<div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Dec 15, 2019 at 3:18 AM Matthias Klumpp <<a href="mailto:matthias@tenstral.net">matthias@tenstral.net</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Am Do., 28. Nov. 2019 um 16:37 Uhr schrieb Pjotr Prins <<a href="mailto:pjotr2018@thebird.nl" target="_blank">pjotr2018@thebird.nl</a>>:<br>
><br>
> When 1.18 arrives I think it is a good time to get sambamba and biod<br>
> in Debian again.<br>
<br>
They always were in Debian, just not in a release because the packages<br>
were broken ^^<br>
The LDC transition went really well this time, I don't think it has<br>
ever been this smooth! No regressions this time, hurray!<br></blockquote><div><br></div><div>Huzzah, indeed!<br></div><div> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
There are also two brand new remaining issues: Apparently, for some<br>
reason, SONAME isn't set correctly for BioD, producing a Lintian error<br>
- not sure what happens there, and which component is to blame for<br>
that (Meson or LDC, most likely). Also, Sambamba doesn't *actually*<br>
build yet:<br>
```<br>
roup -L=-rpath -L=/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/9/../../../x86_64-linux-gnu:/usr/lib/x86_64-linux-gnu<br>
slicereader.d:71: error: undefined reference to 'cram_to_bam'<br>
collect2: error: ld returned 1 exit status<br>
```<br>
The cram_to_bam is private in htslib, so it shouldn't be used by other<br>
applications. Not sure whether htslib or Sambamba needs to be changed<br>
here, I simply worked around this issue for testing, and when this is<br>
resolved, Sambamba builds & works.<br></blockquote><div><br></div><div>You'll be wanting libhts-private-dev, but libhts is broken in unstable right now; sorry!<br></div></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr" style="font-size:small"><span style="font-size:12.8px">Michael R. Crusoe</span></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>