<div dir="auto">👍</div><div><br><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Ср, 17 дек. 2025 г. в 20:44, Aurelien Jarno <<a href="mailto:aurel32@debian.org">aurel32@debian.org</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204)">Source: ncbi-tools6<br>
Version: 6.1.20170106+dfsg2-6<br>
Severity: serious<br>
X-Debbugs-Cc: <a href="mailto:debian-amd64@lists.debian.org" target="_blank">debian-amd64@lists.debian.org</a><br>
User: <a href="mailto:debian-amd64@lists.debian.org" target="_blank">debian-amd64@lists.debian.org</a><br>
Usertags: amd64<br>
<br>
Dear maintainer,<br>
<br>
ncbi-tools6 autopkgtest fails on amd64 with a non 0 return code in the<br>
debruijn test:<br>
|  40s autopkgtest [11:03:16]: test run-unit-test: [-----------------------<br>
|  40s ---asn2asn test---<br>
|  41s ---asn2all test---<br>
|  41s ---asn2fsa test---<br>
|  42s ---asn2gb test---<br>
|  42s ---asn2idx test---<br>
|  43s ---asn2xml test---<br>
|  43s ---cleanasn test---<br>
|  43s ---gene2xml test---<br>
|  44s ---vecscreen test---<br>
|  47s ---asndisc test---<br>
|  50s ---asnval test---<br>
|  51s ---asnmacro test---<br>
|  53s ---asntool test---<br>
|  53s ---indexpub test---<br>
|  53s ---getpub test---<br>
|  53s ---getmesh test---<br>
|  53s ---debruijn test---<br>
|  54s autopkgtest [11:03:30]: test run-unit-test: -----------------------]<br>
|  54s autopkgtest [11:03:30]: test run-unit-test:  - - - - - - - - - - results - - - - - - - - - -<br>
|  54s run-unit-test        FAIL non-zero exit status 160<br>
|  54s autopkgtest [11:03:30]: @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ summary<br>
|  54s run-unit-test        FAIL non-zero exit status 160<br>
<br>
The full autopkgtest log is available here:<br>
<a href="https://ci.debian.net/data/autopkgtest/testing/amd64/n/ncbi-tools6/67219817/log.gz" rel="noreferrer" target="_blank">https://ci.debian.net/data/autopkgtest/testing/amd64/n/ncbi-tools6/67219817/log.gz</a><br>
<br>
It appears that the return value is actually undefined, and depends on<br>
how the rax register is used before. This is actually reported as a warning<br>
at build time:<br>
<br>
|x86_64-linux-gnu-gcc -o debruijn -g -O2 -Werror=implicit-function-declaration -ffile-prefix-map=/build/reproducible-path/ncbi-tools6-6.1.20170106+dfsg2=. -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -Wformat -Werror=format-security -fcf-protection -Wall -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -Wl,--as-needed -Wl,-rpath-link,../shlib -I../include  -L../shlib  debruijn.c -lblast -lblastcompadj -lncbi -lm<br>
|In file included from /usr/include/x86_64-linux-gnu/sys/types.h:25,<br>
|                 from ../include/ncbilcl.h:150,<br>
|                 from ../include/ncbi.h:57,<br>
|                 from debruijn.c:38:<br>
|/usr/include/features.h:199:3: warning: #warning "_BSD_SOURCE and _SVID_SOURCE are deprecated, use _DEFAULT_SOURCE" [-Wcpp]<br>
|  199 | # warning "_BSD_SOURCE and _SVID_SOURCE are deprecated, use _DEFAULT_SOURCE"<br>
|      |   ^~~~~~~<br>
|debruijn.c: In function ‘Nlm_Main’:<br>
|debruijn.c:72:12: warning: pointer targets in assignment from ‘Nlm_CharPtr’ {aka ‘char *’} to ‘Nlm_Uint1 *’ {aka ‘unsigned char *’} differ in signedness [-Wpointer-sign]<br>
|   72 |   alphabet = myargs[1].strvalue;<br>
|      |            ^<br>
|debruijn.c:80:14: warning: pointer targets in passing argument 1 of ‘strlen’ differ in signedness [-Wpointer-sign]<br>
|   80 |   k = strlen(alphabet);<br>
|      |              ^~~~~~~~<br>
|      |              |<br>
|      |              Nlm_Uint1 * {aka unsigned char *}<br>
|In file included from ../include/ncbilcl.h:156:<br>
|/usr/include/string.h:407:35: note: expected ‘const char *’ but argument is of type ‘Nlm_Uint1 *’ {aka ‘unsigned char *’}<br>
|  407 | extern size_t strlen (const char *__s)<br>
|      |                       ~~~~~~~~~~~~^~~<br>
|debruijn.c:89:10: warning: pointer targets in assignment from ‘char *’ to ‘Nlm_Uint1 *’ {aka ‘unsigned char *’} differ in signedness [-Wpointer-sign]<br>
|   89 |   output = (char *) malloc(outputsize + 1);<br>
|      |          ^<br>
|debruijn.c:106:8: warning: pointer targets in passing argument 1 of ‘puts’ differ in signedness [-Wpointer-sign]<br>
|  106 |   puts(output);<br>
|      |        ^~~~~~<br>
|      |        |<br>
|      |        Nlm_Uint1 * {aka unsigned char *}<br>
|In file included from ../include/ncbilcl.h:154:<br>
|/usr/include/stdio.h:714:30: note: expected ‘const char *’ but argument is of type ‘Nlm_Uint1 *’ {aka ‘unsigned char *’}<br>
|  714 | extern int puts (const char *__s);<br>
|      |                  ~~~~~~~~~~~~^~~<br>
|debruijn.c:109:1: warning: control reaches end of non-void function [-Wreturn-type]<br>
|  109 | }<br>
|      | ^<br>
<br>
This means that the return value is undefined. Luckily it was 0 with<br>
glibc compiled with GCC 14, but unfortunately it gets another value<br>
when glibc is compiled with GCC 15.<br>
<br>
|debruijn.c: At top level:<br>
|debruijn.c:29:19: warning: ‘rcsid’ defined but not used [-Wunused-const-variable=]<br>
|   29 | static char const rcsid[] = "$Id: debruijn.c,v 1.4 2004/02/09 21:24:59 ucko Exp $";<br>
|      |                   ^~~~~<br>
<br>
The following patch fixes the issue:<br>
<br>
--- ncbi-tools6-6.1.20170106+dfsg2.orig/demo/debruijn.c<br>
+++ ncbi-tools6-6.1.20170106+dfsg2/demo/debruijn.c<br>
@@ -106,4 +106,6 @@ Int2 Main(void)<br>
   puts(output);<br>
<br>
   free(output);<br>
+<br>
+  return 0;<br>
 }<br>
<br>
Note however there are many other similar warning in the build log, you<br>
probably want to fix all of them.<br>
<br>
Regards<br>
Aurelien<br>
</blockquote></div></div>