<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto">Debian Med / kallisto</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/commit/0eec480435fa37f9b8084184c537915d2a7ec83a">0eec4804</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-20T16:45:13+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Packaging update (routine-update)
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/commit/a657cdbc617a88e788443a46b88e4b070429846b">a657cdbc</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-20T16:45:36+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/commit/8c3e0764d27c68e270054be9d8131e72f93bfa03">8c3e0764</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-20T16:45:37+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 0.52.0+dfsg</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/commit/19f146341def3fe857ada7757642474d86e3df4a">19f14634</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-20T16:45:49+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/0.52.0+dfsg'

Update to upstream version '0.52.0+dfsg'
with Debian dir 14e11adb94daf8acd2ac91cd07c50a24d4dd202b</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/commit/26b2ce250f8c9f264c9200c1296327e86553d889">26b2ce25</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-20T16:45:58+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Changes made by cme
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/commit/69ee43137eaa7dd25aff580da5e8bc103086987a">69ee4313</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-20T16:46:06+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Drop 'Rules-Requires-Root: no' from d/control (routine-update)
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/commit/dd6ecf9e394c46bdb4eb8b26029a6649734bdb26">dd6ecf9e</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-20T15:46:14+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Reformat the Last-Update date as ISO YYYY-MM-DD.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: source: invalid-dep3-format-patch-wrong-last-update [debian/patches/use_debian_packaged_htslib.patch]
See-also: https://lintian.debian.org/tags/invalid-dep3-format-patch-wrong-last-update.html
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/commit/ff9a764bd70c316b5f0c46167186b63e56c611b5">ff9a764b</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-20T16:49:50+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Cleanup changelog
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
70 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#01a718df87a96135eb956401504e555421dc5a3d">
<span class="new-file">
+
.clang-format
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5cc2925ca8258af241be7e5b0381edf30266302">
.gitignore
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a68823cda5fcce1d5f329fac1ea46cc72d6af313">
<span class="new-file">
+
.make_binaries.linux.txt
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#621acecf98fdf9b10c2649d4992be121738b1c45">
<span class="new-file">
+
.make_binaries.sh
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cefe8043d9ac42f637ae5ec016a1cf9bd1b7054e">
<span class="new-file">
+
.make_binaries.windows.txt
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9a2aa4db38d3115ed60da621e012c0efc0172aae">
CMakeLists.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e9ffd79035f20df75689c726e3780374ee2ad4f4">
debian/patches/use_debian_packaged_htslib.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#96493a36f9d56437ca44dee01a5d38692fdb603d">
ext/bifrost/src/BitContainer.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#07c0ed765af310fd277df7b0e06a11ef84a53951">
ext/bifrost/src/BitContainer.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c4c055e4f4cd4ac85a7fb690971354f118944b14">
ext/bifrost/src/BooPHF.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3a184b08ad9e347d7f0fc38c60a65fc38161efd3">
ext/bifrost/src/ColorSet.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a554f15f97eaede917397c2a41929e35742ad43b">
ext/bifrost/src/ColorSet.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#30a132464b934f8b83efc9c17476496c12e75036">
ext/bifrost/src/ColoredCDBG.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#12a5dd478a00beeed3efc2a05f8273b7d97959f2">
ext/bifrost/src/ColoredCDBG.tcc
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1f12997489bd2dcf10e10c502c911f6d307e2fae">
ext/bifrost/src/Common.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#401a478a76d2d2b0da6166f48a64897a59ea1b96">
ext/bifrost/src/CompactedDBG.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a2acfd40e0c28563525bbe61dab49b21f95dbc73">
ext/bifrost/src/CompactedDBG.tcc
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c2084b779396f8be5d63caa272358a867b61c571">
ext/bifrost/src/CompressedCoverage.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c83ed566e0090343a8060a40add6d22be796c780">
ext/bifrost/src/CompressedSequence.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#41f0a32c088c73db99727baf85b18e9cea7e4198">
ext/bifrost/src/CompressedSequence.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#be5dc3a85f5e0bf912c71d9c9d01ec12dd4e86bc">
ext/bifrost/src/DataAccessor.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#660eeeada268525f27a4c5ce728fe2dc3c219dd3">
ext/bifrost/src/DataAccessor.tcc
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4155d9753017fed90329e22c6b64e5ebcb52e237">
ext/bifrost/src/DataStorage.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dc3dbd23aa09a40904b550307be8adaa5ff988dc">
ext/bifrost/src/DataStorage.tcc
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2fc624f85ff50a689525e671de52eed70dcc5045">
ext/bifrost/src/FASTX_Parser.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e9003884696bce00d04a59cc7257208e3b9e9d95">
ext/bifrost/src/FASTX_Parser.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e1ce695b3304e850e49ba9bf8d0ef523cdf358dc">
ext/bifrost/src/File_Parser.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5fa68c13dd2b7d67e9698949e6e2bcaae632187b">
ext/bifrost/src/GFA_Parser.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ae16fa7a9e56636e4b001849af4081a9bf3261e1">
ext/bifrost/src/GFA_Parser.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9bfef864afe97f04ca92534a5391cc460931cd34">
ext/bifrost/src/IO.tcc
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#05484f47c6c6fbc7dce33f9d84fb4f4aad667f00">
ext/bifrost/src/KmerCovIndex.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#406f4dc98f3626c237d8b1fe25444d1b20ccd2e0">
ext/bifrost/src/KmerCovIndex.tcc
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ac235f5e1394b1d8ef272710ed7af8eebc020f43">
ext/bifrost/src/KmerHashTable.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e1b91a817eb45c1090512de132aa3376df2a3bb6">
ext/bifrost/src/KmerIterator.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c483eb0cf399322fd074b84433a94034a5c19b5f">
ext/bifrost/src/KmerStream.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#00f36a63b05b37186481ca61e1da9623da11a14e">
ext/bifrost/src/MinimizerIndex.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0c2368f7ee7a60eaf4ea0b08109263840318162a">
ext/bifrost/src/MinimizerIndex.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#56742272aca722a100921302f078d828dfd18eb1">
ext/bifrost/src/RepHash.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#003a55d900994a5dd47de0ce631e692778ef44b1">
ext/bifrost/src/Search.tcc
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a7522b9566dce5f682ce86a2dae3f77e90166f0a">
ext/bifrost/src/StreamCounter.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0c54e94ad671d47e41930a249c58ba622ce34652">
ext/bifrost/src/TinyBitmap.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cb1050fcfbacb384f46037fb5db8aac7d7565051">
ext/bifrost/src/TinyBitmap.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5e7e31e958ac37a88a22e927b3c88957f0ce014e">
ext/bifrost/src/Unitig.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e973958c41980f4f6da559a28e9b17f8acb7ab6a">
ext/bifrost/src/UnitigMap.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0ba3dc153bfa9f5fed962e33b3d90ebde18cf4ac">
ext/bifrost/src/UnitigMap.tcc
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8c43f5885f1356a77f5117530b5593ee7e276f7a">
ext/bifrost/src/minHashIterator.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#79ccb38c4df0f92d5ccfd28a9f0851b180b80d5d">
ext/bifrost/src/rw_spin_lock.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e6d8b87f895a654f76333ff03e3e869811589fe8">
src/BUSTools.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fd77ce4924ff64781c3c635d286055b824b24884">
src/BlockArray.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#631c8d07f5ea23b9a9f6c57f5389dfcf94bc33b7">
src/CMakeLists.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c031930656c815f39ee84122f2cc6a58c5aaae37">
src/Fusion.hpp
→
src/Fusion.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3ac1110029a52cb15536936575b6f801b1711a74">
<span class="new-file">
+
src/Fusion.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f45107428afdf71e76b4e46fa4b37ebc79d629b3">
src/GeneModel.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6ca852079c3c5852e9a21992a760841d6ab64954">
src/Inspect.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d899a487121b0a4aa0f89fdb5446b25286dbed8e">
src/KmerIndex.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ef28b05af15cfcde52045cb53050e2feacc9283d">
src/KmerIndex.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9d686cfdcb10e57a7428c60a10468064ddb49a83">
src/MinCollector.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c61e26b2f11de524fbba71e4dce82a101f689b2e">
src/Multinomial.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#707f49ee7cf6da136664bcf6898294701e324f59">
src/Node.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#429cf8c697a023f342f3e4a65dded680521a6439">
src/PlaintextWriter.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#04f5818132a24af33b4b06c29540101bbc992c0b">
src/ProcessReads.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c9d576083b226885d32fcec0ac23456a74eb4060">
src/ProcessReads.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3281bb7964da9ea8c6ca71a58e090771b2691b12">
src/PseudoBam.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d417a30f07f4ad730b826718b5d125ed44ffe42c">
src/SparseVector.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#742351309009b70e28c04c50b75d5287975926bb">
src/common.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b958235ee8db37bcaceda04b6d55553b450c2db4">
src/main.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#13f5e1e2c5eb9858c781553b935d0dab5029af3e">
src/weights.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8f15872d104858a42f8ce4ec139e41ec983fe39d">
unit_tests/test_weights.cpp
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">
—
<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/compare/bb259eafd9a2ffeb84d0f657b35cbfaf6e824b59...ff9a764bd70c316b5f0c46167186b63e56c611b5">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/compare/bb259eafd9a2ffeb84d0f657b35cbfaf6e824b59...ff9a764bd70c316b5f0c46167186b63e56c611b5 at 1792507819
</span>



</p>
</div>
</body>
</html>