<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
</head>
<body>
<p>Bonjour,</p>
<p>Je viens d'envoyer une nouvelle version avec deux fichiers
.desktop (et j'ai soumis
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=1039691">https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=1039691</a> à
l'occasion). Bizarrement, sur ma bookworm, pas de segmentation
fault sur tofu flow (pas directement au lancement en tout cas)…</p>
<p>Roland.<br>
</p>
<div class="moz-cite-prefix">Le 21/06/2023 à 18:32, Emmanuel FARHI a
écrit :<br>
</div>
<blockquote type="cite"
cite="mid:7401de9c-3d2b-7ea5-8ee3-540b735ccb07@synchrotron-soleil.fr">
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
<p>Bonjour Roland,</p>
<p>La commande 'tofu ez' est en effet satisfaisante.</p>
<p>On va donc laisser tomber 'tofu gui'. <br>
</p>
<p>Par contre 'tofu flow', qui devrait etre assez plaisant selon <a
class="moz-txt-link-freetext"
href="https://github.com/ufo-kit/tofu/" moz-do-not-send="true">https://github.com/ufo-kit/tofu/</a>
donne un 'segfault', qui envoie la ligne</p>
<p>[4327648.778295] traps: tofu[802486] general protection fault
ip:7f6becedf864 sp:7fff8303d5d8 error:0 in
libOpenCL.so.1.0.0[7f6becedc000+6000]</p>
<p>dans dmesg.<br>
</p>
<p>Je viens de faire un ticket chez l'auteur.</p>
<ul>
<li><a class="moz-txt-link-freetext"
href="https://github.com/ufo-kit/tofu/issues/129"
moz-do-not-send="true">https://github.com/ufo-kit/tofu/issues/129</a><br>
</li>
</ul>
<p>Une fois qu'on y verra plus clair, on pourra ajouter un
'.desktop' vers 'tofu flow' ou 'tofu ez'.<br>
</p>
<p>Merci, Emmanuel.<br>
</p>
<div class="moz-cite-prefix">Le 21/06/2023 à 17:20, Roland Mas a
écrit :<br>
</div>
<blockquote type="cite"
cite="mid:0388024a-9ec1-4bca-4fd7-f9405dbee459@gnurandal.com">
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
charset=UTF-8">
<p>Bonjour,</p>
<p>Pour ufo-tofu, j'ai l'impression que la partie gui n'est pas
très à jour… il y a à la fois des mentions de Qt4 et de Qt5
dans le code, alors que le fichier requirements-guis.txt ne
mentionne que Qt5. J'ai patché ce que j'ai pu pour que la
phase de chargement des modules (cf. <a
class="moz-txt-link-freetext"
href="https://salsa.debian.org/science-team/ufo-tofu/-/commits/master"
moz-do-not-send="true">https://salsa.debian.org/science-team/ufo-tofu/-/commits/master</a>)
mais j'arrive maintenant à un autre problème sur lequel je
planche.<br>
</p>
<p><a class="moz-txt-link-freetext"
href="https://github.com/ufo-kit/tofu/issues/90"
moz-do-not-send="true">https://github.com/ufo-kit/tofu/issues/90</a>
dit que "the GUI is not maintained anymore", je ne sais pas ce
que ça implique ; tofu a une autre sous-commande, "tofu ez",
qui semble être complètement écrite en Qt5 et qui lance une
interface graphique aussi. Est-ce qu'elle remplit la même
niche que "tofu gui" ?</p>
<p>Roland.<br>
</p>
<div class="moz-cite-prefix">Le 16/06/2023 à 16:07, Emmanuel
FARHI a écrit :<br>
</div>
<blockquote type="cite"
cite="mid:96b305d2-0080-38e5-c28d-7eaae370d981@synchrotron-soleil.fr">
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
charset=UTF-8">
<p>Petite précision pour ufo-tofu. J'ai essayé sur une
bullseye et sur une bookworm.</p>
<p><b>Installation</b>:</p>
<p>wget <a class="moz-txt-link-freetext"
href="http://ftp.ch.debian.org/debian/pool/main/p/python-qtpynodeeditor/python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb"
moz-do-not-send="true">http://ftp.ch.debian.org/debian/pool/main/p/python-qtpynodeeditor/python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb</a><br>
wget <a class="moz-txt-link-freetext"
href="http://ftp.bg.debian.org/debian/pool/main/u/ufo-tofu/python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb"
moz-do-not-send="true">http://ftp.bg.debian.org/debian/pool/main/u/ufo-tofu/python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb</a><br>
</p>
<p>sudo apt install ./python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb
./python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb <br>
Lecture des listes de paquets... Fait<br>
Construction de l'arbre des dépendances... Fait<br>
Lecture des informations d'état... Fait <br>
Note : sélection de « python3-ufo-tofu » au lieu de
« ./python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb »<br>
Note : sélection de « python3-qtpynodeeditor » au lieu de
« ./python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb »<br>
Les paquets supplémentaires suivants seront installés : <br>
python3-pyqtconsole python3-versioneer<br>
Paquets suggérés :<br>
python-python-versioneer-doc<br>
Les NOUVEAUX paquets suivants seront installés :<br>
python3-pyqtconsole python3-qtpynodeeditor
python3-ufo-tofu<br>
python3-versioneer<br>
0 mis à jour, 4 nouvellement installés, 0 à enlever et 2 non
mis à jour.<br>
Il est nécessaire de prendre 0 o/234 ko dans les archives.<br>
Après cette opération, 1 419 ko d'espace disque
supplémentaires seront utilisés.<br>
Souhaitez-vous continuer ? [O/n] <br>
Réception de :1
/home/experiences/grades/farhie/python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb
python3-qtpynodeeditor all 0.2.0-2 [35,6 kB]<br>
Réception de :2
/home/experiences/grades/farhie/python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb
python3-ufo-tofu all 0.12.0-2 [137 kB]<br>
Sélection du paquet python3-pyqtconsole précédemment
désélectionné.<br>
(Lecture de la base de données... 1549507 fichiers et
répertoires déjà installés<br>
.)<br>
Préparation du dépaquetage de
.../python3-pyqtconsole_1.2.2-1_all.deb ...<br>
Dépaquetage de python3-pyqtconsole (1.2.2-1) ...<br>
Sélection du paquet python3-versioneer précédemment
désélectionné.<br>
Préparation du dépaquetage de
.../python3-versioneer_0.28-1_all.deb ...<br>
Dépaquetage de python3-versioneer (0.28-1) ...<br>
Sélection du paquet python3-qtpynodeeditor précédemment
désélectionné.<br>
Préparation du dépaquetage de
.../python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb ...<br>
Dépaquetage de python3-qtpynodeeditor (0.2.0-2) ...<br>
Sélection du paquet python3-ufo-tofu précédemment
désélectionné.<br>
Préparation du dépaquetage de
.../python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb ...<br>
Dépaquetage de python3-ufo-tofu (0.12.0-2) ...<br>
Paramétrage de python3-pyqtconsole (1.2.2-1) ...<br>
Paramétrage de python3-versioneer (0.28-1) ...<br>
Paramétrage de python3-qtpynodeeditor (0.2.0-2) ...<br>
Paramétrage de python3-ufo-tofu (0.12.0-2) ...<br>
Traitement des actions différées (« triggers ») pour man-db
(2.11.2-2) ...<br>
<br>
</p>
<p><b>Utilisation</b>:<br>
</p>
<p>farhie@re-grades-02:~$ tofu gui<br>
ERROR: Cannot import modules for GUI, please install PyQt4
and pyqtgraph</p>
<p><br>
</p>
<p><b>Installation dans un venv pip</b>:<br>
</p>
<p>J'ai ensuite tenté une installation locale dans un venv.</p>
<p>Installing collected packages: pyxdg, PyQt5-Qt5,
versioneer, PyQt5-sip, pycairo, pillow, parso, packaging,
numpy, networkx, coverage, qtpy, PyQt5, PyGObject, jedi,
imageio, qtpynodeeditor, pyqtconsol</p>
<p>Installing collected packages: PyOpenGL, pyqtgraph<br>
</p>
<p>Il semble ensuite qu'il y ait une dépendance sur<br>
</p>
<ul>
<li>sudo apt install libgirepository1.0-dev</li>
</ul>
<p>en creusant un peu plus loin on tombe sur le célèbre <br>
</p>
<ul>
<li>ValueError: Namespace Ufo not available for version 0.0</li>
</ul>
<p><br>
</p>
<p>Emmanuel.</p>
<p><br>
</p>
<div class="moz-cite-prefix">Le 15/06/2023 à 17:29, Emmanuel
FARHI a écrit :<br>
</div>
<blockquote type="cite"
cite="mid:6be5aff1-9294-fd9f-0350-2507fe173573@synchrotron-soleil..fr">
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
charset=UTF-8">
<p>Bonjour Roland,</p>
<p>merci pour les nouvelles et le travail fourni.</p>
<ul>
<li>Croisons les doigts pour Jupyterlab. Ca va bien
marcher à un moment !</li>
<li>Pour PySAXS, il ne faut pas hésiter à secouer le
cocotier. Je viens d'envoyer un email en ce sens.</li>
<li>Pour eman2, ca a l'air en effet du pur cmake dans un
conda (CONDA_PREFIX not found). Je ne suis pas expert
non plus la dedans. Peut etre faut-il définir
CONDA_PREFIX a la mano ?</li>
<li>Merci pour Demeter. Je ne vois pas pas très bien si
les GUI arthemis et athena (<a
class="moz-txt-link-freetext"
href="https://salsa.debian.org/science-team/horae"
moz-do-not-send="true">https://salsa.debian.org/science-team/horae</a>)
sont alors disponibles avec la nouvelle librairie <a
class="moz-txt-link-freetext"
href="https://salsa.debian.org/perl-team/modules/packages/libdemeter-perl"
moz-do-not-send="true">https://salsa.debian.org/perl-team/modules/packages/libdemeter-perl</a></li>
<li>Pour RefNX, je l'ai migré vers DONE dans la liste PaN.</li>
</ul>
<p>Pour la suite:</p>
<ul>
<li>ufo-tofu: j'ai l'impression que le GUI ne se lance
pas.<br>
</li>
<li>nabu me semble un bon choix, et connaissant les
développeurs, ca doit être relativement propre.</li>
<li>codra est fait par l'auteur de Spyder il me semble<br>
</li>
<li>orange/quasar, peut etre plus simple maintenant car
des dépendances ont été ajoutées à debian depuis.<br>
</li>
<li>napari est assez touffu en dépendances, mais a garder
en stock car c'est un excellent outil<br>
</li>
<li>mpes nécessite bokeh (<a class="moz-txt-link-freetext"
href="https://salsa.debian.org/python-team/packages/python-bokeh"
moz-do-not-send="true">https://salsa.debian.org/python-team/packages/python-bokeh</a>),
mais les autres dependances sont peut être accessibles..
Plus facile que 'arpys'.<br>
</li>
</ul>
<p>Merci d'avance, Emmanuel.</p>
<p><br>
</p>
<div class="moz-cite-prefix">Le 14/06/2023 à 16:26, Roland
Mas a écrit :<br>
</div>
<blockquote type="cite"
cite="mid:5582186f-e805-7394-e19d-efc96814bf9b@gnurandal.com">Bonjour,
<br>
<br>
Un rapide état des lieux mi-juin, parce que je réalise que
je n'ai pas donné de nouvelles depuis un certain temps. <br>
<br>
- pour la galaxie Jupyterlab/ipywidgets : je suis dans le
packaging de jupyter-ydoc, qui a besoin de ypy, qui a
besoin de maturin (un système de build). Maturin est en
cours de packaging par Jelmer Vernooij, avec quelques
dépendances en Rust. J'ai essayé de construire tout ça
avant que ça atteigne unstable/NEW mais ce n'est pas
encore réussi. Comme je vois passer des commits réguliers,
je suppose que Jelmer est sur le coup et que ça va se
résorber d'ici peu. <br>
<br>
- pour pysaxs2, je suis toujours en attente de la
publication des sources par Olivier Tache du CEA. Je l'ai
relancé fin mai, j'hésite à insister… peut-être que vous
pourriez tâter le terrain de votre côté ? <br>
<br>
- pour eman2, je bute sur le système de construction.
Apparemment il est considéré comme acquis que eman2 ne
sera jamais installé que via Conda, et aucune instruction
ne semble présente pour la construction directe (via
CMake).. Je progresse doucement sur la
résolution/détection des dépendances par CMake. <br>
<br>
- demeter (le remplaçant de horae) est dans NEW. <br>
<br>
- refnx est dans testing. <br>
<br>
Voilà de quoi mettre un peu à jour la TODO-list sur
pan-team/soleil-packaging-overview :-) <br>
<br>
Roland. <br>
<br>
<br>
</blockquote>
<div class="moz-signature">-- <br>
<meta http-equiv="content-type" content="text/html;
charset=UTF-8">
<title>signature</title>
<div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif;
font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<meta http-equiv="content-type" content="text/html;
charset=UTF-8">
<div>
<div><span style="font-family: courier new, courier,
monaco, monospace, sans-serif;"><span
style="color: rgb(0, 0, 255);">/ ___|<span
style="color: rgb(255, 153, 0);">__/\_</span>|
| | ____|_ _| |</span> FARHI Emmanuel</span><br>
<span style="font-family: courier new, courier,
monaco, monospace, sans-serif;"><span
style="color: rgb(0, 0, 255);">\___ \<span
style="color: rgb(255, 153, 0);">\ </span>|
| | _| | || |</span> Div Exp/Data
Reduction and Analysis Team</span><br>
<span style="font-family: courier new, courier,
monaco, monospace, sans-serif;"><span
style="color: rgb(0, 0, 255);"> ___) <span
style="color: rgb(255, 153, 0);">/_ _</span>|
|___| |___ | || |___</span> Tel : <span
class="Object" role="link"
id="OBJ_PREFIX_DWT373_com_zimbra_phone"><a
href="callto:+33%20%281%29%2069%2035%2096%2004"
onclick="window.top.Com_Zimbra_Phone.unsetOnbeforeunload()"
moz-do-not-send="true">+33 (1) 69 35 96 04</a></span></span><br>
<span style="font-family: courier new, courier,
monaco, monospace, sans-serif;"><span
style="color: rgb(0, 0, 255);">|____/ <span
style="color: rgb(255, 153, 0);"> \/</span>
|_____|_____|___|_____|</span> Saint-Aubin BP
48 - 91192 GIF/YVETTE CEDEX</span><br>
<span style="font-family: courier new, courier,
monaco, monospace, sans-serif;">
<span style="color: rgb(0, 0, 255);">SYNCHROTRON</span>
<span class="Object" role="link"
id="OBJ_PREFIX_DWT374_com_zimbra_url"><a
target="_blank"
href="http://www.synchrotron-soleil.fr"
class="moz-txt-link-freetext"
moz-do-not-send="true">http://www.synchrotron-soleil.fr</a></span></span></div>
</div>
</div>
</div>
<br>
<fieldset class="moz-mime-attachment-header"></fieldset>
</blockquote>
<div class="moz-signature">-- <br>
<meta http-equiv="content-type" content="text/html;
charset=UTF-8">
<title>signature</title>
<div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif;
font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<meta http-equiv="content-type" content="text/html;
charset=UTF-8">
<div>
<div><span style="font-family: courier new, courier,
monaco, monospace, sans-serif;"><span style="color:
rgb(0, 0, 255);">/ ___|<span style="color:
rgb(255, 153, 0);">__/\_</span>| | | ____|_ _|
|</span> FARHI Emmanuel</span><br>
<span style="font-family: courier new, courier,
monaco, monospace, sans-serif;"><span style="color:
rgb(0, 0, 255);">\___ \<span style="color:
rgb(255, 153, 0);">\ </span>| | | _| | ||
|</span> Div Exp/Data Reduction and Analysis
Team</span><br>
<span style="font-family: courier new, courier,
monaco, monospace, sans-serif;"><span style="color:
rgb(0, 0, 255);"> ___) <span style="color:
rgb(255, 153, 0);">/_ _</span>| |___| |___ | ||
|___</span> Tel : <span class="Object"
role="link"
id="OBJ_PREFIX_DWT373_com_zimbra_phone"><a
href="callto:+33%20%281%29%2069%2035%2096%2004"
onclick="window.top.Com_Zimbra_Phone.unsetOnbeforeunload()"
moz-do-not-send="true">+33 (1) 69 35 96 04</a></span></span><br>
<span style="font-family: courier new, courier,
monaco, monospace, sans-serif;"><span style="color:
rgb(0, 0, 255);">|____/ <span style="color:
rgb(255, 153, 0);"> \/</span>
|_____|_____|___|_____|</span> Saint-Aubin BP 48
- 91192 GIF/YVETTE CEDEX</span><br>
<span style="font-family: courier new, courier,
monaco, monospace, sans-serif;">
<span style="color: rgb(0, 0, 255);">SYNCHROTRON</span>
<span class="Object" role="link"
id="OBJ_PREFIX_DWT374_com_zimbra_url"><a
target="_blank"
href="http://www.synchrotron-soleil.fr"
class="moz-txt-link-freetext"
moz-do-not-send="true">http://www.synchrotron-soleil.fr</a></span></span></div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</blockquote>
<div class="moz-signature">-- <br>
<meta http-equiv="content-type" content="text/html;
charset=UTF-8">
<title>signature</title>
<div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif;
font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<meta http-equiv="content-type" content="text/html;
charset=UTF-8">
<div>
<div><span style="font-family: courier new, courier, monaco,
monospace, sans-serif;"><span style="color: rgb(0, 0,
255);">/ ___|<span style="color: rgb(255, 153, 0);">__/\_</span>|
| | ____|_ _| |</span> FARHI Emmanuel</span><br>
<span style="font-family: courier new, courier, monaco,
monospace, sans-serif;"><span style="color: rgb(0, 0,
255);">\___ \<span style="color: rgb(255, 153, 0);">\
</span>| | | _| | || |</span> Div
Exp/Data Reduction and Analysis Team</span><br>
<span style="font-family: courier new, courier, monaco,
monospace, sans-serif;"><span style="color: rgb(0, 0,
255);"> ___) <span style="color: rgb(255, 153, 0);">/_
_</span>| |___| |___ | || |___</span> Tel : <span
class="Object" role="link"
id="OBJ_PREFIX_DWT373_com_zimbra_phone"><a
href="callto:+33%20%281%29%2069%2035%2096%2004"
onclick="window.top.Com_Zimbra_Phone.unsetOnbeforeunload()"
moz-do-not-send="true">+33 (1) 69 35 96 04</a></span></span><br>
<span style="font-family: courier new, courier, monaco,
monospace, sans-serif;"><span style="color: rgb(0, 0,
255);">|____/ <span style="color: rgb(255, 153, 0);"> \/</span>
|_____|_____|___|_____|</span> Saint-Aubin BP 48 -
91192 GIF/YVETTE CEDEX</span><br>
<span style="font-family: courier new, courier, monaco,
monospace, sans-serif;"> <span
style="color: rgb(0, 0, 255);">SYNCHROTRON</span> <span
class="Object" role="link"
id="OBJ_PREFIX_DWT374_com_zimbra_url"><a
target="_blank"
href="http://www.synchrotron-soleil.fr"
class="moz-txt-link-freetext" moz-do-not-send="true">http://www.synchrotron-soleil.fr</a></span></span></div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</body>
</html>