<div dir="ltr">Dear Andreas,<div><br></div><div>Would you mind giving it another try? I made some more changes, hopefully for good.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Julien.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 1, 2018 at 8:29 AM, Andreas Tille <span dir="ltr"><<a href="mailto:tille@debian.org" target="_blank">tille@debian.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Julien,<br>
<br>
thanks for your work on the Debian packaging.<br>
<span class=""><br>
On Mon, Apr 30, 2018 at 05:57:16PM +0200, Julien Yann Dutheil wrote:<br>
> I have committed a patch for libbpp-phyl, I hope it will solve the failing<br>
> test on the remaining architectures.<br>
<br>
</span>Hmmm, I've build the package the first time successfully.  Than I've<br>
fixed some minor things (added a DEP3 header and bumped<br>
Standards-Version - please git pull) and tried to build again ... than it<br>
failed.<br>
<br>
...<br>
/usr/bin/ctest --force-new-ctest-process -j4<br>
...<br>
      Start 11: test_simulations<br>
 8/14 Test  #5: test_likelihood_nh ...............***Failed   19.45 sec<br>
^M/ 1^M- 2^M\ 3^M- 4^M/ 5^M- 6^M\ 7^M- 8^M/ 9^M- 10^M\ 11 nodes loaded.<br>
Theta0 set to 0.872938<br>
Theta1 set to 0.676144<br>
Theta2 set to 0.464858<br>
Theta3 set to 0.917092<br>
Theta4 set to 0.504837<br>
Theta5 set to 0.192247<br>
Theta6 set to 0.195117<br>
Theta7 set to 0.79673<br>
Theta8 set to 0.574392<br>
Theta9 set to 0.842239<br>
Initializing data structure............: Done.<br>
Number of distinct sites...............: 376<br>
Initializing data structure............: Done.<br>
Number of distinct sites...............: 376<br>
^MOptimizing... / 1^MOptimizing... - 2^MOptimizing... \ 3^MOptimizing... - 4^MOptimizing... / 5^MOptimizing... - 6^MOptimizing... \ 7^MOptimizing... - 8^MOptimizing... / 9^MOptimizing... - 10<br>
<br>
^MOptimizing... / 1^MOptimizing... - 2^MOptimizing... \ 3^MOptimizing... - 4^MOptimizing... / 5^MOptimizing... - 6^MOptimizing... \ 7^MOptimizing... - 8^MOptimizing... / 9^MOptimizing... - 10<br>
/usr/bin/ctest --force-new-ctest-process -j4<br>
Test project /build/libbpp-phyl-2.4.0/obj-<wbr>x86_64-linux-gnu<br>
      Start  1: test_bowker<br>
...<br>
93% tests passed, 1 tests failed out of 14<br>
<br>
Total Test time (real) = 138.22 sec<br>
<br>
The following tests FAILED:<br>
          5 - test_likelihood_nh (Failed)<br>
Errors while running CTest<br>
<br>
<br>
I admit I have no idea why this failed the second time.  The only<br>
observation I made is that my laptop fan was working quite heavily<br>
since I have build another package in parallel.  So the only idea<br>
is that the test somehow might depend from some random process that<br>
might not be initialised correctly.  But you might know better.<br>
<span class=""><br>
> I have also made an update for maffilter. Some notes regarding that one:<br>
> - There are 3 lintian warnings about linked but unused libraries. One<br>
> (boost regex) is included automatically by the inclusion of boost-iostream<br>
> in cmake, I do not know how to get rid of it. The two others (gzip and<br>
> bzip) are required for the program to link properly. I I do not include<br>
> them it fails (and I actually need them, I do not use them directly but via<br>
> some wrappers in boost-iostream).<br>
<br>
</span>Hmmm, I do not get the said warnings.  Are you using the latest lintian<br>
from unstable?  The only thing that might deserve some attention is<br>
<br>
  maffilter: spelling-error-in-binary usr/bin/maffilter Ouput Output<br>
<span class=""><br>
> - I have read that BUILD_TYPE should be set to "None" when building a cmake<br>
> project. If I do so, however, I get a warning about missing debug symbols.<br>
> For me it only works if I set BUILD_TYPE=RelWithDebInfos (applies to<br>
> maffilter, bppsuite, bppphyview and physamp). If there is a better solution<br>
> I'd be happy to implement it.<br>
<br>
</span>May be you check this thread on the Debian Med mailing list:<br>
<br>
   <a href="https://lists.debian.org/debian-med/2018/04/msg00132.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.debian.org/<wbr>debian-med/2018/04/msg00132.<wbr>html</a><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
Kind regards<br>
<br>
       Andreas.<br>
<br>
-- <br>
<a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Julien Y. Dutheil, Ph-D<br>0 (+49) 6421 178 986<div><br>§ Max Planck Institute for Evolutionary Biology<div>Molecular Systems Evolution</div><div>Department of Evolutionary Genetics</div><div>Plön -- GERMANY<br></div><br>§ Institute of Evolutionary Sciences - Montpellier<br>University of Montpellier 2 -- FRANCE</div></div></div></div></div>
</div>