<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch upstream at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/libvcflib">Debian Med / libvcflib</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libvcflib/-/commit/bcc57ccbfedab86310e5ab6855ec4a695c8e56bf">bcc57ccb</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-22T16:01:22+02:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 1.0.15+dfsg</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
319 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#69f0b4e823a65254e03abae9b204d501ac490ca4">
.github/workflows/ci_test.yml
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5cc2925ca8258af241be7e5b0381edf30266302">
.gitignore
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9a2aa4db38d3115ed60da621e012c0efc0172aae">
CMakeLists.txt
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8ec9a00bfd09b3190ac6b22251dbb1aa95a0579d">
README.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#02615afbd7987ce1aa7eed51744758c02d765d6d">
RELEASE_NOTES.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b5b096f958319b1c7782c800c78c4c358a58d709">
<span class="new-file">
+
TODO.md
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b33892fbddeffc3368077b4904ad0b3d562a7312">
VERSION
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#422ce1fb1fc0f2e21f45e3fa822a7e1cd4176970">
doc/abba-baba.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c26793a1c919cdb9bfa805022d39be659771dfdd">
doc/bFst.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8987b3d989b2500cc00a4d05f64ddd0b7f047882">
doc/dumpContigsFromHeader.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#478ab4e54b31ae0b86a2792f989cce00ba44accb">
doc/genotypeSummary.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9d5cc675d741eacf1eee2051d0e893ca0fcaa433">
doc/hapLrt.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#83df78392aea2387b753dda40f83c5039c070c4c">
doc/iHS.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#44f50bf0a67e7a3b5e963fdf78c9b7cf1e3228b8">
doc/meltEHH.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b86ed9dc4b72f4fdc858626e145f1188f39e693b">
doc/normalize-iHS.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1fc48cf5f27f7591ac2c07ad84dda6519d42fbe3">
doc/pFst.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c3c4655697e1edb6c2f62417ca4280fa533bd722">
doc/pVst.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e007a15f34e94c788ee10b8e075dd5c93e29913b">
doc/permuteGPAT++.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6dfc6e81ebe1cb2336507dcb8ad2fefba2110105">
doc/permuteSmooth.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4d61aa545be149d78f8062dc24fd828a1b8f6599">
doc/plotHaps.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8e11e1d56841fbcebe742b53f13ff02299bf614c">
doc/popStats.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e7727ef7098eceed5fd847bf85ab38daf3312657">
doc/segmentFst.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ae8960d6735f6a2b882dfb1ded1e34590e2b2bab">
doc/segmentIhs.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#26fe86a5042088481bf8c3d565c02e9bb6752554">
doc/sequenceDiversity.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4f46fcd6b722ce9c80d12a88fb51539d6ad57410">
doc/smoother.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5eec4d3bb790e355983fde5bbb8ab7c926d1bfe">
doc/vcf2dag.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e936fdc30a3fffddf3492c38daaa07a4586ca0d4">
doc/vcf2fasta.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dc9fe95e3c3b09565f2e24859a8408b9b9c82ca6">
doc/vcf2tsv.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#738b7162f3ec5673f6ad8c64e2f72770f1462259">
doc/vcfaddinfo.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a9f0bbd77f72ba1da9ec67946fd3cfa16d706a6d">
doc/vcfafpath.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#11d485e7636317c3b0b01b159f1e86ce1eba887f">
doc/vcfallelicprimitives.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c0ffbae2b8a2e81e20d2fa6b7133be60a1d4a323">
doc/vcfaltcount.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5111f726e2c4b15a18627c6ae0c4a3512dedb51e">
doc/vcfannotate.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0a2828e023c1fd4e42b7fe5c53a6c20e10b915e9">
doc/vcfannotategenotypes.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4e36d9ebd0d69ccd4836ed5b05a9d65ebe3e2abc">
doc/vcfbreakmulti.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#717261fcdda13985368fe11ebf0e28a1f55ff7d1">
doc/vcfcat.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b17dd358b13736e9cab25f03dbb40682cbc67602">
doc/vcfcheck.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#55006b6a0fec2bcf3c363bf966e535ca17646cb4">
doc/vcfclassify.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e4d47178814750ca35e191a67b80ab951fdd7800">
doc/vcfcleancomplex.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d6c1c0121278bed8c0d5bc3afcbebc3d04b7338b">
doc/vcfcombine.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#097dd4aa946a37d4fc468e7d10eed860da3c4034">
doc/vcfcommonsamples.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#834b8213a1b494d583f059a1a5f705ad56d3684d">
doc/vcfcountalleles.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ff5a63d566d99c2b2292da0b312fdd3789c24840">
doc/vcfcreatemulti.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dda2294e9e1968f9064eacd6ef4ed19a7db12fc2">
doc/vcfdistance.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2b2bcb77b21fa49cbadca7ca9a32a8e11c112d2e">
doc/vcfecho.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5bc1f2c67ddfc0485ce8fd79b6c19d3930f2870c">
doc/vcfentropy.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#924cea6de53efc0ceae1f3e33d467ef05e338586">
doc/vcfevenregions.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3bbf5ea97328f37fecdfcb6a3dee67370889ffc4">
doc/vcffilter.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d7bc5c3f9741509c3e392996e2e74824cb2c351d">
doc/vcffixup.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3869e762f6d8fc4edaad4f1fa94274e0f0dffa6c">
doc/vcfflatten.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4560884783a5920776321687e38e4f0b97acf637">
doc/vcfgeno2alleles.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f6abdc561bca4b37be73c936640d4b7979c63c21">
doc/vcfgeno2haplo.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#574b44ae44f37b70629613aea0b09ef519bd6340">
doc/vcfgenosamplenames.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#db351b43982674e5b0250e425728839ca869d66e">
doc/vcfgenosummarize.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e92c2cbc2b91cdc8ed00444f3fb022446f414a70">
doc/vcfgenotypecompare.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9cac2f83d20412d78606de4e01cae72ccbbecb2e">
doc/vcfgenotypes.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#059e2f0c762e6745650970ac533a7837ac2b18dc">
doc/vcfglbound.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d74134dfa159f14d52bf06bc5b94aa5c7a6b3da4">
doc/vcfglxgt.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#65ffdbf85989f48e4dfd310df2a7882902aab663">
doc/vcfhetcount.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#133fe2438d671cfe90a5b211bcdbdea91eb13da2">
doc/vcfhethomratio.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#aed41057c2c74806dd55ba6bce662ad90b55501c">
doc/vcfindex.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cb771b6774a27c88b89595a403379bd7c1d821ca">
doc/vcfinfo2qual.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a87ca203ba9fa81d3e2330b025136f7cea902757">
doc/vcfinfosummarize.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1d2ad46ec2c64379e44c64399ac34767657831ac">
doc/vcfintersect.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8f79242513381328a5127887d502bb282d39a053">
doc/vcfkeepgeno.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#01d6e19c49139ae30ebce5af406be14e983d8e7d">
doc/vcfkeepinfo.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3af80ceadca5941a33d13dda4983007f6d35bc21">
doc/vcfkeepsamples.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4749056a1a1b44e40a234c09830811d07e394b63">
doc/vcfld.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1214d54d95dc9451b5dc4e1f13c32de4dde11251">
doc/vcfleftalign.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c436418f2f541838506f5917ae871986acdafd30">
doc/vcflength.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e65396e8c1a3febade33f2a37c27035d1a5e1f47">
doc/vcflib.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3666ebd03f9780493d656ed673fbd59bb7500f3f">
doc/vcfnullgenofields.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#aaeef0d4481891135875b10f482694b97d1a0416">
doc/vcfnumalt.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ddf0fbc58293586129372652d28c123a9450b29e">
doc/vcfoverlay.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ae9067993174d85eb2d890127059a88905e10e0b">
doc/vcfparsealts.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1f36bc21d1117c9cafc69d2db7979f0334f1755c">
doc/vcfprimers.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ec8cd2d845865781ac97dcb0df6d730c9ea967e1">
doc/vcfqual2info.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f5f4b3668e136a2a5e9dea8fe4990fbf9cb64384">
doc/vcfrandom.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3cd873b6a54fbac077ad6f22c8e50debca84f626">
doc/vcfrandomsample.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d32a776c2097ed719955a5ecca31f1c7c01c3682">
doc/vcfremap.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0e11d4b4799cfda4e6c78c4a2974409abb1edaf0">
doc/vcfremoveaberrantgenotypes.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#100234d04ffa43ebbd0a57d694c2e8ca46c37b88">
doc/vcfremovesamples.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#70b9c9392ae2f2cd1598bc083d4d9391a7b7fa85">
doc/vcfroc.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#139f004b0e2d0930b014c4d2f1c89b93a16bedfa">
doc/vcfsample2info.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c3d6f77697cca69117180082a2061a1a0fb9cda5">
doc/vcfsamplediff.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a4a6c7ae17e58dbe6174297eaedcb934ac0d17c8">
doc/vcfsamplenames.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#21de3d4642f86c8974e1b87f3bd4d482a5a34bb5">
doc/vcfsitesummarize.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9881d6aa2de81fbc271c8b3a784e82001ab69500">
doc/vcfstats.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7c6a3478aa51c2b116fd953a6ca43955fdd346c4">
doc/vcfstreamsort.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#50fa8dde7047676c9f881eeb273d9b8838eb1c24">
doc/vcfuniq.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4be68450cbb7dd4172dc092775952110a26088bf">
doc/vcfuniqalleles.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7567bc3d13ef1e585b357633ae3c5fb46b7048f7">
doc/vcfwave.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dc4c413dbb2f3bbfacbbcd00f22882279ec437d0">
doc/wcFst.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8830c9ed5fb31e949b61cb9b0e6e4a49f2d44d55">
guix.scm
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cdbc5b3cf8e12c2b1eafe2c81c6b43206502e48a">
man/abba-baba.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a873974b85e4f9cb61efc93fb8b8b4887536171d">
man/bFst.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#29a167b79cc95877837fc29edb34d56d61b7813f">
man/dumpContigsFromHeader.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8504e4e5cb68b1b264524f72d6dff33e2ccf60b4">
man/genotypeSummary.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c003a3c252bf59631364f76306428ead6297234a">
man/hapLrt.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#840ca33788673b8f39eb4ec7e51afaf41e4d3d36">
man/iHS.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#30d1870e2188a5bfaa2cd0f35b6e06c3a907a152">
man/meltEHH.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a337ea3ed1b97d241aa1c615c1615b1bb9a33e50">
man/normalize-iHS.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#01f2b2762ff6f88dffe55b73da8c84581da517ed">
man/pFst.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a0c9acf111765d1ed2d7ef3db8594ff794c295c3">
man/pVst.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7da1ddb195d973e95d48d09689d34998ad91dd06">
man/permuteGPAT++.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2a79ca505fdc8b99a082770ee464f9349af989d9">
man/permuteSmooth.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0a7a60ad4dae30a5b0b5c95e570453c5178196bd">
man/plotHaps.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d18c60271a948353511008243196cfbd2d4eaafa">
man/popStats.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5aa807baf8ee0712d1a0a163b58227e93a3cfeb1">
man/segmentFst.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5b51f950cb6583b8a372591f0110c2aca46f7363">
man/segmentIhs.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d16fc6fe193fe2d9668d1696dc3bd83c2f630101">
man/sequenceDiversity.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2730545d85dee20abcee732c800e27b65ce087ab">
man/smoother.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a3ad955c6f60b9f7ce1786209693aa042460ffe0">
man/vcf2dag.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3b19903225a8fdb27278a6d3efe23687f25e8c74">
man/vcf2fasta.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d0932ab337503e3000b79975172437e1723b3bb7">
man/vcf2tsv.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#24713c3dc909f2c37825d986574df9811e8d2b2f">
man/vcfaddinfo.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#56ec56cd08ebb9f8c842b327a9bd8c884e8b267d">
man/vcfafpath.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#12f543080c2cb2a68e79ff5f4f71756673788c08">
man/vcfallelicprimitives.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#52fe10e42952c3bdcee5e6e8c29eefacc550678f">
man/vcfaltcount.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5055ec2c5668520a990dbfb5d7ce0723f2bcbd30">
man/vcfannotate.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#954496af2f0cbf38bb590ccd546f7a1da3de9a3d">
man/vcfannotategenotypes.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1c7d69d4a534d7b4e7b9cb076b31747646470413">
man/vcfbreakmulti.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a9a93c0a3783170adccf2d58aae6880e81be75b5">
man/vcfcat.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#990dd0ca936f854e3f3190f5e5b4636c70ade534">
man/vcfcheck.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b11f49b70656645bdcfdccba843cf9ecb34e78e4">
man/vcfclassify.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2144c9a90cad06fc1dda5094558be988d38381c2">
man/vcfcleancomplex.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#09fb536d02985bd6dcf3f6027b9350d17424edff">
man/vcfcombine.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0b8def86c9521e8b9c31f33d180f8c147f579bd0">
man/vcfcommonsamples.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e22ee9169a2ad32debd99d0fd80aed26534c020a">
man/vcfcountalleles.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#37a2033f3849218fd2e43f436574303680e39689">
man/vcfcreatemulti.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d2be8bf26888c8301e1cd7abdb1d23ef417cf920">
man/vcfdistance.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5456ef50eead25159e3ded52fb448588c3f59e60">
man/vcfecho.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b54d6156bef28fcd400521afd3061337832e0f5b">
man/vcfentropy.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#79fe8352679ffba4cc9fc968745246ceb2a4fa3e">
man/vcfevenregions.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#52b662feac55d4375866f6cf933f528cab565627">
man/vcffilter.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#0c6928744824e52f31a0960a528000f797ccfe58">
man/vcffixup.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bfbdc8f538781fa04c8d03b2ed3fe19051055e89">
man/vcfflatten.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7c6f131f1bb7bad545f5ab5009f027036a231659">
man/vcfgeno2alleles.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f4c94a9a8b94380423a350429fc4c8adc1f1da1a">
man/vcfgeno2haplo.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6ef819e694e843afb776b958efa361da5ab312cc">
man/vcfgenosamplenames.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2ba2d0ee970384950a288c31e5bf0dab8083a106">
man/vcfgenosummarize.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cbdbf693d8d907ea6721b6583c7970d1b1c0ed8d">
man/vcfgenotypecompare.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dca9c39378c71313b95aa63bb6fac3d58b7f955c">
man/vcfgenotypes.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d7468c3769ddd5eb15be8de0d473c778c3e7fce7">
man/vcfglbound.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a3f0f0a7f10e989c23914b1ffcb8c5daf83319e6">
man/vcfglxgt.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#29ff69ef1721ec624c6943c21389b1b9e6f537e8">
man/vcfhetcount.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a96349eef38c7c8bc5bada4494efc7d64f570966">
man/vcfhethomratio.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#68260eca4ceb34dbe6abb82df426933ad0bbd8e2">
man/vcfindex.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#814dcf41af85ec009eba66d1b40f4008b63467ff">
man/vcfinfo2qual.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b51f002ab6fc2bbae5cb182b656dd66dcd7ecf6c">
man/vcfinfosummarize.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a37a1f7bf05a0afbd697f2cf71b7fbaf0285bbd0">
man/vcfintersect.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2e12da6a93ac182cc48a53b8eef7fa798cae7598">
man/vcfkeepgeno.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4c399890b00885861f59af5ab5bed8f3cfd02b77">
man/vcfkeepinfo.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8d5f35669c972fa3ad43113d3182d831c43d4cb2">
man/vcfkeepsamples.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2b8e8294208d2038f89568295a66001f1f0c6404">
man/vcfld.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#50173eac8cb5285327721f34e1b2da8718d380a9">
man/vcfleftalign.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#331c84d7fb0691741c47cc47202920b1b8d1223a">
man/vcflength.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1c43e026eba1aba9a768abaadfff7ba6c5a16769">
man/vcflib.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#146ab34e5b94f4373ecaec3bb7e169a85ff30886">
man/vcfnullgenofields.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c2c824560b2d535fafe0410cbb25efb0eef774aa">
man/vcfnumalt.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#57b882d8b5d49775ff629302dff0015f6fe89106">
man/vcfoverlay.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#11291d54b20fe84144039bb2a78de91c10e1c233">
man/vcfparsealts.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1afea84db38fd8e8698659355fc177e43dd80904">
man/vcfprimers.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7d8bad0f9ac6f9615642087f4808acfceaa08c11">
man/vcfqual2info.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3595ba8d49e6261f13e6fc7392e4e54adfe730f9">
man/vcfrandom.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7c58dc4e543db875045c89a1e25e1ddeb25d41b8">
man/vcfrandomsample.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5ccaa22e10888abbfd16317ca81bec13888d2198">
man/vcfremap.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6eb3c8a1d729892da0482c5bb86e90fc11d73237">
man/vcfremoveaberrantgenotypes.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#30dd9ff27b570fd4d353e2e2a3b6974d805de05e">
man/vcfremovesamples.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#27e7fa5c8046f08a87931bda1bb68a9213221e1b">
man/vcfroc.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#233ef5279eb5b404ee6b314a8468b77489565baa">
man/vcfsample2info.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b515cd7dfca8988e5419a239301ffd3026f8f8ba">
man/vcfsamplediff.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#911f24dd0780a20ceedb1b2d9fffbf0a5237b6e0">
man/vcfsamplenames.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#084ab7b7de0048e9e8a321222a6723db3735c8bd">
man/vcfsitesummarize.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a0f63d0b9df964ef250d6d427f890f777531c5c5">
man/vcfstats.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fdede67dc5ffa554551b6e802979a078d5a77da3">
man/vcfstreamsort.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8e1c21aba9693b9dd8e7f66a5e496ad64d76ab38">
man/vcfuniq.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b9b8d236949ed00bd6a6acf948cc0ddac6633686">
man/vcfuniqalleles.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e42ad703a7b49c4f8589450232d566dcdbbe9414">
man/vcfwave.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#cb63faedec737adc0efc49cdba310b782630ac2b">
man/wcFst.1
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#038663cc63f1d4f88ed19f5034879d8872097da9">
<span class="new-file">
+
samples/test_variant_drop.vcf
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#064f6f30b2ef573145e550cf01828d6462d0f335">
src/BedReader.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c8be2b7d0f4233cd0f05dbdc4d1671c723ec352e">
src/LeftAlign.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e929e44be29ea6044a3bb609fbe7d6b2c3e83dfb">
src/LeftAlign.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1e0994915779ecf5b7b7fc9ddefc94353c73476f">
src/Variant.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#652b96bba65afc5f190351f4ffa54108321ad32e">
src/Variant.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3dc92e6ee97031801cf8e9ecbf1e5b7f3bff8f24">
src/abba-baba.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2953d9ebdec2f98253aa02cd8fa17eca31104212">
src/allele.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d75f1f894a5f93341f4928d9c9213195ff1c536b">
src/allele.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e0acfb9a2656249d3aa0ee3af904949c7523674a">
src/bFst.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7f2d57e1b0d95738e70a61d582b61a82077c0e3a">
<span class="deleted-file">
−
src/canonicalize.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#41532e812ddd16aa6ead6febd42a91b23c832e98">
<span class="deleted-file">
−
src/canonicalize.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9189853d8f456e526b136ecd561456f45ecc315b">
src/cdflib.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#784ae7e0974b6eb7450e1b91e8feaaf33e39ea9c">
src/cdflib.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bb60d34aaefc75d95b19e20e45b710ed3d46dfed">
src/cigar.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fd140e7c008f8ec2e1c84d21cfb63a874494524b">
src/cigar.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f2209376f955bb907b4de1ecffc20110ff2fb3e1">
src/dumpContigsFromHeader.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6f2e73d72229779c8a9057d0e6518ec5bb04b606">
src/genotypeSummary.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#05ccdc688801ceb73c0f1b01eeca1ef700f63916">
src/gl-XPEHH.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e0c7327e72303c3dbf1b28fea79c694e70ec4c1c">
src/gpatInfo.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#12d636122a1c54b942d58ad78cb2c7984511d933">
src/hapLrt.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f8b4a72676c37509dbf9c0566526bfaaaf6d9fe9">
src/iHS.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2f103c6fc686b6a31c78a16ae576d83a9f1df6ab">
<span class="new-file">
+
src/index.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b100414a10471e5c20d570378fc666352eca5af1">
<span class="new-file">
+
src/index.hpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ae13898650a25baef1a73c834a908ffe412ca73e">
src/join.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#aa8adab8cc9de1ea6be934cd0f6380bf7a0e7aa9">
src/legacy.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fcc3950997f02ad72dc856032b453ddbfb67546c">
src/legacy.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fd3baf8af65bf3f43c7c5e9283a23f030af0b1f8">
<span class="deleted-file">
−
src/makeUnique.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#dec22720bb6768daa9d154e00312255eb3f3a257">
src/meltEHH.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2fd40f492e6cbc51eb1f6023173f134eb3f5e3a0">
src/mt19937ar.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8217370e39b3d1d3949defc44e14c784387785b9">
src/multichoose.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#37485de22fa0dce224ebd271c57d685758492b08">
src/normalize-iHS.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d269ec2d1d2aafb4645630d6a14abd0210bd8527">
src/pFst.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a68fb1a1845f77c3c3062382c1262273624a9ce9">
src/pVst.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#55aacbee5be3eb4c22b66ec785ea62e9e2129fcf">
src/pdflib.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f0fb23bc84413ada782f50bd7e6be4c4e2fbbbab">
src/pdflib.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f2bee3500f60b853e436d5c0f2e9b445f1dec465">
src/permuteGPAT++.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#886d58da82c4ad60180a3b95bf680f1780d14da0">
src/permuteGPATsmoother.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#096f740ae1897c9a90cfb0fd9576bea33d9a35a4">
src/permuteRegions.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#69a98907270994281132713d23e81390cc5c4f42">
src/permuteSmooth.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#933dbfd3955d5905779d0ae4c2e6176b9f3eb88f">
<span class="new-file">
+
src/phase.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fe5206e488f61586f4959a34de83f0c8ca39f9a5">
<span class="new-file">
+
src/phase.hpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5e6dd5e391036d2f10eb68e3ab1850966ea05fb">
src/plotHaps.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fed8ebbb2e4fae2f79b6b5fd2cc77eff2620f871">
src/popStats.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2474901471fef65a167b7d00dd712b194f26e49b">
src/rkmh.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fec394d871b7f85f20f790e009fb9a8a3331f9e0">
src/rkmh.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#403950a8841a5550a1ef679a3577ffccb9d306fc">
src/rnglib.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#24af1e0c46a28a2f9f6ddd6dc6de95a4a743df27">
src/rnglib.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4db123ec6e20e05aa281d244de622c48a0f3ac85">
src/segmentFst.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4da4ad09168c56429dc006d3f04a96f46cc24c32">
src/segmentIhs.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#744d2f42d0a16247a0be538e4233d1e6bc2ac498">
src/sequenceDiversity.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#84abfd79480b1a3ba2aeb5f814cffa7407b80667">
src/smoother.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#de10b670208808941807d0db7069159f2749af37">
src/split.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1245d7a61136bab2aaedd6aca3035645b3ec6b1e">
src/splitUniqStarts.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#464c886f3a8ff8e52ed9186b011312e23e9d5fe1">
<span class="new-file">
+
src/stats.cpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2d34513d450b029c3ed5fb14dbed3b129790892c">
<span class="new-file">
+
src/stats.hpp
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#faecf93de0b9ad4d1b7c8e2ad7e9f0e8115fa804">
src/var.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a6996fbc2e46a21ea8b8898621833a7232dc2c70">
src/var.hpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#771daec06de0cc706b24c253e491a5fd3074712d">
src/vcf-c-api.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b8b54ee83e8a0459b3b7b369fc028d2f7d5f0c84">
src/vcf-c-api.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b86346c972556d832c7ba4b593a9506b78ca0c0d">
src/vcf-wfa.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1488288f0965840dddb1a9f732cf33d846b6cd59">
src/vcf-wfa.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b45763678c4c696e06b737e22457504f63ce0bdc">
src/vcf2dag.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9cf30350d271bcd818848b83c951b2204d277f18">
src/vcf2fasta.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a5f31edeb941deeef54dafc40caefebe397c3bfb">
src/vcf2tsv.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3ba5d5604974f18a873db5765976480085a2883d">
src/vcfToHap.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#30aad4e54e96995b88a4090b92a337f767c13403">
src/vcfaddinfo.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fc47e4f17e820bd31a0894e00054432b6bb2a1cc">
src/vcfafpath.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#53be94121fc4145c68dab09342b837caec6aaa32">
src/vcfallelicprimitives.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ddc7448f2785ab48d9cccc996c3a05041899808b">
src/vcfannotate.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#81fd5a873858ea3e9437792b771a6a82160c045f">
src/vcfannotategenotypes.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c523ac1ef1da9912d14b02e46c79c1779c00596c">
src/vcfbreakmulti.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#47be4a37b7c66d5576bc8f16265726614b1a02be">
src/vcfcheck.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1706a6b616a5e92558aa1291f01e642cbc9773ec">
src/vcfclassify.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#156faaf858af9d0899b6e0be3ad6891343bf0a39">
src/vcfcleancomplex.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bfdcb7aa5aee84dd3b2dbffd519f238809c0f282">
src/vcfcombine.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a2f3fac3b70eb34747498d45f3f16f964c70e6ac">
src/vcfcommonsamples.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f4d66307ddce9d963577f0a39e72fa7bc0e9642d">
src/vcfcreatemulti.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#60d1ddee63236dfafced00c1a33e08c35d7a323b">
src/vcfdistance.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#708f0e5031a43690150881804e676803a60c2ecc">
src/vcfentropy.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1baddc053b5a58c06271c349b41f9015eb9bb044">
src/vcfevenregions.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4c40d0cfe1a607b3142505ec4385566c289e93d3">
src/vcffixup.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7cb06874285c816df32acc1069d6ade478e52e40">
src/vcfflatten.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e59f2814966a7d4da3211eb9b6b556521fc7a2d5">
src/vcfgeno2alleles.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b1ed4d551f9f61423b4070a03c4d9ae52a51e1cb">
src/vcfgeno2haplo.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9a0f1f438a6754d16e32a2ae08e90d830a9a107f">
src/vcfgenosamplenames.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#af4c59e1f876378f60d255142a5ab739ccc56ded">
src/vcfgenosummarize.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8c207b11440f104925ddf734909e367b4ab00f7b">
src/vcfgenotypecompare.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e1d50b8e565b6218c048cb6ce834198a68a647e4">
src/vcfgenotypes.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3a8468e91227866d9b314aa723f79c447b6db0ab">
src/vcfglbound.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a1f8cb7a7418621482239c09bc4c523d702d71f6">
src/vcfglxgt.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5f9148729870dd6ad90b369ae8f3058c602e0563">
src/vcfhetcount.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2f07f08d9df87715b9b48a10b3d5794a308b2a1f">
src/vcfhethomratio.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#640ec6a2268e3e25b73c564d2c2ab651cbdb7503">
src/vcfinfo2qual.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#71c140c3978d32ce97f3da0d15e505339c33f34d">
src/vcfinfosummarize.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3dc965d7809a4f1703d452c230376064628bf793">
src/vcfintersect.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5cab8a6881b177e81f10f043d51eeaa78af190a7">
src/vcfkeepgeno.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9d012ab8f484dbc4a6ef3404a9c664fcbd98025a">
src/vcfkeepinfo.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ec32dcdad565d193eed1486bc953a0aa59476962">
src/vcfkeepsamples.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#391691708023e55571dc2f960dbcc16949e99f26">
src/vcfld.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d5c2e1e33d6b90a92f3fb98dd3c62b28b4d9c6ad">
src/vcfleftalign.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f240ae00d7860d2e6eec67956e39cd61b2812c31">
src/vcfnull2ref.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#65d0057adeeb8cd9a79139d3054a8c2123ee8a24">
src/vcfnullgenofields.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#bce8a1b817536cda0ef834703d66f3e475251a40">
src/vcfnumalt.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b7e92d06c4c4f92b5dabf76a798c099c43a126e7">
src/vcfprimers.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#67079c14290e55ed5d428c8db811f89e9a29d211">
src/vcfqual2info.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#48ce3dc61ad1749bec9b4d2786b4a8504dc7eed8">
src/vcfrandom.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#949085f90c7a1c0efbb52fc39a473c42c679d62e">
src/vcfrandomsample.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5349f3cf0a72db9eec5c63c7f3fe358d44834d7f">
src/vcfremap.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#e8cbc00921d9cd16f93f36b929af55aa85e31d04">
src/vcfremoveaberrantgenotypes.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c600ca30eb08372e7f14e48247a3c19cd601dbc2">
src/vcfremovesamples.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#50d89f8e2a629ae30a5b8616436d776dd4b47aca">
src/vcfsample2info.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#eabf11d30e4e0300089c6fa3a454ec02e9a99fba">
src/vcfsamplediff.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#423a6dc3cf46c2c4443602583678beec099ed234">
src/vcfsamplenames.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f0937504ee2a17eba6bae626a9de8e6f5f00c670">
src/vcfsamplestats.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a298b9ff96b048d6582f197f8be659b4b54fdabd">
src/vcfsitesummarize.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7d32dd3fa5d7308b8c38dc1466c10ac65543bcbd">
src/vcfsom.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5cce10e042759046f1f6fd1d3409a5e2d4d7e46a">
src/vcfstats.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#6468c712fc01337fece70aa1c33ab2be85cddd28">
src/vcfstreamsort.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#39540cd686f009d204be9062a0cdb9b6f650b6a4">
src/vcfuniq.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2e3efa6a2f470872f24df34fe9cfc89e20d5298f">
src/vcfuniqalleles.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8ee8e325265d42b932c6ed37a7a67bd363e8e8ec">
src/vcfunphase.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#24cda3892eb7339e5aad33c4b4db3e209d4230f5">
src/vcfwave.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#99ee2d81e4f9773094703b2d01e66b1f28f283ee">
src/wcFst.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#516f4969380a57015febcd4cbc4d28aa14f1100e">
src/xpEHH.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a002a2a0660e00e50d4f1daa7d50e7da952d7cd3">
src/zig/README.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#b9490b7516e441ed2e15409c2d5bb4fdc37a8d93">
src/zig/build.zig
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ed7b5a1b945f05ec3626066f0bda70ed245448d2">
src/zig/compile.sh
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#35eaa58a8e7a6023180dfbbf52288d80bdaecbe4">
src/zig/samples.zig
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#506737859f81c83ab83f56fbf5afae86fdff78ad">
src/zig/vcf.zig
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#539b299c25373f8942afbcf633fec7467d7b09e8">
test/data/regression/vcfwave_4.vcf
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#fda00c4bb8f36a04e6f4deacd6b0f423ca56058e">
test/data/regression/vcfwave_5.vcf
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#45c2210068aeedb7f446d08f33fcae0c218de955">
<span class="new-file">
+
test/data/regression/vcfwave_6.vcf
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5036b182a4f50052385206571f7e91c2903b255d">
test/pytest/rtest.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#a0a349c7056030723cf7e60c267490eb3360f4de">
test/pytest/vcfallelicprimitives.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#99db50902756ab82557187d6b5292114cd98148b">
test/pytest/vcfcreatemulti.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#df108e78a4a610452724c0ae3f28bb1563909060">
test/pytest/vcffilter.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#2fb6ed7f98b83becceb56e97e718dafde308d4d2">
test/pytest/vcfwave.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d842c4999d77349467d9fa329988431c87220907">
<span class="new-file">
+
vcflib.pc.in
</span>
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">
—
<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/libvcflib/-/commit/bcc57ccbfedab86310e5ab6855ec4a695c8e56bf">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/libvcflib/-/commit/bcc57ccbfedab86310e5ab6855ec4a695c8e56bf at 1792683287
</span>
<script type="application/ld+json">{"@context":"http://schema.org","@type":"EmailMessage","action":{"@type":"ViewAction","name":"View Commit","url":"https://salsa.debian.org/med-team/libvcflib/-/commit/bcc57ccbfedab86310e5ab6855ec4a695c8e56bf"}}</script>


</p>
</div>
</body>
</html>