<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
<html lang="en" style='--code-editor-font: var(--default-mono-font, "GitLab Mono"), JetBrains Mono, Menlo, DejaVu Sans Mono, Liberation Mono, Consolas, Ubuntu Mono, Courier New, andale mono, lucida console, monospace;'>
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>
GitLab
</title>

<style data-premailer="ignore" type="text/css">
a { color: #1068bf; }
</style>


<style>img {
max-width: 100%; height: auto;
}
body {
font-size: .875rem;
}
body {
-webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px;
}
body {
font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji"; font-size: inherit;
}
</style>
</head>
<body style='font-size: inherit; -webkit-text-shadow: hsla(0,0%,100%,.01) 0 0 1px; font-family: "GitLab Sans",-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Noto Sans",Ubuntu,Cantarell,"Helvetica Neue",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";'>
<div class="content">

<h3 style="margin-top: 20px; margin-bottom: 10px;">
Andreas Tille pushed to branch master at <a href="https://salsa.debian.org/med-team/libssw">Debian Med / libssw</a>
</h3>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
Commits:
</h4>
<ul>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libssw/-/commit/b37a26a4235ba6233907070cebb4276296a2c2aa">b37a26a4</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-26T15:48:46+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Add changelog entries from experimental upload.
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libssw/-/commit/efc943872b55ca51c4f3e7489579d1c86d339257">efc94387</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-26T15:51:00+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 1.2.4</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libssw/-/commit/3f256d128a7a80d099147118ce3f1fd639834ce3">3f256d12</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-26T15:51:00+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 1.2.5</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libssw/-/commit/6c43db0e0b629c0879e38e1fefc4a05466d9396b">6c43db0e</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-26T15:51:00+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 1.2.5</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libssw/-/commit/9174dbbae164819c8b2b1f5583a12c3f12aa8054">9174dbba</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-26T15:51:00+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>New upstream version 1.2.5</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libssw/-/commit/511960978f9e4f08d04fa3af8f072813ab588fe1">51196097</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-26T15:51:50+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update patches to latest upstream version
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libssw/-/commit/6683e6be37050388fe18084bfd54a554503138c5">6683e6be</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-26T16:22:02+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Take over changes from experimental branch to reflect SONAME bump
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libssw/-/commit/cf60c49eac4011f268e72ad1982aa4bb1dd25a14">cf60c49e</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-26T16:23:02+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>Update standards version to 4.7.4, no changes needed.

Upgrade checklist verified:
 4.7.3 → 4.7.4:
  * Package is not in non-free-firmware

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: source: out-of-date-standards-version 4.7.3 (released 2025-12-23) (current is 4.7.4.1)
See-also: https://lintian.debian.org/tags/out-of-date-standards-version.html
</pre>
</li>
<li>
<strong style="font-weight: 600;"><a href="https://salsa.debian.org/med-team/libssw/-/commit/fb36661fca28e77af516b1de2570578d090748be">fb36661f</a></strong>
<div>
<span> by Andreas Tille </span> <i> at 2026-10-26T16:23:55+01:00 </i>
</div>
<pre class="commit-message" style='white-space: pre-wrap; display: block; font-size: 14px; color: #3a383f; position: relative; font-family: "GitLab Mono", "JetBrains Mono", "Menlo", "DejaVu Sans Mono", "Liberation Mono", "Consolas", "Ubuntu Mono", "Courier New", "andale mono", "lucida console", monospace; font-variant-ligatures: none; word-break: break-all; word-wrap: break-word; background-color: #fbfafd; border-radius: 2px; margin: 0; padding: 8px 12px; border: 1px solid #dcdcde;'>cme fix dpkg-control
</pre>
</li>
</ul>
<h4 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px;">
39 changed files:
</h4>
<ul>
<li class="file-stats">
<a href="#8ec9a00bfd09b3190ac6b22251dbb1aa95a0579d">
README.md
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#9c96da0e9f91d7d8937b69b524702c106258f0d1">
debian/changelog
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#58ef006ab62b83b4bec5d81fe5b32c3b4c2d1cc2">
debian/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#adb7f75f79e3bb85eb62912a2904c5d24af878fb">
debian/copyright
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#1616b75f612902858976121f6d7ba30035981a92">
debian/libssw-dev.links.in
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#c8d3ba4c647b58833f7ed73c593a3ba3ce78cc46">
<span class="deleted-file">
−
debian/libssw0.install.in
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f42e76fcc99ac21860d851ac910f5b907eeb6b3a">
<span class="new-file">
+
debian/libssw1.install.in
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7beec50e0c3ddf37f8d7b8014a7d7df23607654a">
debian/libssw0.symbols
→
debian/libssw1.symbols
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#75de8a8fba7b2dc8f523b991ff6a523ed2bf920f">
debian/patches/build_all_libs.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4d4a394ff4174f20019a8af4d8b6185efe92c21f">
debian/patches/hardening.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#52dc3e58185a550acb60dd82bc30b7c62d391abb">
debian/patches/rename_tool.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5dc91bdd30262777c0556235b73413cd5865a144">
debian/patches/simde.patch
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8756c63497c8dc39f7773438edf53b220c773f67">
debian/rules
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#83223a554d33ba7e1888274ff8ac43adb8147ba0">
debian/tests/control
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#55d5632a29e4dfe633b39497efa3554a26991f65">
<span class="new-file">
+
demo/blosum62.txt
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#7bbe96905d224e4ef9b6241676a0ee94932d3e19">
<span class="new-file">
+
demo/new.txt
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#df0e4caa90dc2ac431eb6ba5305faf8a0e284b6e">
<span class="new-file">
+
demo/old.txt
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#953dea787ebfc7ec6cfb16e329ac3fad36e24098">
<span class="new-file">
+
demo/pRead.fa
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ca1adc883fa7cae318a7544025e73368f380e7c4">
<span class="new-file">
+
demo/pRef.fa
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ba2b8a31dd4ce686bef5fd0c5ad5fa9447b881fb">
<span class="new-file">
+
demo/protein1.fa
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f3425f7ff4e8df66ef0f8b0151caac9ab2789a71">
<span class="new-file">
+
demo/protein2.fa
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5cf4a933540afe944c2154fc9fce269a512ab6f0">
<span class="new-file">
+
demo/query.fastq
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ce18ac8d0dec073f5834ae743188f88690e89f99">
<span class="new-file">
+
demo/query2.fa
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#8211e4b2b9cd3dd81013e035545a6a836b70fef3">
<span class="new-file">
+
demo/r1.fa
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#4900f4a91e22398bcbab45dea413b71c6fe68d14">
<span class="new-file">
+
demo/r1_query.fq
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#177d21c38101fb4e45d3dc053245b33595d131c9">
<span class="new-file">
+
demo/target.fastq
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#38e1c3f1ba1ea7a40337ac0d08f28678a3444a6b">
<span class="new-file">
+
demo/target2.fa
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#93cbdd0973c9a7b59e5cef90a94300ab95fd66e5">
<span class="deleted-file">
−
src/.gitignore
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#09a8e11089bd7b184c2ba7778565c1350e1c7e3a">
src/Makefile
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#35fb435cf9b530ce411f4095badbb793a4e1cd78">
src/example.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#775c43606212921faeaefec26f904a2e14aeffc5">
src/kseq.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#3a576e09615c0e19842e5f3ac31e858c9ae7fe41">
src/main.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#d2865ccf8daae26eb92ec69a4ec40f059f35ef86">
src/pyssw.py
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ab2abe5e4546f527e000acaff4069d4b5d9979e2">
<span class="new-file">
+
src/sse2neon.h
</span>
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f4381b1b1a134b572c0684b9a9299aac129955f9">
src/ssw.c
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#ceb1970521a5592e0be98b926f55977493e48a5b">
src/ssw.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#5efc6e752ca883c31747f028085e413c59f4ecfb">
src/ssw_cpp.cpp
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#270c7e3fe1b863d7de4d54f2eb71337caf6c7bb7">
src/ssw_cpp.h
</a>
</li>
<li class="file-stats">
<a href="#f4f800a405a82d8bf6aaeae378544be7bf776510">
src/ssw_lib.py
</a>
</li>
</ul>
<h5 style="margin-top: 10px; margin-bottom: 10px; font-size: .875rem;">
The diff was not included because it is too large.
</h5>

</div>
<div class="footer" style="margin-top: 10px;">
<p style="font-size: small; color: #626168;">
—
<br>
<a href="https://salsa.debian.org/med-team/libssw/-/compare/b7ad2520b0627a4fdf87461baed422e3255460c6...fb36661fca28e77af516b1de2570578d090748be">View it on GitLab</a>.
<br>
You're receiving this email because of your account on <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://salsa.debian.org">salsa.debian.org</a>. <a href="https://salsa.debian.org/-/profile/notifications" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="mng-notif-link">Manage all notifications</a> · <a href="https://salsa.debian.org/help" target="_blank" rel="noopener noreferrer" class="help-link">Help</a>
<span style="color: transparent; font-size: 0; display: none; overflow: hidden; opacity: 0; width: 0; height: 0; max-width: 0; max-height: 0;">
Notification message regarding https://salsa.debian.org/med-team/libssw/-/compare/b7ad2520b0627a4fdf87461baed422e3255460c6...fb36661fca28e77af516b1de2570578d090748be at 1793028244
</span>



</p>
</div>
</body>
</html>