<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">I think 0.9.9.7+sog+git20160415.14274c9-1 is the source of the recent FTBFS of hhsuite: <a href="https://bugs.debian.org/917495">https://bugs.debian.org/917495</a> as our packaged version is missing the "ffsort_index" function.</div><div dir="ltr"><br></div><div>The hh-suite github repo contains a submodule pointing at their fork of ffindex at ~ 2017-06-01:</div><div><a href="https://github.com/soedinglab/hh-suite/tree/v3.0-beta.3/lib">https://github.com/soedinglab/hh-suite/tree/v3.0-beta.3/lib</a>  → <a href="https://github.com/soedinglab/ffindex_soedinglab/tree/360e4176ece531be34a94298c808349916d016ac">https://github.com/soedinglab/ffindex_soedinglab/tree/360e4176ece531be34a94298c808349916d016ac</a></div><div><br></div><div>I suggest that we package it as part of hhsuite until another package needs it.</div><div><br></div><div>hhsuite does provide  "*-Source*" packages that include ffindex, so we wouldn't need a multi-source build.</div><div><br></div><div><br></div></div></div></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">În joi, 20 dec. 2018 la 11:59, Andreas Tille <<a href="mailto:andreas@an3as.eu">andreas@an3as.eu</a>> a scris:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Ping?<br>
Steffen, if you did not had a specific reason I assume it was by<br>
mistake and will replace the Segfaulting code by the original one.<br>
If I do not hear from you I assume you will agree.<br>
Kind regards, Andreas.<br>
<br>
On Wed, Dec 19, 2018 at 09:53:38AM +0100, Andreas Tille wrote:<br>
> Hi,<br>
> <br>
> after reading <a href="https://github.com/soedinglab/ffindex_soedinglab/issues/4" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/soedinglab/ffindex_soedinglab/issues/4</a><br>
> I came to the conclusion that we somehow picked the wrong fork of<br>
> ffindex.  For me it seems very probable that if we pick the old codebase<br>
> bug #907624 which was introduced when choosing this will vanish if we<br>
> revert to the previously packaged code base.  I have a local commit<br>
> which is doing this:<br>
> <br>
> <br>
> diff --git a/debian/changelog b/debian/changelog<br>
> index 6a26115..c409f4f 100644<br>
> --- a/debian/changelog<br>
> +++ b/debian/changelog<br>
> @@ -1,3 +1,12 @@<br>
> +ffindex (0.9.9.7+sog+git20160415.14274c9-1) UNRELEASED; urgency=medium<br>
> +<br>
> +  * The previous location on Github was an improperly choosen fork<br>
> +    (see <a href="https://github.com/soedinglab/ffindex_soedinglab/issues/4" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/soedinglab/ffindex_soedinglab/issues/4</a>)<br>
> +    Here the version is now named "0.9.9.7+sog" (Saved On Github)<br>
> +    to make it alphabethically later than the previous one.<br>
> +<br>
> + -- Andreas Tille <<a href="mailto:tille@debian.org" target="_blank">tille@debian.org</a>>  Wed, 19 Dec 2018 09:16:09 +0100<br>
> +<br>
>  ffindex (0.9.9.7+soedinglab+git20180802.74550c8-1) unstable; urgency=medium<br>
>  <br>
>    * Fix watch file (version should actually be +git20171201.74550c8 but<br>
> diff --git a/debian/watch b/debian/watch<br>
> index 91b4f38..b47f123 100644<br>
> --- a/debian/watch<br>
> +++ b/debian/watch<br>
> @@ -1,4 +1,4 @@<br>
>  version=4<br>
>  <br>
> -opts="mode=git,pretty=0.9.9.7+soedinglab+git%cd.%h" \<br>
> -    <a href="https://github.com/soedinglab/ffindex_soedinglab.git" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/soedinglab/ffindex_soedinglab.git</a> HEAD<br>
> +opts="mode=git,pretty=0.9.9.7+sog+git%cd.%h" \<br>
> +    <a href="https://github.com/ahcm/ffindex.git" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/ahcm/ffindex.git</a> HEAD<br>
> <br>
> <br>
> <br>
> Upstream at <a href="http://github.com/ahcm/ffindex" rel="noreferrer" target="_blank">github.com/ahcm/ffindex</a> was extremely quick to tag a<br>
> release and so it is at least active.<br>
> <br>
> Steffen, was your pick intentional or did you just stumbled by chance<br>
> over the other fork?  Are you OK with reverting to the old code?<br>
> <br>
> Kind regards<br>
> <br>
>       Andreas.<br>
> <br>
> PS: I reported the segfault issue to the according fork anyway<br>
>     <a href="https://github.com/soedinglab/ffindex_soedinglab/issues/7" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/soedinglab/ffindex_soedinglab/issues/7</a><br>
> <br>
> <br>
> -- <br>
> <a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
> <br>
> <br>
<br>
-- <br>
<a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr" style="font-size:small"><span style="font-size:12.8px">Michael R. Crusoe</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Co-founder & Lead, </span><a href="http://www.commonwl.org/" style="color:rgb(17,85,204);font-size:12.8px" target="_blank">Common Workflow Language project</a></div><div dir="ltr" style="font-size:small">Direktorius, VšĮ "Darbo eigos", Vilnius, Lithuania<br></div><div dir="ltr"><a href="https://impactstory.org/u/0000-0002-2961-9670" style="font-size:12.8px;color:rgb(17,85,204)" target="_blank">https://orcid.org/0000-0002-2961-9670</a><br style="font-size:12.8px"><a href="mailto:mrc@commonwl.org" style="font-size:12.8px;color:rgb(17,85,204)" target="_blank">mrc@commonwl.org</a><br style="font-size:12.8px">+1 480 627 9108 / +370 653 11125<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>