<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pybedtools">Debian Med / python-pybedtools</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pybedtools/-/commit/5f334592a50b1cd2a339c57fd9af955380f8f86b">5f334592</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-24T11:18:31+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>d/watch:

   - Version=5
   - Use tags
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pybedtools/-/commit/8df1284fd1e74469b818e2838909235bd1411b87">8df1284f</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-24T11:18:46+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pybedtools/-/commit/c3fcf37aea487835ec3d97984e0c37650cc981e4">c3fcf37a</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-24T11:18:47+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 0.12.1</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pybedtools/-/commit/73301d40366c2517430fed05e65a4b8504f57fc4">73301d40</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-24T11:19:18+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/0.12.1'

Update to upstream version '0.12.1'
with Debian dir 7498b7d1a1f765a5053b84f22b2390da74b83c12</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pybedtools/-/commit/787eb38a6d6dd96748e251b6fe61fc60a10abea5">787eb38a</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-24T11:19:18+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Standards-Version: 4.7.4 (routine-update)
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pybedtools/-/commit/7b4013897f33e03c360b0131e7bab59fbf03ce84">7b401389</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-24T11:21:49+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Changes made by cme
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pybedtools/-/commit/1ff1c5255c86dfe3080b42c0ff63132ecd1b21ef">1ff1c525</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-24T10:21:58+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Reformat the Last-Update date as ISO YYYY-MM-DD.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: source: invalid-dep3-format-patch-wrong-last-update [debian/patches/add_missing_shebang.patch]
See-also: https://lintian.debian.org/tags/invalid-dep3-format-patch-wrong-last-update.html
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pybedtools/-/commit/a73ba13d0de301e23b4608aa4b270c62d12a22bb">a73ba13d</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-24T10:22:00+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Use dh-sequence-* build dependencies instead of dh --with: sphinxdoc.

Changes-By: lintian-brush
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pybedtools/-/commit/4164ef74848f5ace7523ea1fd9de28d6e31e6ced">4164ef74</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-24T11:24:32+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Rebase (and remove) patches
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pybedtools/-/commit/1b4ebc622009cdc320db0a71dd0e6bb2c09dab03">1b4ebc62</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-24T11:29:53+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>d/copyright: pybedtools/include have changed license to MIT; Add lrc.config
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pybedtools/-/commit/a3e14114630f7a3f2998baf859ded3cfc836966f">a3e14114</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-09-24T11:34:07+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version closes bug
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
45 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#c778226b6c4c0fb51cf7942c8ee1f3d9fc1249d0">
.github/workflows/main.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#561b88e19de321ca62c7590bbb350765fb110905">
README.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4cb649179972f241270896d0ae791f0378714aee">
<span class="new-file">
+
RELEASE.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#adb7f75f79e3bb85eb62912a2904c5d24af878fb">
debian/copyright
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3681548d44618e77a80cee4da4d80af0d65ad6fe">
<span class="new-file">
+
debian/lrc.config
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f374f221df34734f6722b5a585de3ab7a092014e">
<span class="deleted-file">
−
debian/patches/416.patch
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9f87470105129cfbe0ceb2c3ff75fc064d086a4d">
debian/patches/add_missing_shebang.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6a9e6eacc49e6dc8c1c2b571ef0cb0a1740d209a">
<span class="deleted-file">
−
debian/patches/fix-doctest-imports.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d99204060b9bc7f57de36706ed6233e85aae5a95">
<span class="deleted-file">
−
debian/patches/remove_badges_from_documentation.patch
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bc34014ab4b9a49dd7a27bdd8d352912607c3a96">
debian/patches/series
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#93c76c1daaf57fc6109f214e46adf62cd8ec73a6">
<span class="deleted-file">
−
debian/patches/test-tempdir
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d1b8ccf545311f6533ce91badabcf598479756d8">
debian/patches/yaml_safe_load.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8756c63497c8dc39f7773438edf53b220c773f67">
debian/rules
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#68ef9f98c01c7eecd4c605cc26048a06f3304b79">
debian/watch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5a464be36c38bb31d376b6e6ad500f6caa16cbb4">
docs/README.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#85b5968f44a2859c13aab7da8ac09ea618d7db3a">
docs/source/autodocs/pybedtools.contrib.plotting.Track.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#879499aba322fd53199a700121e5bb2a023e20d3">
docs/source/changes.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3aec695948728ccc579e92dc9d76123c7c7f9146">
docs/source/pybedtools.featurefuncs.add_color.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5e6bdeea6241d4bb52a826ca9567c7e4fe1ca611">
docs/source/pybedtools.featurefuncs.bedgraph_scale.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2496acec3369370e06361d5d5ec3ae2e8dbb9fda">
docs/source/pybedtools.featurefuncs.extend_fields.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a18c771297e4c253c8bb6ef9d7bdcfcaec349f03">
docs/source/pybedtools.featurefuncs.five_prime.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0aa6685b483cf09e51803a4707b7b079de2b56f1">
docs/source/pybedtools.featurefuncs.greater_than.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#62425a073ba6c223a3c63c5f59081fcae0d6aee7">
docs/source/pybedtools.featurefuncs.less_than.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#09fac3a73bb1bdac85291d10069d80be37dee857">
docs/source/pybedtools.featurefuncs.normalized_to_length.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4ee596da2e920a4bdbdae4a49e19d0535acc45f2">
docs/source/pybedtools.featurefuncs.three_prime.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2d0122386a0f83357ceb607fa398d23712978995">
pybedtools/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a4524e327974aea5e2677ff64188629c4ce9ebad">
pybedtools/bedtool.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ca49055328cf57d97996ac2ee0f913ea276a9648">
pybedtools/cbedtools.pxd
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2afba9c6c65ed3f6c34125d6be10a418fd72ec10">
pybedtools/contrib/long_range_interaction.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#33f33fadd172615cf93fe3542a94c7990f7ab04d">
pybedtools/featurefuncs.pyx
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f290ee00e0efe06780eb41a67ca091ce9bd18bb6">
pybedtools/test/test_1.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c0bdf429af4bb376a90b7722cb115541ca54465b">
pybedtools/test/test_cbedtools.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6137bdaa0e2fa974f49306ed3d19d73efea16d67">
pybedtools/test/test_contrib.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ddb63121de1e04e1e88d2d17f203ea2455c7b9d5">
pybedtools/test/test_gzip_support.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d2a8df4021c1a3bedc1a378e60b3e9b76393ba52">
pybedtools/test/test_helpers.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c81ef4032df50ff5ec76401d5ecfc176348c46aa">
pybedtools/test/test_issues.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1404219a5b3bb8790d3501cd5b903589009e0aa8">
pybedtools/test/test_iter.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5b324ca243bcd0eb8ed0622cde4e2ebd150cf6bb">
pybedtools/test/test_pathlib.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#54d13c15065dd3b675e7c9c4fbc2b84ca86624b1">
pybedtools/test/tfuncs.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e91a4fb16a4bbade9ec91de514bf5fd69be7bbd6">
pybedtools/version.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5d07e7d72637aa0d59c89d381fe6dc4cf46e2491">
pyproject.toml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8c91c0296909b5ea3c496fde69e9dc44a6c6ae5f">
setup.cfg
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8e2edce0d507e1297474f25c00cae94258db38d8">
setup.py
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">
—
<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/python-pybedtools/-/compare/61e6cb615ce3d7d34ea85549d99b8010114c11a7...a3e14114630f7a3f2998baf859ded3cfc836966f">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/python-pybedtools/-/compare/61e6cb615ce3d7d34ea85549d99b8010114c11a7...a3e14114630f7a3f2998baf859ded3cfc836966f at 1790242487
</span>



</p>
</div>
</body>
</html>