c0351f256f32c92a0">
lib/Bio/DB/HTS/Kseq/Iterator.pod
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ee9ad8c4cb17848455068fc0d7468232cb403a37">
lib/Bio/DB/HTS/Kseq/Record.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6873f90c01c4a0c250608b7a3bd99306d68028e1">
lib/Bio/DB/HTS/Pileup.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c03899730f0a23826c21a43ef69c55efa85fb2d6">
lib/Bio/DB/HTS/PileupWrapper.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#63a80f2ce243de85f67b8f02bd8d118e26e0059c">
lib/Bio/DB/HTS/Query.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1e6e6b820fc4d9f16856110440e4f59886241aed">
lib/Bio/DB/HTS/ReadIterator.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#64d44a0aa292e4216da451d25fe2871f10eedfd1">
lib/Bio/DB/HTS/Segment.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#50b17cc36784701bb45ca7d5a5a66c62cc608e3c">
lib/Bio/DB/HTS/Tabix.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8c0a0b37c728c6f186b055cb2b674f6f98f9150b">
lib/Bio/DB/HTS/Tabix/Iterator.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#89c9bb08b3c8210c08c4dd652f19355547c3f1fb">
lib/Bio/DB/HTS/Target.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ebc2b862d621738cfa4f6fd9eb05b3c95b4736b3">
lib/Bio/DB/HTS/VCF.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c1e8c77d5f6b83b6e5ce125844cc7bb2337f3076">
lib/Bio/DB/HTS/VCF/Header.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6a13dd7ffebc451ee90192c765d9f626eaa5e0d9">
lib/Bio/DB/HTS/VCF/HeaderPtr.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#735bad22e5ddf5184b239fb0a5f37f2e63070a6c">
lib/Bio/DB/HTS/VCF/Iterator.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9df40beab2832e94202fea3412ab306f2330f183">
lib/Bio/DB/HTS/VCF/Row.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#386e5c9d8bbf448d1a5395f6f857bbd55d46ae80">
lib/Bio/DB/HTS/VCF/RowPtr.pm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bae065fc45376435b0c7b746727fa30aabcd6c0a">
scripts/build_options.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ec85a2da38ddd4a58738651869967f478805b5e9">
scripts/convert_gz_2_bgz.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#42eb51f8e9586a5f29eb344bf41f955088dc823a">
t/00load.t
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dac5152bdf022645140495f59dc855b3575e88b5">
t/01bam.t
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e4508f1a6cd90ddf56a3af83527030672995b52a">
t/02faidx.t
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ac604e0d0ddb4fc45a37ae0ffa7a8071c3b20b84">
t/03cram.t
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#96cbc4adcffdd3bba5c1c897fd157c54b33c29cb">
t/04tabix.t
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#33610707059bb0cf3438ba22edad3419135f9762">
t/05vcf.t
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fd04fde0ede037f3425efd08795170849496b8cc">
t/06kseq.t
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#960b0142052c9af1c6add9365814e1b69c8d97e3">
t/07cramwrite.t
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cbc2ece020b99d378c88fff27ee59aa679c26193">
t/08bamwrite.t
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#549f5955d154ec5311b2f2e5a805bb68ac127a5d">
t/09sam.t
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#19739510668da32438f646b4a1400cb1dc204af8">
t/10leak.t
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#10cbb855f5be95aac151ebbdbd1ae3e325e75987">
<span class="new-file">
+
travisci/harness.sh
</span>
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">
—
<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/libbio-db-hts-perl/-/compare/cce1e80dfd4cd23b52f2c58e6d883789a00a8b47...dcb62ddf67b3817fdc4970739ab89878d103a945">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/libbio-db-hts-perl/-/compare/cce1e80dfd4cd23b52f2c58e6d883789a00a8b47...dcb62ddf67b3817fdc4970739ab89878d103a945 at 1789991997
</span>



</p>
</div>
</body>
</html>