<div dir="ltr">Yes, that is correct. <br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Aug 14, 2020 at 7:11 AM Andreas Tille <<a href="mailto:andreas@an3as.eu">andreas@an3as.eu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Joshua,<br>
<br>
in other words: The old release of 2.3.2 should be prefered over what<br>
was commited as 2.5j to Debian packaging Git.  Is this correct?<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
       Andreas.<br>
<br>
On Thu, Aug 13, 2020 at 10:07:05PM -0400, Joshua Marshall wrote:<br>
> So not great news, I didn't commit anything to version control because it<br>
> didn't get to stable.  It also doesn't look like anybody went over and<br>
> patched the 2.x branch.  I can't give the time needed to tame this.<br>
> <br>
> On Thu, Aug 13, 2020 at 12:44 PM Joshua Marshall <<a href="mailto:jrmarsha@mtu.edu" target="_blank">jrmarsha@mtu.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> > Ed made some design decisions which don't make a ton of sense for<br>
> > software.  While the stated purpose of the programs is the same, they<br>
> > actually offer different sets of functionality.  My initial introduction to<br>
> > them, interpro scan, actually needed to use both versions because of this<br>
> > feature split.  I wouldn't trust my branch right now.  Each time I went in<br>
> > to fix or patch something up, it broke multiple other things.  I don't have<br>
> > a good answer for you.  I have HMM code ready for testing, but it requires<br>
> > C++20 features which I'm also having to implement and doesn't have the CLI<br>
> > wrapping or trained model yet.<br>
> ><br>
> > Let me muck around with it tonight and get back to you.  I may be able to<br>
> > patch it to a stable enough state where you can use it.  I remember leaving<br>
> > it fairly close to usable.<br>
> ><br>
> > On Thu, Aug 13, 2020 at 8:55 AM Andreas Tille <<a href="mailto:andreas@fam-tille.de" target="_blank">andreas@fam-tille.de</a>><br>
> > wrote:<br>
> ><br>
> >> Hi Joshua,<br>
> >><br>
> >> On Wed, Aug 12, 2020 at 12:23:16PM -0400, Joshua Marshall wrote:<br>
> >> > I've been poking at it here and there.  The thing is wound pretty tight<br>
> >> so<br>
> >> > I've just taken to a group up rework.  Check upstream for actual<br>
> >> > support--he won't even talk to me.  Guy can get pretty dramatic.<br>
> >><br>
> >> But what is your personal opinion about the code you commited to<br>
> >><br>
> >>     <a href="https://github.com/MichiganTech/hmmer" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/MichiganTech/hmmer</a><br>
> >><br>
> >> Are you using it?  Does it work for you?  Do you think it is worth to<br>
> >> maintain a hmmer2 version in the long run despite hmmer3 is out?<br>
> >><br>
> >> Kind regards<br>
> >><br>
> >>       Andreas.<br>
> >><br>
> >> --<br>
> >> <a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
> >><br>
> ><br>
<br>
-- <br>
<a href="http://fam-tille.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</blockquote></div>