<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hi Andreas,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">My mid-sem exams are over now, and I can resume work on idba.</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Feb 24, 2020 at 2:21 PM Andreas Tille <<a href="mailto:andreas@an3as.eu">andreas@an3as.eu</a>> wrote:</div><div dir="ltr" class="gmail_attr"><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">I'm now realising that idba build system builds a lot of other tools<br>
inside $(CURDIR)/bin which might (or might not?) be sensible to install.<br></blockquote><div><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Yes, there are over 20 tools that come with this package. I've been trying to find documentation, but haven't had any luck so far. Did you find any while packaging?</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Otherwise we could email the original author and ask for help, because without proper documentation it will be difficult to decide which tools to include in the binary.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
>    I am being able to use it if I build the package from source on<br>
>    my machine, but within the testing chroot, autopkgtest reports that this<br>
>    command is not found.<br>
<br>
(UNTESTED!) Please have a look at commit<br>
133e974096b40aedc7108258b286f74296894f3a where I've set PATH to make sure<br>
all binaries will be found.<br>
<br>
>    If this command can be used while testing, the<br>
>    downloads required for testing will be reduced from the current 25MB to a<br>
>    mere 1.5MB, because the rest of the data can be generated as required.<br>
<br>
I have not verified the test suite but it is not possible to download<br>
anything while building the package since every package needs to be able<br>
to build on a non-networked machine.  So every download has to be<br>
patched from the test suite anyway.<br></blockquote><div><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Sorry, I used an incorrect term here. By downloads I was talking only about the test data. For now, I have included it within debian/tests but if it is possible to run sim_reads during testing, it will reduce the data required for testing, because a lot of it can be generated using sim_reads and sim_reads_tran.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"></span>Its way more sensible to provide all needed tools inside the package.<br>
so please decide which of **all** the tools in $(CURDIR)/bin should end<br>
up in the binary package.  You can install these easily by for instance<br>
adding a line like<br>   bin/sim_reads        usr/bin<br>to the file debian/install.<br></blockquote><div><br></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thanks. Let's see if we can find documentation first, else I'll look into each program and try to figure out which ones to include. At first glance, it seems like sim_reads and sim_reads_tran were made only to generate data for testing, but I will look into this in depth (and other tools too) and get back to you about this.</div></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">>    2. To copy the test_data to a temp folder inside the testing chroot, I<br>
>    have added an install file inside the debian folder. Is this the right way<br>
>    to do it?<br>
<br>
In principle yes.  However, if we really need to keep any large static<br>
data files (instead of generating these) I would prefere to add an additional<br>
Architecture: all package (for instance named idba-data).  The rationale is<br>
that Architecture: any files are duplicated for every Debian architecture<br>
which is not bloating the Debian ftpmirror network with duplicated files but<br>
also creates a lot of network traffic.  That's why we split up those binar<br>
independent files into a separate binary package.  Moreover if the data are<br>
not used to actually run the package we would also bloat user machines who<br>
might just want to run idba in a cluster or so.<br>
<br>
In short: Please check prefere creation of the files in the test over static<br>
data.  Having a few small files provided statically is fine, thought.<br></blockquote><div><br></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">While I get the general idea, I don't exactly understand what Architecture: all and Architecture: any packages are. Could you provide a link to a resource about these?</div><div class="gmail_default" style="">Also, would it be possible to have some programs available only during testing, but not in the finall installation? Then we could run sim_reads that way and avoid all the static data.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif"> </span><br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Provided that your time permits<br>
<br>
   1. Decide about what executables in $(CURDIR)/bin should be installed</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
   2. Generate as much data as possible</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
   3. Check whether test suite tries to download anything and ignore<br>
      these tests or provide these data statically<br>
   4. If we need large static data files create an extra binary package<br>
<br>
Feel free to ask me about any of these steps if you might need any help!<br></blockquote><div><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I need some help regarding binary packages. How can I create one? Does it require adding a file or folder inside the idba repo, or is it another repo entirely? </div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thanks for the hints about dch and installing test files and tools. I'll keep these in mind.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Pranav</div></div></div><div hspace="streak-pt-mark" style="max-height:1px"><img alt="" style="width:0px;max-height:0px;overflow:hidden" src="https://mailfoogae.appspot.com/t?sender=aYmFsbGFuZXlwcmFuYXZAZ21haWwuY29t&type=zerocontent&guid=f86d5fce-33d1-44c1-88b8-a983c092ed8d"><font color="#ffffff" size="1">ᐧ</font></div>