<div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi Andreas and Pranav,</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, 9 Apr 2020 at 10:06, Andreas Tille <<a href="mailto:andreas@an3as.eu">andreas@an3as.eu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi folks,<br>
<br>
could anybody who works with sequences comment on this?<br></blockquote><div><br></div><div>I have just checked the file and as Michael said during the Jitsi meeting, Plink (in Debian) uses such a format. I just tried quickly and it's possible to convert the file back to flat format:</div><div><br></div><div><font face="monospace">plink1 --bfile examples/genotypes --recode --tab --out genotypes --noweb</font><br></div><div><br></div><div>and back to binary, here three files will be created: *.bed, *.fam, *.bim (those are in examples folder):</div><div><br></div><div><font face="monospace">plink1 --file genotypes --make-bed --out genotypes --noweb<br></font></div><div><br></div><div>So, the binary can be excluded and replaced by a flat version of the file.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Liubov</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
In the worst case we would need to remove the bed file from the source<br>
archive and as I learned recently fetch it in autopkgtest from remote.<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
     Andreas.<br>
<br>
On Wed, Apr 08, 2020 at 09:00:10PM +0000, Scott Kitterman wrote:<br>
> <br>
> In debian/README.test it says:<br>
> <br>
> Notes on how this package can be tested.<br>
> <br>
> This package can be tested by running the provided test:<br>
> <br>
>     sh run-unit-test<br>
> <br>
> in order to confirm its integrity.<br>
> <br>
> This file is not included, so README.test should be removed.<br>
> <br>
> How is the file examples/genotypes.bed generated?  If it's in its<br>
> preferred form of modification, then that should be documented, since it is<br>
> not clearly so.  If it's not, the source and the tools need to be in Debian<br>
> and that should be documented.<br>
> <br>
> Please fix/remove the above and re-upload.<br>
> <br>
> Scott K<br>
>  <br>
> <br>
> <br>
> <br>
> ===<br>
> <br>
> Please feel free to respond to this email if you don't understand why<br>
> your files were rejected, or if you upload new files which address our<br>
> concerns.<br>
> <br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> Debian-med-packaging mailing list<br>
> <a href="mailto:Debian-med-packaging@alioth-lists.debian.net" target="_blank">Debian-med-packaging@alioth-lists.debian.net</a><br>
> <a href="https://alioth-lists.debian.net/cgi-bin/mailman/listinfo/debian-med-packaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://alioth-lists.debian.net/cgi-bin/mailman/listinfo/debian-med-packaging</a><br>
<br>
-- <br>
<a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
<br>
</blockquote></div></div>