<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto">Debian Med / kallisto</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/commit/fa9435a121358b932302998c5c6eb587500f869e">fa9435a1</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-20T19:19:06+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Adapt patches to new upstream version 0.52.0
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/commit/b26882be0a0fa119c1442a1d0c15e8765f6cfa36">b26882be</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-20T19:19:19+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Build bundled bifrost with the same MAX_KMER_SIZE as kallisto

Compiling bifrost with MAX_KMER_SIZE=31 and kallisto with 32 corrupts
the heap and makes the test suite crash.  Pass kallisto's k-mer size to
the bundled bifrost build and drop the patch that forced the wrong
default.

Closes: #1118526
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/commit/7db188d121255b8b542cbd8ba11c20bf76015f08">7db188d1</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-20T19:43:59+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Remove unused patch to use Debian packaged bifrost
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/commit/b3d7e4739e3e16f4859c44803be0cf86c7f3202d">b3d7e473</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-20T19:52:01+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Upload to unstable
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
9 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#467246cedaa3eaa73fb42ba66b56cea7cd398700">
debian/patches/baseline.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ac2c00c263fa35f729631a889727d57dfcb4b34f">
debian/patches/bifrost_typo.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e90a14bba684bd116c2c35b5af38cc38aa12d214">
<span class="deleted-file">
โˆ’
debian/patches/fix_bifrost_defines.patch
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2b96346e015f870ae988a5783c6e77e89d22871a">
debian/patches/htslib1.3
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bc34014ab4b9a49dd7a27bdd8d352912607c3a96">
debian/patches/series
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#27805c5723f345aca53b962061ea18e12253e83c">
debian/patches/std_gnu17.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4ce3d06f18bafda3c884cb60d10bafd751984963">
<span class="deleted-file">
โˆ’
debian/patches/use_debian_packaged_bifrost.patch
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e9ffd79035f20df75689c726e3780374ee2ad4f4">
debian/patches/use_debian_packaged_htslib.patch
</a>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Changes:
</h4>
<li id="9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/compare/ff9a764bd70c316b5f0c46167186b63e56c611b5...b3d7e4739e3e16f4859c44803be0cf86c7f3202d#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1"><strong style="font-weight: 600;">debian/changelog</strong></a>
<hr style="overflow: hidden; border: 1px solid #dcdcde;">
<table class="code white" style="border-spacing: 0; border-collapse: collapse; width: auto; font-family: monospace; font-size: 90%;" bgcolor="#ffffff" width="100%" cellpadding="0" cellspacing="0">
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
1
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="plaintext">kallisto (0.52.0+dfsg-1) <span class="idiff left right deletion" style="background-color: #fac5cd;">UNRELEASED</span>; urgency=medium</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
1
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="plaintext">kallisto (0.52.0+dfsg-1) <span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;">unstable</span>; urgency=medium</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
2
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
2
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="plaintext"></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
3
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
3
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="plaintext">  * New upstream version</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
4
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="plaintext">  * Adapt patches to new upstream version</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
5
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="plaintext">  * Build the bundled bifrost with the same MAX_KMER_SIZE as kallisto instead</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="6" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
6
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="plaintext">    of compiling it with MAX_KMER_SIZE=31.  The mismatched k-mer size caused</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
7
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="plaintext">    heap corruption and test failures.</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
8
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="plaintext">    Closes: #1118526</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
4
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
9
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="plaintext">  * Drop 'Rules-Requires-Root: no' from d/control (routine-update)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
5
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="10" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
10
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="plaintext">  * Reformat the Last-Update date as ISO YYYY-MM-DD.</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="6" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
11
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="plaintext">  * Remove unused patch to use Debian packaged bifrost</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="6" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
6
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="12" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
12
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="plaintext"></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
7
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="13" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="plaintext"> -- Andreas Tille <tille@debian.org>  Tue, 20 Oct 2026 1<span class="idiff left deletion" style="background-color: #fac5cd;">6</span>:4<span class="idiff right deletion" style="background-color: #fac5cd;">5:36</span> +0200</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="13" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
13
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="plaintext"> -- Andreas Tille <tille@debian.org>  Tue, 20 Oct 2026 1<span class="idiff left addition" style="background-color: #c7f0d2;">9</span>:4<span class="idiff right addition" style="background-color: #c7f0d2;">4:13</span> +0200</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
8
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="14" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
14
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="plaintext"></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
9
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="15" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
15
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="plaintext">kallisto (0.51.1+dfsg-2) unstable; urgency=medium</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="10" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
10
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
16
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="plaintext"></span>
</pre></td>
</tr>

</table>
<br>
</li>
<li id="467246cedaa3eaa73fb42ba66b56cea7cd398700">
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/compare/ff9a764bd70c316b5f0c46167186b63e56c611b5...b3d7e4739e3e16f4859c44803be0cf86c7f3202d#467246cedaa3eaa73fb42ba66b56cea7cd398700"><strong style="font-weight: 600;">debian/patches/baseline.patch</strong></a>
<hr style="overflow: hidden; border: 1px solid #dcdcde;">
<table class="code white" style="border-spacing: 0; border-collapse: collapse; width: auto; font-family: monospace; font-size: 90%;" bgcolor="#ffffff" width="100%" cellpadding="0" cellspacing="0">
<tr class="line_holder match" style="line-height: 1.6;">
<td class="diff-line-num unfold js-unfold old_line" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="diff-line-num unfold js-unfold new_line" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="line_content match" style="color: rgba(5,5,6,.24); padding: inherit;" bgcolor="#fbfafd">@@ -5,9 +5,9 @@ Description: Do not build with -march=native</td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
5
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
5
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="6" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
6
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="6" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
6
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- a/ext/bifrost/CMakeLists.txt</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
7
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
7
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ b/ext/bifrost/CMakeLists.txt</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
8
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -<span class="idiff left deletion" style="background-color: #fac5cd;">8</span>,7 +<span class="idiff right deletion" style="background-color: #fac5cd;">8</span>,8 @@</span> find_package(Threads REQUIRED)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
9
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> <span class="idiff left deletion" style="background-color: #fac5cd;">SET(MAX_KMER_SIZE "31" CACHE STRING "</span>MAX_KMER_SIZE<span class="idiff right deletion" style="background-color: #fac5cd;">")</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="10" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
10
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> SET(MAX_GMER_SIZE "<span class="idiff left right deletion" style="background-color: #fac5cd;">63</span>" CACHE STRING "MAX_GMER_SIZE")</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
8
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -<span class="idiff left addition" style="background-color: #c7f0d2;">7</span>,7 +<span class="idiff right addition" style="background-color: #c7f0d2;">7</span>,8 @@</span> find_package(Threads REQUIRED)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
9
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"> <span class="idiff left addition" style="background-color: #c7f0d2;"># To enable a larger default k-mer size, replace MAX_KMER_SIZE with a larger multiple of 32: actual maximum k-mer size will be </span>MAX_KMER_SIZE<span class="idiff right addition" style="background-color: #c7f0d2;">-1.</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="10" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
10
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"> SET(MAX_GMER_SIZE "<span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;">${MAX_KMER_SIZE}</span>" CACHE STRING "MAX_GMER_SIZE")</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
11
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
11
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> # Enable architecture optimizations</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="12" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
12
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="12" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
12
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-SET(COMPILATION_ARCH "native" CACHE STRING "COMPILATION_ARCH")</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="13" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
13
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="13" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
13
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+# SET(COMPILATION_ARCH "native" CACHE STRING "COMPILATION_ARCH")</span></span>
</pre></td>
</tr>

</table>
<br>
</li>
<li id="ac2c00c263fa35f729631a889727d57dfcb4b34f">
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/compare/ff9a764bd70c316b5f0c46167186b63e56c611b5...b3d7e4739e3e16f4859c44803be0cf86c7f3202d#ac2c00c263fa35f729631a889727d57dfcb4b34f"><strong style="font-weight: 600;">debian/patches/bifrost_typo.patch</strong></a>
<hr style="overflow: hidden; border: 1px solid #dcdcde;">
<table class="code white" style="border-spacing: 0; border-collapse: collapse; width: auto; font-family: monospace; font-size: 90%;" bgcolor="#ffffff" width="100%" cellpadding="0" cellspacing="0">
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
1
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
1
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Author: Andreas Tille <tille@debian.org></span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
2
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Last-Update: 202<span class="idiff left deletion" style="background-color: #fac5cd;">5</span>-10-<span class="idiff right deletion" style="background-color: #fac5cd;">18</span></span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
2
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Last-Update: 202<span class="idiff left addition" style="background-color: #c7f0d2;">6</span>-10-<span class="idiff right addition" style="background-color: #c7f0d2;">20</span></span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
3
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
3
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Description: Seems there is a typo</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
4
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
4
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff">  sz_link is a local variable in the constructor, not a class member which leads to</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
5
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
5
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder match" style="line-height: 1.6;">
<td class="diff-line-num unfold js-unfold old_line" data-linenumber="13" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="diff-line-num unfold js-unfold new_line" data-linenumber="13" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="line_content match" style="color: rgba(5,5,6,.24); padding: inherit;" bgcolor="#fbfafd">@@ -13,7 +13,7 @@ In file included from /build/kallisto-0.51.1+dfsg/ext/bifrost/src/DataManager.hp</td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="13" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
13
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="13" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
13
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ b/ext/bifrost/src/DataStorage.tcc</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="14" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
14
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="14" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
14
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -78,7 +78,7 @@</span> DataStorage<U>::DataStorage(const DataSt</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="15" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
15
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="15" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
15
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
16
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff">         unitig_cs_link = new atomic<uint64_t>[sz_link];</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="17" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
16
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff">         unitig_cs_link = new <span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;">std::</span>atomic<uint64_t>[sz_link];</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="17" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
17
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="17" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
17
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="18" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
18
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="18" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
18
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-        for (size_t i = 0; i != sz_link; ++i) unitig_cs_link[i] = o.sz_link[i].load();</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="19" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
19
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="19" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
19
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+        for (size_t i = 0; i != sz_link; ++i) unitig_cs_link[i] = o.unitig_cs_link[i].load();</span></span>
</pre></td>
</tr>

</table>
<br>
</li>
<li id="e90a14bba684bd116c2c35b5af38cc38aa12d214">
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/compare/ff9a764bd70c316b5f0c46167186b63e56c611b5...b3d7e4739e3e16f4859c44803be0cf86c7f3202d#e90a14bba684bd116c2c35b5af38cc38aa12d214"><strong style="font-weight: 600;">debian/patches/fix_bifrost_defines.patch</strong>
deleted</a>
<hr style="overflow: hidden; border: 1px solid #dcdcde;">
<table class="code white" style="border-spacing: 0; border-collapse: collapse; width: auto; font-family: monospace; font-size: 90%;" bgcolor="#ffffff" width="100%" cellpadding="0" cellspacing="0">
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
1
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Author: Andreas Tille <tille@debian.org></span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
2
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Last-Update: 2025-10-18</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
3
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Description: Add default values for MAX_KMER_SIZE and MAX_GMER_SIZE</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
4
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> (Any hint how to inject these without patching welcome)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
5
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="6" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
6
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- a/ext/bifrost/CMakeLists.txt</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
7
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ b/ext/bifrost/CMakeLists.txt</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
8
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -5,7 +5,8 @@</span> project(Bifrost)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
9
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> find_package(Threads REQUIRED)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="10" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
10
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
11
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> # To enable a larger default k-mer size, replace MAX_KMER_SIZE with a larger multiple of 32: actual maximum k-mer size will be MAX_KMER_SIZE-1.</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="12" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
12
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-SET(MAX_GMER_SIZE "${MAX_KMER_SIZE}" CACHE STRING "MAX_GMER_SIZE")</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="13" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
13
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+SET(MAX_KMER_SIZE "31" CACHE STRING "MAX_KMER_SIZE")</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="14" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
14
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+SET(MAX_GMER_SIZE "63" CACHE STRING "MAX_GMER_SIZE")</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="15" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
15
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> # Enable architecture optimizations</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
16
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> SET(COMPILATION_ARCH "native" CACHE STRING "COMPILATION_ARCH")</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="17" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
17
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> # Enable AVX2 instructions</span></pre></td>
</tr>

</table>
<br>
</li>
<li id="2b96346e015f870ae988a5783c6e77e89d22871a">
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/compare/ff9a764bd70c316b5f0c46167186b63e56c611b5...b3d7e4739e3e16f4859c44803be0cf86c7f3202d#2b96346e015f870ae988a5783c6e77e89d22871a"><strong style="font-weight: 600;">debian/patches/htslib1.3</strong></a>
<hr style="overflow: hidden; border: 1px solid #dcdcde;">
<table class="code white" style="border-spacing: 0; border-collapse: collapse; width: auto; font-family: monospace; font-size: 90%;" bgcolor="#ffffff" width="100%" cellpadding="0" cellspacing="0">
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
1
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
1
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="p">From: Michael R. Crusoe <michael.crusoe@gmail.com></span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
2
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
2
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Subject: Use kseq.h from htslib, not the bundled version</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
3
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- <span class="idiff left right deletion" style="background-color: #fac5cd;">kallisto.orig</span>/unit_tests/test_kmerhashtable.cpp</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
4
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ <span class="idiff left right deletion" style="background-color: #fac5cd;">kallisto</span>/unit_tests/test_kmerhashtable.cpp</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
3
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- <span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;">a</span>/unit_tests/test_kmerhashtable.cpp</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
4
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ <span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;">b</span>/unit_tests/test_kmerhashtable.cpp</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
5
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
5
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -13,7 +13,7 @@</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="6" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
6
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="6" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
6
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> #include "KmerHashTable.h"</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
7
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
7
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder match" style="line-height: 1.6;">
<td class="diff-line-num unfold js-unfold old_line" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="diff-line-num unfold js-unfold new_line" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="line_content match" style="color: rgba(5,5,6,.24); padding: inherit;" bgcolor="#fbfafd">@@ -11,8 +11,8 @@ Subject: Use kseq.h from htslib, not the bundled version</td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
11
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
11
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="12" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
12
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="12" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
12
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> #ifndef KSEQ_INIT_READY</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="13" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
13
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="13" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
13
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> #define KSEQ_INIT_READY</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="14" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
14
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="14" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- <span class="idiff left right deletion" style="background-color: #fac5cd;">kallisto.orig</span>/ext/bifrost/src/FASTX_Parser.hpp</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="15" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
15
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="14" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ <span class="idiff left right deletion" style="background-color: #fac5cd;">kallisto</span>/ext/bifrost/src/FASTX_Parser.hpp</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="14" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
14
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- <span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;">a</span>/ext/bifrost/src/FASTX_Parser.hpp</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="15" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
15
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ <span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;">b</span>/ext/bifrost/src/FASTX_Parser.hpp</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
16
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
16
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -14,7 +14,7 @@</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="17" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
17
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="17" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
17
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="18" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
18
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="18" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
18
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> #ifndef KSEQ_INIT_READY</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder match" style="line-height: 1.6;">
<td class="diff-line-num unfold js-unfold old_line" data-linenumber="22" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="diff-line-num unfold js-unfold new_line" data-linenumber="22" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="line_content match" style="color: rgba(5,5,6,.24); padding: inherit;" bgcolor="#fbfafd">@@ -22,9 +22,9 @@ Subject: Use kseq.h from htslib, not the bundled version</td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="22" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
22
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="22" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
22
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> KSEQ_INIT(gzFile, gzread);</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="23" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
23
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="23" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
23
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> #endif</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="24" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
24
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="24" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
24
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="25" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
25
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="25" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- <span class="idiff left right deletion" style="background-color: #fac5cd;">kallisto.orig</span>/ext/bifrost/src/File_Parser.hpp</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="26" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
26
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="25" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ <span class="idiff left right deletion" style="background-color: #fac5cd;">kallisto</span>/ext/bifrost/src/File_Parser.hpp</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="27" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
27
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="25" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -1<span class="idiff left deletion" style="background-color: #fac5cd;">2</span>,7 +1<span class="idiff right deletion" style="background-color: #fac5cd;">2</span>,7 @@</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="28" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="25" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
25
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- <span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;">a</span>/ext/bifrost/src/File_Parser.hpp</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="28" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="26" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
26
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ <span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;">b</span>/ext/bifrost/src/File_Parser.hpp</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="28" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="27" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
27
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -1<span class="idiff left addition" style="background-color: #c7f0d2;">3</span>,7 +1<span class="idiff right addition" style="background-color: #c7f0d2;">3</span>,7 @@</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="28" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
28
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="28" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
28
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="29" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
29
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="29" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
29
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> #ifndef KSEQ_INIT_READY</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="30" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
30
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="30" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
30
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> #define KSEQ_INIT_READY</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder match" style="line-height: 1.6;">
<td class="diff-line-num unfold js-unfold old_line" data-linenumber="33" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="diff-line-num unfold js-unfold new_line" data-linenumber="33" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="line_content match" style="color: rgba(5,5,6,.24); padding: inherit;" bgcolor="#fbfafd">@@ -33,8 +33,8 @@ Subject: Use kseq.h from htslib, not the bundled version</td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="33" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
33
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="33" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
33
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> KSEQ_INIT(gzFile, gzread);</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="34" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
34
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="34" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
34
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> #endif</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="35" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
35
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="35" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
35
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="36" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
36
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="36" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- <span class="idiff left right deletion" style="background-color: #fac5cd;">kallisto.orig</span>/src/common.h</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="37" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
37
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="36" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ <span class="idiff left right deletion" style="background-color: #fac5cd;">kallisto</span>/src/common.h</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="38" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="36" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
36
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- <span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;">a</span>/src/common.h</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="38" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="37" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
37
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ <span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;">b</span>/src/common.h</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="38" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
38
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="38" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
38
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -9,7 +9,7 @@</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="39" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
39
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="39" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
39
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> #include <vector></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="40" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
40
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="40" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
40
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> #include <iostream></span>
</pre></td>
</tr>

</table>
<br>
</li>
<li id="bc34014ab4b9a49dd7a27bdd8d352912607c3a96">
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/compare/ff9a764bd70c316b5f0c46167186b63e56c611b5...b3d7e4739e3e16f4859c44803be0cf86c7f3202d#bc34014ab4b9a49dd7a27bdd8d352912607c3a96"><strong style="font-weight: 600;">debian/patches/series</strong></a>
<hr style="overflow: hidden; border: 1px solid #dcdcde;">
<table class="code white" style="border-spacing: 0; border-collapse: collapse; width: auto; font-family: monospace; font-size: 90%;" bgcolor="#ffffff" width="100%" cellpadding="0" cellspacing="0">
<tr class="line_holder match" style="line-height: 1.6;">
<td class="diff-line-num unfold js-unfold old_line" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="diff-line-num unfold js-unfold new_line" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="line_content match" style="color: rgba(5,5,6,.24); padding: inherit;" bgcolor="#fbfafd">@@ -2,8 +2,8 @@ use_debian_packaged_htslib.patch</td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
2
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
2
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="plaintext">htslib1.3</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
3
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
3
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="plaintext">gcc11.patch</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
4
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
4
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="plaintext">disable-failing-bustools-test.patch</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
5
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="plaintext">#use_debian_packaged_bifrost.patch</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="6" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
6
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="plaintext"><span class="idiff left right deletion" style="background-color: #fac5cd;">fix_bifrost_defines.patch</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
5
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="plaintext">#use_debian_packaged_bifrost.patch<span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;"> - not usable since the fork is of 1.0.6.4 while Debian has packaged 1.3.5 which is incompatible and requires heavy upstream changes</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="6" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
6
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="plaintext"><span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;">#                                    see commit 5c69de56085ebbcfd3fcace0325cf592d2099abe</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
7
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
7
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="plaintext">bifrost_typo.patch</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
8
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
8
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="plaintext">std_gnu17.patch</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
9
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
9
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="plaintext">cmake4.patch</span>
</pre></td>
</tr>

</table>
<br>
</li>
<li id="27805c5723f345aca53b962061ea18e12253e83c">
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/compare/ff9a764bd70c316b5f0c46167186b63e56c611b5...b3d7e4739e3e16f4859c44803be0cf86c7f3202d#27805c5723f345aca53b962061ea18e12253e83c"><strong style="font-weight: 600;">debian/patches/std_gnu17.patch</strong></a>
<hr style="overflow: hidden; border: 1px solid #dcdcde;">
<table class="code white" style="border-spacing: 0; border-collapse: collapse; width: auto; font-family: monospace; font-size: 90%;" bgcolor="#ffffff" width="100%" cellpadding="0" cellspacing="0">
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
1
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
1
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Author: Andreas Tille <tille@debian.org></span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
2
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Last-Update: 202<span class="idiff left deletion" style="background-color: #fac5cd;">5</span>-10-2<span class="idiff right deletion" style="background-color: #fac5cd;">1</span></span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
2
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Last-Update: 202<span class="idiff left addition" style="background-color: #c7f0d2;">6</span>-10-2<span class="idiff right addition" style="background-color: #c7f0d2;">0</span></span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
3
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
3
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Description: Try hard to get bifrost build with recent gcc</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
4
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
4
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
5
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
5
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- a/CMakeLists.txt</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="6" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
6
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="6" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
6
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ b/CMakeLists.txt</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
7
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -54,6 +54,7 @@</span> else()</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
8
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff">     check_cxx_compiler_flag(-std=c++17 COMPILER_SUPPORTS_CXX17)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
9
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff">     if(COMPILER_SUPPORTS_CXX17)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="10" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
10
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff">     set(CMAKE_CXX_STANDARD 17)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
11
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+    set(CMAKE_CXX_EXTENSIONS ON)</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="12" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
12
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff">     else()</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="13" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
13
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff">     set(CMAKE_CXX_STANDARD 11)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="14" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
7
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -66,12 +66,12 @@</span> else()</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="14" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
14
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
8
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff">     endif()</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="15" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
15
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -63,7 +64,8 @@</span> endif()</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
9
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="10" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
10
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff">     set(CMAKE_CXX_STANDARD_REQUIRED ON)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
11
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-    set(CMAKE_CXX_EXTENSIONS OFF)</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="12" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
12
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+    set(CMAKE_CXX_EXTENSIONS ON)</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="13" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
13
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"> endif()</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
16
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="14" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
14
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="17" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
17
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="15" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
15
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> #add_compile_options(-Wall -Wno-unused-function)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="18" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
18
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> add_compile_options(-Wno-subobject-linkage) # Suppress bifrost warning</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="19" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
16
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"> add_compile_options(<span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;">-Wno-deprecated-declarations </span>-Wno-subobject-linkage) # Suppress bifrost warning</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="19" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
19
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="17" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
17
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-set(PROJECT_BIFROST_CMAKE_CXX_FLAGS "-Wno-subobject-linkage -Wno-return-type") # Suppress bifrost warning</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="20" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
20
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="18" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+add_compile_options(-Wno-deprecated-declarations) # More relaxation for bifrost</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="21" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
21
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="18" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
18
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+set(PROJECT_BIFROST_CMAKE_CXX_FLAGS "-Wno-subobject-linkage -Wno-return-type -Wno-deprecated-declarations") # Suppress bifrost warning</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="22" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
22
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="19" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
19
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="23" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
23
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="20" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
20
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> if(LINK MATCHES static)</span>
</pre></td>
</tr>

</table>
<br>
</li>
<li id="4ce3d06f18bafda3c884cb60d10bafd751984963">
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/compare/ff9a764bd70c316b5f0c46167186b63e56c611b5...b3d7e4739e3e16f4859c44803be0cf86c7f3202d#4ce3d06f18bafda3c884cb60d10bafd751984963"><strong style="font-weight: 600;">debian/patches/use_debian_packaged_bifrost.patch</strong>
deleted</a>
<hr style="overflow: hidden; border: 1px solid #dcdcde;">
<table class="code white" style="border-spacing: 0; border-collapse: collapse; width: auto; font-family: monospace; font-size: 90%;" bgcolor="#ffffff" width="100%" cellpadding="0" cellspacing="0">
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
1
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Author: Andreas Tille <tille@debian.org></span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
2
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Last-Update: Fri, 05 Jan 2024 15:02:12 +0100</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
3
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Description: Use Debian packaged bifrost</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
4
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
5
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- kallisto.orig/src/CMakeLists.txt</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="6" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
6
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ kallisto/src/CMakeLists.txt</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
7
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -17,7 +17,7 @@</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
8
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> add_executable(kallisto main.cpp)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
9
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="10" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
10
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> find_package( Threads REQUIRED )</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="11" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
11
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-ExternalProject_Get_Property(bifrost install_dir)</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="12" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
12
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+# ExternalProject_Get_Property(bifrost install_dir)</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="13" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
13
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> if(!DEBIAN_BUILD)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="14" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
14
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> if (USE_BAM)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="15" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
15
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> target_link_libraries(kallisto kallisto_core pthread ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/../ext/htslib/libhts.a ${install_dir}/build/src/libbifrost.a)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
16
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -25,8 +25,8 @@</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="17" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
17
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> target_link_libraries(kallisto kallisto_core pthread ${install_dir}/build/src/libbifrost.a)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="18" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
18
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> endif(USE_BAM)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="19" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
19
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> else()</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="20" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
20
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-# FIXME: once bifrost is accepted this should be linked against the Debian packaged library</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="21" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
21
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-target_link_libraries(kallisto kallisto_core pthread ${install_dir}/build/src/libbifrost.a)</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="22" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
22
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+include_directories(/usr/include/bifrost /usr/include/htslib)</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="23" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
23
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+target_link_libraries(kallisto kallisto_core pthread libbifrost)</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="24" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
24
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> endif()</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="25" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
25
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="26" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
26
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> if(LINK MATCHES static)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="27" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
27
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- kallisto.orig/src/KmerIndex.cpp</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="28" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
28
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ kallisto/src/KmerIndex.cpp</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="29" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
29
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -12,6 +12,8 @@</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="30" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
30
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> #include <string></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="31" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
31
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> #include "ColoredCDBG.hpp"</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="32" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
32
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="33" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
33
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+typedef boomphf::mphf<Minimizer, MinimizerHash> boophf_t;</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="34" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
34
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="35" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
35
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> // --aa option helper functions</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="36" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
36
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> // first three letters of nucleotide seq -> comma-free nuc_seq</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="37" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
37
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="0" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> // the three stop codons will be translated to 'NNN'</span></pre></td>
</tr>

</table>
<br>
</li>
<li id="e9ffd79035f20df75689c726e3780374ee2ad4f4">
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/compare/ff9a764bd70c316b5f0c46167186b63e56c611b5...b3d7e4739e3e16f4859c44803be0cf86c7f3202d#e9ffd79035f20df75689c726e3780374ee2ad4f4"><strong style="font-weight: 600;">debian/patches/use_debian_packaged_htslib.patch</strong></a>
<hr style="overflow: hidden; border: 1px solid #dcdcde;">
<table class="code white" style="border-spacing: 0; border-collapse: collapse; width: auto; font-family: monospace; font-size: 90%;" bgcolor="#ffffff" width="100%" cellpadding="0" cellspacing="0">
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
1
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="1" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
1
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Author: Andreas Tille <tille@debian.org></span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
2
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Last-Update: 20<span class="idiff left deletion" style="background-color: #fac5cd;">19-03</span>-2<span class="idiff right deletion" style="background-color: #fac5cd;">1</span></span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="2" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
2
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Last-Update: 20<span class="idiff left addition" style="background-color: #c7f0d2;">26-10</span>-2<span class="idiff right addition" style="background-color: #c7f0d2;">0</span></span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
3
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="3" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
3
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="p">Description: Adapt build system to Debian packaged libhts</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
4
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="4" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
4
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
5
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="5" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
5
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- a/CMakeLists.txt</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="6" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
6
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="6" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
6
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ b/CMakeLists.txt</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
7
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -7<span class="idiff left deletion" style="background-color: #fac5cd;">1</span>,8 +7<span class="idiff right deletion" style="background-color: #fac5cd;">1</span>,17 @@</span> ELSE(LINK MATCHES shared)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="7" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
7
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -7<span class="idiff left addition" style="background-color: #c7f0d2;">9</span>,8 +7<span class="idiff right addition" style="background-color: #c7f0d2;">9</span>,17 @@</span> ELSE(LINK MATCHES shared)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
8
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="8" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
8
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff">     message("shared build")</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
9
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="9" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
9
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> ENDIF(LINK MATCHES static)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="10" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
10
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="10" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
10
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder match" style="line-height: 1.6;">
<td class="diff-line-num unfold js-unfold old_line" data-linenumber="14" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="diff-line-num unfold js-unfold new_line" data-linenumber="14" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="line_content match" style="color: rgba(5,5,6,.24); padding: inherit;" bgcolor="#fbfafd">@@ -14,7 +14,7 @@ Description: Adapt build system to Debian packaged libhts</td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="14" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
14
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="14" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
14
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+    PREFIX ${PROJECT_SOURCE_DIR}/ext/bifrost</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="15" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
15
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="15" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
15
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+    SOURCE_DIR ${PROJECT_SOURCE_DIR}/ext/bifrost</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
16
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="16" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
16
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+    BUILD_IN_SOURCE 1</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="17" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
17
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="17" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+    CONFIGURE_COMMAND mkdir -p build && cd build && cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${PREFIX} -DCMAKE_CXX_FLAGS=${PROJECT_BIFROST_CMAKE_CXX_FLAGS}</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="18" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="17" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
17
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+    CONFIGURE_COMMAND mkdir -p build && cd build && cmake .. <span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;">-DMAX_KMER_SIZE=${MAX_KMER_SIZE} </span>-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${PREFIX} -DCMAKE_CXX_FLAGS=${PROJECT_BIFROST_CMAKE_CXX_FLAGS}</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="18" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
18
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="18" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
18
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+    BUILD_COMMAND cd build && make</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="19" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
19
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="19" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
19
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+    INSTALL_COMMAND ""</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="20" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
20
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="20" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
20
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+)</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder match" style="line-height: 1.6;">
<td class="diff-line-num unfold js-unfold old_line" data-linenumber="23" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="diff-line-num unfold js-unfold new_line" data-linenumber="23" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="line_content match" style="color: rgba(5,5,6,.24); padding: inherit;" bgcolor="#fbfafd">@@ -23,11 +23,11 @@ Description: Adapt build system to Debian packaged libhts</td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="23" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
23
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="23" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
23
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> if (USE_BAM)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="24" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
24
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="24" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
24
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> ExternalProject_Add(htslib</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="25" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
25
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="25" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
25
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff">     PREFIX ${PROJECT_SOURCE_DIR}/ext/htslib</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="26" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
26
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="26" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -1<span class="idiff left right deletion" style="background-color: #fac5cd;">07,15 +116,24</span> @@</span> if (ZLIBNG)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="27" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="26" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
26
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -1<span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;">15,8 +124,18</span> @@</span> if (ZLIBNG)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="27" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
27
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="27" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
27
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> endif(ZLIBNG)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="28" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
28
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="28" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
28
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="29" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
29
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="29" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
29
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> if (USE_BAM)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="30" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
30
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="30" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-include_directories(${htslib_PREFIX}/src/htslib)</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="31" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="30" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
30
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-<span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;">    </span>include_directories(${htslib_PREFIX}/src/htslib)</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="31" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
31
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="31" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
31
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+    if(DEBIAN_BUILD)</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="32" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
32
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="32" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
32
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+        # For Debian builds, use system htslib</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="33" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
33
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="33" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
33
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+        find_package(PkgConfig REQUIRED)</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder match" style="line-height: 1.6;">
<td class="diff-line-num unfold js-unfold old_line" data-linenumber="40" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="diff-line-num unfold js-unfold new_line" data-linenumber="40" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="line_content match" style="color: rgba(5,5,6,.24); padding: inherit;" bgcolor="#fbfafd">@@ -40,16 +40,9 @@ Description: Adapt build system to Debian packaged libhts</td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="40" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
40
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="40" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
40
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+    endif()</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="41" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
41
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="41" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
41
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> endif(USE_BAM)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="42" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
42
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="42" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
42
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+endif()</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="43" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
43
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="43" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> include_directories(${EXT_PROJECTS_DIR}/bifrost/build/src)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="44" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
44
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="43" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="45" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
45
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="43" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> ExternalProject_Get_Property(bifrost install_dir)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="46" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
46
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="43" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> include_directories(${install_dir}/src)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="47" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
47
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="43" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
43
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="48" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="44" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
44
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"> include_directories(${EXT_PROJECTS_DIR}/bifrost/build/src)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="48" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
48
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="45" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
45
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="49" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
49
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="46" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">-</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="50" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
50
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="46" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> # add_compile_options(-Wdeprecated-register)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="51" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
51
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="46" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="52" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
52
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="46" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> add_subdirectory(src)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="53" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
53
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="46" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
46
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gd" style="color: #000000; background-color: #ffdddd;">--- a/src/CMakeLists.txt</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="54" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
54
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="47" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
47
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+++ b/src/CMakeLists.txt</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="55" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
55
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="48" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
48
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -3,9 +3,11 @@</span> file(GLOB headers *.h *.hpp)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder match" style="line-height: 1.6;">
<td class="diff-line-num unfold js-unfold old_line" data-linenumber="66" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="diff-line-num unfold js-unfold new_line" data-linenumber="59" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">...</td>
<td class="line_content match" style="color: rgba(5,5,6,.24); padding: inherit;" bgcolor="#fbfafd">@@ -66,7 +59,7 @@ Description: Adapt build system to Debian packaged libhts</td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="66" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
66
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="59" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
59
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> set(MAX_KMER_SIZE "32")</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="67" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
67
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="60" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
60
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="p">@@ -18,13 +20,28 @@</span> target_include_directories(kallisto_core</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="68" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
68
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="61" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
61
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder old" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num old" data-linenumber="69" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
69
</td>
<td class="new_line diff-line-num old" data-linenumber="62" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #fac5cd; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#f9d7dc">
 
</td>
<td class="line_content old" style="padding: inherit;" bgcolor="#fbe9eb"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>-<span class="line" data-lang="diff"> add_executable(kallisto main.cpp)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder new" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num new" data-linenumber="70" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
 
</td>
<td class="new_line diff-line-num new" data-linenumber="62" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #c7f0d2; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#ddfbe6">
62
</td>
<td class="line_content new" style="padding: inherit;" bgcolor="#ecfdf0"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'>+<span class="line" data-lang="diff"> add_executable(kallisto main.cpp<span class="idiff left right addition" style="background-color: #c7f0d2;"> ${sources} ${headers}</span>)</span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="70" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
70
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="63" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
63
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"> </span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="71" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
71
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="64" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
64
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+if (DEBIAN_BUILD)</span></span>
</pre></td>
</tr>
<tr class="line_holder" style="line-height: 1.6;">
<td class="old_line diff-line-num" data-linenumber="72" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
72
</td>
<td class="new_line diff-line-num" data-linenumber="65" style="width: 35px; color: rgba(5,5,6,.24); border-right-width: 1px; border-right-color: #ececef; border-right-style: solid; padding: inherit;" align="right" bgcolor="#fbfafd">
65
</td>
<td class="line_content" style="padding: inherit;"><pre style='display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: inherit; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 0; border: inherit solid #dcdcde;'> <span class="line" data-lang="diff"><span class="gi" style="color: #000000; background-color: #ddffdd;">+  if(USE_BAM)</span></span>
</pre></td>
</tr>

</table>
<br>
</li>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">
โ€”
<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/compare/ff9a764bd70c316b5f0c46167186b63e56c611b5...b3d7e4739e3e16f4859c44803be0cf86c7f3202d">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> ยท <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/kallisto/-/compare/ff9a764bd70c316b5f0c46167186b63e56c611b5...b3d7e4739e3e16f4859c44803be0cf86c7f3202d at 1792520541
</span>



</p>
</div>
</body>
</html>