<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Santiago Vila pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/cnvkit">Debian Med / cnvkit</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/cnvkit/-/commit/e8f591476d649d59a1d3db6ebb049d9cfd3f07e8">e8f59147</a></strong>
<div>
<span> by Santiago Vila </span> <i> at 2026-10-09T10:00:00+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 0.9.14</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/cnvkit/-/commit/e6f059608c012f381be0da20e4e2919e944b105d">e6f05960</a></strong>
<div>
<span> by Santiago Vila </span> <i> at 2026-10-09T10:00:00+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/0.9.14'

Update to upstream version '0.9.14'
with Debian dir 5ef7b1a64688363554f83b4b8934f4fe4e99e4b5</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/cnvkit/-/commit/b794863f5bdc4bf08ed4ab05a01d9c4f884fbba8">b794863f</a></strong>
<div>
<span> by Santiago Vila </span> <i> at 2026-10-09T13:30:00+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Refresh patches.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/cnvkit/-/commit/88d36a0bb7297358a2fe9df5cc66b869110e816a">88d36a0b</a></strong>
<div>
<span> by Santiago Vila </span> <i> at 2026-10-09T13:35:00+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Always run all tests again.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/cnvkit/-/commit/b5b050666c4c3e44f861f2f25265e8e33325dedc">b5b05066</a></strong>
<div>
<span> by Santiago Vila </span> <i> at 2026-10-09T13:40:00+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add build-dependencies on python3-bioframe and python3-statsmodels.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/cnvkit/-/commit/07aa75b21d6d3be849ef60464d4587399d484e84">07aa75b2</a></strong>
<div>
<span> by Santiago Vila </span> <i> at 2026-10-09T13:45:00+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add devtools to debian/pybuild.testfiles.

Otherwise test/test_check_version.py fails. Not that it's an essential test
in a Debian environment, but this way we don't have to fiddle with debian/rules.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/cnvkit/-/commit/595581bc12bbdef56c698b681f59a1b6e8eb36ca">595581bc</a></strong>
<div>
<span> by Santiago Vila </span> <i> at 2026-10-09T13:50:00+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Upload for unstable as 0.9.14-1
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
180 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#6e656a06857650151f28f253233ed97584044098">
.devcontainer/Dockerfile
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b34062a34eb177d6796c9ce334de4930d86f38c1">
.devcontainer/devcontainer.json
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#05a721ebe3ba0754116825ed1359ff1785f4bbac">
.dockerignore
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4123588cdef112aa874bf52a300e9ed01db3ccd2">
<span class="new-file">
+
.github/FUNDING.yml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d0947ba6bab9c2243baa6c214e9fb6f6fd680b12">
<span class="deleted-file">
−
.github/workflows/claude-code-review.yml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ff8c533f75a6d6c87ddbd832cb00672888151519">
.github/workflows/claude.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1bb3f1161497d9e3c24614846f4d34db19ca676a">
<span class="new-file">
+
.github/workflows/docker-build.yml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#76d4c6fbccd5253399c77c65bb673a98a1094d0d">
.github/workflows/integration-tests.yaml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b22a01f97e34df61088cca2f4510644d75712a1c">
.github/workflows/tests-tox.yaml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4244bd5fd4e9687472bd6fb9325cc74bc308ed64">
<span class="new-file">
+
.github/workflows/version-guard.yaml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5cc2925ca8258af241be7e5b0381edf30266302">
.gitignore
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e7d14d429f898757a423156de0e8c49d75240694">
<span class="new-file">
+
.pre-commit-config.yaml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#594a298f8e1ad0a61c52542e08358a022e434f6e">
CITATION
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2d5d10cfc503b52b745a2f437966ee1b895371af">
CLAUDE.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3f454a98e586d1aa0d322e19afd5e67e08f2d3c8">
<span class="new-file">
+
CONTRIBUTING.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6651ddff6eb82c840ced7c1dddee15c6e1913dd4">
Dockerfile
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#836efb6e25a091dcb4ff8e1dbb2f0be6a5cbf14c">
<span class="new-file">
+
Makefile
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#561b88e19de321ca62c7590bbb350765fb110905">
README.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7366318a16393570d3a71b36265d78b541f6060b">
cnvlib/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#42d036b285f793fa4706218270f28c4e0af74569">
cnvlib/_version.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0bb9fa1a6130cb3bdc4393b8b2032ae11d3c9f16">
cnvlib/access.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#023ef3cf31e96bcfb114b17e9eeee40b3559216c">
cnvlib/antitarget.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0dd6dacf3a32d43e909fde3613a86d002941bcc6">
cnvlib/autobin.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#15480036fba0b7dad855fda6856199d0684fa1c9">
cnvlib/batch.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bdde3f61ae7f7287d446832829cfd862bd0c5b6e">
cnvlib/bintest.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5650a2db29370ab5ab223eb5e22f2cda64ad6185">
cnvlib/call.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e7c55b92ece7980339a5e507074ca41134603972">
cnvlib/cli/cnv_annotate.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c9ab1e97291c2915f5bda5da8f11c5724b74f138">
cnvlib/cli/cnv_expression_correlate.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#338912d8e1f4d946b28f816975b6e2ab5728dec8">
<span class="new-file">
+
cnvlib/cli/cnv_gene_info.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2891aff1662adca7b1dfee982be100e3c2bf6b57">
cnvlib/cli/cnv_updater.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#064ef3b2cdda5f23708f8935010ee8d0960da174">
cnvlib/cli/genome_instability_index.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c542c4a11d6c8d24db5da9f9f766fb861a40b72e">
cnvlib/cli/guess_baits.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fc594d92a4733c009daedf6d9a6b22cdb3fd872e">
cnvlib/cli/reference2targets.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6954ca2a176e46a2c2f6da9790b0d7ab39e466e8">
cnvlib/cluster.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c039cbe0d6f382867ffe4356a402c3d571fcb89">
cnvlib/cmdutil.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3c97ce14774c9dcaaf77c07a55b41a9bb29613dd">
cnvlib/cnary.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3bfd834a3fe21bbe615fb5efa8925f3e9d88210e">
cnvlib/cnvkit.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#37071ebf7e39e57e21ff893de63e92a9b7f6fcba">
cnvlib/commands.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2d80ee87fcbf5798dce3684c444d415a6d37bf35">
cnvlib/core.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b1c2e997cbcbc150dfbb18cabfe5fbefc6fe41ce">
cnvlib/coverage.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#688889bacd2109480ea9a077eba5f2cd9944b61f">
cnvlib/descriptives.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#62d353493b66e1cacfcb64b472183da221ff7045">
cnvlib/diagram.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e0b9b6c135ef19da5b4d4718f3f11edff2251b58">
cnvlib/export.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6a9840d2eac663f8ebd4f5d048ee6f9ee950255b">
cnvlib/fix.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#37aed3c7907262a902915aecc793c52c3a48002f">
cnvlib/heatmap.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d5de4c64ce69f26a9edcef51de9217f0782e4cd5">
cnvlib/import_rna.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#162e6c638a543a28f67daa161a17301fb9299add">
cnvlib/importers.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cfa99f9009249da7977281377b21f130af68fe64">
cnvlib/metrics.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#81740ab84365142008e8644f92e0c284ffa5fbc8">
cnvlib/parallel.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#aa9a0862a0c03ef558a1a7784359c7fac40a3205">
cnvlib/params.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c4b161fc9507aa8cc3c8f268ddd0dcc32a9bb9e3">
cnvlib/plots.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c73115bc2207951d4a903e23e7fd69b1dba925a4">
<span class="new-file">
+
cnvlib/purity.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e302820aded8fa24cbe10b7982e8c81159ed4875">
cnvlib/reference.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7b2b1c44e1461bc889009b1993bafbdf3768bc70">
cnvlib/reports.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#53cf62a516f30d088c59651d6a2d958620dd5fbc">
cnvlib/rna.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#042ad1cb073aba7f730f360c07cf2df6491e983a">
cnvlib/samutil.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f1f7d899f70bf68ebb7f625ec2ac7532559cd37d">
cnvlib/scatter.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e87bfcd2ec9408dec42eb764cb87778a4f42cf90">
cnvlib/segfilters.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2b33ccf937d24b40fb7480b3013a15978923df38">
cnvlib/segmentation/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fc9b3012d7fdb7332ab0329838b88d8ca3521557">
cnvlib/segmentation/cbs.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9951acd8a21196ec3512bffc8d1fb0f94f705d3c">
<span class="deleted-file">
−
cnvlib/segmentation/flasso.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f7b099f991a0340c6329ac46493597d82cfb8402">
cnvlib/segmentation/haar.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9b34e9846c222fbc2867cbaffe1fffd109acc62b">
cnvlib/segmentation/hmm.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d715c8b9f117250ba1cb4ded039ffcd51fe3c838">
cnvlib/segmentation/none.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c160ff0d2f0f8d012f4020300257a1bfd42deb00">
cnvlib/segmetrics.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8c84e9d227297e00b270e1d1259a188a27c7d95d">
cnvlib/smoothing.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#83009b09f049de6017f52ea49796b7c84e6f006c">
cnvlib/target.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2dca27b497dd001c9f70173febefc2ff0c9734b7">
cnvlib/vary.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3b0839c8996cb4de39415c2e95d3672ea1774b2b">
conda-env.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a1bde9fc11beb69f2a48e3793b18d3a10eccaae4">
<span class="deleted-file">
−
debian/patches/0004-test-update-a-call-to-smooth-bootstrap-int-now.patch
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#84c3138e23bd25bebc300ac3c1fe3028b6f87e29">
debian/patches/controldir
→
debian/patches/controldir.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#058c994f7490e7235505ff134b380828e1f00d14">
debian/patches/ignore-warnings-in-tests.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f097f36be318325af4c8da7852f9092dcb477065">
debian/patches/python3compat.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bc34014ab4b9a49dd7a27bdd8d352912607c3a96">
debian/patches/series
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dea8401c529cba2e4fa601c535292b392deb5bd6">
debian/pybuild.testfiles
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8756c63497c8dc39f7773438edf53b220c773f67">
debian/rules
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#78a9a1079126e3fa8d6ed458f07bb9a5b3da6515">
<span class="new-file">
+
devtools/check_version.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4455ea4c28397fb0744fe9965b258e3be7c5bf78">
devtools/conda-recipe/meta.yaml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2914ce2fa901695f49955a1aed19991edf57ecf0">
doc/baf.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9f3541c7960cae691d92eddcfbed2984d91b64c0">
doc/bias.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f04af2657ef3c40aa52ca5f27cf101cf2398e643">
doc/calling.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fcc34f5779bb91d35a942bab94c05afa754f10af">
doc/cnvlib.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#df0576cbb783bc50b36e1efa3cbe0564a26c8295">
doc/conf.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e1bac02a30eeea9a7b6abaa6a5b64a41dc3f3e0a">
<span class="new-file">
+
doc/development.rst
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c458b85ba8b1f782f23a1ba969644b70cd28dd12">
<span class="new-file">
+
doc/docker.rst
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4ef7aa5087688436e6d6dc4599631e2ad298100e">
doc/fileformats.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f080def326587454e88b0df5a08db578b8ac426b">
doc/heterogeneity.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#60d1646afd90437f76bfcc19199c3d944a01a5b3">
doc/importexport.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1bbcd8980c541f52998ccf56da078edd2ca6a2d0">
doc/index.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#432eccbf403c433ef4c5827f07985f42e5e84726">
doc/nonhybrid.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9de64de0c6a31e3d551cbbbab0b84ae8d4b2a60d">
doc/pipeline.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#243677cf076bad6d3ed33d7a607c5d70391f1d77">
doc/plots.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5dadfb41a07bafea6b6f3d91a08040f003e8357">
doc/quickstart.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ea07e1e8fee0cd9153ed0945adce5ff2acb1a498">
doc/reports.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ef3f1559bc1a3c42ed2869eccdd72886f1b0a039">
doc/rna.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#721c73c6a7e0384de1597d628ac083c2f93f3a76">
doc/scripts.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#43584da8adc1ed1c062f4bef38a12637ada1d6d1">
doc/sex.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#65b878b6448e0a46a5243ef48b6fb8c6fdf309d8">
doc/skgenome.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#30d25e941f23ffb06d022ab286bc67a7703be9f5">
doc/tumor.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e5b916c10df2ff05762a36585aa78d1fdf105c1d">
doc/whoelse.rst
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c49ad6b528b87258450406430abe6ba07e6b6765">
environment-dev.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8fa9f6e233fef71d99e6e8d103ec597773e8808e">
<span class="deleted-file">
−
galaxy/cnvkit_tool.xml
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5d07e7d72637aa0d59c89d381fe6dc4cf46e2491">
pyproject.toml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d87615e5db73e4882279a4dbb59704fc9e6ac1c7">
requirements/core.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3ddcea52b77be114bd1641b1e1fde90d7ebe5048">
requirements/min.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2a8057f32b8b0485509da87ed7110be232b15579">
requirements/tests.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#811e2ed8b0c98dd0594d7fc470b9804b875db3b1">
skgenome/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8caf0b2f10bda874bdb801f3e13e9071affd823d">
<span class="new-file">
+
skgenome/_pysam.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1203cce44f5628e45c8fd41e2bd12e527205fc70">
<span class="new-file">
+
skgenome/chromnames.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#75a908b0ada4c1a31136f8be4984113d1ff1a252">
skgenome/chromsort.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c79698f74bdf495d21ab9c144ef079b1620cb86">
skgenome/cli/skg_convert.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bfd0befb01f91ec5663a831d29c3ee0dcb11fa7f">
skgenome/combiners.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c89ddcf7a7f55aab1de3729170edde418f9edfb5">
<span class="new-file">
+
skgenome/cut.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c8e0ab1b5fb1e9df495f7ab12a38316201fb89ec">
skgenome/gary.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bc23686f1ac7684836ac5757e768c1d96de90d2d">
<span class="new-file">
+
skgenome/genomebuild.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#af4aa75c1234fedbcee4a101a5adfd3e5b9a9570">
skgenome/intersect.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#75060770df0eb5a4b573699dfbed0acb0f63cae5">
skgenome/merge.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b3ee6e052379b7f33fa70f3e9bc855470a3d1160">
skgenome/rangelabel.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0ba2470003295ef06278b6c829484f2b715556bb">
skgenome/subdivide.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#db7911b6ac58211cb5ee4cc4534c791b7c315062">
skgenome/subtract.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fcbc60e2d8cf298d97237ae8dd207f0f0eb8ba25">
skgenome/tabio/__init__.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5bb655e42cff74f6231cf30978df1b1d1123f09b">
skgenome/tabio/bedio.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#712e71c07acb8dc4d63292c4492b104fcaa173c4">
skgenome/tabio/genepred.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1e1000175ac97a54e3f4e28127f8c144fd77db5c">
skgenome/tabio/gff.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fe0caaee97c38f78e211c27bf440ee5be5eadc98">
skgenome/tabio/picard.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b304814432eed8be36f58e4f774799278fbb5623">
skgenome/tabio/seg.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#907a39dedd4b21176eb2a3e8172490676d302a0f">
skgenome/tabio/seqdict.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8503bf1c58d6d713dc06f66c83c34a633ef3f9a5">
skgenome/tabio/tab.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0e2602b2a402bb8b7084559d173315197226ede2">
skgenome/tabio/textcoord.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7065f4f0d819fec1314e0fae3604344356e8cbc5">
skgenome/tabio/util.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5356ab48968982732f2d5b764a13bdb390f2a1e5">
skgenome/tabio/vcfio.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#91f24998b33057769876b12566e54d75ff87188d">
skgenome/tabio/vcfsimple.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ece78a032e8effb46b4cccead2e1d42469704a62">
test/Makefile
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#00ce548023513d863367dc662526a904a1265c67">
test/clustering.makefile
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e14c6d1385baa4fc3ea84caa411cc2844bf2e038">
test/conftest.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1838e299f8ac69435deb03c8554b7e7ce9360619">
<span class="new-file">
+
test/formats/format-no-sample.vcf
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cce3b52f4bd0dda962cbe6975a3794c140f5803a">
<span class="new-file">
+
test/formats/gt-nocall.vcf
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0ee360e28fa749c384335156fb8cc1b75acca7aa">
<span class="new-file">
+
test/formats/gt-partial.vcf
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#643225acb596eef1c5e3b7642245f40856bf4bc4">
test/formats/na12878-chrM-Y-trunc.bam
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b3747ad392cf4edce27ce734072f803519761de9">
<span class="new-file">
+
test/formats/na12878-chrM-Y-trunc.cram
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#763eada5a25dff352bda1c4c6cce479209459ec9">
<span class="new-file">
+
test/formats/na12878-chrM-Y-trunc.cram.crai
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3d635ebe2b99e8c688dc8d6e8bb26143581d013f">
<span class="new-file">
+
test/formats/regression/p2-9_2.call.cns
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#60cb059f5db82008117f7352952900adee9ba883">
<span class="new-file">
+
test/formats/regression/p2-9_2.cnr
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6e9db3b0eb498857193f889870a4d8399ab40fe7">
<span class="new-file">
+
test/formats/regression/p2-9_2.cns
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cbc413b2e601ee4475a12eaba70e04a9711343a7">
<span class="new-file">
+
test/formats/rna-gene-resource.tsv
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5516ab994ff53860861609533d21a9f5d7f746a5">
<span class="new-file">
+
test/formats/rna-sample-A.counts.txt
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#016f6795a8d4c040c241495049d83d04cff8041c">
<span class="new-file">
+
test/formats/rna-sample-B.counts.txt
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#eccc777f089edf03cb1de4177f613a0f443865b8">
<span class="new-file">
+
test/formats/rna-sample-C.counts.txt
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#246a042636559655759e7e7b4e9756c8badd58dc">
<span class="new-file">
+
test/formats/strelka.vcf
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ae0737ca98d99c3f9ba0befd5c45cdfbd2c194ed">
<span class="new-file">
+
test/formats/vcf-het-no-altcount.vcf
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7a6cb0a760445e70c644ebc79850ef144a1265b2">
<span class="new-file">
+
test/test_analysis.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a1d617e533a3f06eab5e53e5da2d12358c9095a7">
<span class="new-file">
+
test/test_batch.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#748d49e528466ed2c0412049d0cce0bbe8f2d9f3">
<span class="new-file">
+
test/test_call.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1f436c366a6c790f327ff3c655f54b9be0acf6bc">
<span class="new-file">
+
test/test_check_version.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1e4cb40966711abde71e3f25a1eb9f865fb43d1d">
<span class="new-file">
+
test/test_chromnames.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#abb18d500e00944d3175fe02625a62dc6bb7453b">
test/test_cnvlib.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#66c587ff588fe351ee8d2e2848948aca38f455a2">
test/test_commands.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#393d2ddd93354754a9f9a8b99d288e15dcb5d909">
<span class="new-file">
+
test/test_export.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#de6d64b0c8ad44feb793fe050089503db6fb430f">
test/test_genome.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5c4f411d6e3e1ad3f873eaadaadf60cd96f8600c">
<span class="new-file">
+
test/test_genomebuild.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#48e45c14d56ba57a0bf6532dd29a7bba25fa0d07">
<span class="new-file">
+
test/test_guess_baits.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e28533b43d82fd5e5c294fef4e2c47943b8952e4">
<span class="new-file">
+
test/test_haar.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#04909b57913860beda49056b1fbf0c77999363c5">
<span class="new-file">
+
test/test_hmm.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d20e8942a7e1ca9b8fb09a7f0f9e9cc129e74967">
test/test_io.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f2b8d99f96c01ed42e7e2b95f0babd9455ad75cf">
test/test_parallel.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0f979ef57ff4651a1e3e4e678613534ab06a16a9">
<span class="new-file">
+
test/test_plots.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#68054a080df241d5e00fcbd1987239650b123d6c">
<span class="new-file">
+
test/test_preprocessing.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#500ec58304e84afb7b5b305f84a5f78ced7b1f67">
<span class="new-file">
+
test/test_properties.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#64c7d3bb231792705bd93bbc38af0a0e7b4e8b34">
test/test_r.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#997091ea55135d499c08885887f4ab22f20684bc">
<span class="new-file">
+
test/test_reference.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dc8477a185a74adab0206171516d1df24c5240be">
<span class="new-file">
+
test/test_regression.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ed83d49b9210d304b844491fe8eef438386d060d">
test/test_rna.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2daf3d08890ae69f4b21b769c11273eb0e2d61d4">
<span class="new-file">
+
test/test_samutil.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ece89e272751b54cd912117eee72fcd5970c4334">
<span class="new-file">
+
test/test_segfilters.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3badbb540cfee45d6f8a261f743519c701b495c9">
<span class="new-file">
+
test/test_segmentation.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d72c6a9a75fb9f89eb9f2b3ccea18b6436a276fa">
<span class="new-file">
+
test/test_vary.py
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#61be067c7cf3bdbf8a6b021a2b5167eb30612d0c">
tox.ini
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cd0816b192d52d3318d3ee02cd59a4c47bd2ea8d">
<span class="deleted-file">
−
wdl/cnvkit.wdl
</span>
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">
—
<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/cnvkit/-/compare/47e7bab523e7effc51dd3244a02aa6184cfece2d...595581bc12bbdef56c698b681f59a1b6e8eb36ca">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/cnvkit/-/compare/47e7bab523e7effc51dd3244a02aa6184cfece2d...595581bc12bbdef56c698b681f59a1b6e8eb36ca at 1791547464
</span>



</p>
</div>
</body>
</html>