<div dir="ltr">Thanks for the heads up, logged as:<br><div><br></div><div><a href="https://github.com/biopython/biopython/issues/2863">https://github.com/biopython/biopython/issues/2863</a><br></div><div><br></div><div>Peter</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, May 5, 2020 at 7:40 PM Andreas Tille <<a href="mailto:andreas@an3as.eu">andreas@an3as.eu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Control: tags -1 upstream<br>
Control: forwarded -1 Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>><br>
<br>
Hi Peter,<br>
<br>
with the upload of ncbi-blast+ version 2.10 Biopython test is running<br>
into failures (see <br>
<br>
   <a href="https://bugs.debian.org/959587#10" rel="noreferrer" target="_blank">https://bugs.debian.org/959587#10</a><br>
<br>
)<br>
<br>
Could you please adjust the Biopython test suite accordingly?<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
     Andreas.<br>
<br>
On Tue, May 05, 2020 at 11:38:23AM -0400, Aaron M. Ucko wrote:<br>
> <br>
> > Since there is a strong relation in time with your upload and this<br>
> > FTBFS of biopython do you think that this could be connected:<br>
> <br>
> Yes, per <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK131777/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK131777/</a>, the upgrade to<br>
> 2.10.0 changed the default database version (controlled by makeblastdb's<br>
> -blastdb_version flag) from 4 to 5, causing some output files to change<br>
> names (and formats):<br>
> <br>
> *.nsd -> *.nnd<br>
> *.nsi -> *.nni<br>
> *.psd -> *.pnd<br>
> *.psi -> *.pni<br>
> <br>
> Thanks for checking!<br>
<br>
-- <br>
<a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</blockquote></div>