<div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Le mar. 9 juin 2020 à 16:47, Aaron M. Ucko <<a href="mailto:ucko@debian.org">ucko@debian.org</a>> a écrit :<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Andreas Tille <<a href="mailto:tille@debian.org" target="_blank">tille@debian.org</a>> writes:<br>
<br>
> On Tue, Jun 09, 2020 at 02:25:58PM +0200, Étienne Mollier wrote:<br>
>> My current impression is that makeblastdb is unable to work<br>
>> properly on most 32 bits machines, because the amount of memory<br>
>> needing to be addressed by the process looks like it might<br>
>> exceed too easily 32 bits architectural limits.<br>
<br>
That's entirely plausible; upstream tends to assume 64-bit systems<br>
nowadays.  Explicitly supplying -blastdb_version 4 (the default prior to<br>
BLAST+ 2.10.x) may help.<br></blockquote><div><br></div><div>options:</div><div><br></div><div>* simply remove 32bit package from Debian.... (though should work on *small* datasets).</div><div>more and more systems are going to 64bit only, and we don't have the task force to fix 32bits issues on such software (too much effort)</div><div>OR</div><div>* ignore issue as it is related to memory management but will work on  relatively *small* jobs, so software is ~OK 'till a certain point.</div><div><br></div><div>Olivier</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<br>
Thanks for calling this report to my attention!<br>
<br>
-- <br>
Aaron M. Ucko, KB1CJC (amu at <a href="http://alum.mit.edu" rel="noreferrer" target="_blank">alum.mit.edu</a>, ucko at <a href="http://debian.org" rel="noreferrer" target="_blank">debian.org</a>)<br>
<a href="http://www.mit.edu/~amu/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mit.edu/~amu/</a> | <a href="http://stuff.mit.edu/cgi/finger/?amu@monk.mit.edu" rel="noreferrer" target="_blank">http://stuff.mit.edu/cgi/finger/?amu@monk.mit.edu</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><pre cols="72">gpg key id: 4096R/326D8438  (<a href="http://keyring.debian.org/" target="_blank">keyring.debian.org</a>)</pre><pre cols="72">Key fingerprint = 5FB4 6F83 D3B9 5204 6335  D26D 78DC 68DB 326D 8438</pre></div></div>