<div dir="ltr"><div>Ed made some design decisions which don't make a ton of sense for software.  While the stated purpose of the programs is the same, they actually offer different sets of functionality.  My initial introduction to them, interpro scan, actually needed to use both versions because of this feature split.  I wouldn't trust my branch right now.  Each time I went in to fix or patch something up, it broke multiple other things.  I don't have a good answer for you.  I have HMM code ready for testing, but it requires C++20 features which I'm also having to implement and doesn't have the CLI wrapping or trained model yet.</div><div><br></div><div>Let me muck around with it tonight and get back to you.  I may be able to patch it to a stable enough state where you can use it.  I remember leaving it fairly close to usable.<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Aug 13, 2020 at 8:55 AM Andreas Tille <<a href="mailto:andreas@fam-tille.de">andreas@fam-tille.de</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Joshua,<br>
<br>
On Wed, Aug 12, 2020 at 12:23:16PM -0400, Joshua Marshall wrote:<br>
> I've been poking at it here and there.  The thing is wound pretty tight so<br>
> I've just taken to a group up rework.  Check upstream for actual<br>
> support--he won't even talk to me.  Guy can get pretty dramatic.<br>
<br>
But what is your personal opinion about the code you commited to<br>
<br>
    <a href="https://github.com/MichiganTech/hmmer" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/MichiganTech/hmmer</a><br>
<br>
Are you using it?  Does it work for you?  Do you think it is worth to<br>
maintain a hmmer2 version in the long run despite hmmer3 is out?<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
      Andreas.<br>
<br>
-- <br>
<a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</blockquote></div>