<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/gcsa2">Debian Med / gcsa2</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/gcsa2/-/commit/75e99a77be35461e5cf7e14d5fb77d443557c141">75e99a77</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-21T21:18:19+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>d/watch: version=5
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/gcsa2/-/commit/c4f0b53dcba41f7af01d29865e5ba2db95a39251">c4f0b53d</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-21T21:19:31+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/gcsa2/-/commit/65cdacde070fffc4a4939f73a957a9d9a66e1acf">65cdacde</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-21T21:19:32+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 1.4</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/gcsa2/-/commit/ad85ec6fd02710ec17ec77dcc4760208980fa8c4">ad85ec6f</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-21T21:19:32+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update upstream source from tag 'upstream/1.4'

Update to upstream version '1.4'
with Debian dir 344c2eda7421111c3c377dfd4f10df04b9168089</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/gcsa2/-/commit/62496f503df501c401599d7f6b6a09635a335d27">62496f50</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-21T21:19:32+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Standards-Version: 4.7.4 (routine-update)
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/gcsa2/-/commit/e2c50f32b0000660568302de844643a47a62bf28">e2c50f32</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-21T21:19:32+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>debhelper-compat 13 (routine-update)
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/gcsa2/-/commit/ffe8900221b15f9ffec05e937f39de6a99da96aa">ffe89002</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-21T21:26:05+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Changes made by cme
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/gcsa2/-/commit/e0a47c7ae917e74060311eb9c23763e8c48359e8">e0a47c7a</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-21T21:26:14+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>lintian-brush: add d/u/metadata (routine-update)
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/gcsa2/-/commit/08742e53c5301a8363eb9a7e06a1aed538a699a3">08742e53</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-21T21:29:03+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Remove autopkgtest template
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
39 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#a5cc2925ca8258af241be7e5b0381edf30266302">
.gitignore
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0398ccd0f49298b10a3d76a47800d2ebecd49859">
LICENSE
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#836efb6e25a091dcb4ff8e1dbb2f0be6a5cbf14c">
Makefile
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8ec9a00bfd09b3190ac6b22251dbb1aa95a0579d">
README.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7eaefe266c7cd49153a68e1de57043066d6bd87a">
benchmark/Makefile
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c660beaa7e532f38b1f45d9a1bf519e51e0c5b77">
benchmark/count_kmers.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f92d27e8f5576f33f6426df713afdc9d14c46af1">
benchmark/csa_query.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#594c22f71cfb9496f72748e164a85d71bfb9b885">
benchmark/query_gcsa.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f6a99a1e522a0f5ca122fd9818a9d8536ea59942">
<span class="deleted-file">
−
debian/README.test
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#78fd675df1cf8c2d4c62ae1a9a912d15c8c50ba4">
<span class="deleted-file">
−
debian/compat
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#83223a554d33ba7e1888274ff8ac43adb8147ba0">
<span class="deleted-file">
−
debian/tests/control
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8c77cc51b09ef1f7b294222180bcdb53ebb70e2f">
<span class="deleted-file">
−
debian/tests/run-unit-test
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f5606a935d95a2f20059a7ac1136f47b2edadbf6">
<span class="new-file">
+
debian/upstream/metadata
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#68ef9f98c01c7eecd4c605cc26048a06f3304b79">
debian/watch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b6842e3388474e335749e09999f65c85f03896a9">
include/gcsa/algorithms.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dd5b237016344e9ac5466af938e3c2d4efc622ef">
include/gcsa/dbg.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f62c550d3e80bbd149b1290d188f64a590b94145">
include/gcsa/files.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b05a3ade3f1421eabe4b8cdfb11c6ef7467cae78">
include/gcsa/gcsa.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#94a8cdac88fc3c9584b2fb71ebd94aa7905c6dc3">
include/gcsa/internal.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c012d48150e2c9a38ac8a905a5df86b94adb6bb8">
include/gcsa/lcp.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#91d68eeb669efea1c460158e93d03d86bd05423c">
include/gcsa/path_graph.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a297e222f718b6348079019b97145f13ae3e3759">
include/gcsa/support.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d2e58687c13f285af9d8c17d3115ebb2e5fd4f24">
include/gcsa/utils.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c0fffa6dab38719637f643131f704750033ea1a6">
<span class="new-file">
+
install.sh
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#787037ef111d174656f267bdb59f4927480c3bcc">
algorithms.cpp
→
src/algorithms.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5d1e6c49211f99485542b1ee5abae8b9fb838602">
build_gcsa.cpp
→
src/build_gcsa.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d495592b5a3f8dd3453d29d6e494ceee7251fc12">
convert_graph.cpp
→
src/convert_graph.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a871e78085e6ca4f2934092375d3714b0aece5d8">
dbg.cpp
→
src/dbg.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8da821b4190ea40adef230b8db48948b4280a34c">
files.cpp
→
src/files.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2dc05a9f7b967edd61544801fb9421dae7e43bf7">
gcsa.cpp
→
src/gcsa.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b3493f18cd7547b4cf72bd7182287e107e397f5e">
gcsa_format.cpp
→
src/gcsa_format.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1146edcdda08b08eb2368487caa1811d6c0f6a43">
internal.cpp
→
src/internal.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#70ff113f5502f4d9fefbdfef43a4be90fea654e8">
lcp.cpp
→
src/lcp.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ad5b4731301d220810af3efaf898cb68ad50b3f8">
path_graph.cpp
→
src/path_graph.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b906ea8eaf2f92ff57f72c87618fd22d250ad6a9">
support.cpp
→
src/support.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f83c10ba90521f5ac7f4abf41b2e8c50c11c748e">
try_extend.cpp
→
src/try_extend.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#610bd958ff12daba6879d14639b1c9dd8bac14f7">
utils.cpp
→
src/utils.cpp
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">
—
<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/gcsa2/-/compare/8ed445404354c56891eb55a438c029750c9c5679...08742e53c5301a8363eb9a7e06a1aed538a699a3">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/gcsa2/-/compare/8ed445404354c56891eb55a438c029750c9c5679...08742e53c5301a8363eb9a7e06a1aed538a699a3 at 1792612519
</span>



</p>
</div>
</body>
</html>