<div dir="ltr">Hi All, <div><br><div>This is fixed in version 1.0.42-2, and not present in version 1.0.42-1, which seems to be latest in stretch (both with tests).</div><div><div>At patches dir:</div><div><br></div><div>  <a href="https://salsa.debian.org/med-team/profphd/blob/master/debian/patches/2_remove_perlbrew_usage.patch" target="_blank">https://salsa.debian.org/med-<wbr>team/profphd/blob/master/<wbr>debian/patches/2_remove_<wbr>perlbrew_usage.patch</a></div><div>- this disables perlbrew usage (this was temporary, it would be wiser to replace this patch with the one which removes if-then-statement completely, because this "temporary" fix just confuses and intricates code logic in long-term perspective),</div><div><br></div><div>  <a href="https://salsa.debian.org/med-team/profphd/blob/master/debian/patches/3_fix_indexing.patch" target="_blank">https://salsa.debian.org/med-<wbr>team/profphd/blob/master/<wbr>debian/patches/3_fix_indexing.<wbr>patch</a> - and as far as I remember this fixes actual erratic behavior with latest versions of perl, which was the reason why that if-then-else statement appeared in profphd code (the main problem here is the "$["-magic in perl).</div></div><div><br></div><div>Other patches fix error or warning messages, which appeared in almost all rostlab packages and were not as tricky as this one.</div></div><div><br></div><div>P.S. - I could work on fixing this bug late at the evening or tomorrow, because at this moment I have no Debian distribution or VM somewhere nearby, and I could check that everything works after I come home. In case if Liubov has time for solving this before that and she is not working on something else I've added her to CC.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2018-05-04 10:27 GMT+03:00 Andreas Tille <span dir="ltr"><<a href="mailto:andreas@an3as.eu" target="_blank">andreas@an3as.eu</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi release team,<br>
<br>
it turned out that profphd is non-functional in stretch (see bug<br>
#897605).  Since its not obviously a security issue we are wondering<br>
whether there is some way to integrate this admittedly low popcon<br>
package into Debian 9.5 (whenever this might be released).<br>
<br>
While we can certainly do a backport not all users will realise / profit<br>
from this.<br>
<br>
On Fri, May 04, 2018 at 04:01:48AM +0000, olivier sallou wrote:<br>
> Le jeu. 3 mai 2018 21:55, Andreas Tille <<a href="mailto:andreas@an3as.eu">andreas@an3as.eu</a>> a écrit :<br>
> <br>
> > On Thu, May 03, 2018 at 02:58:58PM +0000, olivier sallou wrote:<br>
> > ><br>
> > > newer version in sid (1.0.42-2) added a patch to allow new perl release.<br>
> > A<br>
> > > quick test on sid works (at least no error, just calling program with no<br>
> > > argument), so maybe backporting this release would do the job<br>
> ><br>
> > Ahhh, right - I remember that Tatiana had to do some heavy patching.<br>
> ><br>
> > > > We definitely need some CI test for this package obviously.<br>
> ><br>
> > That was also done by Tatiana.<br>
> ><br>
> > However, a backport does not really close a bug in stretch and the issue<br>
> > is also not really a security issue, right?<br>
> ><br>
> <br>
> This is indeed not a security issue, but package is unusable. Backport<br>
> would at least make software available.<br>
> I don't know know what is usual debian policy regarding this use case. I<br>
> suppose it occured multiple times.<br>
> <br>
> I can't be sure that sid version is really working, it just does not show<br>
> any error. Could tatiana do some 'real' testing?<br>
<br>
As far as I understood Tatiana she did some effort to make the program<br>
functional.  She has done some real life tests.<br>
<br>
Kind regards<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
        Andreas.<br>
<br>
-- <br>
<a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Best wishes, <br></div><div>Tanya.<br></div></div></div></div>
</div>