<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

</head>

<body>

<p>Thanks for finding the mummer4 package, Ben.<br>

</p>

<div class="moz-cite-prefix">On 10/04/2020 12:44, Ben Tris wrote:<br>

</div>

<blockquote type="cite" cite="mid:b9509d7f-e166-2a02-13df-528e8798bd10@gezapig.nl">

I don't understand that search string, can't make up what exactly was searched on.</blockquote>

<p>For the record, that link was to papers citing Kurtz 2004 - in scholar's usual unreadable api style.</p>

<p>The <a href="https://mummer4.github.io/">https://mummer4.github.io/</a> homepage cites the 2018 PLOS article as the canonical citation:<br>

</p>

<p><a href="https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1005944">https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1005944</a></p>

<p>This paper suggests two innovations for mummer4 - longer genomes (not directly relevant for covid19) and parallelisation. I would recommend prioritising mummer3 over 4 but ultimately the majority of bioinformaticians will prefer mummer4.</p>

<p>Slainté,</p>

<p>Jim.<br>

</p>

<p>-- </p>

<pre class="moz-signature" cols="72">-------------------------------------------------------------------

Dr JB Procter, Jalview Coordinator, The Barton Group

Division of Computational Biology, School of Life Sciences

University of Dundee, Dundee DD1 5EH, UK.

+44 1382 388734 | <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.jalview.org">www.jalview.org</a> | <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.compbio.dundee.ac.uk">www.compbio.dundee.ac.uk</a>

</pre>

<br>

<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>

</body>

</html>