<div dir="auto"><div>Hi,<br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, 29 May 2020, 01:08 Andreas Tille, <<a href="mailto:andreas@an3as.eu">andreas@an3as.eu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Moritz,<br>
<br>
On Thu, May 28, 2020 at 08:48:41PM +0200, Moritz Mühlenhoff wrote:<br>
> <br>
> JFTR, this is now fixed upstream in 2.5.0 and later:<br>
> <a href="http://kissplice.prabi.fr/download/" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://kissplice.prabi.fr/download/</a>:<br>
> <br>
> --------------------------------------<br>
> Kissplice Version 2.5.0 (2020-04-06)<br>
> <br>
> New features:<br>
>    Now compatible with python3<br>
> --------------------------------------<br>
<br>
Thanks for the hint.  Unfortunately there are remaining issues<br>
in build time test and autopkgtest. even of version 2.5.1 .:-(<br></blockquote></div></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I've Fixed the autopkgtest</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">For the failing build tests: this is what I observe - this try matching strings containing a few values with kissplice result.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">For instance,  this is one of the failures:</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Expected:</div><div dir="auto">0a: Single SNPs, Inexact Repeats or sequencing substitution errors, 69 found<br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Actual:</div><div dir="auto">0a: Single SNPs, Inexact Repeats or sequencing substitution errors, 22 found<br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><span style="font-family:sans-serif">There's definitely a difference between the outputs of previous kissplice version and current kissplice version, I tried this manually as well.</span><br></div><div dir="auto"><span style="font-family:sans-serif"><br></span></div><div dir="auto">Just _maybe_, the upstream data has been changed, and the correct data hasn't been injected; or the implementation has changed in version, 2.5.1and this should output 22, but the tests haven't been changed accordingly ; or maybe this is a bug with kissplice itself.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">In either case, I'm not really about this. Maybe we should ask upstream about it.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Thanks and regards</div><div dir="auto">Nilesh</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
</blockquote></div></div></div>