<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Michael R. Crusoe pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs">Debian Med / macs</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/df34893cb1ae1f7433bdaf9d9bbfd058cda73c4a">df34893c</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-10-04T10:47:01+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>d/control: limit to 64-bit little-endian systems.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/7264819e96972cd6b4b9daf4e04e7820a2881469">7264819e</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-10-04T10:47:48+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/3cbb685841f358b4461d990f9aad7d33e2aa566a">3cbb6858</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-10-04T10:47:54+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 3.0.5</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/91557ba37535af645e48927e4a10e207140c6f17">91557ba3</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-10-04T11:02:46+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/3.0.5'

Update to upstream version '3.0.5'
with Debian dir d3b7eb9f75fb6f40ad7cdf83dc3fcc9638c079f2</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/9295659094a7d7a105e085597f90637d81aaecbf">92956590</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-10-04T11:02:53+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Changes made by cme
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/3ca3e4a299a007320abc9a7f104a58ad8ce0b08d">3ca3e4a2</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-10-04T10:03:03+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update watch file format version to 5.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: older-debian-watch-file-standard
See-also: https://lintian.debian.org/tags/older-debian-watch-file-standard.html
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/773fbf8b9fea256e45e2b9ad1f0d27179b3cc799">773fbf8b</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-10-04T10:03:06+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Use GitHub template in watch file instead of explicit Source/Matching-Pattern.

Changes-By: lintian-brush
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/e971725b4c688748449facf7396bd34dcc6098f9">e971725b</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-10-04T10:03:19+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Set upstream metadata fields: Repository, Repository-Browse.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: upstream-metadata-missing-repository
See-also: https://lintian.debian.org/tags/upstream-metadata-missing-repository.html
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/1ef5c3a7a97d60b5566990d14419c938807a0ca5">1ef5c3a7</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-10-04T11:03:23+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>debputy lint --auto-fix (routine-update)
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/b5b2475fd4c1fc9ac8d625c6757bce40f0884537">b5b2475f</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-10-04T11:09:20+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>d/control: python3-cykhash is no longer needed; make dependency on scipy, pandas, and anndata Python packages more explicit.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/2d6c60fcf31fe8bb34b97828f9ec59b0f1f213ca">2d6c60fc</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-10-04T11:17:25+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added patch to improve reproducibility by turning off the Cython line tracing feature.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/a8bd24f91af626a3df136af63305c6fb71e74916">a8bd24f9</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-10-04T11:34:27+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Added spelling typo fix patch.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/commit/ba501cf8251c3a426d821508c5f60d7477cb8aa2">ba501cf8</a></strong>
<div>
<span> by Michael R. Crusoe </span> <i> at 2026-10-04T11:59:06+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>added two entries to the list of subcommands to build manual pages for

callvar hmmratac (both added in version 3.0.0).
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
69 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#05a721ebe3ba0754116825ed1359ff1785f4bbac">
<span class="deleted-file">
−
.dockerignore
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#db0bcfaeb467ef23b0695e02e63dcf5710b98ae1">
.github/workflows/build-and-test-MACS3-macos.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5fca4a277c7fe3039bd98932d6f4047be18d5b4b">
.github/workflows/build-and-test-MACS3-non-x64.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bd744d958559d3587bbb8603ab66f7c041535ff6">
.github/workflows/build-and-test-MACS3-website.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#117c01e3f0933c3b1e39f3ed43e4b2a5922e4e7c">
.github/workflows/build-and-test-MACS3-x64.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4d6d6271d040b4e76238c6b0a9c5537a88f176d9">
<span class="new-file">
+
.github/workflows/macs-version-benchmark.yml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c2d5f2f6a24d815b8b764999775f382a12e165f1">
<span class="new-file">
+
.github/workflows/macs3-release-benchmark.yml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#65058c6b7d637fe4c9f4b6f029094be0baee913e">
.github/workflows/publish-to-gh-with-sphinx.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5cc2925ca8258af241be7e5b0381edf30266302">
.gitignore
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0834ae016f8fea5cff771880c0be1d55299732ff">
CODE_OF_CONDUCT.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3f454a98e586d1aa0d322e19afd5e67e08f2d3c8">
CONTRIBUTING.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#00fe7828d56d7a3ee4030d6cea057cf13f50e70c">
ChangeLog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e4c931cdc9cbef6af4b1a5d7c1cadcdf12143ede">
MACS3/Commands/hmmratac_cmd.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#24464095391cb21e2d8546510832df84b1630297">
MACS3/Commands/pileup_cmd.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#34e3fd4d44971a2ef3c46027079fad3fad382655">
<span class="new-file">
+
MACS3/Commands/pileup_v2_cmd.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d2bc8ff7a717566efd40f2861b42d7498987fc1e">
MACS3/Signal/BedGraph.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#05829c88dc375ba54d4255818f879a305991b54c">
MACS3/Signal/CallPeakUnit.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f3a6d6d2e4863bb978febc77bca568bf486bf9e1">
MACS3/Signal/FixWidthTrack.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#862870b9d9164716ab1ec326da5fd2626764c776">
MACS3/Signal/HMMR_EM.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2100e131bf5a735840aee1286e3ccac2aaff8105">
MACS3/Signal/PairedEndTrack.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7b719ccec13121602095cbc335ac247f2143aa19">
MACS3/Signal/PeakModel.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fbbce7e3ca7ba21df9ae6f7823bc62beb97ccd77">
MACS3/Signal/PileupV2.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b6a7d570372cc6b82f303d9394aed8224eb25983">
MACS3/Signal/ScoreTrack.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#65e70dec3bed264a161ab7c0c186215dcd398774">
MACS3/Signal/SignalProcessing.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9ad7d290af8b024d8bc3dfaa58f020b8dd6e3d18">
MACS3/Utilities/Constants.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8ec9a00bfd09b3190ac6b22251dbb1aa95a0579d">
README.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#484b2859e5147aeca220ecf699db8396df5046f5">
bin/macs3
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#352deff1f2875a36e64c50794a95d038de83a87d">
<span class="new-file">
+
debian/patches/reproducibility
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bc34014ab4b9a49dd7a27bdd8d352912607c3a96">
debian/patches/series
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e4c19aed51618bf0c7ebd03189c67e422f84d4eb">
<span class="new-file">
+
debian/patches/spelling
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8756c63497c8dc39f7773438edf53b220c773f67">
debian/rules
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f5606a935d95a2f20059a7ac1136f47b2edadbf6">
debian/upstream/metadata
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#68ef9f98c01c7eecd4c605cc26048a06f3304b79">
debian/watch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#aded7756cdea7c289134466a0d54da4f26d43abb">
docs/source/conf.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a536315041f6747c874ad6e3d43a807bd1611931">
docs/source/docs/INSTALL.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2e3124898343f8b60202e553dfd870c17424b4fd">
docs/source/docs/bdgcmp.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1a2da97607a746eb790f14f4d1b9d8e66a042b87">
docs/source/docs/bdgpeakcall.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2bdb7440c76c461d9b18fa33b1394dc2f3b7327a">
docs/source/docs/callpeak.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6806ddfe9f6e7ed0fee5b91074c6776fb5e99e05">
docs/source/docs/cutoffanalysis.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#80e261093e8b19b7003bc1ce19e35c3e31ac424e">
<span class="new-file">
+
docs/source/docs/version_benchmark.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9b28c9be78c1f5f04501dfdb99faf4b3d56c4b44">
docs/source/index.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b0e4f90889e1a51e3c391ea347f82cb2176288eb">
<span class="new-file">
+
notebooks/500-PBMC-test/anndata_implemetation_dev.ipynb
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2e86792b4c049df07962bc688eab9a9af010b8cc">
<span class="new-file">
+
notebooks/500-PBMC-test/macs3-scATAC-pbmc-500-anndata.ipynb
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d84874dfcaaf875ef5d4459ac277263ad948e410">
notebooks/500-PBMC-test/macs3-scATAC-pbmc-500.ipynb
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5d07e7d72637aa0d59c89d381fe6dc4cf46e2491">
pyproject.toml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#19359a61ae2446b51b549167b014da2fcf265768">
requirements.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6491c2bd37c55c5de2b2eb82237ed8b47deb4af5">
<span class="new-file">
+
scripts/benchmark_pileup_mlx.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7608616b2fc922fd0edcf26512632312fd0c18a7">
<span class="new-file">
+
scripts/benchmark_scoretrack_torch.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1ad28903342b877020b2f6ff716f8ebabcd982f4">
<span class="new-file">
+
scripts/build_docs.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#06c21b5041a115f04704f1a98fcd8dcfd3cb8aa6">
<span class="new-file">
+
scripts/run_macs3_release_benchmark.sh
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#407a10e2fee8e1fdba15b4fdb582fec05848a9ad">
<span class="new-file">
+
scripts/run_macs_version_survey.sh
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#db11184718189a378e519a3dc8a379a70c9d3c2f">
<span class="new-file">
+
scripts/summarize_macs3_release_benchmark.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e04171743a351941183070d24fdb043f83c84d43">
<span class="new-file">
+
scripts/summarize_macs_version_survey.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8e2edce0d507e1297474f25c00cae94258db38d8">
setup.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1161f30af811ed6019fbedfa3cc523cec8db92f4">
test/cmdlinetest
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0d65a5c714675c15223900e9f7d508f8a678a951">
test/standard_results_callpeak_narrow/run_callpeak_narrow1_peaks.narrowPeak
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a95e4d88d527a4dcb6c9266aaa3176cd6f0aace7">
test/standard_results_callpeak_narrow/run_callpeak_narrow1_summits.bed
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a8e2fba93a69dd8f25bf0961fb77f280265a711d">
test/standard_results_callpeak_pe_narrow/run_callpeak_bampe_narrow_peaks.narrowPeak
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1884599cfd37018a8a98b01a05665ce7735f44cb">
test/standard_results_callpeak_pe_narrow/run_callpeak_bampe_narrow_summits.bed
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3683fe65dbed698d6dabb94eecf12d355d49f466">
test/standard_results_callpeak_pe_narrow/run_callpeak_bedpe_narrow_peaks.narrowPeak
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#40ce58c8294520f0f527779b1f2352ac535625d7">
test/standard_results_callpeak_pe_narrow/run_callpeak_bedpe_narrow_summits.bed
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#88e1db456334d11756d40b413413eac3c8897a61">
test/test_BedGraph.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7f805bd1bd783062cc7c4115907778d452565187">
test/test_CallPeakUnit.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bdd8a073724dad4392519e352b8361126354b18c">
test/test_PairedEndTrack.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9e87132888ad0d311f10724190052fd4f0f32849">
test/test_Pileup.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#876a86d6ede29421af64e6f09c9309c91dd8475e">
test/test_ScoreTrack.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2b5314df7bcd99c2622c135e12411b891f2db580">
test/test_SignalProcessing.py
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">
—
<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/compare/12434340c200ca4d2445003e1bed3356b6b745c4...ba501cf8251c3a426d821508c5f60d7477cb8aa2">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/macs/-/compare/12434340c200ca4d2445003e1bed3356b6b745c4...ba501cf8251c3a426d821508c5f60d7477cb8aa2 at 1791110015
</span>



</p>
</div>
</body>
</html>